# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 882 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.076 0.001 0.018 0.006 0.018 0.095 0.001 0.001 0.318 0.453 2 C 0.021 0.459 0.004 0.027 0.024 0.013 0.089 0.005 0.001 0.071 0.288 3 Q 0.029 0.847 0.001 0.003 0.003 0.001 0.012 0.007 0.001 0.031 0.066 4 S 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.009 0.019 5 N 0.005 0.234 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.724 0.025 6 Q 0.004 0.554 0.004 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.397 0.023 7 I 0.015 0.928 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.019 0.012 8 V 0.015 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.017 0.024 9 S 0.005 0.138 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.800 0.041 10 H 0.006 0.348 0.008 0.002 0.001 0.001 0.026 0.004 0.001 0.565 0.040 11 F 0.038 0.815 0.018 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.001 0.053 0.026 12 L 0.021 0.559 0.030 0.005 0.001 0.002 0.036 0.008 0.002 0.220 0.117 13 S 0.008 0.803 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.082 0.079 14 H 0.005 0.104 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.861 0.015 15 R 0.002 0.195 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.758 0.024 16 N 0.005 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.014 0.040 17 V 0.004 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.011 0.040 18 T 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 19 N 0.015 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.024 0.014 20 E 0.019 0.868 0.042 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.019 0.035 21 L 0.244 0.601 0.040 0.003 0.001 0.001 0.016 0.030 0.004 0.019 0.040 22 A 0.376 0.177 0.023 0.005 0.002 0.004 0.054 0.023 0.007 0.147 0.184 23 E 0.052 0.056 0.002 0.010 0.003 0.005 0.059 0.002 0.001 0.026 0.785 24 K 0.012 0.031 0.002 0.017 0.002 0.006 0.131 0.001 0.001 0.021 0.775 25 I 0.015 0.054 0.007 0.011 0.017 0.008 0.130 0.005 0.001 0.044 0.707 26 S 0.340 0.529 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.044 0.001 0.013 0.055 27 K 0.297 0.242 0.003 0.004 0.002 0.002 0.050 0.020 0.001 0.111 0.269 28 D 0.085 0.253 0.041 0.010 0.008 0.014 0.050 0.011 0.007 0.099 0.422 29 H 0.329 0.048 0.004 0.014 0.009 0.014 0.072 0.020 0.002 0.054 0.434 30 Y 0.131 0.013 0.006 0.019 0.012 0.017 0.103 0.006 0.002 0.073 0.618 31 S 0.009 0.005 0.001 0.012 0.013 0.029 0.070 0.001 0.001 0.022 0.838 32 Y 0.011 0.003 0.001 0.012 0.011 0.018 0.091 0.001 0.001 0.024 0.830 33 K 0.041 0.005 0.002 0.025 0.058 0.053 0.174 0.003 0.001 0.105 0.533 34 P 0.025 0.007 0.001 0.021 0.008 0.013 0.146 0.002 0.001 0.060 0.717 35 A 0.127 0.026 0.001 0.030 0.008 0.012 0.153 0.005 0.001 0.062 0.574 36 E 0.053 0.041 0.001 0.015 0.007 0.009 0.133 0.004 0.001 0.099 0.638 37 T 0.039 0.115 0.001 0.016 0.005 0.008 0.101 0.003 0.001 0.060 0.652 38 S 0.026 0.144 0.001 0.022 0.017 0.024 0.113 0.003 0.001 0.100 0.550 39 M 0.007 0.306 0.002 0.031 0.028 0.024 0.093 0.001 0.001 0.036 0.471 40 S 0.013 0.907 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.004 0.001 0.028 0.034 41 A 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.004 42 E 0.010 0.864 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.104 0.015 43 E 0.005 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.052 0.016 44 L 0.010 0.940 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.021 0.009 45 V 0.006 0.935 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.023 0.020 46 K 0.006 0.543 0.003 0.002 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.362 0.062 47 H 0.003 0.182 0.002 0.002 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.772 0.015 48 I 0.010 0.840 0.006 0.002 0.001 0.002 0.014 0.011 0.001 0.093 0.021 49 L 0.007 0.905 0.004 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.032 0.033 50 