# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 882 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.040 0.020 0.023 0.029 0.117 0.115 0.639 2 C 0.057 0.371 0.012 0.022 0.018 0.095 0.082 0.343 3 Q 0.026 0.884 0.002 0.002 0.003 0.010 0.009 0.063 4 S 0.026 0.918 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.032 5 N 0.012 0.346 0.007 0.002 0.002 0.010 0.591 0.031 6 Q 0.006 0.745 0.004 0.002 0.002 0.011 0.212 0.019 7 I 0.018 0.945 0.003 0.001 0.001 0.003 0.019 0.010 8 V 0.038 0.902 0.005 0.001 0.002 0.007 0.021 0.024 9 S 0.014 0.197 0.011 0.002 0.003 0.016 0.640 0.116 10 H 0.013 0.508 0.008 0.001 0.001 0.021 0.385 0.063 11 F 0.039 0.864 0.005 0.001 0.001 0.013 0.036 0.041 12 L 0.035 0.680 0.016 0.003 0.002 0.032 0.058 0.174 13 S 0.044 0.724 0.008 0.001 0.001 0.025 0.066 0.132 14 H 0.026 0.113 0.004 0.001 0.001 0.010 0.816 0.030 15 R 0.005 0.122 0.004 0.001 0.001 0.012 0.824 0.033 16 N 0.010 0.811 0.004 0.001 0.001 0.024 0.048 0.102 17 V 0.006 0.926 0.005 0.001 0.001 0.010 0.012 0.039 18 T 0.006 0.966 0.004 0.001 0.001 0.002 0.014 0.007 19 N 0.014 0.956 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.009 20 E 0.031 0.742 0.071 0.004 0.002 0.013 0.098 0.039 21 L 0.374 0.418 0.043 0.002 0.002 0.023 0.073 0.064 22 A 0.284 0.049 0.045 0.002 0.002 0.031 0.423 0.164 23 E 0.019 0.097 0.017 0.001 0.002 0.048 0.046 0.769 24 K 0.008 0.047 0.007 0.001 0.002 0.078 0.007 0.848 25 I 0.021 0.099 0.025 0.009 0.003 0.137 0.030 0.677 26 S 0.406 0.488 0.004 0.001 0.001 0.014 0.021 0.064 27 K 0.346 0.172 0.025 0.002 0.002 0.051 0.124 0.277 28 D 0.059 0.164 0.057 0.012 0.013 0.092 0.114 0.488 29 H 0.309 0.054 0.037 0.007 0.015 0.065 0.058 0.456 30 Y 0.087 0.013 0.022 0.017 0.021 0.138 0.022 0.680 31 S 0.017 0.007 0.025 0.013 0.037 0.085 0.023 0.795 32 Y 0.019 0.005 0.009 0.011 0.019 0.132 0.014 0.791 33 K 0.040 0.007 0.025 0.047 0.041 0.195 0.052 0.592 34 P 0.061 0.009 0.009 0.009 0.012 0.109 0.060 0.730 35 A 0.278 0.048 0.013 0.011 0.015 0.095 0.070 0.470 36 E 0.102 0.039 0.013 0.009 0.012 0.103 0.049 0.674 37 T 0.060 0.155 0.011 0.006 0.010 0.102 0.062 0.594 38 S 0.027 0.263 0.012 0.006 0.012 0.133 0.039 0.507 39 M 0.017 0.317 0.010 0.008 0.009 0.086 0.173 0.379 40 S 0.010 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.006 41 A 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 42 E 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.007 43 E 0.003 0.871 0.002 0.001 0.002 0.004 0.111 0.007 44 L 0.004 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 0.003 45 V 0.009 0.904 0.003 0.001 0.002 0.005 0.066 0.011 46 K 0.004 0.306 0.005 0.002 0.002 0.011 0.637 0.034 47 H 0.005 0.569 0.011 0.002 0.003 0.010 0.384 0.017 48 I 0.012 0.810 0.020 0.004 0.005 0.015 0.104 0.030 49 L 0.021 0.746 0.062 0.007 0.007 0.029 0.063 0.066 50 T 0.017 0.822 0.018 0.003 0.004 0.020 0.049 0.067 51 