# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.156 0.049 0.011 0.039 0.045 0.077 0.078 0.004 0.001 0.006 0.536 2 F 0.103 0.044 0.027 0.063 0.053 0.129 0.072 0.006 0.001 0.007 0.497 3 E 0.075 0.011 0.006 0.035 0.051 0.055 0.078 0.001 0.001 0.002 0.687 4 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 5 G 0.045 0.004 0.003 0.047 0.122 0.225 0.072 0.001 0.001 0.003 0.479 6 H 0.226 0.024 0.005 0.065 0.037 0.052 0.131 0.001 0.001 0.009 0.451 7 L 0.053 0.058 0.004 0.132 0.121 0.275 0.053 0.001 0.001 0.002 0.301 8 H 0.023 0.026 0.003 0.128 0.235 0.371 0.044 0.001 0.001 0.002 0.166 9 L 0.042 0.047 0.002 0.120 0.125 0.287 0.033 0.002 0.001 0.003 0.340 10 V 0.050 0.051 0.005 0.137 0.149 0.331 0.057 0.003 0.001 0.003 0.214 11 S 0.068 0.023 0.008 0.073 0.051 0.145 0.099 0.005 0.001 0.006 0.522 12 L 0.189 0.022 0.019 0.052 0.076 0.118 0.062 0.003 0.001 0.005 0.454 13 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.989 14 G 0.060 0.002 0.002 0.025 0.019 0.045 0.119 0.001 0.001 0.002 0.726 15 L 0.440 0.011 0.004 0.026 0.014 0.022 0.068 0.001 0.001 0.010 0.403 16 D 0.126 0.017 0.002 0.039 0.035 0.051 0.173 0.002 0.001 0.003 0.552 17 Q 0.116 0.017 0.013 0.040 0.024 0.053 0.066 0.002 0.001 0.009 0.659 18 Q 0.057 0.012 0.004 0.042 0.041 0.093 0.247 0.001 0.001 0.023 0.479 19 D 0.195 0.004 0.004 0.027 0.014 0.021 0.252 0.001 0.001 0.012 0.468 20 I 0.234 0.025 0.030 0.107 0.083 0.100 0.078 0.002 0.001 0.010 0.329 21 N 0.024 0.008 0.007 0.139 0.132 0.134 0.190 0.001 0.001 0.005 0.360 22 I 0.030 0.008 0.009 0.180 0.218 0.231 0.042 0.001 0.001 0.005 0.277 23 H 0.005 0.003 0.001 0.252 0.265 0.311 0.057 0.001 0.001 0.002 0.104 24 I 0.005 0.002 0.001 0.149 0.365 0.344 0.036 0.001 0.001 0.001 0.097 25 R 0.002 0.002 0.001 0.244 0.222 0.401 0.033 0.001 0.001 0.001 0.095 26 Y 0.001 0.002 0.001 0.216 0.274 0.458 0.013 0.001 0.001 0.001 0.035 27 E 0.002 0.004 0.001 0.083 0.409 0.416 0.017 0.001 0.001 0.001 0.067 28 V 0.004 0.005 0.001 0.036 0.262 0.576 0.016 0.001 0.001 0.001 0.098 29 R 0.007 0.008 0.001 0.047 0.236 0.598 0.021 0.001 0.001 0.002 0.080 30 Q 0.034 0.012 0.002 0.029 0.189 0.353 0.069 0.004 0.001 0.005 0.304 31 N 0.076 0.016 0.008 0.036 0.214 0.264 0.101 0.007 0.001 0.010 0.269 32 A 0.020 0.008 0.005 0.010 0.020 0.028 0.103 0.002 0.001 0.005 0.798 33 E 0.005 0.003 0.003 0.006 0.005 0.009 0.760 0.001 0.001 0.021 0.188 34 S 0.298 0.014 0.006 0.006 0.014 0.013 0.265 0.001 0.001 0.175 0.209 35 G 0.346 0.068 0.022 0.011 0.042 0.044 0.091 0.003 0.001 0.045 0.328 36 A 0.118 0.055 0.033 0.042 0.139 0.129 0.170 0.002 0.001 0.010 0.302 37 Y 0.021 0.019 0.002 0.062 0.189 0.322 0.076 0.001 0.001 0.002 0.306 38 V 0.007 0.009 0.001 0.047 0.425 0.455 0.011 0.001 0.001 0.001 0.044 39 H 0.006 0.008 0.002 0.076 0.318 0.446 0.021 0.001 0.001 0.001 0.123 40 F 0.005 0.005 0.001 0.059 0.420 