# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.080 0.083 0.125 0.156 0.132 0.102 0.083 0.052 0.034 0.017 0.011 0.005 0.002 2 F 0.052 0.040 0.049 0.073 0.115 0.129 0.141 0.135 0.095 0.068 0.058 0.026 0.013 0.006 3 E 0.103 0.069 0.081 0.102 0.122 0.114 0.099 0.099 0.080 0.060 0.036 0.021 0.007 0.006 4 P 0.049 0.034 0.039 0.054 0.079 0.094 0.110 0.115 0.125 0.110 0.093 0.055 0.029 0.015 5 G 0.029 0.022 0.032 0.042 0.070 0.095 0.117 0.131 0.129 0.123 0.112 0.056 0.027 0.015 6 H 0.026 0.027 0.039 0.061 0.102 0.103 0.133 0.139 0.122 0.104 0.069 0.039 0.018 0.016 7 L 0.028 0.020 0.022 0.033 0.048 0.073 0.090 0.115 0.156 0.151 0.133 0.072 0.043 0.015 8 H 0.046 0.060 0.075 0.120 0.157 0.131 0.136 0.116 0.063 0.046 0.028 0.012 0.005 0.005 9 L 0.039 0.043 0.060 0.084 0.131 0.121 0.130 0.116 0.117 0.073 0.049 0.022 0.010 0.006 10 V 0.136 0.119 0.116 0.148 0.141 0.115 0.080 0.066 0.038 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 11 S 0.328 0.196 0.119 0.110 0.082 0.067 0.049 0.018 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 12 L 0.133 0.127 0.124 0.144 0.161 0.132 0.081 0.047 0.031 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 13 P 0.391 0.175 0.146 0.109 0.077 0.045 0.032 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.462 0.221 0.112 0.078 0.050 0.039 0.023 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.184 0.145 0.110 0.167 0.176 0.112 0.057 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 16 D 0.369 0.203 0.173 0.101 0.069 0.041 0.024 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.302 0.192 0.136 0.137 0.096 0.068 0.042 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.318 0.190 0.160 0.121 0.086 0.057 0.040 0.010 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 19 D 0.160 0.187 0.187 0.143 0.124 0.107 0.041 0.022 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 20 I 0.024 0.027 0.033 0.091 0.148 0.177 0.165 0.136 0.084 0.058 0.024 0.022 0.009 0.002 21 N 0.031 0.045 0.057 0.109 0.164 0.164 0.139 0.121 0.086 0.041 0.025 0.011 0.004 0.003 22 I 0.012 0.007 0.011 0.021 0.040 0.060 0.107 0.126 0.140 0.174 0.127 0.109 0.052 0.014 23 H 0.016 0.025 0.031 0.052 0.087 0.114 0.117 0.148 0.143 0.087 0.087 0.047 0.022 0.024 24 I 0.003 0.002 0.003 0.006 0.013 0.029 0.062 0.085 0.156 0.229 0.205 0.117 0.066 0.024 25 R 0.007 0.021 0.028 0.065 0.114 0.133 0.161 0.168 0.126 0.076 0.057 0.019 0.009 0.016 26 Y 0.012 0.010 0.013 0.023 0.037 0.057 0.083 0.101 0.154 0.192 0.155 0.092 0.053 0.018 27 E 0.015 0.044 0.056 0.131 0.168 0.162 0.147 0.135 0.069 0.039 0.019 0.008 0.003 0.003 28 V 0.011 0.012 0.020 0.041 0.078 0.113 0.159 0.174 0.167 0.090 0.073 0.036 0.020 0.006 29 R 0.053 0.129 0.145 0.191 0.185 0.131 0.073 0.045 0.035 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.385 0.252 0.128 0.086 0.053 0.058 0.021 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 N 0.272 0.178 0.227 0.132 0.086 0.057 0.029 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.339 0.174 0.172 0.128 0.089 0.049 0.032 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.495 0.194 0.143 0.073 0.042 0.024 0.019 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.365 0.198 0.152 0.104 0.076 0.053 0.028 0.010 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 35 G 0.118 0.117 0.116 0.160 0.163 0.132 0.096 0.042 0.028 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 36 A 0.099 0.089 0.103 0.138 0.157 0.139 0.102 0.074 0.048 0.026 0.015 0.006 0.002 0.001 37 Y 0.039 0.033 0.045 0.082 0.125 0.130 0.123 0.142 0.106 0.079 0.040 0.033 0.016 0.006 38 V 0.013 0.008 0.012 0.022 0.043 0.073 0.106 0.132 0.155 0.157 0.124 0.099 0.042 0.013 39 H 0.020 0.022 0.032 0.054 0.088 0.100 0.127 0.145 0.126 0.098 0.100 0.047 0.021 0.022 40 F 0.016 0.012 0.014 0.022 0.038 0.054 0.080 0.105 0.140 0.171 0.170 0.102 0.054 0.021 41 D 0.027 0.044 0.051 0.088 0.118 0.133 0.128 0.133 0.107 0.072 0.051 0.023 0.014 0.012 42 M 0.010 0.010 0.015 0.030 0.061 0.096 0.129 0.164 0.156 0.145 