# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.447 0.269 0.135 0.089 0.048 0.011 0.001 2 C 0.314 0.260 0.222 0.143 0.052 0.009 0.001 3 Q 0.351 0.262 0.222 0.120 0.036 0.009 0.001 4 S 0.358 0.257 0.198 0.126 0.048 0.013 0.001 5 N 0.491 0.327 0.119 0.049 0.012 0.002 0.001 6 Q 0.119 0.246 0.301 0.237 0.079 0.017 0.001 7 I 0.028 0.044 0.061 0.126 0.327 0.364 0.050 8 V 0.020 0.069 0.163 0.349 0.260 0.130 0.008 9 S 0.104 0.305 0.312 0.182 0.070 0.025 0.002 10 H 0.038 0.120 0.256 0.347 0.182 0.053 0.004 11 F 0.016 0.028 0.053 0.126 0.360 0.379 0.038 12 L 0.089 0.218 0.304 0.238 0.117 0.033 0.002 13 S 0.261 0.386 0.199 0.104 0.036 0.012 0.001 14 H 0.090 0.134 0.186 0.256 0.225 0.099 0.009 15 R 0.071 0.136 0.217 0.252 0.227 0.092 0.006 16 N 0.281 0.391 0.195 0.088 0.036 0.009 0.001 17 V 0.053 0.139 0.267 0.290 0.192 0.052 0.007 18 T 0.018 0.034 0.043 0.094 0.290 0.443 0.078 19 N 0.018 0.097 0.269 0.351 0.192 0.069 0.003 20 E 0.114 0.350 0.298 0.183 0.044 0.011 0.001 21 L 0.006 0.019 0.072 0.196 0.380 0.303 0.024 22 A 0.014 0.029 0.054 0.151 0.356 0.364 0.033 23 E 0.159 0.455 0.251 0.092 0.035 0.007 0.001 24 K 0.123 0.398 0.292 0.157 0.026 0.003 0.001 25 I 0.023 0.041 0.132 0.289 0.366 0.145 0.004 26 S 0.175 0.247 0.247 0.210 0.106 0.015 0.001 27 K 0.641 0.308 0.040 0.009 0.002 0.001 0.001 28 D 0.486 0.362 0.098 0.043 0.010 0.001 0.001 29 H 0.284 0.335 0.224 0.121 0.030 0.006 0.001 30 Y 0.104 0.114 0.250 0.290 0.202 0.040 0.002 31 S 0.349 0.348 0.188 0.082 0.027 0.006 0.001 32 Y 0.169 0.170 0.231 0.239 0.147 0.041 0.002 33 K 0.326 0.346 0.183 0.097 0.037 0.010 0.001 34 P 0.217 0.222 0.223 0.193 0.109 0.034 0.002 35 A 0.342 0.239 0.180 0.146 0.072 0.020 0.002 36 E 0.406 0.285 0.167 0.089 0.042 0.011 0.001 37 T 0.399 0.308 0.157 0.087 0.034 0.013 0.002 38 S 0.158 0.202 0.224 0.208 0.145 0.057 0.005 39 M 0.097 0.201 0.264 0.250 0.138 0.046 0.004 40 S 0.037 0.084 0.163 0.211 0.289 0.182 0.034 41 A 0.011 0.025 0.047 0.100 0.247 0.442 0.126 42 E 0.050 0.177 0.268 0.286 0.148 0.064 0.008 43 E 0.035 0.127 0.233 0.288 0.211 0.088 0.017 44 L 0.001 0.004 0.009 0.030 0.139 0.538 0.278 45 V 0.001 0.005 0.015 0.055 0.185 0.474 0.265 46 K 0.009 0.066 0.216 0.337 0.177 0.145 0.050 47 H 0.004 0.011 0.031 0.077 0.272 0.416 0.191 48 I 0.001 0.002 0.003 0.010 0.049 0.391 0.543 49 L 0.008 0.020 0.045 0.117 0.220 0.322 0.268 50 T 0.024 0.084 0.160 0.240 0.176 0.181 0.135 51 S 0.014 0.024 0.040 0.089 0.204 0.398 0.231 52 F 0.013 0.037 0.074 