# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.243 0.111 0.116 0.137 0.142 0.106 0.062 0.037 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 2 C 0.242 0.105 0.116 0.136 0.148 0.109 0.067 0.037 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 3 Q 0.193 0.137 0.142 0.164 0.136 0.097 0.064 0.033 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 4 S 0.129 0.090 0.101 0.149 0.173 0.145 0.097 0.057 0.034 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 5 N 0.458 0.267 0.124 0.071 0.038 0.021 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.267 0.222 0.182 0.129 0.097 0.054 0.025 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.039 0.026 0.054 0.099 0.185 0.210 0.174 0.126 0.056 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 8 V 0.078 0.076 0.100 0.159 0.210 0.151 0.109 0.068 0.030 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 9 S 0.643 0.206 0.079 0.037 0.016 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 H 0.172 0.152 0.169 0.196 0.158 0.083 0.038 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.073 0.050 0.078 0.135 0.220 0.187 0.132 0.078 0.029 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 12 L 0.342 0.191 0.149 0.137 0.092 0.050 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.633 0.171 0.083 0.058 0.029 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.160 0.081 0.094 0.172 0.184 0.141 0.096 0.037 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 15 R 0.108 0.121 0.187 0.232 0.161 0.116 0.048 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 N 0.686 0.206 0.065 0.021 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.087 0.094 0.141 0.219 0.209 0.140 0.056 0.032 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 T 0.029 0.016 0.021 0.053 0.126 0.209 0.231 0.181 0.091 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 19 N 0.078 0.174 0.206 0.213 0.165 0.096 0.039 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.497 0.309 0.126 0.040 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.017 0.016 0.046 0.136 0.265 0.238 0.144 0.091 0.033 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 22 A 0.024 0.020 0.036 0.082 0.177 0.201 0.216 0.160 0.060 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 23 E 0.355 0.338 0.167 0.086 0.029 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.394 0.300 0.164 0.080 0.037 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 I 0.041 0.038 0.093 0.217 0.262 0.209 0.091 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 S 0.227 0.134 0.176 0.172 0.148 0.073 0.051 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.745 0.144 0.051 0.037 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.830 0.094 0.038 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 H 0.369 0.220 0.176 0.109 0.055 0.035 0.027 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Y 0.166 0.086 0.153 0.165 0.184 0.124 0.070 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.575 0.195 0.089 0.062 0.039 0.018 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.193 0.069 0.123 0.159 0.178 0.129 0.067 0.042 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 33 K 0.265 0.192 0.150 0.150 0.105 0.063 0.043 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 34 P 0.212 0.112 0.143 0.131 0.140 0.120 0.071 0.039 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 35 A 0.400 0.163 0.119 0.108 0.092 0.054 0.034 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 36 E 0.571 0.175 0.088 0.069 0.048 0.022 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 T 0.431 0.171 0.108 0.100 0.072 0.051 0.036 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 38 S 0.149 0.116 0.156 0.176 0.178 0.109 0.062 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 39 M 0.377 0.159 0.125 0.101 0.092 0.068 0.040 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 40 S 0.122 0.126 0.141 0.173 0.172 0.122 0.071 0.042 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 41 A 0.039 0.023 0.026 0.067 0.138 0.176 0.171 0.172 0.112 0.054 0.014 0.004 0.001 0.001 42 E 0.123 0.200 0.235 0.231 0.100 0.070 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 E 0.378 0.273 0.168 0.083 0.040 0.029 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.017 0.017 0.031 0.086 0.180 0.234 0.198 0.153 0.058 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 45 V 0.033 0.025 0.038 0.076 0.138 0.202 0.218 0.163 0.073 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 46 K 0.217 0.238 0.205 0.141 0.087 0.052 0.035 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 47 H 0.111 0.084 0.136 0.202 0.187 0.135 0.069 0.043 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 48 I 0.032 0.018 0.029 0.067 0.121 0.200 0.232 0.173 0.080 0.030 0.012 0.004 0.001 0.001 49 L 0.083 0.079 0.096 0.135 0.186 0.153 0.122 0.083 0.039 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 50 T 0.248 0.189 0.190 0.144 0.095 0.064 0.040 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 S 0.052 0.041 0.071 0.147 0.196 0.180 0.142 0.087 0.047 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 