# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.160 0.133 0.185 0.094 0.147 0.044 0.113 0.054 0.026 0.042 0.001 2 C 0.215 0.200 0.336 0.081 0.044 0.086 0.015 0.002 0.018 0.003 0.001 3 Q 0.587 0.103 0.163 0.064 0.021 0.043 0.004 0.001 0.012 0.002 0.001 4 S 0.906 0.017 0.032 0.023 0.008 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 5 N 0.969 0.003 0.006 0.013 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.983 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.982 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.992 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 S 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 H 0.939 0.002 0.002 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.937 0.006 0.010 0.038 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 12 L 0.975 0.002 0.004 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.952 0.002 0.003 0.036 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.852 0.007 0.008 0.123 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 15 R 0.922 0.007 0.014 0.043 0.002 0.003 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 16 N 0.928 0.004 0.008 0.030 0.004 0.005 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 17 V 0.934 0.009 0.010 0.039 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.956 0.010 0.007 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 N 0.991 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.966 0.005 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.985 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.934 0.003 0.002 0.055 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.443 0.014 0.024 0.492 0.004 0.005 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 25 I 0.119 0.241 0.338 0.112 0.017 0.054 0.030 0.002 0.086 0.001 0.001 26 S 0.127 0.028 0.680 0.009 0.004 0.110 0.013 0.001 0.023 0.002 0.004 27 K 0.964 0.001 0.019 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.852 0.003 0.011 0.110 0.002 0.008 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 29 H 0.430 0.020 0.024 0.490 0.003 0.006 0.019 0.002 0.005 0.001 0.001 30 Y 0.461 0.112 0.123 0.097 0.014 0.013 0.155 0.009 0.012 0.003 0.001 31 S 0.331 0.167 0.149 0.230 0.025 0.033 0.048 0.001 0.012 0.002 0.003 32 Y 0.209 0.220 0.234 0.216 0.023 0.036 0.036 0.003 0.020 0.001 0.002 33 K 0.012 0.328 0.413 0.003 0.018 0.011 0.004 0.001 0.211 0.001 0.001 34 P 0.049 0.003 0.855 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 35 A 0.243 0.131 0.465 0.056 0.022 0.036 0.005 0.003 0.035 0.002 0.002 36 E 0.612 0.044 0.191 0.095 0.022 0.013 0.006 0.001 0.007 0.003 0.004 37 T 0.268 0.055 0.089 0.403 0.059 0.029 0.062 0.012 0.017 0.005 0.001 38 S 0.250 0.119 0.243 0.183 0.045 0.048 0.066 0.015 0.022 0.007 0.002 39 M 0.254 0.170 0.340 0.111 0.029 0.057 0.015 0.004 0.012 0.005 0.001 40 S 0.143 0.139 0.424 0.056 0.045 0.131 0.010 0.001 0.046 0.004 0.001 41 A 0.981 0.001 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 H 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 T 0.941 0.002 0.003 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 S 0.904 0.007 0.011 0.064 0.002 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 52 F 0.923 0.007 0.011 0.048 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 53 H 0.906 0.012 0.013 0.042 0.009 0.005 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 54 L 0.879 0.033 0.022 0.047 0.006 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 55 F 0.860 0.051 0.023 0.041 0.009 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 56 A 0.852 0.045 0.033 0.045 0.011 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 57 N 0.747 0.046 0.039 0.085 0.039 0.011 0.020 0.002 0.008 0.002 0.001 58 V 0.636 0.141 0.070 0.091 0.026 0.013 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 59 I 0.557 0.146 0.153 0.086 0.017 0.020 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 60 K 0.456 0.156 0.138 0.104 0.047 0.035 0.020 0.001 0.039 0.002 0.001 61 E 0.232 0.081 0.227 0.312 0.032 0.021 0.070 0.004 0.015 0.004 0.002 62 G 0.031 0.008 0.032 0.030 0.033 0.006 0.064 0.582 0.002 0.210 0.001 63 N 0.160 0.161 0.383 0.158 0.057 0.034 0.022 0.004 0.014 0.006 0.002 64 A 0.225 0.191 0.335 0.128 0.030 0.041 0.017 0.004 0.019 0.007 0.002 65 S 0.078 0.234 0.474 0.012 0.046 0.018 0.007 0.001 0.122 0.006 0.002 66 P 0.331 0.012 0.567 0.021 0.005 0.019 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 67 F 0.229 0.160 0.391 0.090 0.026 0.062 0.008 0.003 0.029 0.001 0.002 68 Q 0.493 0.100 0.249 0.100 0.015 0.017 0.008 0.001 0.012 0.002 0.003 69 N 0.232 0.076 0.137 0.303 0.055 0.044 0.107 0.016 0.019 0.009 0.001 70 K 0.180 0.172 0.357 0.133 0.050 0.030 0.030 0.005 0.032 0.006 0.003 71 Q 0.274 0.121 0.436 0.069 0.019 0.041 0.011 0.001 0.023 0.003 0.003 72 E 0.275 0.152 0.402 0.061 0.021 0.049 0.011 0.001 0.023 0.001 0.005 73 E 0.277 0.099 0.405 0.116 