# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.013 0.500 0.004 0.012 0.109 0.001 0.001 0.014 0.181 0.094 0.052 0.016 2 C 0.002 0.011 0.567 0.001 0.012 0.180 0.001 0.001 0.007 0.122 0.056 0.007 0.035 3 Q 0.001 0.013 0.208 0.002 0.038 0.609 0.001 0.001 0.003 0.055 0.046 0.013 0.012 4 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.054 0.899 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.004 5 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 6 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 7 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 9 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 10 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 11 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.943 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.001 0.001 13 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.014 0.916 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.001 0.001 14 H 0.001 0.001 0.013 0.001 0.009 0.949 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 16 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 18 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 19 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 22 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.109 0.772 0.001 0.001 0.001 0.004 0.102 0.001 0.001 24 K 0.001 0.003 0.036 0.001 0.035 0.650 0.001 0.001 0.002 0.019 0.248 0.001 0.004 25 I 0.001 0.011 0.286 0.001 0.005 0.177 0.001 0.001 0.002 0.448 0.018 0.050 0.002 26 S 0.001 0.006 0.727 0.001 0.026 0.155 0.001 0.001 0.002 0.046 0.029 0.001 0.008 27 K 0.001 0.002 0.049 0.001 0.386 0.483 0.001 0.001 0.001 0.019 0.059 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.641 0.287 0.001 0.001 0.001 0.009 0.053 0.001 0.001 29 H 0.001 0.003 0.054 0.001 0.476 0.348 0.001 0.001 0.004 0.028 0.083 0.001 0.002 30 Y 0.001 0.008 0.196 0.002 0.148 0.358 0.001 0.002 0.020 0.141 0.115 0.005 0.005 31 S 0.001 0.013 0.332 0.002 0.099 0.111 0.001 0.001 0.010 0.176 0.237 0.010 0.007 32 Y 0.001 0.023 0.341 0.002 0.065 0.086 0.001 0.001 0.010 0.274 0.172 0.004 0.021 33 K 0.001 0.018 0.699 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 0.007 0.182 0.032 0.036 0.004 34 P 0.001 0.031 0.678 0.001 0.059 0.027 0.001 0.001 0.015 0.065 0.077 0.002 0.045 35 A 0.001 0.016 0.554 0.005 0.103 0.027 0.001 0.001 0.010 0.126 0.126 0.026 0.006 36 E 0.001 0.005 0.165 0.004 0.265 0.062 0.001 0.001 0.006 0.110 0.370 0.002 0.009 37 T 0.001 0.006 0.190 0.002 0.089 0.056 0.001 0.001 0.011 0.275 0.363 0.005 0.003 38 S 0.001 0.032 0.501 0.001 0.041 0.090 0.001 0.001 0.016 0.222 0.070 0.011 0.014 39 M 0.001 0.074 0.521 0.001 0.007 0.102 0.001 0.001 0.005 0.225 0.022 0.025 0.016 40 S 0.001 0.011 0.761 0.001 0.005 0.150 0.001 0.001 0.002 0.045 0.012 0.003 0.009 41 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 50 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 51 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 52 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 53 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 56 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 57 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.003 59 I 0.005 0.001 0.021 0.002 0.013 0.865 0.001 0.001 