0.095 0.056 0.024 0.009 43 D 0.050 0.091 0.105 0.139 0.150 0.140 0.114 0.086 0.067 0.030 0.019 0.004 0.002 0.002 44 G 0.108 0.081 0.094 0.140 0.136 0.143 0.093 0.080 0.053 0.033 0.021 0.011 0.004 0.002 45 E 0.142 0.162 0.219 0.160 0.116 0.084 0.052 0.028 0.025 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 46 I 0.095 0.082 0.101 0.152 0.186 0.149 0.089 0.075 0.040 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 47 D 0.299 0.230 0.191 0.111 0.061 0.052 0.028 0.012 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 48 G 0.345 0.178 0.143 0.133 0.085 0.059 0.035 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.419 0.148 0.215 0.096 0.059 0.028 0.018 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 P 0.319 0.183 0.180 0.141 0.096 0.042 0.020 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 F 0.155 0.110 0.090 0.171 0.190 0.120 0.080 0.046 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 52 S 0.450 0.213 0.144 0.076 0.050 0.031 0.021 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.613 0.177 0.077 0.050 0.029 0.028 0.017 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.197 0.159 0.136 0.160 0.140 0.108 0.060 0.018 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 55 F 0.068 0.047 0.056 0.111 0.178 0.210 0.129 0.104 0.046 0.025 0.013 0.008 0.004 0.001 56 E 0.361 0.166 0.185 0.099 0.068 0.055 0.028 0.014 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 57 L 0.172 0.081 0.096 0.125 0.140 0.108 0.098 0.076 0.046 0.026 0.015 0.010 0.005 0.001 58 P 0.083 0.074 0.093 0.147 0.169 0.155 0.119 0.071 0.051 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 59 R 0.086 0.072 0.102 0.163 0.176 0.145 0.108 0.076 0.036 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 60 D 0.252 0.192 0.132 0.131 0.120 0.071 0.048 0.027 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 61 T 0.119 0.110 0.119 0.133 0.151 0.136 0.096 0.067 0.038 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 62 A 0.023 0.020 0.026 0.057 0.098 0.167 0.204 0.206 0.097 0.047 0.034 0.010 0.006 0.003 63 F 0.087 0.105 0.106 0.172 0.167 0.140 0.100 0.065 0.031 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 64 N 0.274 0.228 0.199 0.129 0.077 0.047 0.024 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 F 0.041 0.035 0.052 0.104 0.165 0.196 0.171 0.119 0.069 0.027 0.013 0.005 0.003 0.001 66 A 0.021 0.029 0.046 0.098 0.156 0.211 0.201 0.149 0.053 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 67 S 0.290 0.237 0.152 0.144 0.089 0.049 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.151 0.184 0.172 0.194 0.138 0.090 0.040 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.020 0.016 0.026 0.064 0.124 0.206 0.234 0.178 0.070 0.028 0.023 0.005 0.004 0.001 70 T 0.066 0.110 0.138 0.194 0.192 0.147 0.085 0.042 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 71 R 0.410 0.203 0.125 0.113 0.072 0.042 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.062 0.072 0.092 0.191 0.221 0.170 0.097 0.057 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 73 A 0.053 0.042 0.066 0.109 0.176 0.181 0.163 0.114 0.056 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 74 Q 0.312 0.228 0.164 0.120 0.082 0.053 0.023 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.532 0.172 0.131 0.067 0.041 0.031 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 H 0.139 0.102 0.124 0.169 0.187 0.144 0.077 0.033 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 77 G 0.282 0.150 0.139 0.131 0.116 0.085 0.053 0.021 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 78 L 0.224 0.114 0.091 0.128 0.149 0.118 0.080 0.055 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 79 H 0.301 0.166 0.157 0.124 0.098 0.061 0.039 0.022 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 80 P 0.264 0.146 0.137 0.147 0.113 0.082 0.047 0.031 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 81 K 0.261 0.153 0.151 0.142 0.111 0.072 0.049 0.025 0.020 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 