52 F 0.056 0.052 0.085 0.137 0.177 0.198 0.135 0.084 0.045 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 53 H 0.198 0.169 0.158 0.130 0.122 0.096 0.063 0.032 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 54 L 0.081 0.052 0.070 0.105 0.147 0.161 0.131 0.108 0.068 0.038 0.021 0.012 0.005 0.002 55 F 0.042 0.029 0.041 0.079 0.122 0.162 0.187 0.154 0.086 0.053 0.026 0.012 0.005 0.003 56 A 0.061 0.056 0.071 0.086 0.125 0.131 0.130 0.120 0.091 0.064 0.035 0.018 0.008 0.004 57 N 0.167 0.131 0.138 0.147 0.130 0.099 0.074 0.053 0.030 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 58 V 0.052 0.042 0.075 0.133 0.161 0.169 0.130 0.101 0.063 0.038 0.020 0.009 0.004 0.002 59 I 0.039 0.036 0.064 0.098 0.158 0.187 0.167 0.126 0.065 0.035 0.015 0.006 0.003 0.001 60 K 0.211 0.192 0.166 0.143 0.114 0.076 0.054 0.023 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 61 E 0.362 0.211 0.145 0.108 0.074 0.043 0.029 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 G 0.440 0.193 0.118 0.098 0.073 0.036 0.024 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 N 0.305 0.184 0.150 0.136 0.099 0.059 0.036 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.302 0.149 0.143 0.128 0.112 0.074 0.048 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 65 S 0.397 0.216 0.125 0.106 0.071 0.038 0.022 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 P 0.199 0.131 0.148 0.156 0.137 0.105 0.066 0.031 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 67 F 0.149 0.120 0.161 0.166 0.153 0.115 0.077 0.033 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.419 0.212 0.131 0.094 0.067 0.035 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 N 0.514 0.207 0.109 0.073 0.048 0.024 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.448 0.203 0.128 0.099 0.068 0.029 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.445 0.212 0.132 0.090 0.065 0.029 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 E 0.436 0.210 0.138 0.100 0.064 0.029 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.538 0.217 0.106 0.066 0.042 0.016 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 T 0.399 0.217 0.144 0.103 0.071 0.035 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.174 0.185 0.207 0.171 0.133 0.069 0.039 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 T 0.607 0.224 0.084 0.042 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.260 0.297 0.180 0.117 0.088 0.032 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.030 0.027 0.056 0.128 0.233 0.221 0.142 0.102 0.042 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 79 N 0.119 0.167 0.198 0.211 0.153 0.090 0.034 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.650 0.225 0.072 0.029 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.049 0.070 0.125 0.223 0.258 0.152 0.069 0.033 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.049 0.043 0.067 0.114 0.203 0.211 0.172 0.090 0.036 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 83 K 0.447 0.361 0.119 0.040 0.019 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 T 0.443 0.316 0.126 0.063 0.032 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.028 0.024 0.052 0.142 0.240 0.230 0.168 0.072 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 86 T 0.050 0.075 0.138 0.215 0.245 0.152 0.076 0.032 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.702 0.227 0.046 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.113 0.195 0.203 0.220 0.150 0.072 0.028 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.016 0.010 0.021 0.054 0.145 0.224 0.245 0.183 0.073 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 90 V 0.082 0.185 0.213 0.240 0.162 0.077 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.694 0.217 0.059 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.024 0.028 0.080 0.198 0.282 0.205 0.104 0.054 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.032 0.031 0.070 0.142 0.223 0.199 0.159 0.096 0.035 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 94 E 0.581 0.265 0.084 0.039 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Q 0.440 0.262 0.144 0.084 0.039 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.071 0.055 0.123 0.228 0.229 0.164 0.088 0.029 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.445 0.162 0.140 0.117 0.077 0.030 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.780 0.120 0.046 0.030 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.756 0.130 0.055 0.034 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 Q 0.444 0.241 0.157 0.079 0.042 0.020 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.148 0.091 0.169 0.203 0.180 0.122 0.055 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 D 0.678 0.152 0.070 0.049 0.028 0.011 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.638 0.173 0.088 0.051 0.027 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 E 0.302 0.186 0.157 0.136 0.095 0.058 0.042 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.123 0.089 0.158 0.157 0.185 0.136 0.087 0.040 