0.006 0.005 0.070 0.005 0.006 60 K 0.005 0.003 0.042 0.002 0.041 0.728 0.001 0.001 0.003 0.015 0.141 0.006 0.012 61 E 0.001 0.002 0.048 0.003 0.031 0.256 0.001 0.001 0.002 0.054 0.596 0.003 0.004 62 G 0.001 0.005 0.178 0.004 0.014 0.067 0.001 0.001 0.002 0.190 0.529 0.005 0.004 63 N 0.001 0.010 0.572 0.001 0.022 0.045 0.001 0.001 0.006 0.206 0.113 0.014 0.011 64 A 0.001 0.059 0.543 0.002 0.025 0.025 0.001 0.001 0.011 0.198 0.092 0.005 0.037 65 S 0.001 0.021 0.691 0.002 0.019 0.014 0.001 0.001 0.009 0.175 0.022 0.038 0.008 66 P 0.001 0.019 0.409 0.003 0.179 0.087 0.001 0.001 0.012 0.074 0.158 0.003 0.054 67 F 0.001 0.020 0.312 0.005 0.212 0.104 0.001 0.001 0.009 0.121 0.191 0.018 0.007 68 Q 0.001 0.014 0.224 0.002 0.247 0.106 0.001 0.001 0.008 0.146 0.229 0.005 0.018 69 N 0.001 0.016 0.379 0.002 0.075 0.074 0.001 0.001 0.006 0.197 0.231 0.011 0.009 70 K 0.001 0.019 0.474 0.001 0.045 0.092 0.001 0.001 0.005 0.200 0.151 0.005 0.006 71 Q 0.001 0.013 0.463 0.002 0.050 0.117 0.001 0.001 0.005 0.177 0.160 0.005 0.007 72 E 0.001 0.020 0.293 0.001 0.102 0.262 0.001 0.001 0.006 0.116 0.182 0.007 0.011 73 E 0.001 0.021 0.331 0.001 0.043 0.337 0.001 0.001 0.005 0.138 0.108 0.007 0.008 74 T 0.001 0.006 0.390 0.001 0.021 0.472 0.001 0.001 0.004 0.073 0.028 0.003 0.003 75 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.012 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 76 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 83 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 85 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 86 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.037 0.865 0.001 0.001 0.001 0.003 0.087 0.001 0.001 95 Q 0.001 0.001 0.024 0.001 0.029 0.699 0.001 0.001 0.001 0.013 0.232 0.001 0.001 96 L 0.001 0.006 0.208 0.001 0.010 0.419 0.001 0.001 0.001 0.291 0.058 0.006 0.001 97 T 0.001 0.004 0.732 0.001 0.012 0.159 0.001 0.001 0.001 0.064 0.024 0.001 0.002 98 E 0.001 0.001 0.036 0.001 0.176 0.731 0.001 0.001 0.001 0.013 0.042 0.001 0.001 99 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.205 0.747 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 0.001 0.001 100 Q 0.001 0.002 0.020 0.001 0.187 0.750 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.001 0.002 101 L 0.001 0.001 0.039 0.001 0.038 0.866 0.001 0.001 0.005 0.013 0.034 0.002 0.002 102 D 0.001 0.003 0.059 0.003 0.050 0.781 0.001 0.001 0.003 0.025 0.065 0.003 0.007 103 R 0.002 0.002 0.043 0.002 0.070 0.760 0.001 0.001 0.003 0.030 0.073 0.008 0.008 104 E 0.006 0.004 0.106 0.003 0.035 0.662 0.001 0.001 0.015 0.026 0.094 0.016 0.031 105 I 0.022 0.014 0.176 0.006 0.035 0.469 0.005 0.003 0.020 0.043 0.051 0.081 0.074 106 D 0.032 0.017 0.248 0.012 0.034 0.304 0.006 0.003 0.027 0.048 0.070 0.062 0.135 107 L 0.022 0.014 0.278 0.009 0.063 0.244 0.004 0.002 0.016 0.061 0.111 0.069 0.106 108 T 0.005 0.010 0.312 0.006 0.060 0.162 0.001 0.001 0.019 0.103 0.258 0.021 0.041 109 S 0.002 0.009 0.369 0.004 0.048 0.073 0.001 0.001 0.009 0.181 0.271 0.014 0.018 110 A 0.002 0.012 0.344 0.005 0.080 0.089 0.001 0.001 0.007 0.139 0.282 0.013 0.024 111 F 0.003 0.012 0.180 0.008 0.053 0.047 0.001 0.001 0.006 0.110 0.540 0.021 0.018 112 G 0.005 0.016 0.243 0.013 0.040 0.050 0.001 0.001 0.008 