# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 882 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.260 0.060 0.029 0.078 0.094 0.102 0.150 0.101 0.063 0.040 0.023 2 C 0.264 0.193 0.072 0.135 0.112 0.059 0.060 0.042 0.030 0.021 0.011 3 Q 0.105 0.269 0.068 0.146 0.119 0.080 0.097 0.049 0.038 0.019 0.010 4 S 0.159 0.096 0.035 0.101 0.148 0.115 0.154 0.099 0.054 0.026 0.014 5 N 0.354 0.130 0.115 0.180 0.090 0.056 0.037 0.017 0.011 0.007 0.002 6 Q 0.009 0.025 0.044 0.195 0.210 0.185 0.201 0.084 0.031 0.011 0.004 7 I 0.001 0.002 0.006 0.006 0.006 0.013 0.079 0.116 0.242 0.286 0.244 8 V 0.001 0.003 0.026 0.053 0.086 0.191 0.302 0.145 0.107 0.054 0.031 9 S 0.012 0.023 0.552 0.205 0.103 0.047 0.030 0.013 0.008 0.005 0.001 10 H 0.002 0.006 0.025 0.041 0.060 0.164 0.357 0.161 0.102 0.057 0.026 11 F 0.003 0.004 0.014 0.011 0.011 0.020 0.086 0.141 0.244 0.260 0.206 12 L 0.027 0.027 0.210 0.168 0.165 0.143 0.136 0.059 0.033 0.024 0.008 13 S 0.015 0.042 0.353 0.178 0.137 0.101 0.093 0.039 0.023 0.014 0.006 14 H 0.005 0.012 0.024 0.024 0.027 0.063 0.205 0.180 0.207 0.167 0.087 15 R 0.028 0.028 0.061 0.090 0.118 0.162 0.232 0.119 0.083 0.056 0.024 16 N 0.210 0.086 0.419 0.144 0.058 0.036 0.024 0.010 0.006 0.004 0.002 17 V 0.010 0.029 0.059 0.131 0.137 0.217 0.239 0.093 0.049 0.026 0.010 18 T 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.008 0.051 0.111 0.247 0.295 0.273 19 N 0.005 0.013 0.081 0.143 0.209 0.284 0.181 0.046 0.021 0.013 0.004 20 E 0.044 0.046 0.692 0.134 0.038 0.024 0.012 0.004 0.002 0.002 0.001 21 L 0.001 0.004 0.009 0.020 0.029 0.074 0.251 0.285 0.160 0.107 0.059 22 A 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.014 0.070 0.144 0.259 0.270 0.226 23 E 0.012 0.016 0.468 0.201 0.150 0.097 0.038 0.008 0.004 0.004 0.001 24 K 0.009 0.033 0.423 0.258 0.171 0.071 0.028 0.004 0.002 0.001 0.001 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.196 0.228 0.284 0.252 26 S 0.039 0.404 0.151 0.123 0.092 0.063 0.072 0.029 0.012 0.013 0.002 27 K 0.333 0.139 0.406 0.088 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 28 D 0.587 0.086 0.093 0.104 0.053 0.046 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 29 H 0.069 0.105 0.042 0.155 0.136 0.123 0.170 0.076 0.067 0.039 0.018 30 Y 0.004 0.009 0.019 0.028 0.038 0.092 0.179 0.163 0.198 0.135 0.135 31 S 0.046 0.095 0.444 0.226 0.125 0.032 0.018 0.006 0.004 0.003 0.001 32 Y 0.022 0.050 0.126 0.120 0.111 0.159 0.182 0.085 0.077 0.044 0.025 33 K 0.288 0.166 0.080 0.152 0.098 0.069 0.070 0.027 0.024 0.017 0.009 34 P 0.122 0.088 0.049 0.106 0.107 0.125 0.165 