T 0.004 0.930 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.018 0.033 51 S 0.007 0.920 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.029 0.026 52 F 0.010 0.920 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.029 0.024 53 H 0.012 0.549 0.004 0.006 0.003 0.009 0.022 0.002 0.001 0.334 0.058 54 L 0.015 0.739 0.010 0.006 0.007 0.008 0.024 0.004 0.002 0.111 0.074 55 F 0.071 0.778 0.007 0.006 0.007 0.009 0.015 0.018 0.001 0.030 0.058 56 A 0.057 0.565 0.008 0.015 0.009 0.020 0.046 0.008 0.003 0.055 0.212 57 N 0.043 0.269 0.025 0.032 0.025 0.043 0.075 0.008 0.012 0.084 0.386 58 V 0.161 0.090 0.027 0.023 0.018 0.035 0.099 0.016 0.012 0.119 0.400 59 I 0.233 0.020 0.011 0.018 0.015 0.017 0.103 0.011 0.006 0.090 0.477 60 K 0.126 0.007 0.002 0.014 0.005 0.009 0.088 0.003 0.001 0.025 0.720 61 E 0.025 0.003 0.001 0.007 0.002 0.006 0.078 0.001 0.001 0.017 0.861 62 G 0.024 0.002 0.001 0.009 0.010 0.012 0.112 0.001 0.001 0.030 0.800 63 N 0.015 0.003 0.001 0.014 0.015 0.017 0.132 0.001 0.001 0.032 0.769 64 A 0.018 0.006 0.001 0.019 0.010 0.011 0.130 0.002 0.001 0.026 0.778 65 S 0.160 0.023 0.002 0.022 0.014 0.018 0.136 0.008 0.001 0.088 0.529 66 P 0.043 0.020 0.001 0.018 0.008 0.014 0.138 0.004 0.001 0.041 0.712 67 F 0.100 0.037 0.002 0.022 0.008 0.014 0.116 0.005 0.001 0.039 0.655 68 Q 0.169 0.048 0.003 0.020 0.017 0.017 0.113 0.009 0.001 0.056 0.547 69 N 0.094 0.063 0.002 0.025 0.007 0.013 0.144 0.006 0.001 0.040 0.605 70 K 0.075 0.055 0.003 0.014 0.013 0.019 0.096 0.008 0.001 0.137 0.579 71 Q 0.113 0.080 0.002 0.014 0.010 0.011 0.092 0.006 0.001 0.049 0.621 72 E 0.029 0.020 0.002 0.021 0.009 0.014 0.159 0.002 0.001 0.252 0.493 73 E 0.004 0.108 0.002 0.011 0.011 0.007 0.109 0.001 0.001 0.113 0.632 74 T 0.046 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.009 0.018 75 E 0.036 0.541 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.366 0.035 76 T 0.003 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.025 0.032 77 D 0.013 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.014 0.017 78 L 0.004 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.011 0.006 79 N 0.008 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.040 0.022 80 V 0.003 0.186 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.770 0.028 81 L 0.009 0.682 0.011 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.001 0.255 0.018 82 A 0.021 0.465 0.013 0.001 0.001 0.001 0.016 0.015 0.001 0.433 0.033 83 K 0.005 0.791 0.007 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.095 0.081 84 T 0.007 0.927 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.022 0.032 85 Y 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.919 0.007 86 T 0.002 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.065 0.009 87 E 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.010 88 K 0.001 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 89 T 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 90 V 0.008 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.022 0.010 91 A 0.010 0.910 0.016 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.024 0.030 92 I 0.093 0.753 0.045 0.002 0.001 0.001 0.014 0.018 0.003 0.033 0.037 93 L 0.206 0.211 0.029 0.004 0.001 0.002 0.051 0.027 0.008 0.354 0.107 94 E 0.069 0.143 0.005 0.007 0.002 0.003 0.061 0.004 0.001 0.054 0.651 95 Q 0.020 0.087 0.003 0.011 0.002 0.005 0.100 0.002 0.001 0.020 0.750 96 L 0.012 0.114 0.013 0.013 0.008 0.006 0.127 0.006 0.002 0.048 0.651 97 T 0.113 0.773 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.034 0.001 0.012 0.052 98 E 0.163 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.001 0.014 0.066 99 E 0.047 0.778 0.012 0.002 0.002 0.002 0.012 0.005 0.001 0.031 0.108 100 Q 0.185 0.312 0.038 0.008 0.004 0.006 0.045 0.016 0.005 0.110 0.270 101 L 0.278 0.208 0.017 0.012 0.006 0.008 0.091 0.039 