# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.145 0.327 0.225 0.099 0.093 0.028 0.043 0.005 0.030 0.002 0.002 2 F 0.090 0.399 0.277 0.088 0.071 0.029 0.018 0.002 0.025 0.001 0.002 3 E 0.021 0.375 0.289 0.003 0.022 0.032 0.011 0.001 0.244 0.002 0.001 4 P 0.153 0.008 0.750 0.017 0.006 0.022 0.004 0.001 0.002 0.007 0.030 5 G 0.157 0.050 0.136 0.091 0.134 0.022 0.071 0.266 0.010 0.062 0.002 6 H 0.136 0.330 0.327 0.056 0.041 0.055 0.026 0.003 0.024 0.001 0.001 7 L 0.215 0.352 0.246 0.067 0.043 0.053 0.006 0.001 0.015 0.001 0.002 8 H 0.160 0.334 0.253 0.051 0.079 0.060 0.015 0.002 0.042 0.002 0.002 9 L 0.310 0.297 0.237 0.055 0.020 0.048 0.008 0.001 0.023 0.001 0.002 10 V 0.299 0.373 0.141 0.105 0.032 0.021 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 11 S 0.132 0.206 0.343 0.113 0.054 0.064 0.043 0.006 0.032 0.003 0.003 12 L 0.026 0.335 0.328 0.006 0.039 0.024 0.006 0.001 0.233 0.002 0.001 13 P 0.166 0.008 0.729 0.017 0.003 0.018 0.004 0.001 0.003 0.005 0.047 14 G 0.151 0.039 0.147 0.072 0.081 0.040 0.070 0.331 0.013 0.054 0.003 15 L 0.184 0.325 0.283 0.123 0.047 0.011 0.004 0.001 0.018 0.002 0.002 16 D 0.094 0.124 0.312 0.158 0.054 0.142 0.038 0.014 0.039 0.017 0.009 17 Q 0.247 0.159 0.248 0.144 0.059 0.037 0.046 0.010 0.038 0.009 0.004 18 Q 0.446 0.130 0.225 0.097 0.028 0.014 0.029 0.006 0.015 0.007 0.003 19 D 0.148 0.152 0.162 0.325 0.042 0.036 0.107 0.010 0.015 0.002 0.002 20 I 0.034 0.402 0.313 0.059 0.142 0.013 0.013 0.003 0.018 0.001 0.001 21 N 0.028 0.367 0.351 0.036 0.027 0.106 0.061 0.004 0.016 0.001 0.002 22 I 0.006 0.726 0.198 0.007 0.029 0.024 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 23 H 0.017 0.592 0.222 0.015 0.064 0.069 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 24 I 0.002 0.811 0.105 0.003 0.055 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 25 R 0.016 0.709 0.142 0.010 0.058 0.045 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 26 Y 0.002 0.636 0.072 0.005 0.268 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 27 E 0.009 0.695 0.177 0.003 0.028 0.062 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 28 V 0.025 0.625 0.247 0.009 0.025 0.051 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 29 R 0.125 0.439 0.234 0.071 0.047 0.047 0.012 0.001 0.020 0.003 0.002 30 Q 0.144 0.294 0.204 0.154 0.110 0.028 0.023 0.005 0.030 0.006 0.003 31 N 0.029 0.136 0.358 0.017 0.059 0.089 0.038 0.004 0.255 0.014 0.002 32 A 0.694 0.006 0.251 0.027 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 33 E 0.660 0.079 0.104 0.111 0.006 0.010 0.012 0.004 0.011 0.002 0.001 34 S 0.181 0.086 0.136 0.488 0.025 0.006 0.058 0.003 0.015 0.001 0.001 35 G 0.013 0.007 0.038 0.008 0.065 0.004 0.057 0.603 0.003 0.203 0.001 36 A 0.138 0.260 0.466 0.057 0.039 0.016 0.010 0.003 0.007 0.002 0.002 37 Y 0.029 0.562 0.237 0.035 0.094 0.021 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 38 V 0.010 0.795 0.108 0.007 0.059 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 39 H 0.006 0.728 0.139 0.008 0.073 0.024 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 40 F 0.004 0.757 0.110 0.007 0.089 0.014 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 41 D 0.021 0.318 0.397 0.021 0.052 0.122 0.024 0.002 0.035 0.004 0.004 42 M 0.099 0.482 0.255 0.047 0.046 0.025 0.007 0.001 0.035 0.002 0.001 43 D 0.110 0.233 0.271 0.145 0.043 0.025 0.126 0.005 0.032 0.006 0.004 44 G 0.043 0.043 0.089 0.019 0.346 0.015 0.046 0.232 0.008 0.157 0.002 45 E 0.125 0.333 0.391 0.052 0.023 0.036 0.012 0.001 0.018 0.001 0.008 46 I 0.073 0.518 0.257 0.034 0.038 0.017 0.003 0.001 0.057 0.001 0.002 47 D 0.045 0.114 0.390 0.119 0.022 0.042 0.201 0.006 0.037 0.007 0.020 48 G 0.001 0.002 0.009 0.003 0.016 0.003 0.073 0.810 0.001 0.083 0.001 49 K 0.008 0.377 0.470 0.003 0.099 0.009 0.001 0.001 0.021 0.010 0.001 50 P 0.018 0.009 0.780 0.004 0.003 0.137 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 51 F 0.138 0.398 0.226 0.075 0.066 0.057 0.003 0.002 0.033 0.001 0.001 52 S 0.448 0.230 0.188 0.047 0.025 0.030 0.007 0.002 0.019 0.003 0.003 53 D 0.554 0.122 0.082 0.165 0.046 0.010 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 54 S 0.456 0.137 0.084 0.236 0.036 0.010 0.021 0.003 0.015 0.001 0.001 55 F 0.085 0.339 0.194 0.206 0.080 0.028 0.038 0.002 0.026 0.001 0.001 56 E 0.082 0.383 0.355 0.048 0.022 0.048 0.034 0.002 0.023 0.001 0.002 57 L 0.013 0.220 0.583 0.002 0.021 0.041 0.004 0.001 0.114 0.002 0.001 58 P 0.159 0.004 0.732 0.010 0.003 0.058 0.002 0.001 0.003 0.006 0.023 59 R 0.634 0.045 0.153 0.093 0.027 0.016 0.009 0.009 0.008 0.005 0.001 60 D 0.694 0.055 0.123 0.064 0.010 0.031 0.008 0.004 