# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.051 0.038 0.027 0.041 0.131 0.107 0.571 2 C 0.029 0.226 0.032 0.026 0.030 0.121 0.082 0.454 3 Q 0.025 0.781 0.004 0.003 0.005 0.023 0.036 0.123 4 S 0.029 0.876 0.001 0.001 0.001 0.006 0.049 0.036 5 N 0.017 0.586 0.003 0.001 0.002 0.012 0.345 0.034 6 Q 0.010 0.720 0.007 0.001 0.002 0.012 0.220 0.029 7 I 0.006 0.955 0.004 0.001 0.001 0.002 0.019 0.012 8 V 0.018 0.934 0.002 0.001 0.001 0.003 0.021 0.020 9 S 0.026 0.342 0.014 0.003 0.004 0.020 0.497 0.094 10 H 0.016 0.662 0.016 0.003 0.004 0.022 0.204 0.072 11 F 0.062 0.684 0.019 0.004 0.004 0.024 0.118 0.086 12 L 0.066 0.333 0.028 0.006 0.005 0.044 0.264 0.255 13 S 0.036 0.534 0.008 0.003 0.005 0.038 0.107 0.267 14 H 0.045 0.367 0.018 0.003 0.003 0.034 0.417 0.112 15 R 0.026 0.479 0.021 0.003 0.004 0.050 0.265 0.151 16 N 0.010 0.861 0.003 0.002 0.003 0.011 0.022 0.088 17 V 0.004 0.938 0.005 0.002 0.003 0.005 0.011 0.032 18 T 0.004 0.975 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 19 N 0.012 0.937 0.003 0.002 0.003 0.004 0.020 0.020 20 E 0.025 0.761 0.032 0.006 0.006 0.010 0.119 0.041 21 L 0.261 0.348 0.040 0.010 0.016 0.030 0.190 0.104 22 A 0.387 0.053 0.023 0.008 0.012 0.034 0.246 0.237 23 E 0.018 0.013 0.007 0.006 0.006 0.105 0.025 0.822 24 K 0.002 0.022 0.006 0.005 0.007 0.115 0.009 0.835 25 I 0.020 0.065 0.015 0.006 0.008 0.122 0.053 0.712 26 S 0.630 0.203 0.001 0.001 0.001 0.008 0.116 0.042 27 K 0.337 0.185 0.008 0.001 0.002 0.045 0.099 0.323 28 D 0.150 0.072 0.039 0.006 0.008 0.096 0.072 0.558 29 H 0.232 0.034 0.019 0.005 0.012 0.101 0.061 0.536 30 Y 0.087 0.014 0.015 0.018 0.021 0.117 0.045 0.683 31 S 0.020 0.007 0.009 0.021 0.036 0.118 0.022 0.767 32 Y 0.027 0.008 0.013 0.017 0.025 0.106 0.020 0.785 33 K 0.053 0.008 0.039 0.037 0.046 0.136 0.079 0.602 34 P 0.093 0.010 0.020 0.010 0.014 0.091 0.073 0.690 35 A 0.270 0.020 0.017 0.006 0.008 0.081 0.088 0.509 36 E 0.073 0.014 0.027 0.005 0.010 0.110 0.048 0.715 37 T 0.031 0.027 0.036 0.013 0.022 0.108 0.044 0.720 38 S 0.032 0.083 0.043 0.026 0.033 0.125 0.048 0.609 39 M 0.009 0.293 0.023 0.020 0.020 0.096 0.049 0.490 40 S 0.008 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.015 41 A 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 42 E 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 43 E 0.002 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.005 44 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 45 V 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 46 K 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 47 H 0.001 0.139 0.005 0.001 0.001 0.002 0.850 0.003 48 I 0.003 0.780 0.024 0.001 0.001 0.003 0.174 0.013 49 L 0.008 0.851 0.024 0.001 0.001 0.007 0.069 0.038 50 T 0.012 0.892 0.006 0.001 0.001 0.009 0.030 0.049 51 S 0.005 0.954 0.003 0.001 0.001 0.004 0.012 0.021 52 