# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.008 0.001 0.020 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.939 2 C 0.015 0.011 0.003 0.032 0.019 0.038 0.040 0.001 0.001 0.002 0.839 3 Q 0.066 0.024 0.016 0.035 0.012 0.039 0.129 0.002 0.001 0.008 0.670 4 S 0.060 0.062 0.007 0.031 0.013 0.032 0.144 0.001 0.001 0.003 0.647 5 N 0.022 0.077 0.001 0.012 0.010 0.016 0.202 0.001 0.001 0.004 0.656 6 Q 0.061 0.198 0.001 0.010 0.003 0.004 0.322 0.001 0.001 0.003 0.397 7 I 0.096 0.692 0.002 0.006 0.004 0.006 0.071 0.001 0.001 0.002 0.122 8 V 0.023 0.927 0.001 0.003 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.029 9 S 0.013 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.036 10 H 0.027 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.032 11 F 0.032 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.019 12 L 0.030 0.897 0.013 0.001 0.002 0.003 0.008 0.007 0.001 0.001 0.040 13 S 0.022 0.823 0.012 0.001 0.003 0.003 0.022 0.008 0.001 0.001 0.105 14 H 0.110 0.727 0.010 0.002 0.002 0.003 0.022 0.015 0.001 0.002 0.107 15 R 0.049 0.811 0.005 0.002 0.002 0.003 0.020 0.010 0.001 0.001 0.097 16 N 0.075 0.508 0.014 0.004 0.003 0.004 0.041 0.008 0.001 0.002 0.340 17 V 0.075 0.674 0.026 0.005 0.003 0.003 0.049 0.004 0.001 0.002 0.159 18 T 0.034 0.764 0.010 0.006 0.004 0.006 0.025 0.005 0.001 0.001 0.144 19 N 0.023 0.760 0.008 0.007 0.009 0.010 0.022 0.002 0.001 0.001 0.157 20 E 0.009 0.848 0.004 0.003 0.004 0.003 0.036 0.001 0.001 0.001 0.091 21 L 0.022 0.924 0.001 0.002 0.004 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.033 22 A 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 23 E 0.035 0.907 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.020 0.001 0.001 0.021 24 K 0.323 0.519 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.098 0.001 0.002 0.049 25 I 0.387 0.305 0.071 0.003 0.001 0.002 0.011 0.148 0.001 0.001 0.071 26 S 0.029 0.076 0.174 0.007 0.006 0.007 0.106 0.020 0.001 0.001 0.574 27 K 0.003 0.012 0.011 0.004 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.950 28 D 0.009 0.034 0.001 0.004 0.002 0.003 0.592 0.003 0.001 0.002 0.350 29 H 0.447 0.064 0.001 0.005 0.001 0.003 0.258 0.008 0.001 0.007 0.206 30 Y 0.372 0.485 0.004 0.011 0.005 0.005 0.015 0.005 0.001 0.002 0.097 31 S 0.227 0.191 0.027 0.035 0.015 0.018 0.073 0.027 0.001 0.003 0.384 32 Y 0.174 0.105 0.070 0.042 0.011 0.020 0.026 0.017 0.001 0.007 0.528 33 K 0.131 0.052 0.023 0.054 0.048 0.049 0.124 0.009 0.001 0.004 0.506 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 A 0.023 0.015 0.003 0.051 0.064 0.169 0.101 0.001 0.001 0.005 0.568 36 E 0.074 0.011 0.001 0.021 0.008 0.013 0.101 0.001 0.001 0.004 0.766 37 T 0.201 0.020 0.002 0.024 0.010 0.015 0.229 0.002 0.001 0.006 0.491 38 S 0.509 0.037 0.004 0.026 0.007 0.018 0.071 0.002 0.001 0.009 0.317 39 M 0.156 0.054 0.012 0.035 0.021 0.029 0.179 0.002 0.001 0.007 0.504 40 S 0.023 0.021 0.002 0.004 0.005 0.007 0.351 0.001 0.001 0.003 0.582 41 A 0.017 0.083 0.008 0.010 0.003 0.009 0.128 0.001 0.001 0.002 0.738 42 E 0.001 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.626 0.001 0.001 0.001 0.305 43 E 0.018 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.824 0.001 0.001 0.001 0.093 44 L 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 45 V 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 47 H 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.007 0.978 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 50 T 0.012 0.926 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.032 51 S 0.046 0.864 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 0.049 52 F 0.038 0.788 0.013 0.002 0.001 0.002 0.016 0.017 0.001 0.001 0.122 53 H 