0.407 0.011 0.001 0.001 0.001 0.091 41 D 0.004 0.003 0.001 0.047 0.336 0.489 0.015 0.001 0.001 0.001 0.104 42 M 0.004 0.005 0.001 0.052 0.298 0.523 0.026 0.001 0.001 0.001 0.091 43 D 0.007 0.006 0.001 0.051 0.196 0.481 0.086 0.001 0.001 0.007 0.164 44 G 0.058 0.007 0.005 0.044 0.222 0.362 0.068 0.001 0.001 0.030 0.203 45 E 0.039 0.005 0.005 0.044 0.182 0.229 0.107 0.001 0.001 0.006 0.383 46 I 0.007 0.003 0.003 0.040 0.247 0.295 0.060 0.001 0.001 0.002 0.342 47 D 0.023 0.007 0.003 0.034 0.109 0.218 0.052 0.001 0.001 0.005 0.549 48 G 0.026 0.001 0.002 0.060 0.016 0.051 0.125 0.001 0.001 0.012 0.706 49 K 0.677 0.002 0.004 0.015 0.051 0.020 0.070 0.001 0.001 0.006 0.154 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 51 F 0.005 0.001 0.001 0.013 0.112 0.567 0.049 0.001 0.001 0.001 0.252 52 S 0.040 0.004 0.001 0.023 0.029 0.113 0.132 0.001 0.001 0.009 0.649 53 D 0.115 0.008 0.001 0.016 0.058 0.100 0.052 0.001 0.001 0.003 0.645 54 S 0.171 0.018 0.004 0.023 0.021 0.042 0.156 0.001 0.001 0.008 0.556 55 F 0.500 0.041 0.006 0.038 0.054 0.074 0.076 0.002 0.001 0.010 0.199 56 E 0.085 0.055 0.007 0.043 0.038 0.072 0.120 0.005 0.001 0.004 0.570 57 L 0.067 0.047 0.021 0.038 0.086 0.095 0.117 0.004 0.001 0.004 0.520 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.988 59 R 0.012 0.007 0.001 0.012 0.015 0.056 0.139 0.001 0.001 0.001 0.756 60 D 0.208 0.048 0.002 0.007 0.005 0.009 0.116 0.001 0.001 0.008 0.596 61 T 0.188 0.290 0.004 0.008 0.004 0.007 0.136 0.002 0.001 0.002 0.359 62 A 0.115 0.520 0.006 0.007 0.006 0.012 0.090 0.004 0.001 0.002 0.237 63 F 0.049 0.710 0.005 0.009 0.007 0.011 0.039 0.005 0.001 0.001 0.165 64 N 0.029 0.763 0.003 0.004 0.005 0.007 0.025 0.006 0.001 0.001 0.159 65 F 0.023 0.831 0.006 0.002 0.002 0.003 0.021 0.005 0.001 0.001 0.107 66 A 0.013 0.910 0.005 0.002 0.002 0.004 0.015 0.004 0.001 0.001 0.045 67 S 0.014 0.860 0.003 0.001 0.002 0.004 0.014 0.005 0.001 0.001 0.097 68 D 0.024 0.874 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.076 69 A 0.013 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.027 70 T 0.007 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.059 71 R 0.005 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.069 72 V 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.022 73 A 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 74 Q 0.001 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 75 K 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 76 H 0.125 0.754 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.019 77 G 0.424 0.098 0.064 0.003 0.005 0.006 0.005 0.280 0.001 0.001 0.113 78 L 0.010 0.005 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 79 H 0.003 0.002 0.002 0.032 0.016 0.010 0.089 0.001 0.001 0.001 0.844 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 81 K 0.031 0.006 0.002 0.102 