# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.110 0.035 0.013 0.172 0.015 0.046 0.179 0.117 0.158 0.054 2 F 0.082 0.189 0.090 0.038 0.166 0.028 0.051 0.123 0.086 0.104 0.044 3 E 0.105 0.208 0.214 0.039 0.208 0.017 0.026 0.067 0.042 0.034 0.040 4 P 0.083 0.105 0.045 0.025 0.117 0.046 0.108 0.193 0.153 0.090 0.035 5 G 0.053 0.113 0.104 0.097 0.087 0.072 0.063 0.088 0.075 0.188 0.060 6 H 0.183 0.133 0.035 0.016 0.309 0.012 0.021 0.082 0.058 0.093 0.057 7 L 0.171 0.143 0.035 0.014 0.287 0.023 0.032 0.098 0.078 0.071 0.049 8 H 0.155 0.224 0.071 0.011 0.326 0.017 0.025 0.061 0.029 0.025 0.057 9 L 0.210 0.102 0.021 0.010 0.246 0.016 0.023 0.115 0.091 0.099 0.067 10 V 0.102 0.219 0.057 0.018 0.282 0.025 0.052 0.105 0.061 0.047 0.032 11 S 0.161 0.152 0.105 0.021 0.228 0.017 0.031 0.063 0.042 0.093 0.085 12 L 0.078 0.323 0.140 0.027 0.209 0.015 0.025 0.070 0.053 0.029 0.032 13 P 0.053 0.164 0.071 0.050 0.111 0.063 0.129 0.134 0.118 0.073 0.034 14 G 0.125 0.084 0.065 0.030 0.133 0.017 0.031 0.066 0.078 0.257 0.114 15 L 0.072 0.219 0.103 0.037 0.211 0.039 0.061 0.075 0.061 0.082 0.040 16 D 0.164 0.166 0.118 0.039 0.242 0.021 0.022 0.044 0.045 0.071 0.068 17 Q 0.093 0.094 0.037 0.027 0.146 0.027 0.032 0.127 0.273 0.108 0.036 18 Q 0.053 0.098 0.069 0.040 0.087 0.061 0.118 0.162 0.160 0.119 0.032 19 D 0.237 0.054 0.021 0.011 0.187 0.012 0.024 0.051 0.058 0.222 0.124 20 I 0.111 0.313 0.027 0.010 0.427 0.015 0.023 0.023 0.015 0.015 0.021 21 N 0.323 0.076 0.018 0.009 0.405 0.014 0.016 0.017 0.010 0.033 0.081 22 I 0.165 0.126 0.004 0.002 0.677 0.002 0.003 0.005 0.003 0.003 0.012 23 H 0.326 0.048 0.005 0.002 0.573 0.004 0.005 0.007 0.002 0.004 0.023 24 I 0.227 0.096 0.011 0.002 0.619 0.003 0.003 0.006 0.002 0.002 0.028 25 R 0.405 0.051 0.007 0.005 0.424 0.007 0.010 0.017 0.005 0.010 0.056 26 Y 0.188 0.156 0.025 0.004 0.547 0.007 0.008 0.013 0.006 0.005 0.039 27 E 0.297 0.154 0.028 0.008 0.381 0.008 0.018 0.039 0.013 0.010 0.046 28 V 0.233 0.093 0.031 0.019 0.246 0.029 0.055 0.140 0.057 0.037 0.059 29 R 0.187 0.144 0.041 0.018 0.252 0.021 0.044 0.151 0.056 0.042 0.044 30 Q 0.069 0.194 0.085 0.026 0.162 0.046 0.085 0.131 0.045 0.100 0.057 31 N 0.099 0.281 0.094 0.005 0.454 0.002 0.003 0.022 0.005 0.006 0.030 32 A 0.020 0.022 0.011 0.002 0.023 0.004 0.015 0.514 0.357 0.021 0.010 33 E 0.008 0.029 0.020 0.011 0.012 0.034 0.093 0.624 0.132 0.031 0.006 34 S 0.022 0.532 0.139 0.041 0.050 0.019 0.048 0.075 0.026 0.033 0.015 35 G 0.053 0.024 0.045 0.094 0.023 0.023 0.008 0.034 0.031 0.328 0.337 36 A 0.055 0.334 0.068 0.031 0.175 0.040 0.057 0.102 0.072 0.039 0.027 37 Y 0.332 0.073 0.013 0.007 0.383 0.011 0.017 0.040 0.028 0.045 0.052 38 V 0.209 0.182 0.019 0.009 0.491 0.014 0.020 0.022 0.012 0.008 0.015 39 H 0.290 0.072 0.025 0.005 0.485 0.008 0.011 0.017 0.008 0.015 0.063 40 F 0.164 0.215 0.023 0.005 0.515 0.005 0.006 0.011 0.007 0.011 0.039 41 D 0.271 0.141 0.061 