# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.059 0.005 0.036 0.041 0.042 0.146 0.003 0.001 0.142 0.511 2 C 0.043 0.377 0.004 0.045 0.025 0.039 0.072 0.008 0.001 0.086 0.301 3 Q 0.060 0.803 0.001 0.003 0.002 0.003 0.011 0.005 0.001 0.022 0.089 4 S 0.015 0.909 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.001 0.011 0.050 5 N 0.012 0.468 0.003 0.003 0.004 0.012 0.021 0.002 0.001 0.392 0.083 6 Q 0.012 0.634 0.005 0.012 0.004 0.006 0.016 0.003 0.001 0.265 0.043 7 I 0.012 0.895 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.001 0.055 0.021 8 V 0.030 0.907 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.025 0.016 9 S 0.030 0.446 0.008 0.002 0.002 0.005 0.024 0.003 0.004 0.340 0.137 10 H 0.017 0.589 0.011 0.002 0.002 0.004 0.024 0.004 0.002 0.207 0.138 11 F 0.023 0.907 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.027 0.024 12 L 0.060 0.556 0.006 0.002 0.001 0.002 0.024 0.008 0.003 0.237 0.101 13 S 0.019 0.769 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.002 0.001 0.046 0.139 14 H 0.011 0.359 0.003 0.002 0.001 0.002 0.024 0.002 0.001 0.475 0.120 15 R 0.005 0.416 0.013 0.008 0.004 0.002 0.017 0.001 0.001 0.496 0.038 16 N 0.005 0.905 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.045 0.032 17 V 0.003 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.025 0.018 18 T 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.009 19 N 0.007 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.059 0.020 20 E 0.021 0.856 0.014 0.005 0.001 0.001 0.008 0.005 0.003 0.052 0.035 21 L 0.174 0.462 0.045 0.005 0.004 0.007 0.027 0.062 0.031 0.123 0.059 22 A 0.618 0.059 0.019 0.005 0.001 0.001 0.017 0.046 0.022 0.081 0.130 23 E 0.054 0.039 0.001 0.005 0.003 0.004 0.080 0.002 0.001 0.032 0.779 24 K 0.002 0.023 0.002 0.005 0.001 0.002 0.066 0.001 0.001 0.030 0.869 25 I 0.016 0.130 0.022 0.016 0.005 0.005 0.180 0.018 0.007 0.088 0.513 26 S 0.642 0.208 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.048 0.005 0.012 0.068 27 K 0.665 0.059 0.006 0.002 0.001 0.001 0.018 0.021 0.006 0.056 0.166 28 D 0.089 0.091 0.024 0.012 0.001 0.005 0.102 0.008 0.006 0.062 0.599 29 H 0.193 0.041 0.009 0.025 0.002 0.006 0.092 0.011 0.003 0.056 0.562 30 Y 0.073 0.008 0.003 0.020 0.008 0.011 0.170 0.005 0.002 0.047 0.654 31 S 0.009 0.008 0.001 0.016 0.014 0.034 0.122 0.001 0.001 0.025 0.770 32 Y 0.011 0.004 0.001 0.010 0.009 0.017 0.117 0.001 0.001 0.017 0.813 33 K 0.051 0.006 0.002 0.048 0.049 0.046 0.209 0.002 0.001 0.115 0.470 34 P 0.060 0.013 0.002 0.033 0.010 0.014 0.115 0.003 0.001 0.063 0.685 35 A 0.173 0.026 0.001 0.037 0.010 0.011 0.106 0.004 0.001 0.036 0.595 36 E 0.058 0.036 0.001 0.021 0.005 0.010 0.115 0.004 0.001 0.058 0.691 37 T 0.031 0.112 0.001 0.029 0.007 0.014 0.104 0.004 0.001 0.079 0.620 38 S 0.020 0.374 0.002 0.019 0.012 0.012 0.061 0.002 0.001 0.108 0.390 39 M 0.006 0.691 0.001 0.009 0.015 0.019 0.034 0.003 0.001 0.057 0.165 40 S 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.012 41 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 42 E 0.002 0.875 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.108 0.008 43 E 0.006 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.004 44 L 0.003 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.005 45 V 0.003 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 46 K 0.003 0.193 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.761 0.027 47 H 0.012 0.405 0.014 0.004 0.004 0.004 0.019 0.003 0.002 0.479 0.056 48 I 0.023 0.771 0.014 0.003 0.004 0.002 0.013 0.007 0.001 0.126 0.035 49 L 0.042 0.640 0.014 0.004 0.002 0.002 0.027 0.011 0.003 0.134 0.121 50 T 0.022 0.825 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.031 0.102 51 S 0.008 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.009 