0.131 0.250 0.322 0.172 53 H 0.023 0.069 0.126 0.201 0.250 0.230 0.099 54 L 0.014 0.021 0.038 0.085 0.226 0.358 0.258 55 F 0.005 0.009 0.014 0.036 0.091 0.353 0.492 56 A 0.007 0.015 0.031 0.071 0.181 0.391 0.304 57 N 0.018 0.087 0.197 0.253 0.221 0.176 0.048 58 V 0.012 0.039 0.088 0.186 0.303 0.312 0.059 59 I 0.015 0.028 0.063 0.190 0.315 0.341 0.048 60 K 0.151 0.293 0.259 0.186 0.086 0.023 0.001 61 E 0.376 0.348 0.150 0.084 0.033 0.009 0.001 62 G 0.390 0.296 0.168 0.103 0.035 0.008 0.001 63 N 0.355 0.269 0.182 0.129 0.050 0.014 0.001 64 A 0.333 0.251 0.195 0.139 0.065 0.016 0.001 65 S 0.371 0.284 0.180 0.105 0.047 0.013 0.001 66 P 0.245 0.249 0.218 0.168 0.089 0.030 0.001 67 F 0.211 0.201 0.223 0.200 0.126 0.037 0.002 68 Q 0.409 0.294 0.168 0.087 0.034 0.008 0.001 69 N 0.610 0.243 0.094 0.039 0.012 0.002 0.001 70 K 0.661 0.220 0.076 0.033 0.009 0.002 0.001 71 Q 0.590 0.260 0.093 0.041 0.013 0.002 0.001 72 E 0.506 0.292 0.133 0.053 0.015 0.002 0.001 73 E 0.559 0.308 0.090 0.033 0.008 0.001 0.001 74 T 0.375 0.293 0.195 0.099 0.032 0.006 0.001 75 E 0.221 0.244 0.269 0.192 0.062 0.011 0.001 76 T 0.507 0.344 0.109 0.031 0.008 0.001 0.001 77 D 0.151 0.359 0.287 0.160 0.037 0.006 0.001 78 L 0.025 0.050 0.106 0.225 0.408 0.179 0.006 79 N 0.029 0.164 0.323 0.343 0.116 0.025 0.001 80 V 0.225 0.453 0.204 0.085 0.027 0.005 0.001 81 L 0.015 0.058 0.165 0.358 0.288 0.111 0.005 82 A 0.019 0.052 0.123 0.252 0.379 0.168 0.006 83 K 0.212 0.460 0.239 0.068 0.018 0.003 0.001 84 T 0.170 0.422 0.252 0.129 0.024 0.003 0.001 85 Y 0.019 0.047 0.113 0.253 0.402 0.161 0.006 86 T 0.025 0.104 0.249 0.384 0.187 0.050 0.001 87 E 0.437 0.429 0.102 0.024 0.006 0.001 0.001 88 K 0.086 0.266 0.339 0.248 0.053 0.008 0.001 89 T 0.021 0.036 0.061 0.150 0.418 0.295 0.019 90 V 0.024 0.132 0.318 0.356 0.137 0.032 0.001 91 A 0.226 0.465 0.205 0.078 0.021 0.004 0.001 92 I 0.015 0.052 0.148 0.347 0.322 0.112 0.004 93 L 0.033 0.070 0.144 0.264 0.351 0.134 0.004 94 E 0.266 0.467 0.185 0.058 0.021 0.003 0.001 95 Q 0.310 0.459 0.165 0.055 0.011 0.001 0.001 96 L 0.068 0.095 0.258 0.384 0.172 0.024 0.001 97 T 0.464 0.331 0.137 0.050 0.017 0.002 0.001 98 E 0.726 0.235 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 99 E 0.678 0.282 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 100 Q 0.362 0.405 0.165 0.060 0.008 0.001 0.001 101 L 0.072 0.105 0.310 0.325 0.171 0.015 0.001 102 D 0.463 0.352 0.136 0.040 0.008 0.001 0.001 103 R 0.522 0.323 0.105 0.039 0.010 