F 0.009 0.936 0.002 0.001 0.001 0.007 0.020 0.024 53 H 0.029 0.508 0.015 0.002 0.003 0.019 0.349 0.074 54 L 0.021 0.799 0.015 0.005 0.007 0.017 0.075 0.061 55 F 0.041 0.764 0.017 0.009 0.015 0.019 0.045 0.090 56 A 0.060 0.512 0.035 0.017 0.029 0.037 0.109 0.200 57 N 0.069 0.223 0.054 0.054 0.091 0.068 0.141 0.300 58 V 0.078 0.037 0.094 0.063 0.074 0.075 0.208 0.371 59 I 0.199 0.014 0.055 0.049 0.045 0.094 0.091 0.453 60 K 0.171 0.008 0.013 0.011 0.017 0.064 0.033 0.683 61 E 0.058 0.003 0.006 0.004 0.008 0.086 0.013 0.822 62 G 0.043 0.005 0.014 0.017 0.029 0.113 0.020 0.760 63 N 0.034 0.013 0.010 0.029 0.043 0.099 0.026 0.745 64 A 0.036 0.018 0.014 0.022 0.025 0.110 0.026 0.750 65 S 0.133 0.064 0.028 0.039 0.043 0.106 0.099 0.488 66 P 0.135 0.041 0.020 0.014 0.027 0.092 0.046 0.625 67 F 0.189 0.021 0.021 0.020 0.024 0.081 0.080 0.564 68 Q 0.056 0.025 0.013 0.011 0.018 0.095 0.027 0.754 69 N 0.102 0.037 0.008 0.006 0.010 0.092 0.042 0.704 70 K 0.039 0.016 0.015 0.016 0.017 0.118 0.182 0.596 71 Q 0.115 0.080 0.011 0.007 0.010 0.090 0.057 0.629 72 E 0.113 0.060 0.013 0.009 0.010 0.114 0.154 0.527 73 E 0.004 0.082 0.013 0.004 0.005 0.113 0.162 0.617 74 T 0.014 0.934 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.018 75 E 0.016 0.438 0.005 0.001 0.001 0.004 0.524 0.013 76 T 0.005 0.933 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.015 77 D 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.012 78 L 0.002 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 79 N 0.030 0.904 0.001 0.001 0.001 0.004 0.045 0.016 80 V 0.004 0.052 0.005 0.001 0.001 0.003 0.919 0.017 81 L 0.016 0.776 0.010 0.001 0.001 0.017 0.141 0.038 82 A 0.071 0.253 0.020 0.001 0.001 0.013 0.587 0.055 83 K 0.026 0.517 0.009 0.001 0.001 0.036 0.154 0.255 84 T 0.006 0.824 0.002 0.001 0.001 0.015 0.040 0.112 85 Y 0.006 0.333 0.025 0.001 0.001 0.011 0.599 0.025 86 T 0.016 0.934 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.014 87 E 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 88 K 0.002 0.961 0.006 0.001 0.001 0.002 0.014 0.014 89 T 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 90 V 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 91 A 0.015 0.819 0.014 0.002 0.002 0.007 0.106 0.035 92 I 0.195 0.525 0.020 0.002 0.004 0.020 0.149 0.086 93 L 0.216 0.046 0.035 0.003 0.005 0.025 0.555 0.115 94 E 0.039 0.023 0.007 0.002 0.002 0.117 0.036 0.774 95 Q 0.005 0.038 0.005 0.002 0.003 0.089 0.016 0.841 96 L 0.004 0.069 0.019 0.003 0.004 0.136 0.061 0.705 97 T 0.264 0.633 0.001 0.001 0.001 0.006 0.070 0.026 98 E 0.178 0.692 0.002 0.001 0.001 0.008 0.054 0.066 99 E 0.052 0.537 0.016 0.002 0.002 0.048 0.064 0.280 100 Q 0.123 0.350 0.022 0.002 0.005 0.060 0.142 0.297 101 L 0.233 0.170 0.031 0.008 0.008 0.058 0.249 0.243 102 D 0.091 0.066 0.007 0.006 0.009 0.094 0.064 0.664 103 R 0.029 