# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.612 0.181 0.138 0.040 0.020 0.008 0.001 2 F 0.277 0.184 0.173 0.193 0.112 0.053 0.009 3 E 0.394 0.214 0.166 0.122 0.061 0.035 0.007 4 P 0.443 0.207 0.160 0.091 0.054 0.036 0.009 5 G 0.320 0.219 0.157 0.136 0.094 0.058 0.017 6 H 0.188 0.160 0.145 0.163 0.164 0.135 0.045 7 L 0.158 0.107 0.117 0.166 0.186 0.206 0.060 8 H 0.168 0.202 0.217 0.198 0.129 0.073 0.013 9 L 0.137 0.127 0.156 0.213 0.217 0.130 0.019 10 V 0.223 0.225 0.205 0.190 0.103 0.046 0.007 11 S 0.368 0.316 0.178 0.088 0.035 0.013 0.002 12 L 0.152 0.142 0.194 0.305 0.161 0.044 0.002 13 P 0.558 0.261 0.127 0.041 0.010 0.003 0.001 14 G 0.412 0.374 0.150 0.046 0.014 0.003 0.001 15 L 0.161 0.138 0.212 0.307 0.154 0.027 0.001 16 D 0.464 0.342 0.129 0.053 0.010 0.002 0.001 17 Q 0.593 0.254 0.103 0.040 0.009 0.001 0.001 18 Q 0.653 0.226 0.092 0.022 0.006 0.001 0.001 19 D 0.381 0.393 0.135 0.071 0.016 0.004 0.001 20 I 0.054 0.109 0.171 0.304 0.288 0.072 0.002 21 N 0.131 0.289 0.308 0.186 0.062 0.022 0.002 22 I 0.017 0.042 0.079 0.180 0.369 0.284 0.029 23 H 0.046 0.190 0.270 0.292 0.139 0.056 0.008 24 I 0.008 0.018 0.035 0.116 0.356 0.403 0.063 25 R 0.048 0.192 0.342 0.262 0.108 0.042 0.007 26 Y 0.030 0.089 0.120 0.273 0.295 0.172 0.019 27 E 0.051 0.247 0.345 0.241 0.093 0.022 0.002 28 V 0.027 0.040 0.086 0.269 0.388 0.183 0.006 29 R 0.195 0.335 0.300 0.124 0.041 0.005 0.001 30 Q 0.556 0.351 0.065 0.023 0.003 0.001 0.001 31 N 0.529 0.229 0.165 0.055 0.020 0.002 0.001 32 A 0.613 0.271 0.083 0.030 0.003 0.001 0.001 33 E 0.747 0.183 0.056 0.011 0.002 0.001 0.001 34 S 0.599 0.286 0.081 0.028 0.006 0.001 0.001 35 G 0.283 0.266 0.211 0.162 0.066 0.012 0.001 36 A 0.306 0.293 0.230 0.116 0.044 0.011 0.001 37 Y 0.081 0.139 0.233 0.267 0.205 0.069 0.006 38 V 0.040 0.080 0.126 0.179 0.259 0.279 0.037 39 H 0.062 0.111 0.179 0.251 0.219 0.150 0.028 40 F 0.066 0.092 0.110 0.180 0.249 0.244 0.058 41 D 0.135 0.256 0.245 0.212 0.098 0.044 0.009 42 M 0.069 0.092 0.124 0.220 0.311 0.167 0.018 43 D 0.259 0.362 0.205 0.128 0.032 0.013 0.001 44 G 0.228 0.224 0.212 0.182 0.122 0.031 0.001 45 E 0.318 0.430 0.163 0.070 0.016 0.003 0.001 46 I 0.144 0.124 0.200 0.321 0.184 0.027 0.001 47 D 0.598 0.288 0.090 0.020 0.003 0.001 0.001 48 G 0.594 0.277 0.093 0.029 0.006 0.001 0.001 49 K 0.626 0.267 0.079 0.022 0.005 0.001 0.001 50 P 0.418 0.431 0.097 0.045 0.008 0.001 0.001 51 F 0.103 0.146 0.274 0.319 0.147 0.012 0.001 52 S 0.530 0.335 0.098 0.034 0.004 0.001 0.001 53 D 0.462 0.332 0.125 0.059 0.020 0.002 0.001 54 S 0.375 0.358 0.170 0.074 0.019 0.004 0.001 55 F 0.053 0.093 0.197 0.354 0.247 0.054 0.002 56 E 0.260 0.362 0.253 0.094 0.024 0.006 0.001 57 L 0.050 0.103 0.173 0.267 0.283 0.116 0.008 58 P 0.106 0.188 0.219 0.222 0.157 0.092 0.015 59 R 0.123 0.207 0.226 0.230 0.126 0.072 0.016 60 D 0.154 0.220 0.234 0.189 0.126 0.062 0.014 61 