0.013 0.349 0.011 0.016 0.019 0.012 0.022 0.086 42 M 0.203 0.127 0.054 0.022 0.254 0.047 0.055 0.070 0.048 0.049 0.070 43 D 0.062 0.137 0.086 0.137 0.112 0.105 0.103 0.061 0.053 0.104 0.041 44 G 0.072 0.137 0.147 0.174 0.136 0.025 0.016 0.036 0.035 0.147 0.075 45 E 0.202 0.190 0.089 0.012 0.282 0.012 0.032 0.050 0.033 0.034 0.064 46 I 0.116 0.110 0.073 0.108 0.143 0.138 0.045 0.080 0.042 0.065 0.078 47 D 0.014 0.182 0.111 0.271 0.042 0.141 0.136 0.038 0.025 0.028 0.011 48 G 0.033 0.022 0.029 0.120 0.024 0.024 0.017 0.026 0.031 0.568 0.107 49 K 0.031 0.435 0.344 0.025 0.111 0.004 0.006 0.009 0.007 0.014 0.014 50 P 0.106 0.397 0.139 0.007 0.223 0.006 0.012 0.029 0.018 0.014 0.049 51 F 0.090 0.271 0.057 0.024 0.162 0.033 0.074 0.107 0.086 0.058 0.038 52 S 0.112 0.160 0.104 0.040 0.202 0.040 0.057 0.104 0.078 0.061 0.041 53 D 0.106 0.094 0.045 0.023 0.154 0.035 0.068 0.184 0.150 0.104 0.038 54 S 0.130 0.089 0.033 0.020 0.196 0.032 0.064 0.103 0.093 0.184 0.056 55 F 0.147 0.253 0.041 0.009 0.386 0.008 0.015 0.030 0.023 0.038 0.050 56 E 0.155 0.213 0.109 0.025 0.231 0.015 0.032 0.046 0.023 0.064 0.087 57 L 0.030 0.377 0.426 0.021 0.077 0.005 0.006 0.016 0.008 0.011 0.023 58 P 0.046 0.421 0.137 0.016 0.101 0.010 0.021 0.161 0.051 0.019 0.017 59 R 0.010 0.040 0.019 0.005 0.020 0.014 0.040 0.629 0.191 0.025 0.008 60 D 0.016 0.026 0.013 0.004 0.025 0.007 0.024 0.667 0.143 0.060 0.014 61 T 0.014 0.033 0.010 0.003 0.024 0.005 0.012 0.691 0.147 0.054 0.009 62 A 0.022 0.016 0.006 0.003 0.021 0.004 0.013 0.793 0.081 0.034 0.007 63 F 0.015 0.029 0.010 0.005 0.030 0.006 0.016 0.766 0.099 0.017 0.007 64 N 0.014 0.011 0.006 0.004 0.011 0.003 0.043 0.815 0.069 0.020 0.005 65 F 0.009 0.016 0.006 0.002 0.011 0.003 0.018 0.752 0.116 0.061 0.006 66 A 0.009 0.017 0.006 0.003 0.013 0.005 0.013 0.687 0.179 0.060 0.009 67 S 0.004 0.016 0.009 0.003 0.009 0.008 0.027 0.803 0.100 0.018 0.004 68 D 0.011 0.029 0.012 0.001 0.017 0.003 0.014 0.774 0.079 0.055 0.005 69 A 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.814 0.152 0.020 0.002 70 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.039 0.003 0.001 71 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.020 0.001 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.011 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.949 0.038 0.004 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.877 0.076 0.021 0.001 75 K 0.003 0.018 0.009 0.005 0.006 0.013 0.122 0.754 0.050 0.017 0.003 76 H 0.005 0.749 0.163 0.011 0.024 0.006 0.012 0.011 0.007 0.007 0.004 77 G 0.042 0.010 0.012 0.019 0.013 0.006 0.007 0.017 0.016 0.503 0.356 78 L 0.038 0.437 0.264 0.022 0.108 0.008 0.019 0.021 0.018 0.034 0.033 79 H 0.048 0.430 0.264 0.019 0.154 0.007 0.007 0.022 0.015 0.008 0.024 80 P 0.023 0.088 0.034 0.009 0.048 0.034 0.106 0.338 0.290 0.022 0.009 81 K 0.056 0.089 0.053 0.012 0.074 0.027 0.092 0.223 0.123 0.216 0.036 82 F 