0.037 0.674 0.025 0.004 0.002 0.003 0.048 0.006 0.001 0.001 0.199 54 L 0.025 0.843 0.010 0.004 0.003 0.003 0.025 0.002 0.001 0.001 0.084 55 F 0.022 0.914 0.005 0.003 0.002 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.040 56 A 0.014 0.941 0.003 0.003 0.003 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.025 57 N 0.015 0.930 0.002 0.002 0.004 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.034 58 V 0.058 0.886 0.003 0.002 0.005 0.005 0.004 0.010 0.001 0.001 0.027 59 I 0.060 0.874 0.005 0.003 0.006 0.008 0.003 0.013 0.001 0.001 0.028 60 K 0.074 0.673 0.018 0.008 0.013 0.019 0.029 0.050 0.001 0.001 0.115 61 E 0.108 0.409 0.044 0.011 0.010 0.019 0.022 0.040 0.001 0.004 0.333 62 G 0.234 0.106 0.025 0.016 0.013 0.015 0.057 0.052 0.001 0.010 0.471 63 N 0.269 0.027 0.119 0.014 0.009 0.010 0.089 0.007 0.001 0.012 0.444 64 A 0.035 0.018 0.038 0.028 0.013 0.021 0.068 0.002 0.001 0.004 0.773 65 S 0.041 0.011 0.005 0.027 0.041 0.058 0.175 0.002 0.001 0.007 0.633 66 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 67 F 0.025 0.014 0.001 0.022 0.030 0.072 0.277 0.001 0.001 0.004 0.555 68 Q 0.228 0.023 0.002 0.020 0.011 0.024 0.138 0.002 0.001 0.007 0.545 69 N 0.206 0.097 0.002 0.016 0.017 0.025 0.083 0.004 0.001 0.005 0.546 70 K 0.245 0.068 0.013 0.015 0.012 0.016 0.080 0.003 0.001 0.009 0.538 71 Q 0.079 0.052 0.004 0.015 0.010 0.015 0.144 0.004 0.001 0.004 0.673 72 E 0.091 0.039 0.007 0.017 0.010 0.026 0.080 0.003 0.001 0.005 0.722 73 E 0.106 0.085 0.009 0.020 0.015 0.027 0.188 0.004 0.001 0.007 0.539 74 T 0.090 0.074 0.005 0.006 0.008 0.012 0.244 0.005 0.001 0.005 0.552 75 E 0.044 0.099 0.006 0.007 0.003 0.006 0.049 0.001 0.001 0.002 0.783 76 T 0.006 0.106 0.001 0.002 0.001 0.003 0.431 0.001 0.001 0.001 0.449 77 D 0.074 0.102 0.001 0.002 0.001 0.001 0.582 0.002 0.001 0.003 0.233 78 L 0.035 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.037 79 N 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 80 V 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.030 81 L 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 82 A 0.014 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 83 K 0.008 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 84 T 0.021 0.922 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.037 85 Y 0.046 0.900 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.033 86 T 0.024 0.895 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.056 87 E 0.010 0.805 0.008 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.153 88 K 0.018 0.836 0.003 0.001 0.001 0.001 0.039 0.003 0.001 0.001 0.100 89 T 0.018 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.031 90 V 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 91 A 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.016 92 I 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 93 L 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 94 E 0.021 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.016 95 Q 0.171 0.709 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.080 0.001 0.001 0.026 96 L 0.393 0.386 0.042 0.002 0.001 0.001 0.006 0.116 0.001 0.001 0.053 97 T 0.095 0.184 0.129 0.004 0.004 0.004 0.173 0.078 0.001 0.001 0.327 98 E 0.003 0.029 0.043 0.003 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.905 99 E 0.002 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.660 0.001 0.001 0.001 0.294 100 Q 0.128 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.734 0.004 0.001 0.004 0.102 101 L 0.107 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 102 D 0.057 0.760 0.011 0.005 0.006 0.005 0.024 0.007 0.001 0.001 0.124 103 R 0.108 0.555 0.045 0.014 0.007 0.007 0.020 0.010 0.001 0.003 0.230 104 