# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.059 0.053 0.043 0.070 0.057 0.017 0.589 2 F 0.102 0.067 0.086 0.082 0.148 0.093 0.017 0.406 3 E 0.051 0.023 0.068 0.074 0.107 0.076 0.006 0.596 4 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.990 5 G 0.058 0.017 0.085 0.130 0.227 0.149 0.010 0.324 6 H 0.240 0.017 0.067 0.072 0.086 0.080 0.008 0.430 7 L 0.035 0.039 0.122 0.230 0.292 0.037 0.004 0.241 8 H 0.031 0.028 0.080 0.182 0.290 0.065 0.004 0.320 9 L 0.043 0.046 0.069 0.141 0.213 0.047 0.005 0.436 10 V 0.044 0.045 0.066 0.150 0.306 0.061 0.010 0.317 11 S 0.096 0.031 0.025 0.055 0.130 0.095 0.018 0.551 12 L 0.131 0.033 0.051 0.077 0.142 0.089 0.020 0.458 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 14 G 0.034 0.005 0.012 0.024 0.048 0.125 0.006 0.746 15 L 0.377 0.016 0.036 0.034 0.047 0.110 0.009 0.371 16 D 0.100 0.045 0.025 0.063 0.066 0.139 0.010 0.552 17 Q 0.094 0.033 0.027 0.025 0.048 0.081 0.011 0.682 18 Q 0.110 0.036 0.033 0.030 0.037 0.319 0.019 0.415 19 D 0.218 0.028 0.026 0.030 0.036 0.126 0.049 0.487 20 I 0.185 0.043 0.132 0.111 0.104 0.078 0.023 0.323 21 N 0.048 0.020 0.126 0.105 0.116 0.235 0.011 0.339 22 I 0.031 0.007 0.099 0.288 0.325 0.026 0.003 0.221 23 H 0.013 0.010 0.181 0.172 0.331 0.106 0.003 0.185 24 I 0.010 0.005 0.106 0.380 0.358 0.018 0.001 0.123 25 R 0.004 0.010 0.264 0.165 0.432 0.029 0.001 0.095 26 Y 0.008 0.006 0.123 0.303 0.381 0.027 0.001 0.151 27 E 0.006 0.010 0.154 0.196 0.443 0.051 0.002 0.139 28 V 0.014 0.015 0.069 0.182 0.355 0.041 0.003 0.322 29 R 0.012 0.024 0.054 0.245 0.494 0.034 0.004 0.135 30 Q 0.055 0.036 0.026 0.103 0.252 0.070 0.010 0.448 31 N 0.095 0.058 0.021 0.131 0.219 0.082 0.023 0.370 32 A 0.050 0.045 0.011 0.027 0.051 0.028 0.013 0.776 33 E 0.035 0.048 0.009 0.019 0.025 0.485 0.013 0.366 34 S 0.263 0.058 0.007 0.011 0.011 0.388 0.080 0.182 35 G 0.601 0.058 0.022 0.012 0.017 0.023 0.136 0.132 36 A 0.153 0.030 0.177 0.145 0.078 0.146 0.018 0.254 37 Y 0.008 0.007 0.064 0.108 0.162 0.043 0.002 0.605 38 V 0.009 0.003 0.026 0.336 0.564 0.014 0.001 0.048 39 H 0.014 0.008 0.078 0.295 0.447 0.023 0.002 0.135 40 F 0.006 0.003 0.091 0.412 0.384 0.017 0.001 0.086 41 D 0.004 0.003 0.066 0.344 0.403 0.034 0.002 0.144 42 M 0.007 0.003 0.047 0.310 0.468 0.043 0.003 0.119 43 D 0.015 0.004 0.051 0.155 0.256 0.241 0.009 0.268 44 G 0.074 0.004 0.052 0.209 0.262 0.079 0.016 0.303 45 E 0.071 0.004 0.051 0.184 0.156 0.283 0.009 0.242 46 I 0.012 0.003 0.055 0.332 0.233 0.047 0.002 0.315 47 D 0.004 0.002 0.043 0.138 0.355 0.040 0.002 0.416 48 G 0.023 0.003 0.041 0.086 0.289 0.155 0.009 0.394 49 K 0.266 0.001 0.059 0.172 0.108 0.267 0.006 0.120 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 51 F 0.002 0.001 0.017 0.188 0.606 0.075 0.001 0.111 52 S 0.053 0.001 0.014 0.075 0.114 0.093 0.001 0.648 53 D 0.030 0.003 0.009 0.040 0.088 0.045 0.002 0.782 54 S 0.118 0.006 0.017 0.030 0.051 0.290 0.013 0.475 55 F 0.362 0.016 0.032 0.093 0.081 0.123 0.024 0.269 56 E 0.127 0.044 0.080 0.075 0.121 0.168 0.016 0.368 57 L 0.053 0.024 0.128 0.099 0.160 0.136 0.006 0.394 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.993 59 R 0.007 0.004 0.010 0.012 0.036 0.079 0.001 0.850 60 D 0.095 0.027 0.031 0.016 0.028 0.161 0.006 0.636 61 T 0.318 0.102 