S 0.012 0.851 0.011 0.002 0.003 0.015 0.062 0.044 52 F 0.014 0.874 0.006 0.002 0.003 0.016 0.050 0.035 53 H 0.025 0.387 0.021 0.008 0.010 0.032 0.443 0.075 54 L 0.015 0.745 0.016 0.012 0.014 0.023 0.116 0.060 55 F 0.042 0.797 0.015 0.006 0.014 0.016 0.038 0.071 56 A 0.064 0.470 0.043 0.032 0.034 0.046 0.087 0.223 57 N 0.047 0.219 0.087 0.063 0.064 0.064 0.163 0.292 58 V 0.161 0.096 0.065 0.028 0.036 0.106 0.114 0.394 59 I 0.215 0.022 0.077 0.039 0.036 0.111 0.138 0.362 60 K 0.084 0.008 0.013 0.008 0.013 0.081 0.034 0.758 61 E 0.038 0.006 0.009 0.005 0.010 0.080 0.024 0.828 62 G 0.028 0.007 0.014 0.011 0.014 0.145 0.021 0.760 63 N 0.043 0.013 0.016 0.011 0.016 0.127 0.030 0.744 64 A 0.068 0.023 0.016 0.012 0.013 0.111 0.030 0.728 65 S 0.126 0.057 0.032 0.019 0.021 0.109 0.109 0.527 66 P 0.100 0.071 0.033 0.016 0.019 0.116 0.060 0.585 67 F 0.139 0.074 0.029 0.015 0.019 0.100 0.046 0.578 68 Q 0.136 0.078 0.024 0.014 0.020 0.096 0.071 0.561 69 N 0.179 0.074 0.012 0.008 0.014 0.097 0.043 0.573 70 K 0.067 0.028 0.015 0.013 0.018 0.101 0.179 0.580 71 Q 0.060 0.097 0.011 0.008 0.013 0.119 0.085 0.607 72 E 0.058 0.107 0.009 0.009 0.013 0.124 0.069 0.610 73 E 0.017 0.173 0.013 0.008 0.008 0.102 0.043 0.636 74 T 0.077 0.744 0.002 0.001 0.002 0.019 0.062 0.093 75 E 0.053 0.585 0.005 0.002 0.002 0.017 0.279 0.057 76 T 0.009 0.898 0.003 0.001 0.001 0.010 0.043 0.034 77 D 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.016 78 L 0.004 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 79 N 0.019 0.943 0.003 0.001 0.001 0.003 0.022 0.010 80 V 0.009 0.089 0.005 0.001 0.001 0.005 0.879 0.013 81 L 0.019 0.555 0.009 0.001 0.001 0.012 0.377 0.028 82 A 0.033 0.421 0.005 0.001 0.001 0.016 0.442 0.082 83 K 0.007 0.818 0.006 0.001 0.001 0.013 0.062 0.093 84 T 0.038 0.832 0.003 0.001 0.001 0.018 0.028 0.080 85 Y 0.012 0.218 0.003 0.001 0.001 0.012 0.719 0.035 86 T 0.011 0.682 0.002 0.001 0.001 0.008 0.278 0.019 87 E 0.005 0.929 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.031 88 K 0.001 0.965 0.004 0.001 0.001 0.003 0.013 0.012 89 T 0.003 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 90 V 0.006 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 91 A 0.009 0.814 0.076 0.002 0.001 0.005 0.076 0.017 92 I 0.184 0.625 0.036 0.001 0.001 0.019 0.084 0.050 93 L 0.189 0.088 0.057 0.001 0.001 0.020 0.573 0.070 94 E 0.035 0.279 0.018 0.001 0.001 0.037 0.068 0.561 95 Q 0.015 0.156 0.006 0.001 0.001 0.063 0.013 0.746 96 L 0.018 0.330 0.035 0.006 0.002 0.093 0.041 0.474 97 T 0.189 0.737 0.003 0.001 0.001 0.009 0.024 0.038 98 E 0.252 0.532 0.016 0.001 0.001 0.019 0.072 0.107 99 E 0.054 0.474 0.031 0.004 0.003 0.052 0.071 0.311 100 Q 0.185 0.227 0.058 0.003 0.003 0.054 0.119 0.351 101 L 0.156 0.135 0.024 0.005 0.006 0.102 0.079 0.494 102 D 0.158 0.058 0.035 0.004 0.007 0.068 0.080 0.590 103 R 0.036 