E 0.254 0.429 0.007 0.011 0.013 0.015 0.024 0.027 0.001 0.002 0.218 105 I 0.219 0.341 0.036 0.026 0.044 0.043 0.030 0.027 0.001 0.004 0.229 106 D 0.067 0.211 0.029 0.044 0.111 0.102 0.053 0.021 0.001 0.004 0.358 107 L 0.057 0.106 0.057 0.054 0.034 0.065 0.051 0.007 0.001 0.005 0.564 108 T 0.034 0.055 0.004 0.040 0.039 0.051 0.314 0.007 0.001 0.007 0.450 109 S 0.170 0.018 0.009 0.021 0.019 0.024 0.150 0.004 0.001 0.029 0.556 110 A 0.156 0.055 0.012 0.033 0.013 0.018 0.112 0.002 0.001 0.010 0.587 111 F 0.066 0.038 0.012 0.038 0.028 0.046 0.259 0.003 0.001 0.011 0.500 112 G 0.110 0.037 0.006 0.043 0.029 0.051 0.118 0.003 0.001 0.017 0.588 113 R 0.093 0.051 0.013 0.034 0.052 0.068 0.107 0.003 0.001 0.005 0.574 114 K 0.046 0.026 0.002 0.020 0.023 0.047 0.066 0.002 0.001 0.004 0.763 115 V 0.112 0.059 0.010 0.038 0.038 0.077 0.124 0.002 0.001 0.006 0.534 116 T 0.027 0.060 0.002 0.010 0.017 0.025 0.159 0.002 0.001 0.004 0.694 117 G 0.034 0.047 0.007 0.010 0.005 0.013 0.069 0.001 0.001 0.004 0.811 118 R 0.016 0.109 0.002 0.007 0.005 0.010 0.407 0.001 0.001 0.002 0.440 119 A 0.064 0.229 0.003 0.007 0.008 0.013 0.335 0.001 0.001 0.007 0.333 120 L 0.010 0.926 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.040 121 L 0.004 0.974 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 122 Q 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 123 L 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 124 A 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 125 M 0.016 0.952 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 126 E 0.028 0.872 0.017 0.003 0.003 0.007 0.005 0.018 0.001 0.001 0.047 127 H 0.082 0.735 0.023 0.010 0.011 0.016 0.008 0.034 0.001 0.002 0.078 128 E 0.223 0.454 0.050 0.020 0.015 0.016 0.030 0.034 0.001 0.003 0.154 129 I 0.076 0.371 0.075 0.038 0.035 0.038 0.038 0.010 0.001 0.004 0.315 130 H 0.084 0.224 0.023 0.084 0.052 0.095 0.055 0.010 0.001 0.007 0.366 131 H 0.056 0.226 0.017 0.049 0.038 0.067 0.117 0.008 0.001 0.006 0.415 132 K 0.043 0.136 0.008 0.031 0.014 0.038 0.103 0.004 0.001 0.004 0.618 133 G 0.041 0.081 0.005 0.017 0.019 0.033 0.141 0.003 0.001 0.012 0.648 134 N 0.128 0.095 0.012 0.009 0.009 0.012 0.256 0.001 0.001 0.009 0.468 135 L 0.018 0.414 0.007 0.010 0.020 0.023 0.188 0.001 0.001 0.002 0.317 136 F 0.008 0.719 0.001 0.010 0.042 0.055 0.027 0.001 0.001 0.001 0.136 137 V 0.004 0.878 0.001 0.003 0.027 0.016 0.012 0.001 0.001 0.001 0.061 138 Y 0.018 0.903 0.001 0.001 0.017 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.040 139 V 0.001 0.977 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 140 R 0.002 0.976 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 141 E 0.015 0.945 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.011 0.001 0.001 0.015 142 M 0.065 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.014 143 G 0.598 0.122 0.013 0.001 0.001 0.002 0.004 0.209 0.001 0.001 0.049 144 H 0.033 0.042 0.864 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.044 145 T 0.046 0.039 0.074 0.072 0.031 0.026 0.051 0.009 0.001 0.004 0.647 146 E 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.982 147 L 0.034 0.021 0.009 0.171 0.022 0.059 0.113 0.002 0.001 0.004 0.565 148 P 0.017 0.003 0.001 0.053 0.004 0.007 0.028 0.001 0.001 0.001 0.885 149 F 0.066 0.015 0.002 0.120 0.016 0.029 0.058 0.001 0.001 0.006 0.687 150 Y 0.114 0.028 0.008 0.199 0.035 0.056 0.077 0.002 0.001 0.007 0.475 151 Q 0.056 0.029 0.005 0.104 0.030 0.047 0.161 0.002 0.001 0.005 0.559 152 Q 0.034 0.019 0.005 0.089 0.021 0.042 0.115 0.001 0.001 0.005 0.670 153 R 0.067 0.023 0.002 0.060 0.025 0.050 0.204 0.003 0.001 0.011 0.555 154 M 0.122 0.044 0.008 0.053 0.024 0.036 0.084 0.002 0.001 0.011 0.617