0.100 0.066 0.042 0.030 35 A 0.211 0.161 0.105 0.153 0.121 0.066 0.066 0.046 0.032 0.023 0.015 36 E 0.303 0.231 0.079 0.140 0.090 0.053 0.052 0.024 0.015 0.009 0.004 37 T 0.226 0.134 0.057 0.134 0.118 0.090 0.100 0.061 0.042 0.025 0.014 38 S 0.187 0.100 0.046 0.134 0.141 0.130 0.120 0.057 0.043 0.027 0.015 39 M 0.065 0.072 0.054 0.122 0.117 0.135 0.173 0.107 0.075 0.051 0.029 40 S 0.015 0.032 0.038 0.075 0.087 0.104 0.179 0.148 0.143 0.114 0.065 41 A 0.005 0.005 0.011 0.014 0.021 0.035 0.104 0.159 0.219 0.219 0.209 42 E 0.042 0.057 0.128 0.226 0.191 0.144 0.100 0.039 0.033 0.029 0.012 43 E 0.008 0.017 0.049 0.120 0.141 0.174 0.228 0.130 0.075 0.038 0.020 44 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.010 0.043 0.096 0.212 0.289 0.330 45 V 0.001 0.001 0.011 0.011 0.013 0.037 0.121 0.120 0.232 0.239 0.214 46 K 0.002 0.011 0.170 0.188 0.240 0.137 0.126 0.064 0.036 0.018 0.007 47 H 0.001 0.003 0.020 0.021 0.031 0.131 0.327 0.188 0.149 0.087 0.041 48 I 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.005 0.027 0.055 0.193 0.308 0.399 49 L 0.003 0.005 0.019 0.023 0.030 0.092 0.213 0.211 0.191 0.123 0.092 50 T 0.005 0.028 0.160 0.154 0.142 0.148 0.150 0.095 0.061 0.037 0.020 51 S 0.001 0.002 0.009 0.007 0.009 0.026 0.114 0.169 0.236 0.247 0.180 52 F 0.009 0.008 0.026 0.035 0.035 0.066 0.163 0.128 0.216 0.186 0.128 53 H 0.008 0.019 0.072 0.115 0.115 0.199 0.193 0.108 0.082 0.055 0.034 54 L 0.003 0.009 0.033 0.044 0.052 0.116 0.210 0.192 0.156 0.118 0.069 55 F 0.001 0.002 0.009 0.009 0.008 0.013 0.053 0.112 0.220 0.292 0.282 56 A 0.001 0.004 0.015 0.023 0.022 0.067 0.139 0.139 0.210 0.205 0.176 57 N 0.007 0.018 0.132 0.169 0.181 0.152 0.160 0.077 0.053 0.035 0.017 58 V 0.006 0.017 0.034 0.064 0.074 0.122 0.237 0.180 0.132 0.087 0.048 59 I 0.001 0.002 0.004 0.005 0.004 0.009 0.039 0.098 0.207 0.329 0.302 60 K 0.050 0.118 0.104 0.225 0.188 0.109 0.102 0.050 0.027 0.019 0.008 61 E 0.182 0.252 0.129 0.176 0.109 0.052 0.044 0.023 0.016 0.011 0.006 62 G 0.368 0.133 0.038 0.099 0.095 0.072 0.081 0.045 0.032 0.023 0.012 63 N 0.353 0.248 0.037 0.111 0.077 0.046 0.057 0.031 0.021 0.013 0.006 64 A 0.122 0.096 0.042 0.100 0.086 0.100 0.138 0.115 0.096 0.062 0.044 65 S 0.280 0.216 0.072 0.143 0.103 0.066 0.057 0.030 0.018 0.010 0.004 66 P 0.230 0.133 0.053 0.140 0.100 0.096 0.104 0.058 0.044 0.028 0.014 67 F 0.091 0.071 0.032 0.093 0.108 0.140 0.161 0.108 0.092 0.063 0.040 68 Q 0.196 0.198 0.078 0.164 0.124 0.078 0.075 0.039 0.025 0.017 0.008 69 N 0.238 0.123 0.068 0.125 0.114 0.084 0.096 0.070 0.041 0.026 0.014 70 K 0.234 0.267 0.078 0.148 