0.006 0.081 0.255 102 D 0.084 0.086 0.007 0.011 0.009 0.014 0.062 0.009 0.004 0.051 0.664 103 R 0.063 0.049 0.005 0.024 0.015 0.032 0.102 0.003 0.001 0.032 0.674 104 E 0.037 0.024 0.003 0.035 0.020 0.063 0.125 0.010 0.001 0.110 0.571 105 I 0.034 0.012 0.004 0.043 0.069 0.063 0.143 0.003 0.001 0.090 0.538 106 D 0.020 0.023 0.002 0.066 0.042 0.075 0.109 0.004 0.001 0.058 0.602 107 L 0.029 0.024 0.002 0.063 0.033 0.050 0.110 0.004 0.001 0.047 0.636 108 T 0.109 0.023 0.029 0.070 0.036 0.051 0.093 0.015 0.022 0.144 0.409 109 S 0.242 0.008 0.001 0.024 0.009 0.019 0.096 0.006 0.001 0.039 0.555 110 A 0.218 0.007 0.001 0.020 0.007 0.012 0.080 0.004 0.001 0.046 0.605 111 F 0.012 0.008 0.001 0.033 0.010 0.018 0.129 0.001 0.001 0.017 0.773 112 G 0.028 0.018 0.001 0.012 0.007 0.019 0.116 0.002 0.001 0.134 0.663 113 R 0.024 0.040 0.001 0.022 0.130 0.048 0.115 0.002 0.001 0.087 0.531 114 K 0.023 0.094 0.001 0.038 0.018 0.039 0.098 0.002 0.001 0.050 0.639 115 V 0.013 0.255 0.002 0.030 0.047 0.039 0.086 0.002 0.001 0.040 0.486 116 T 0.011 0.924 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.019 0.030 117 G 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 118 R 0.003 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.052 0.008 119 A 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 120 L 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.004 121 L 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.006 122 Q 0.004 0.860 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.099 0.023 123 L 0.008 0.853 0.005 0.006 0.002 0.004 0.011 0.002 0.001 0.086 0.022 124 A 0.029 0.847 0.012 0.006 0.003 0.003 0.015 0.008 0.001 0.037 0.038 125 M 0.057 0.694 0.016 0.012 0.005 0.009 0.029 0.008 0.003 0.030 0.137 126 E 0.076 0.416 0.009 0.012 0.006 0.009 0.058 0.006 0.002 0.066 0.339 127 H 0.091 0.352 0.011 0.022 0.011 0.019 0.086 0.008 0.002 0.075 0.322 128 E 0.086 0.323 0.008 0.025 0.015 0.031 0.074 0.010 0.002 0.047 0.378 129 I 0.058 0.236 0.011 0.033 0.028 0.051 0.081 0.007 0.004 0.042 0.451 130 H 0.081 0.187 0.009 0.026 0.029 0.035 0.084 0.005 0.003 0.100 0.442 131 H 0.089 0.365 0.005 0.014 0.028 0.032 0.056 0.007 0.001 0.073 0.330 132 K 0.033 0.575 0.002 0.009 0.009 0.018 0.044 0.004 0.001 0.042 0.263 133 G 0.007 0.732 0.001 0.008 0.017 0.031 0.029 0.001 0.001 0.037 0.137 134 N 0.004 0.831 0.001 0.005 0.023 0.029 0.013 0.001 0.001 0.038 0.055 135 L 0.005 0.883 0.001 0.006 0.016 0.032 0.007 0.002 0.001 0.021 0.028 136 F 0.005 0.894 0.001 0.006 0.020 0.021 0.005 0.001 0.001 0.023 0.023 137 V 0.013 0.835 0.002 0.011 0.022 0.035 0.007 0.001 0.001 0.025 0.047 138 Y 0.039 0.777 0.009 0.014 0.014 0.019 0.018 0.008 0.003 0.048 0.052 139 V 0.053 0.060 0.289 0.024 0.025 0.029 0.034 0.012 0.210 0.178 0.086 140 R 0.640 0.013 0.002 0.005 0.008 0.012 0.035 0.004 0.002 0.026 0.252 141 E 0.042 0.005 0.001 0.010 0.004 0.006 0.055 0.002 0.001 0.016 0.858 142 M 0.022 0.002 0.002 0.017 0.004 0.006 0.128 0.001 0.001 0.013 0.805 143 G 0.026 0.002 0.001 0.007 0.003 0.010 0.086 0.002 0.001 0.028 0.836 144 H 0.023 0.001 0.001 0.005 0.010 0.005 0.086 0.001 0.001 0.013 0.857 145 T 0.019 0.003 0.001 0.099 0.012 0.021 0.150 0.001 0.001 0.028 0.666 146 E 0.018 0.007 0.001 0.019 0.006 0.012 0.111 0.002 0.001 0.024 0.800 147 L 0.118 0.023 0.001 0.063 0.011 0.012 0.121 0.005 0.001 0.062 0.583 148 P 0.041 0.044 0.001 0.041 0.013 0.022 0.161 0.004 0.001 0.055 0.618 149 F 0.059 0.065 0.003 0.031 0.010 0.018 0.115 0.005 0.002 0.032 0.661 150 Y 0.379 0.063 0.011 0.028 0.021 0.018 0.077 0.023 0.006 0.053 0.320 151 Q 0.340 0.026 0.002 0.014 0.008 0.014 0.082 0.008 0.001 0.037 0.468 152 Q 0.074 0.018 0.002 0.022 0.011 0.024 0.093 0.003 0.001 0.034 0.720 153 R 0.027 0.017 0.001 0.035 0.014 0.025 0.114 0.002 0.001 0.031 0.733 154 M 0.054 0.022 0.002 0.027 0.027 0.029 0.134 0.004 0.001 0.061 0.639