0.114 0.014 0.010 0.013 0.079 0.024 0.715 104 E 0.042 0.060 0.073 0.020 0.043 0.123 0.104 0.535 105 I 0.051 0.017 0.059 0.044 0.031 0.143 0.088 0.568 106 D 0.128 0.049 0.055 0.023 0.035 0.088 0.074 0.548 107 L 0.103 0.034 0.038 0.009 0.018 0.106 0.053 0.639 108 T 0.066 0.016 0.065 0.014 0.023 0.108 0.059 0.648 109 S 0.098 0.018 0.031 0.018 0.028 0.091 0.052 0.666 110 A 0.073 0.011 0.025 0.017 0.021 0.108 0.048 0.697 111 F 0.055 0.012 0.026 0.020 0.028 0.125 0.048 0.687 112 G 0.071 0.011 0.023 0.014 0.034 0.118 0.057 0.672 113 R 0.023 0.012 0.059 0.053 0.062 0.118 0.056 0.617 114 K 0.040 0.043 0.054 0.028 0.043 0.120 0.040 0.632 115 V 0.050 0.129 0.041 0.033 0.032 0.123 0.043 0.549 116 T 0.034 0.685 0.010 0.006 0.010 0.043 0.050 0.162 117 G 0.024 0.842 0.003 0.003 0.006 0.017 0.035 0.069 118 R 0.016 0.852 0.005 0.006 0.007 0.012 0.063 0.040 119 A 0.014 0.880 0.005 0.004 0.007 0.009 0.053 0.027 120 L 0.011 0.881 0.006 0.003 0.006 0.005 0.061 0.026 121 L 0.011 0.910 0.005 0.004 0.007 0.004 0.037 0.022 122 Q 0.020 0.795 0.012 0.007 0.011 0.014 0.074 0.067 123 L 0.025 0.746 0.026 0.013 0.016 0.017 0.065 0.090 124 A 0.036 0.683 0.028 0.015 0.021 0.026 0.065 0.126 125 M 0.051 0.539 0.027 0.013 0.019 0.044 0.091 0.217 126 E 0.042 0.362 0.024 0.008 0.017 0.063 0.132 0.352 127 H 0.052 0.459 0.032 0.019 0.023 0.058 0.104 0.252 128 E 0.034 0.406 0.056 0.026 0.044 0.061 0.105 0.267 129 I 0.064 0.145 0.067 0.031 0.046 0.075 0.236 0.336 130 H 0.071 0.200 0.058 0.034 0.050 0.083 0.200 0.304 131 H 0.053 0.495 0.019 0.033 0.050 0.055 0.072 0.222 132 K 0.017 0.640 0.010 0.018 0.037 0.043 0.053 0.181 133 G 0.010 0.545 0.016 0.035 0.118 0.030 0.157 0.090 134 N 0.003 0.656 0.010 0.044 0.092 0.011 0.131 0.053 135 L 0.001 0.904 0.004 0.022 0.050 0.002 0.007 0.011 136 F 0.007 0.767 0.015 0.049 0.063 0.004 0.071 0.024 137 V 0.005 0.862 0.007 0.030 0.042 0.002 0.039 0.014 138 Y 0.018 0.694 0.023 0.074 0.102 0.007 0.046 0.036 139 V 0.069 0.062 0.249 0.089 0.071 0.019 0.360 0.080 140 R 0.768 0.008 0.015 0.033 0.026 0.018 0.036 0.096 141 E 0.081 0.001 0.004 0.005 0.009 0.044 0.018 0.838 142 M 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.165 0.004 0.819 143 G 0.011 0.002 0.018 0.006 0.020 0.103 0.014 0.827 144 H 0.013 0.001 0.017 0.028 0.017 0.110 0.017 0.797 145 T 0.052 0.007 0.125 0.025 0.033 0.104 0.054 0.600 146 E 0.137 0.017 0.059 0.007 0.016 0.117 0.077 0.570 147 L 0.041 0.009 0.255 0.010 0.021 0.113 0.034 0.516 148 P 0.026 0.011 0.213 0.041 0.061 0.103 0.031 0.513 149 F 0.021 0.009 0.207 0.036 0.055 0.136 0.059 0.477 150 Y 0.036 0.011 0.154 0.032 0.044 0.156 0.056 0.511 151 Q 0.220 0.025 0.055 0.023 0.035 0.117 0.099 0.426 152 Q 0.074 0.011 0.050 0.029 0.038 0.153 0.042 0.604 153 R 0.052 0.008 0.041 0.022 0.041 0.150 0.051 0.635 154 M 0.067 0.009 0.038 0.021 0.033 0.166 0.076 0.589