0.001 0.001 104 E 0.344 0.339 0.191 0.098 0.024 0.004 0.001 105 I 0.181 0.158 0.264 0.251 0.125 0.021 0.001 106 D 0.481 0.316 0.146 0.045 0.010 0.002 0.001 107 L 0.369 0.225 0.210 0.142 0.044 0.010 0.001 108 T 0.558 0.244 0.110 0.058 0.024 0.005 0.001 109 S 0.594 0.262 0.084 0.041 0.015 0.004 0.001 110 A 0.453 0.263 0.142 0.086 0.042 0.014 0.001 111 F 0.251 0.231 0.220 0.176 0.088 0.031 0.003 112 G 0.292 0.243 0.200 0.146 0.082 0.033 0.004 113 R 0.248 0.218 0.209 0.175 0.104 0.041 0.005 114 K 0.278 0.299 0.193 0.124 0.072 0.031 0.004 115 V 0.122 0.141 0.197 0.253 0.195 0.082 0.010 116 T 0.183 0.269 0.218 0.163 0.111 0.048 0.006 117 G 0.075 0.144 0.212 0.277 0.175 0.101 0.016 118 R 0.080 0.144 0.224 0.266 0.179 0.095 0.011 119 A 0.072 0.157 0.219 0.260 0.179 0.097 0.016 120 L 0.021 0.034 0.062 0.140 0.228 0.356 0.159 121 L 0.020 0.028 0.045 0.125 0.222 0.369 0.192 122 Q 0.036 0.081 0.141 0.216 0.223 0.217 0.086 123 L 0.024 0.049 0.081 0.146 0.241 0.288 0.170 124 A 0.016 0.022 0.035 0.084 0.138 0.369 0.336 125 M 0.029 0.047 0.079 0.146 0.241 0.285 0.174 126 E 0.104 0.171 0.182 0.201 0.135 0.123 0.084 127 H 0.050 0.046 0.059 0.121 0.217 0.322 0.185 128 E 0.106 0.134 0.131 0.175 0.175 0.188 0.091 129 I 0.105 0.097 0.102 0.149 0.217 0.230 0.101 130 H 0.121 0.121 0.106 0.147 0.162 0.195 0.148 131 H 0.058 0.055 0.070 0.113 0.166 0.280 0.258 132 K 0.088 0.117 0.166 0.202 0.167 0.150 0.110 133 G 0.076 0.080 0.088 0.124 0.192 0.260 0.179 134 N 0.023 0.024 0.036 0.081 0.140 0.289 0.406 135 L 0.008 0.008 0.013 0.035 0.074 0.280 0.582 136 F 0.009 0.015 0.029 0.063 0.134 0.301 0.449 137 V 0.010 0.018 0.028 0.049 0.133 0.339 0.423 138 Y 0.010 0.021 0.037 0.092 0.160 0.334 0.347 139 V 0.013 0.021 0.033 0.090 0.167 0.393 0.282 140 R 0.026 0.070 0.133 0.241 0.293 0.195 0.042 141 E 0.109 0.189 0.213 0.227 0.160 0.090 0.012 142 M 0.174 0.191 0.205 0.223 0.137 0.063 0.006 143 G 0.431 0.296 0.134 0.082 0.037 0.018 0.002 144 H 0.244 0.155 0.196 0.208 0.135 0.054 0.008 145 T 0.416 0.311 0.146 0.080 0.032 0.013 0.002 146 E 0.231 0.216 0.173 0.173 0.121 0.072 0.015 147 L 0.210 0.122 0.114 0.160 0.185 0.163 0.046 148 P 0.282 0.233 0.164 0.141 0.094 0.067 0.019 149 F 0.194 0.123 0.134 0.166 0.164 0.155 0.064 150 Y 0.197 0.159 0.148 0.171 0.152 0.132 0.041 151 Q 0.325 0.228 0.151 0.126 0.094 0.060 0.017 152 Q 0.431 0.206 0.126 0.107 0.071 0.045 0.014 153 R 0.577 0.217 0.094 0.057 0.032 0.018 0.005 154 M 0.537 0.169 0.105 0.091 0.053 0.034 0.010