0.075 0.236 0.075 0.035 0.136 0.017 0.028 0.115 0.077 0.151 0.056 83 G 0.060 0.122 0.120 0.093 0.093 0.044 0.026 0.154 0.097 0.122 0.070 84 A 0.075 0.217 0.054 0.009 0.175 0.013 0.035 0.247 0.097 0.049 0.030 85 I 0.126 0.071 0.019 0.008 0.146 0.012 0.025 0.286 0.132 0.129 0.046 86 T 0.059 0.128 0.037 0.015 0.125 0.024 0.039 0.376 0.124 0.043 0.030 87 R 0.062 0.136 0.074 0.010 0.131 0.011 0.033 0.385 0.073 0.050 0.035 88 V 0.042 0.075 0.026 0.007 0.043 0.009 0.032 0.440 0.133 0.166 0.026 89 H 0.037 0.166 0.041 0.011 0.110 0.010 0.017 0.468 0.091 0.029 0.020 90 K 0.005 0.017 0.009 0.004 0.011 0.007 0.015 0.784 0.127 0.016 0.005 91 E 0.007 0.011 0.007 0.002 0.006 0.002 0.024 0.807 0.077 0.053 0.005 92 Y 0.009 0.023 0.006 0.002 0.012 0.002 0.005 0.821 0.083 0.033 0.005 93 D 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.914 0.061 0.004 0.002 94 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.942 0.044 0.004 0.001 95 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.915 0.048 0.025 0.001 96 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.910 0.070 0.008 0.001 97 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.914 0.064 0.004 0.001 98 D 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 0.934 0.027 0.013 0.001 99 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.837 0.133 0.016 0.001 100 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.841 0.137 0.004 0.001 101 A 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.005 0.053 0.784 0.119 0.025 0.001 102 K 0.036 0.017 0.010 0.004 0.032 0.010 0.156 0.489 0.098 0.138 0.010 103 L 0.071 0.382 0.046 0.008 0.220 0.009 0.035 0.093 0.062 0.040 0.033 104 H 0.150 0.131 0.052 0.010 0.202 0.011 0.036 0.090 0.070 0.134 0.113 105 A 0.111 0.279 0.193 0.021 0.167 0.008 0.026 0.042 0.033 0.072 0.048 106 H 0.008 0.246 0.560 0.117 0.027 0.010 0.008 0.010 0.007 0.003 0.004 107 P 0.008 0.069 0.029 0.022 0.022 0.045 0.560 0.167 0.065 0.009 0.004 108 G 0.021 0.022 0.043 0.060 0.017 0.028 0.036 0.057 0.081 0.560 0.076 109 E 0.046 0.342 0.220 0.030 0.189 0.013 0.032 0.035 0.024 0.039 0.030 110 P 0.222 0.187 0.036 0.002 0.346 0.004 0.009 0.041 0.023 0.055 0.073 111 V 0.056 0.460 0.072 0.012 0.236 0.025 0.029 0.034 0.013 0.034 0.030 112 D 0.148 0.286 0.128 0.001 0.403 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.023 113 L 0.011 0.013 0.003 0.001 0.011 0.002 0.002 0.417 0.518 0.019 0.005 114 E 0.002 0.008 0.005 0.002 0.003 0.010 0.041 0.737 0.178 0.013 0.002 115 R 0.014 0.021 0.006 0.002 0.023 0.005 0.013 0.555 0.143 0.206 0.012 116 I 0.036 0.027 0.010 0.005 0.049 0.010 0.038 0.575 0.147 0.085 0.018 117 I 0.035 0.064 0.034 0.013 0.063 0.023 0.061 0.472 0.155 0.060 0.020 118 R 0.055 0.088 0.062 0.022 0.082 0.031 0.096 0.329 0.100 0.109 0.026 119 H 0.076 0.145 0.089 0.037 0.102 0.034 0.057 0.219 0.096 0.108 0.037 120 E 0.057 0.078 0.044 0.031 0.062 0.031 0.047 0.214 0.160 0.208 0.066