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 106 D 0.526 0.190 0.100 0.073 0.054 0.026 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.249 0.121 0.132 0.149 0.139 0.092 0.055 0.031 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 108 T 0.292 0.151 0.134 0.132 0.112 0.075 0.054 0.024 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 109 S 0.424 0.194 0.115 0.090 0.073 0.042 0.027 0.015 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 110 A 0.241 0.112 0.112 0.134 0.132 0.107 0.070 0.040 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 111 F 0.128 0.086 0.119 0.145 0.165 0.131 0.098 0.061 0.031 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 112 G 0.241 0.153 0.129 0.135 0.122 0.083 0.057 0.035 0.025 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 113 R 0.223 0.136 0.133 0.139 0.129 0.097 0.059 0.037 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 114 K 0.281 0.183 0.136 0.127 0.115 0.066 0.044 0.022 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 115 V 0.185 0.108 0.126 0.138 0.144 0.119 0.074 0.052 0.029 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 116 T 0.206 0.157 0.145 0.152 0.132 0.088 0.060 0.030 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 117 G 0.133 0.098 0.104 0.148 0.167 0.132 0.088 0.060 0.038 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 118 R 0.190 0.166 0.151 0.171 0.131 0.094 0.047 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 119 A 0.224 0.231 0.188 0.130 0.085 0.062 0.042 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 120 L 0.040 0.026 0.041 0.080 0.144 0.190 0.171 0.161 0.087 0.033 0.016 0.008 0.003 0.001 121 L 0.053 0.039 0.047 0.080 0.134 0.172 0.186 0.148 0.078 0.037 0.016 0.006 0.002 0.001 122 Q 0.221 0.158 0.156 0.134 0.108 0.077 0.061 0.039 0.022 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 123 L 0.097 0.062 0.092 0.144 0.175 0.145 0.096 0.079 0.047 0.026 0.017 0.012 0.004 0.002 124 A 0.057 0.032 0.047 0.076 0.124 0.168 0.165 0.153 0.090 0.046 0.025 0.011 0.004 0.002 125 M 0.100 0.081 0.088 0.126 0.163 0.140 0.118 0.087 0.050 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 126 E 0.312 0.178 0.147 0.116 0.096 0.059 0.043 0.022 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 127 H 0.139 0.072 0.097 0.137 0.175 0.134 0.099 0.062 0.038 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 128 E 0.191 0.124 0.147 0.154 0.141 0.100 0.059 0.040 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 129 I 0.226 0.087 0.086 0.103 0.138 0.120 0.090 0.065 0.040 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 130 H 0.247 0.119 0.121 0.126 0.128 0.102 0.069 0.043 0.021 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 131 H 0.150 0.081 0.081 0.117 0.160 0.118 0.093 0.077 0.052 0.039 0.018 0.008 0.003 0.002 132 K 0.140 0.100 0.121 0.153 0.141 0.127 0.079 0.058 0.036 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 133 G 0.155 0.064 0.070 0.085 0.117 0.132 0.126 0.092 0.070 0.044 0.024 0.012 0.006 0.003 134 N 0.073 0.055 0.066 0.099 0.132 0.154 0.147 0.114 0.072 0.045 0.026 0.009 0.005 0.003 135 L 0.047 0.024 0.026 0.044 0.073 0.117 0.169 0.158 0.138 0.100 0.058 0.029 0.011 0.007 136 F 0.046 0.033 0.045 0.058 0.093 0.132 0.166 0.139 0.104 0.080 0.054 0.030 0.012 0.008 137 V 0.102 0.055 0.061 0.069 0.092 0.110 0.121 0.119 0.102 0.070 0.048 0.030 0.014 0.007 138 Y 0.040 0.031 0.044 0.084 0.128 0.157 0.164 0.152 0.085 0.053 0.032 0.019 0.007 0.004 139 V 0.038 0.032 0.046 0.069 0.100 0.145 0.145 0.164 0.125 0.073 0.035 0.017 0.007 0.005 140 R 0.077 0.092 0.127 0.168 0.168 0.146 0.097 0.064 0.030 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 141 E 0.126 0.135 0.174 0.176 0.135 0.106 0.066 0.036 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 142 M 0.085 0.070 0.125 0.175 0.199 0.154 0.091 0.050 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 143 G 0.270 0.201 0.159 0.138 0.094 0.061 0.044 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 144 H 0.157 0.080 0.124 0.135 0.158 0.144 0.102 0.054 0.025 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 145 T 0.361 0.220 0.131 0.107 0.071 0.042 0.033 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 146 E 0.237 0.125 0.113 0.122 0.120 0.097 0.069 0.049 0.037 0.015 0.009 0.004 0.003 0.001 147 L 0.101 0.063 0.080 0.104 0.130 0.143 0.141 0.089 0.063 0.038 0.025 0.014 0.007 0.003 148 P 0.113 0.083 0.094 0.114 0.134 0.111 0.099 0.088 0.067 0.045 0.027 0.014 0.008 0.004 149 F 0.054 0.031 0.044 0.058 0.089 0.112 0.103 0.131 0.119 0.098 0.081 0.049 0.022 0.010 150 Y 0.054 0.046 0.056 0.071 0.105 0.115 0.122 0.125 0.096 0.087 0.063 0.034 0.017 0.008 151 Q 0.119 0.091 0.097 0.122 0.124 0.108 0.087 0.082 0.068 0.046 0.030 0.016 0.007 0.004 152 Q 0.130 0.084 0.088 0.111 0.140 0.119 0.101 0.077 0.059 0.041 0.025 0.014 0.006 0.004 153 R 0.177 0.136 0.131 0.136 0.123 0.101 0.074 0.049 0.032 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 154 M 0.168 0.102 0.115 0.129 0.148 0.116 0.080 0.058 0.041 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001