0.023 0.120 0.186 0.001 0.001 0.006 0.524 82 F 0.287 0.008 0.004 0.027 0.006 0.016 0.172 0.001 0.001 0.023 0.456 83 G 0.189 0.050 0.004 0.061 0.022 0.040 0.095 0.001 0.001 0.006 0.532 84 A 0.079 0.032 0.003 0.050 0.021 0.025 0.171 0.001 0.001 0.005 0.612 85 I 0.083 0.162 0.002 0.035 0.031 0.064 0.074 0.002 0.001 0.003 0.543 86 T 0.076 0.297 0.005 0.039 0.044 0.086 0.103 0.005 0.001 0.003 0.343 87 R 0.063 0.338 0.006 0.019 0.015 0.026 0.083 0.005 0.001 0.003 0.442 88 V 0.093 0.408 0.007 0.007 0.008 0.017 0.078 0.005 0.001 0.002 0.375 89 H 0.115 0.473 0.007 0.007 0.008 0.016 0.087 0.008 0.001 0.002 0.277 90 K 0.041 0.390 0.006 0.002 0.003 0.006 0.048 0.004 0.001 0.001 0.498 91 E 0.038 0.637 0.008 0.003 0.002 0.004 0.079 0.004 0.001 0.001 0.224 92 Y 0.039 0.797 0.003 0.002 0.001 0.003 0.035 0.005 0.001 0.001 0.115 93 D 0.023 0.888 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.069 94 A 0.010 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.046 95 M 0.026 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.036 96 F 0.025 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.037 97 E 0.009 0.919 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.055 98 D 0.017 0.831 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.128 99 I 0.023 0.937 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.028 100 R 0.006 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.018 101 A 0.007 0.962 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.017 102 K 0.049 0.903 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.026 103 L 0.070 0.836 0.011 0.002 0.002 0.002 0.003 0.042 0.001 0.001 0.032 104 H 0.108 0.498 0.067 0.006 0.009 0.012 0.011 0.115 0.001 0.001 0.174 105 A 0.124 0.134 0.313 0.036 0.013 0.034 0.012 0.042 0.001 0.002 0.292 106 H 0.038 0.058 0.015 0.040 0.087 0.026 0.125 0.016 0.001 0.002 0.594 107 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 108 G 0.028 0.003 0.026 0.106 0.048 0.323 0.092 0.001 0.001 0.013 0.361 109 E 0.619 0.002 0.006 0.017 0.015 0.008 0.085 0.001 0.001 0.016 0.232 110 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 111 V 0.043 0.001 0.003 0.091 0.171 0.322 0.081 0.001 0.001 0.002 0.286 112 D 0.026 0.001 0.001 0.021 0.012 0.013 0.161 0.001 0.001 0.003 0.763 113 L 0.022 0.014 0.001 0.037 0.015 0.036 0.074 0.001 0.001 0.003 0.797 114 E 0.003 0.006 0.001 0.007 0.003 0.012 0.702 0.001 0.001 0.017 0.249 115 R 0.214 0.009 0.001 0.003 0.002 0.003 0.698 0.001 0.001 0.016 0.055 116 I 0.105 0.797 0.008 0.003 0.004 0.005 0.028 0.003 0.001 0.003 0.043 117 I 0.009 0.909 0.005 0.004 0.009 0.016 0.009 0.005 0.001 0.001 0.032 118 R 0.052 0.768 0.002 0.005 0.008 0.017 0.010 0.023 0.001 0.001 0.112 119 H 0.208 0.497 0.006 0.007 0.022 0.031 0.013 0.042 0.001 0.002 0.172 120 E 0.184 0.156 0.028 0.009 0.016 0.024 0.058 0.033 0.001 0.003 0.489