0.022 0.010 0.015 0.144 0.011 0.380 62 A 0.134 0.442 0.054 0.009 0.030 0.062 0.009 0.261 63 F 0.107 0.466 0.033 0.011 0.026 0.097 0.010 0.251 64 N 0.084 0.537 0.019 0.006 0.010 0.060 0.012 0.273 65 F 0.102 0.611 0.032 0.002 0.005 0.027 0.017 0.204 66 A 0.068 0.576 0.027 0.003 0.005 0.055 0.015 0.251 67 S 0.043 0.552 0.013 0.004 0.003 0.144 0.011 0.231 68 D 0.087 0.604 0.007 0.001 0.001 0.045 0.011 0.244 69 A 0.036 0.833 0.013 0.001 0.001 0.028 0.005 0.083 70 T 0.017 0.784 0.004 0.001 0.001 0.051 0.005 0.138 71 R 0.012 0.910 0.004 0.001 0.001 0.015 0.002 0.055 72 V 0.014 0.928 0.005 0.001 0.001 0.006 0.003 0.043 73 A 0.006 0.979 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 74 Q 0.009 0.972 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 75 K 0.033 0.936 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 76 H 0.100 0.697 0.008 0.002 0.002 0.003 0.143 0.046 77 G 0.563 0.110 0.037 0.004 0.003 0.006 0.175 0.101 78 L 0.051 0.052 0.596 0.024 0.013 0.036 0.010 0.217 79 H 0.013 0.011 0.050 0.024 0.024 0.076 0.004 0.800 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 81 K 0.032 0.010 0.046 0.009 0.022 0.194 0.003 0.683 82 F 0.214 0.019 0.038 0.018 0.024 0.087 0.012 0.588 83 G 0.185 0.037 0.036 0.019 0.029 0.078 0.011 0.605 84 A 0.067 0.032 0.043 0.017 0.024 0.097 0.005 0.715 85 I 0.061 0.101 0.100 0.042 0.090 0.106 0.006 0.494 86 T 0.078 0.248 0.071 0.051 0.102 0.100 0.008 0.341 87 R 0.076 0.255 0.054 0.026 0.048 0.087 0.008 0.445 88 V 0.073 0.252 0.023 0.007 0.020 0.111 0.014 0.500 89 H 0.115 0.434 0.026 0.018 0.037 0.049 0.017 0.305 90 K 0.044 0.429 0.022 0.009 0.012 0.082 0.011 0.390 91 E 0.070 0.466 0.016 0.005 0.008 0.099 0.019 0.316 92 Y 0.160 0.643 0.028 0.003 0.005 0.025 0.012 0.123 93 D 0.037 0.789 0.020 0.006 0.006 0.019 0.006 0.117 94 A 0.052 0.744 0.021 0.003 0.006 0.018 0.006 0.152 95 M 0.046 0.754 0.006 0.001 0.002 0.082 0.011 0.099 96 F 0.059 0.796 0.004 0.002 0.005 0.032 0.012 0.090 97 E 0.023 0.798 0.015 0.001 0.002 0.030 0.006 0.125 98 D 0.018 0.793 0.013 0.002 0.002 0.026 0.009 0.137 99 I 0.076 0.851 0.009 0.001 0.002 0.005 0.007 0.047 100 R 0.009 0.949 0.004 0.001 0.002 0.006 0.002 0.026 101 A 0.037 0.859 0.003 0.002 0.003 0.028 0.015 0.052 102 K 0.208 0.678 0.009 0.002 0.002 0.004 0.044 0.054 103 L 0.095 0.675 0.099 0.010 0.007 0.006 0.031 0.078 104 H 0.104 0.231 0.134 0.051 0.030 0.043 0.040 0.367 105 A 0.092 0.112 0.120 0.054 0.071 0.015 0.019 0.518 106 H 0.109 0.033 0.163 0.068 0.048 0.123 0.018 0.438 107 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 108 G 0.012 0.002 0.164 0.038 0.134 0.091 0.007 0.551 109 E 0.498 0.001 0.041 0.063 0.025 0.125 0.003 0.244 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 111 V 0.016 0.001 0.054 0.165 0.349 0.142 0.001 0.273 112 D 0.051 0.001 0.014 0.057 0.057 0.068 0.001 0.750 113 L 0.014 0.005 0.014 0.033 0.084 0.039 0.001 0.809 114 E 0.009 0.004 0.005 0.008 0.016 0.699 0.002 0.257 115 R 0.150 0.012 0.003 0.008 0.010 0.600 0.010 0.207 116 I 0.213 0.426 0.046 0.038 0.056 0.042 0.014 0.164 117 I 0.029 0.591 0.062 0.037 0.079 0.048 0.006 0.146 118 R 0.079 0.323 0.017 0.042 0.113 0.048 0.014 0.363 119 H 0.127 0.336 0.018 0.039 0.095 0.043 0.033 0.309 120 E 0.145 0.095 0.017 0.025 0.032 0.069 0.066 0.551