T 0.050 0.112 0.167 0.226 0.233 0.164 0.049 62 A 0.022 0.034 0.049 0.102 0.213 0.383 0.198 63 F 0.022 0.054 0.090 0.168 0.240 0.315 0.111 64 N 0.043 0.133 0.201 0.258 0.192 0.125 0.049 65 F 0.010 0.019 0.033 0.081 0.204 0.422 0.231 66 A 0.015 0.031 0.061 0.140 0.259 0.341 0.153 67 S 0.069 0.202 0.229 0.249 0.146 0.081 0.024 68 D 0.049 0.153 0.255 0.261 0.176 0.084 0.022 69 A 0.011 0.020 0.031 0.096 0.256 0.460 0.126 70 T 0.033 0.121 0.234 0.287 0.202 0.100 0.023 71 R 0.067 0.221 0.231 0.233 0.147 0.084 0.016 72 V 0.032 0.086 0.198 0.318 0.247 0.106 0.013 73 A 0.034 0.040 0.059 0.140 0.319 0.333 0.075 74 Q 0.111 0.224 0.258 0.230 0.123 0.046 0.008 75 K 0.264 0.313 0.229 0.126 0.046 0.019 0.003 76 H 0.125 0.175 0.191 0.255 0.158 0.086 0.009 77 G 0.213 0.228 0.214 0.157 0.116 0.062 0.009 78 L 0.150 0.170 0.182 0.233 0.175 0.082 0.008 79 H 0.326 0.259 0.190 0.140 0.063 0.020 0.002 80 P 0.415 0.266 0.162 0.097 0.042 0.016 0.002 81 K 0.510 0.256 0.133 0.065 0.024 0.011 0.002 82 F 0.228 0.170 0.183 0.210 0.143 0.058 0.008 83 G 0.348 0.275 0.178 0.124 0.050 0.021 0.003 84 A 0.184 0.189 0.218 0.188 0.144 0.067 0.010 85 I 0.124 0.102 0.132 0.174 0.207 0.221 0.039 86 T 0.148 0.175 0.196 0.222 0.158 0.085 0.016 87 R 0.218 0.259 0.212 0.164 0.090 0.048 0.010 88 V 0.163 0.157 0.180 0.193 0.177 0.109 0.020 89 H 0.136 0.158 0.192 0.247 0.171 0.082 0.015 90 K 0.381 0.339 0.157 0.081 0.027 0.013 0.002 91 E 0.155 0.199 0.215 0.206 0.149 0.065 0.010 92 Y 0.065 0.084 0.136 0.241 0.265 0.183 0.026 93 D 0.162 0.278 0.215 0.205 0.092 0.043 0.006 94 A 0.154 0.200 0.261 0.197 0.127 0.054 0.008 95 M 0.066 0.075 0.095 0.164 0.248 0.283 0.069 96 F 0.056 0.101 0.180 0.279 0.226 0.135 0.023 97 E 0.245 0.344 0.245 0.113 0.034 0.017 0.003 98 D 0.080 0.142 0.245 0.254 0.194 0.077 0.008 99 I 0.048 0.066 0.098 0.191 0.349 0.223 0.025 100 R 0.113 0.214 0.244 0.266 0.121 0.039 0.004 101 A 0.431 0.319 0.161 0.062 0.019 0.006 0.001 102 K 0.209 0.301 0.263 0.151 0.056 0.018 0.001 103 L 0.089 0.097 0.130 0.305 0.264 0.107 0.008 104 H 0.343 0.343 0.206 0.075 0.024 0.008 0.001 105 A 0.215 0.169 0.167 0.230 0.161 0.054 0.005 106 H 0.404 0.293 0.166 0.097 0.030 0.010 0.001 107 P 0.422 0.254 0.174 0.086 0.044 0.018 0.002 108 G 0.316 0.245 0.194 0.146 0.069 0.027 0.003 109 E 0.163 0.194 0.217 0.198 0.145 0.076 0.007 110 P 0.131 0.203 0.240 0.209 0.143 0.069 0.006 111 V 0.089 0.131 0.181 0.278 0.219 0.094 0.008 112 D 0.173 0.331 0.263 0.165 0.050 0.016 0.002 113 L 0.062 0.070 0.121 0.280 0.318 0.141 0.008 114 E 0.293 0.355 0.229 0.097 0.019 0.006 0.001 115 R 0.216 0.397 0.232 0.107 0.039 0.009 0.001 116 I 0.066 0.107 0.184 0.342 0.243 0.057 0.001 117 I 0.222 0.370 0.234 0.141 0.029 0.004 0.001 118 R 0.682 0.234 0.065 0.017 0.003 0.001 0.001 119 H 0.795 0.164 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 120 E 0.788 0.158 0.044 0.009 0.001 0.001 0.001