0.037 0.012 0.009 0.015 0.101 0.040 0.750 104 E 0.021 0.011 0.045 0.019 0.048 0.144 0.057 0.655 105 I 0.030 0.014 0.047 0.061 0.072 0.145 0.091 0.541 106 D 0.024 0.016 0.067 0.064 0.072 0.113 0.046 0.597 107 L 0.045 0.014 0.053 0.048 0.057 0.109 0.061 0.613 108 T 0.076 0.018 0.067 0.053 0.043 0.107 0.094 0.544 109 S 0.409 0.013 0.021 0.012 0.018 0.069 0.035 0.422 110 A 0.181 0.009 0.015 0.014 0.019 0.083 0.044 0.633 111 F 0.027 0.005 0.012 0.012 0.041 0.110 0.017 0.776 112 G 0.018 0.005 0.015 0.021 0.061 0.091 0.067 0.722 113 R 0.013 0.032 0.028 0.135 0.103 0.114 0.059 0.516 114 K 0.010 0.068 0.029 0.034 0.057 0.093 0.034 0.674 115 V 0.019 0.313 0.028 0.074 0.047 0.065 0.074 0.381 116 T 0.008 0.924 0.004 0.004 0.005 0.005 0.031 0.019 117 G 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 118 R 0.001 0.934 0.002 0.002 0.003 0.001 0.052 0.004 119 A 0.001 0.926 0.001 0.002 0.003 0.001 0.062 0.003 120 L 0.002 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.002 121 L 0.003 0.950 0.002 0.003 0.004 0.002 0.034 0.004 122 Q 0.005 0.853 0.005 0.005 0.005 0.005 0.106 0.017 123 L 0.007 0.826 0.007 0.006 0.006 0.008 0.119 0.021 124 A 0.021 0.868 0.012 0.005 0.006 0.011 0.054 0.023 125 M 0.048 0.710 0.013 0.007 0.009 0.023 0.109 0.081 126 E 0.022 0.581 0.016 0.005 0.008 0.033 0.154 0.181 127 H 0.021 0.623 0.013 0.006 0.008 0.032 0.175 0.123 128 E 0.053 0.665 0.021 0.011 0.009 0.035 0.091 0.115 129 I 0.063 0.427 0.031 0.014 0.020 0.071 0.131 0.242 130 H 0.046 0.375 0.040 0.010 0.011 0.068 0.157 0.293 131 H 0.064 0.803 0.003 0.002 0.003 0.013 0.041 0.071 132 K 0.012 0.812 0.004 0.002 0.003 0.019 0.029 0.119 133 G 0.003 0.843 0.007 0.007 0.013 0.017 0.062 0.048 134 N 0.002 0.945 0.002 0.003 0.004 0.003 0.034 0.007 135 L 0.002 0.971 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 0.004 136 F 0.001 0.946 0.006 0.005 0.006 0.001 0.031 0.004 137 V 0.003 0.946 0.013 0.005 0.005 0.002 0.020 0.006 138 Y 0.042 0.828 0.055 0.008 0.007 0.004 0.045 0.011 139 V 0.195 0.110 0.269 0.025 0.012 0.017 0.304 0.068 140 R 0.436 0.043 0.017 0.005 0.004 0.033 0.048 0.413 141 E 0.159 0.003 0.010 0.002 0.002 0.039 0.032 0.754 142 M 0.008 0.001 0.007 0.003 0.004 0.120 0.013 0.844 143 G 0.020 0.002 0.003 0.002 0.005 0.057 0.009 0.903 144 H 0.037 0.003 0.006 0.008 0.006 0.100 0.018 0.822 145 T 0.042 0.008 0.040 0.024 0.025 0.150 0.038 0.673 146 E 0.079 0.010 0.020 0.009 0.018 0.105 0.029 0.728 147 L 0.065 0.020 0.059 0.020 0.018 0.126 0.038 0.654 148 P 0.039 0.033 0.055 0.017 0.022 0.115 0.040 0.680 149 F 0.071 0.058 0.038 0.017 0.021 0.099 0.090 0.607 150 Y 0.298 0.122 0.031 0.023 0.023 0.076 0.089 0.337 151 Q 0.195 0.050 0.019 0.016 0.027 0.084 0.071 0.539 152 Q 0.056 0.021 0.014 0.018 0.035 0.106 0.055 0.694 153 R 0.039 0.019 0.017 0.028 0.060 0.127 0.064 0.645 154 M 0.032 0.015 0.014 0.033 0.059 0.118 0.046 0.682