0.048 52 F 0.014 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.024 0.029 53 H 0.026 0.605 0.007 0.003 0.001 0.003 0.020 0.004 0.002 0.263 0.064 54 L 0.028 0.794 0.009 0.008 0.002 0.004 0.013 0.008 0.002 0.065 0.067 55 F 0.050 0.826 0.006 0.004 0.003 0.006 0.011 0.014 0.002 0.037 0.043 56 A 0.081 0.634 0.015 0.004 0.005 0.012 0.022 0.017 0.007 0.055 0.147 57 N 0.098 0.437 0.015 0.012 0.017 0.036 0.040 0.010 0.005 0.065 0.265 58 V 0.119 0.101 0.054 0.019 0.030 0.049 0.075 0.021 0.017 0.108 0.407 59 I 0.185 0.021 0.019 0.027 0.051 0.040 0.132 0.009 0.008 0.107 0.400 60 K 0.179 0.021 0.004 0.015 0.011 0.015 0.075 0.006 0.002 0.027 0.646 61 E 0.043 0.008 0.001 0.014 0.006 0.009 0.114 0.003 0.001 0.030 0.771 62 G 0.019 0.007 0.001 0.019 0.008 0.010 0.139 0.002 0.001 0.036 0.758 63 N 0.020 0.021 0.001 0.023 0.018 0.023 0.137 0.002 0.001 0.035 0.720 64 A 0.028 0.037 0.001 0.016 0.010 0.011 0.101 0.005 0.001 0.045 0.745 65 S 0.133 0.061 0.008 0.025 0.017 0.022 0.101 0.016 0.004 0.144 0.470 66 P 0.142 0.092 0.004 0.018 0.007 0.012 0.084 0.012 0.003 0.049 0.577 67 F 0.212 0.057 0.006 0.017 0.007 0.012 0.075 0.012 0.003 0.056 0.544 68 Q 0.057 0.034 0.004 0.013 0.009 0.019 0.103 0.004 0.002 0.033 0.722 69 N 0.114 0.049 0.003 0.009 0.004 0.009 0.079 0.005 0.001 0.030 0.697 70 K 0.047 0.022 0.002 0.010 0.008 0.009 0.133 0.003 0.001 0.132 0.633 71 Q 0.058 0.128 0.001 0.012 0.004 0.008 0.107 0.006 0.001 0.045 0.630 72 E 0.029 0.047 0.001 0.014 0.005 0.006 0.107 0.002 0.001 0.185 0.604 73 E 0.004 0.161 0.002 0.032 0.004 0.007 0.086 0.003 0.001 0.211 0.490 74 T 0.029 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.035 0.049 75 E 0.036 0.552 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.372 0.023 76 T 0.002 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.026 0.015 77 D 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.005 78 L 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 79 N 0.009 0.866 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.078 0.037 80 V 0.013 0.358 0.009 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.002 0.528 0.071 81 L 0.025 0.699 0.007 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.002 0.195 0.043 82 A 0.018 0.578 0.009 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.307 0.067 83 K 0.013 0.747 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.104 0.113 84 T 0.016 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.001 0.052 0.106 85 Y 0.005 0.261 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.002 0.640 0.065 86 T 0.008 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.051 0.022 87 E 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 88 K 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.008 89 T 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 90 V 0.008 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 91 A 0.024 0.768 0.010 0.003 0.001 0.003 0.016 0.003 0.003 0.124 0.044 92 I 0.111 0.471 0.055 0.004 0.004 0.009 0.036 0.038 0.025 0.124 0.123 93 L 0.552 0.089 0.024 0.012 0.002 0.003 0.022 0.029 0.011 0.158 0.099 94 E 0.049 0.081 0.002 0.006 0.006 0.006 0.073 0.003 0.001 0.031 0.743 95 Q 0.008 0.065 0.002 0.007 0.002 0.005 0.078 0.002 0.001 0.046 0.786 96 L 0.009 0.198 0.014 0.015 0.007 0.007 0.129 0.014 0.004 0.077 0.526 97 T 0.184 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.001 0.015 0.057 98 E 0.216 0.665 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.002 0.021 0.067 99 E 0.045 0.683 0.012 0.002 0.001 0.002 0.033 0.008 0.004 0.050 0.160 100 Q 0.163 0.376 0.042 0.008 0.001 0.007 0.037 0.031 0.019 0.095 0.222 101 L 0.314 0.204 0.023 0.018 0.007 0.009 0.065 0.032 0.012 0.065 0.251 102 D 0.145 0.049 0.012 0.005 0.008 0.016 0.065 0.007 0.006 0.061 0.625 103 R 0.037 0.032 0.002 0.017 