0.026 0.052 0.007 0.002 0.013 0.002 0.003 74 T 0.094 0.174 0.421 0.056 0.057 0.106 0.009 0.001 0.076 0.004 0.001 75 E 0.937 0.003 0.040 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 T 0.984 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.959 0.002 0.002 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 K 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 T 0.961 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.866 0.005 0.008 0.110 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 86 T 0.974 0.002 0.005 0.012 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.986 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.957 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Q 0.602 0.008 0.014 0.348 0.003 0.006 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 96 L 0.329 0.060 0.138 0.372 0.009 0.041 0.032 0.002 0.017 0.001 0.001 97 T 0.128 0.093 0.394 0.049 0.017 0.147 0.062 0.001 0.101 0.005 0.001 98 E 0.964 0.001 0.021 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.947 0.001 0.005 0.041 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 100 Q 0.768 0.010 0.011 0.197 0.001 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 101 L 0.842 0.029 0.034 0.057 0.003 0.005 0.024 0.001 0.005 0.001 0.001 102 D 0.693 0.047 0.037 0.148 0.011 0.011 0.044 0.001 0.007 0.001 0.001 103 R 0.599 0.112 0.087 0.118 0.031 0.010 0.017 0.001 0.024 0.001 0.001 104 E 0.408 0.147 0.278 0.093 0.017 0.034 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 105 I 0.295 0.367 0.192 0.063 0.019 0.030 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 106 D 0.233 0.185 0.365 0.056 0.031 0.080 0.012 0.001 0.035 0.001 0.001 107 L 0.475 0.104 0.180 0.134 0.029 0.038 0.011 0.001 0.023 0.002 0.002 108 T 0.391 0.170 0.130 0.200 0.033 0.028 0.019 0.003 0.024 0.003 0.001 109 S 0.263 0.113 0.231 0.160 0.059 0.049 0.067 0.009 0.032 0.016 0.001 110 A 0.413 0.128 0.151 0.184 0.029 0.028 0.031 0.006 0.020 0.008 0.003 111 F 0.157 0.074 0.201 0.396 0.027 0.022 0.092 0.010 0.011 0.009 0.001 112 G 0.038 0.023 0.067 0.039 0.071 0.012 0.140 0.442 0.006 0.162 0.001 113 R 0.161 0.291 0.403 0.059 0.039 0.018 0.006 0.001 0.019 0.002 0.002 114 K 0.141 0.185 0.492 0.052 0.033 0.069 0.007 0.001 0.016 0.002 0.002 115 V 0.172 0.430 0.256 0.034 0.037 0.036 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 116 T 0.286 0.110 0.428 0.060 0.034 0.056 0.012 0.001 0.010 0.001 0.002 117 G 0.663 0.020 0.052 0.039 0.061 0.027 0.026 0.066 0.007 0.040 0.001 118 R 0.961 0.006 0.019 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 A 0.980 0.004 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.976 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.971 0.005 0.005 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 125 M 0.924 0.013 0.010 0.044 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 126 E 0.793 0.016 0.033 0.131 0.005 0.009 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 127 H 0.605 0.059 0.053 0.195 0.026 0.017 0.025 0.003 0.017 0.001 0.001 128 E 0.686 0.093 0.082 0.064 0.028 0.020 0.017 0.001 0.008 0.001 0.001 129 I 0.569 0.194 0.090 0.076 0.018 0.036 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 130 H 0.543 0.141 0.116 0.106 0.040 0.028 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 131 H 0.471 0.094 0.143 0.109 0.058 0.058 0.027 0.003 0.032 0.006 0.001 132 K 0.809 0.020 0.064 0.065 0.010 0.012 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 133 G 0.905 0.005 0.015 0.020 0.012 0.005 0.009 0.020 0.001 0.009 0.001 134 N 0.977 0.005 0.006 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.995 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Y 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 V 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 R 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.972 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 M 0.061 0.001 0.006 0.895 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 143 G 0.005 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.419 0.541 0.001 0.024 0.001 144 H 0.067 0.225 0.542 0.089 0.021 0.035 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 145 T 0.051 0.305 0.499 0.036 0.020 0.050 0.011 0.001 0.023 0.002 0.001 146 E 0.111 0.149 0.605 0.023 0.026 0.050 0.004 0.001 0.024 0.002 0.007 147 L 0.120 0.119 0.620 0.013 0.024 0.030 0.002 0.001 0.065 0.001 0.006 148 P 0.246 0.079 0.578 0.029 0.013 0.034 0.002 0.001 0.009 0.001 0.010 149 F 0.128 0.504 0.200 0.060 0.046 0.029 0.006 0.002 0.024 0.001 0.001 150 Y 0.100 0.456 0.169 0.122 0.090 0.019 0.011 0.002 0.027 0.002 0.001 151 Q 0.065 0.174 0.235 0.046 0.233 0.052 0.066 0.020 0.058 0.050 0.001 152 Q 0.260 0.182 0.338 0.122 0.034 0.034 0.008 0.001 0.013 0.002 0.006 153 R 0.149 0.252 0.209 0.179 0.093 0.042 0.027 0.010 0.029 0.009 0.001 154 M 0.176 0.256 0.272 0.101 0.089 0.039 0.026 0.006 0.028 0.005 0.002