82 F 0.119 0.087 0.100 0.145 0.164 0.137 0.093 0.071 0.042 0.023 0.010 0.007 0.003 0.001 83 G 0.330 0.168 0.126 0.101 0.084 0.072 0.051 0.026 0.022 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 84 A 0.128 0.083 0.098 0.131 0.152 0.131 0.099 0.077 0.044 0.029 0.014 0.009 0.004 0.001 85 I 0.057 0.040 0.048 0.084 0.134 0.145 0.146 0.138 0.087 0.054 0.035 0.019 0.009 0.004 86 T 0.140 0.094 0.101 0.130 0.141 0.116 0.091 0.074 0.051 0.031 0.017 0.010 0.004 0.002 87 R 0.319 0.161 0.123 0.108 0.094 0.067 0.054 0.034 0.019 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 88 V 0.114 0.082 0.088 0.132 0.173 0.151 0.109 0.064 0.045 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 89 H 0.094 0.089 0.114 0.167 0.188 0.139 0.092 0.056 0.035 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 90 K 0.397 0.212 0.142 0.103 0.061 0.040 0.022 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 91 E 0.217 0.196 0.147 0.148 0.115 0.090 0.045 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 92 Y 0.045 0.038 0.050 0.098 0.160 0.194 0.181 0.124 0.057 0.027 0.016 0.006 0.003 0.001 93 D 0.161 0.132 0.136 0.154 0.145 0.116 0.071 0.042 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 94 A 0.249 0.124 0.113 0.125 0.117 0.092 0.069 0.053 0.027 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 95 M 0.033 0.027 0.036 0.075 0.131 0.173 0.181 0.140 0.101 0.049 0.029 0.015 0.006 0.003 96 F 0.030 0.036 0.057 0.098 0.155 0.171 0.170 0.140 0.071 0.035 0.022 0.007 0.004 0.003 97 E 0.346 0.242 0.128 0.109 0.075 0.047 0.026 0.012 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 98 D 0.096 0.131 0.169 0.198 0.187 0.113 0.049 0.034 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 99 I 0.020 0.018 0.023 0.067 0.133 0.186 0.218 0.176 0.094 0.035 0.018 0.006 0.004 0.001 100 R 0.075 0.131 0.184 0.213 0.186 0.119 0.050 0.023 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.682 0.171 0.079 0.031 0.014 0.014 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.078 0.107 0.168 0.224 0.186 0.139 0.056 0.023 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.059 0.038 0.054 0.097 0.168 0.182 0.179 0.126 0.050 0.020 0.017 0.005 0.003 0.001 104 H 0.295 0.221 0.167 0.123 0.079 0.062 0.026 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 A 0.171 0.069 0.072 0.121 0.154 0.121 0.106 0.087 0.042 0.026 0.017 0.009 0.005 0.001 106 H 0.144 0.111 0.143 0.167 0.155 0.118 0.072 0.044 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 107 P 0.184 0.097 0.122 0.140 0.150 0.120 0.076 0.046 0.031 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 108 G 0.280 0.148 0.119 0.112 0.108 0.080 0.066 0.040 0.026 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 109 E 0.206 0.130 0.164 0.149 0.135 0.090 0.051 0.034 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 110 P 0.138 0.103 0.098 0.142 0.150 0.118 0.093 0.063 0.052 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 111 V 0.138 0.091 0.089 0.132 0.170 0.120 0.094 0.079 0.040 0.022 0.015 0.006 0.003 0.001 112 D 0.183 0.173 0.158 0.141 0.117 0.099 0.054 0.029 0.030 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 113 L 0.053 0.052 0.071 0.132 0.167 0.164 0.113 0.095 0.082 0.034 0.016 0.014 0.005 0.001 114 E 0.424 0.215 0.132 0.070 0.047 0.049 0.035 0.010 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 115 R 0.140 0.131 0.166 0.165 0.150 0.130 0.055 0.029 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 116 I 0.082 0.066 0.049 0.127 0.196 0.163 0.138 0.099 0.044 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 117 I 0.179 0.161 0.155 0.192 0.142 0.088 0.044 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 118 R 0.556 0.156 0.106 0.065 0.052 0.027 0.022 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 119 H 0.450 0.180 0.148 0.087 0.058 0.039 0.024 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.597 0.148 0.097 0.059 0.041 0.026 0.022 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001