0.026 0.045 0.109 0.003 0.001 0.027 0.701 104 E 0.028 0.009 0.004 0.020 0.012 0.025 0.128 0.002 0.001 0.069 0.703 105 I 0.005 0.002 0.001 0.048 0.106 0.074 0.216 0.001 0.001 0.047 0.499 106 D 0.108 0.028 0.002 0.053 0.017 0.028 0.086 0.005 0.001 0.043 0.631 107 L 0.176 0.017 0.001 0.027 0.019 0.016 0.120 0.006 0.001 0.040 0.577 108 T 0.071 0.032 0.005 0.034 0.008 0.019 0.128 0.005 0.001 0.044 0.653 109 S 0.109 0.034 0.003 0.047 0.016 0.032 0.102 0.004 0.001 0.040 0.614 110 A 0.112 0.026 0.003 0.038 0.020 0.035 0.115 0.004 0.001 0.044 0.603 111 F 0.045 0.021 0.002 0.029 0.041 0.072 0.127 0.003 0.001 0.035 0.624 112 G 0.074 0.012 0.002 0.030 0.024 0.040 0.105 0.002 0.001 0.095 0.615 113 R 0.019 0.016 0.001 0.055 0.080 0.086 0.151 0.001 0.001 0.051 0.541 114 K 0.020 0.094 0.002 0.026 0.033 0.043 0.085 0.002 0.001 0.038 0.658 115 V 0.043 0.291 0.001 0.016 0.047 0.051 0.082 0.004 0.001 0.045 0.418 116 T 0.015 0.899 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.010 0.058 117 G 0.004 0.952 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.009 0.024 118 R 0.006 0.799 0.002 0.003 0.008 0.018 0.007 0.001 0.001 0.130 0.027 119 A 0.007 0.912 0.001 0.004 0.004 0.010 0.002 0.001 0.001 0.050 0.008 120 L 0.004 0.957 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.019 0.008 121 L 0.011 0.924 0.004 0.001 0.005 0.008 0.002 0.003 0.001 0.034 0.008 122 Q 0.019 0.812 0.005 0.002 0.007 0.015 0.005 0.002 0.002 0.092 0.039 123 L 0.026 0.674 0.023 0.007 0.026 0.025 0.015 0.005 0.002 0.136 0.061 124 A 0.058 0.621 0.028 0.007 0.018 0.025 0.025 0.019 0.008 0.105 0.088 125 M 0.223 0.480 0.009 0.006 0.014 0.015 0.033 0.011 0.003 0.057 0.149 126 E 0.030 0.249 0.010 0.009 0.015 0.038 0.066 0.005 0.003 0.115 0.460 127 H 0.069 0.277 0.011 0.019 0.022 0.040 0.092 0.007 0.002 0.117 0.344 128 E 0.123 0.291 0.007 0.028 0.039 0.048 0.073 0.012 0.003 0.077 0.300 129 I 0.056 0.095 0.018 0.031 0.032 0.045 0.098 0.005 0.004 0.115 0.501 130 H 0.050 0.092 0.016 0.043 0.058 0.093 0.084 0.004 0.002 0.137 0.421 131 H 0.239 0.420 0.002 0.016 0.011 0.018 0.038 0.006 0.001 0.031 0.219 132 K 0.027 0.563 0.002 0.008 0.018 0.025 0.049 0.003 0.001 0.032 0.275 133 G 0.005 0.650 0.001 0.009 0.022 0.062 0.030 0.001 0.001 0.057 0.163 134 N 0.005 0.701 0.001 0.035 0.033 0.081 0.009 0.001 0.001 0.102 0.034 135 L 0.001 0.916 0.001 0.006 0.027 0.023 0.002 0.001 0.001 0.010 0.013 136 F 0.003 0.531 0.001 0.008 0.099 0.106 0.003 0.001 0.001 0.236 0.011 137 V 0.010 0.888 0.001 0.004 0.021 0.036 0.002 0.001 0.001 0.023 0.016 138 Y 0.019 0.632 0.010 0.016 0.073 0.094 0.012 0.005 0.001 0.098 0.040 139 V 0.028 0.020 0.433 0.013 0.051 0.107 0.016 0.043 0.126 0.118 0.044 140 R 0.931 0.002 0.002 0.001 0.010 0.008 0.005 0.002 0.003 0.006 0.028 141 E 0.092 0.002 0.002 0.002 0.008 0.007 0.026 0.001 0.001 0.009 0.851 142 M 0.006 0.001 0.001 0.005 0.008 0.010 0.110 0.001 0.001 0.011 0.847 143 G 0.016 0.001 0.001 0.008 0.008 0.013 0.129 0.001 0.001 0.014 0.809 144 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.015 0.191 0.001 0.001 0.006 0.763 145 T 0.007 0.003 0.001 0.079 0.033 0.055 0.102 0.001 0.001 0.030 0.690 146 E 0.024 0.008 0.001 0.023 0.007 0.011 0.098 0.001 0.001 0.028 0.799 147 L 0.052 0.012 0.001 0.199 0.019 0.037 0.125 0.003 0.001 0.068 0.484 148 P 0.031 0.011 0.001 0.175 0.019 0.037 0.082 0.002 0.001 0.055 0.587 149 F 0.024 0.006 0.002 0.267 0.047 0.089 0.094 0.001 0.001 0.060 0.410 150 Y 0.031 0.009 0.002 0.112 0.032 0.054 0.106 0.003 0.001 0.039 0.612 151 Q 0.205 0.009 0.004 0.049 0.038 0.048 0.091 0.006 0.001 0.077 0.473 152 Q 0.034 0.007 0.001 0.027 0.033 0.050 0.144 0.002 0.001 0.029 0.673 153 R 0.030 0.008 0.001 0.019 0.017 0.038 0.114 0.002 0.001 0.028 0.744 154 M 0.021 0.006 0.001 0.025 0.046 0.059 0.158 0.002 0.001 0.031 0.649