0.203 0.356 0.015 0.048 113 R 0.005 0.018 0.461 0.004 0.019 0.056 0.001 0.001 0.016 0.184 0.067 0.128 0.038 114 K 0.015 0.074 0.314 0.004 0.022 0.073 0.004 0.001 0.033 0.081 0.041 0.027 0.313 115 V 0.006 0.035 0.423 0.006 0.006 0.072 0.001 0.001 0.012 0.107 0.015 0.275 0.042 116 T 0.004 0.011 0.490 0.005 0.017 0.245 0.002 0.001 0.008 0.045 0.049 0.012 0.111 117 G 0.001 0.001 0.027 0.002 0.031 0.888 0.001 0.001 0.001 0.012 0.029 0.004 0.004 118 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.003 119 A 0.002 0.001 0.003 0.001 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.005 120 L 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 121 L 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 122 Q 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 123 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 124 A 0.003 0.001 0.005 0.001 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.004 125 M 0.005 0.001 0.027 0.002 0.007 0.899 0.001 0.001 0.002 0.008 0.037 0.007 0.005 126 E 0.003 0.001 0.029 0.001 0.014 0.817 0.001 0.001 0.003 0.013 0.106 0.002 0.009 127 H 0.005 0.002 0.056 0.004 0.018 0.680 0.001 0.001 0.005 0.031 0.178 0.010 0.009 128 E 0.010 0.007 0.095 0.004 0.029 0.655 0.002 0.003 0.018 0.031 0.103 0.016 0.027 129 I 0.015 0.019 0.127 0.005 0.043 0.476 0.005 0.009 0.029 0.045 0.152 0.027 0.047 130 H 0.008 0.014 0.159 0.007 0.027 0.441 0.003 0.005 0.024 0.075 0.193 0.016 0.028 131 H 0.003 0.005 0.145 0.004 0.024 0.484 0.001 0.001 0.005 0.113 0.194 0.009 0.012 132 K 0.001 0.002 0.049 0.002 0.017 0.656 0.001 0.001 0.002 0.056 0.207 0.003 0.004 133 G 0.001 0.001 0.023 0.002 0.009 0.812 0.001 0.001 0.001 0.047 0.099 0.002 0.003 134 N 0.001 0.001 0.016 0.001 0.004 0.946 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.002 0.003 135 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 136 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Y 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 139 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 141 E 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.002 142 M 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.404 0.001 0.001 0.001 0.013 0.561 0.001 0.001 143 G 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.035 0.924 0.001 0.001 144 H 0.001 0.004 0.915 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.059 0.009 0.002 0.003 145 T 0.001 0.022 0.775 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.030 0.123 0.020 0.006 0.008 146 E 0.001 0.011 0.414 0.013 0.045 0.026 0.002 0.011 0.119 0.178 0.158 0.004 0.017 147 L 0.001 0.007 0.419 0.024 0.044 0.016 0.005 0.032 0.172 0.185 0.080 0.008 0.009 148 P 0.001 0.007 0.263 0.005 0.032 0.010 0.008 0.048 0.520 0.067 0.024 0.006 0.008 149 F 0.006 0.041 0.192 0.008 0.053 0.028 0.022 0.073 0.363 0.078 0.063 0.022 0.050 150 Y 0.013 0.047 0.309 0.024 0.034 0.022 0.019 0.071 0.164 0.147 0.068 0.047 0.034 151 Q 0.004 0.017 0.522 0.007 0.022 0.014 0.006 0.015 0.086 0.216 0.044 0.023 0.023 152 Q 0.002 0.018 0.541 0.002 0.033 0.019 0.003 0.005 0.026 0.248 0.064 0.015 0.023 153 R 0.001 0.021 0.654 0.005 0.015 0.012 0.001 0.001 0.008 0.186 0.076 0.011 0.009 154 M 0.001 0.012 0.642 0.002 0.037 0.028 0.001 0.001 0.005 0.177 0.079 0.005 0.012