0.008 0.002 0.001 61 T 0.788 0.037 0.026 0.131 0.007 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 62 A 0.835 0.046 0.032 0.051 0.016 0.009 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 63 F 0.839 0.081 0.025 0.030 0.004 0.009 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 64 N 0.813 0.036 0.076 0.020 0.010 0.018 0.016 0.001 0.009 0.001 0.001 65 F 0.880 0.013 0.030 0.055 0.006 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 66 A 0.933 0.009 0.016 0.033 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 67 S 0.962 0.005 0.010 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.886 0.005 0.010 0.080 0.005 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 69 A 0.961 0.003 0.008 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 T 0.968 0.006 0.007 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.982 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.986 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 A 0.960 0.006 0.014 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 74 Q 0.950 0.009 0.012 0.021 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 75 K 0.921 0.006 0.006 0.059 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 H 0.094 0.008 0.014 0.842 0.004 0.002 0.031 0.002 0.003 0.001 0.001 77 G 0.012 0.002 0.011 0.009 0.020 0.003 0.261 0.599 0.002 0.080 0.001 78 L 0.111 0.222 0.420 0.170 0.023 0.026 0.010 0.001 0.011 0.002 0.002 79 H 0.018 0.132 0.604 0.007 0.018 0.063 0.005 0.001 0.147 0.004 0.002 80 P 0.610 0.003 0.328 0.020 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 81 K 0.561 0.075 0.093 0.197 0.012 0.021 0.021 0.007 0.012 0.001 0.001 82 F 0.309 0.095 0.166 0.313 0.031 0.013 0.045 0.003 0.021 0.002 0.001 83 G 0.229 0.068 0.259 0.039 0.096 0.023 0.091 0.099 0.018 0.076 0.003 84 A 0.457 0.130 0.285 0.053 0.023 0.031 0.008 0.002 0.008 0.001 0.001 85 I 0.514 0.216 0.142 0.074 0.012 0.028 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 86 T 0.505 0.181 0.146 0.097 0.019 0.029 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 87 R 0.525 0.139 0.119 0.050 0.080 0.025 0.025 0.007 0.023 0.006 0.001 88 V 0.640 0.094 0.116 0.104 0.011 0.020 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 89 H 0.549 0.063 0.107 0.163 0.034 0.024 0.027 0.009 0.018 0.006 0.001 90 K 0.787 0.039 0.090 0.035 0.013 0.008 0.016 0.004 0.004 0.003 0.001 91 E 0.828 0.041 0.031 0.075 0.005 0.013 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 92 Y 0.794 0.033 0.038 0.106 0.011 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 93 D 0.834 0.035 0.062 0.031 0.005 0.011 0.014 0.002 0.005 0.001 0.001 94 A 0.966 0.004 0.007 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 M 0.902 0.009 0.013 0.068 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 F 0.960 0.005 0.010 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.985 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.951 0.005 0.012 0.020 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.991 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.918 0.004 0.003 0.070 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.828 0.011 0.028 0.106 0.005 0.003 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 103 L 0.352 0.134 0.162 0.280 0.011 0.015 0.020 0.002 0.024 0.001 0.001 104 H 0.177 0.127 0.276 0.083 0.033 0.069 0.179 0.007 0.037 0.007 0.006 105 A 0.098 0.124 0.581 0.109 0.012 0.041 0.012 0.002 0.010 0.001 0.009 106 H 0.006 0.240 0.322 0.003 0.072 0.018 0.002 0.001 0.328 0.008 0.001 107 P 0.025 0.001 0.724 0.011 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.219 108 G 0.004 0.002 0.020 0.007 0.009 0.008 0.035 0.871 0.001 0.043 0.001 109 E 0.007 0.209 0.571 0.004 0.053 0.007 0.002 0.001 0.139 0.007 0.001 110 P 0.043 0.002 0.762 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 111 V 0.108 0.480 0.240 0.056 0.064 0.033 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 112 D 0.017 0.076 0.571 0.008 0.011 0.217 0.006 0.001 0.089 0.002 0.001 113 L 0.760 0.017 0.179 0.019 0.004 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 114 E 0.879 0.027 0.028 0.053 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 115 R 0.519 0.096 0.048 0.199 0.094 0.010 0.018 0.004 0.013 0.001 0.001 116 I 0.479 0.200 0.219 0.043 0.012 0.026 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 117 I 0.534 0.188 0.163 0.065 0.007 0.023 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 118 R 0.523 0.119 0.130 0.125 0.029 0.028 0.022 0.004 0.014 0.005 0.002 119 H 0.322 0.097 0.107 0.283 0.055 0.025 0.064 0.025 0.016 0.006 0.001 120 E 0.240 0.174 0.224 0.126 0.053 0.025 0.098 0.021 0.029 0.009 0.002