0.098 0.058 0.054 0.026 0.018 0.011 0.005 71 Q 0.221 0.149 0.050 0.135 0.126 0.098 0.114 0.054 0.030 0.017 0.007 72 E 0.500 0.143 0.067 0.112 0.072 0.038 0.034 0.017 0.010 0.006 0.002 73 E 0.167 0.136 0.081 0.161 0.127 0.099 0.108 0.055 0.034 0.022 0.010 74 T 0.085 0.260 0.071 0.130 0.098 0.083 0.128 0.063 0.044 0.026 0.012 75 E 0.100 0.112 0.053 0.135 0.167 0.168 0.154 0.067 0.027 0.012 0.005 76 T 0.739 0.074 0.104 0.049 0.014 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 77 D 0.035 0.063 0.066 0.273 0.209 0.183 0.118 0.033 0.013 0.005 0.002 78 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.010 0.061 0.131 0.249 0.268 0.266 79 N 0.004 0.010 0.088 0.142 0.211 0.261 0.192 0.051 0.024 0.014 0.004 80 V 0.014 0.023 0.773 0.116 0.037 0.019 0.011 0.004 0.002 0.002 0.001 81 L 0.001 0.003 0.017 0.026 0.038 0.117 0.344 0.198 0.137 0.080 0.039 82 A 0.001 0.002 0.011 0.006 0.010 0.021 0.102 0.156 0.252 0.257 0.182 83 K 0.010 0.012 0.415 0.186 0.178 0.109 0.061 0.017 0.007 0.005 0.001 84 T 0.011 0.025 0.525 0.180 0.110 0.077 0.051 0.012 0.005 0.003 0.001 85 Y 0.001 0.002 0.007 0.005 0.008 0.024 0.136 0.220 0.258 0.224 0.115 86 T 0.008 0.013 0.051 0.044 0.076 0.131 0.278 0.168 0.112 0.087 0.032 87 E 0.088 0.035 0.735 0.089 0.023 0.016 0.008 0.003 0.002 0.002 0.001 88 K 0.003 0.012 0.068 0.132 0.164 0.284 0.250 0.056 0.021 0.008 0.002 89 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.068 0.223 0.335 0.346 90 V 0.001 0.003 0.053 0.072 0.148 0.300 0.284 0.069 0.039 0.023 0.008 91 A 0.004 0.011 0.838 0.091 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.008 0.009 0.013 0.069 0.330 0.267 0.151 0.103 0.049 93 L 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.010 0.068 0.135 0.280 0.270 0.221 94 E 0.007 0.011 0.385 0.163 0.198 0.136 0.067 0.017 0.007 0.007 0.001 95 Q 0.007 0.023 0.467 0.220 0.167 0.073 0.035 0.005 0.002 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.068 0.287 0.230 0.237 0.159 97 T 0.052 0.585 0.136 0.075 0.043 0.030 0.041 0.018 0.008 0.009 0.002 98 E 0.307 0.146 0.312 0.138 0.046 0.025 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 99 E 0.826 0.047 0.067 0.035 0.010 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 100 Q 0.059 0.132 0.059 0.205 0.178 0.145 0.141 0.039 0.024 0.013 0.004 101 L 0.001 0.003 0.008 0.009 0.013 0.040 0.126 0.166 0.227 0.180 0.229 102 D 0.025 0.053 0.512 0.209 0.131 0.040 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 103 R 0.036 0.074 0.527 0.161 0.093 0.056 0.034 0.010 0.005 0.003 0.001 104 E 0.134 0.094 0.088 0.154 0.124 0.140 0.147 0.045 0.038 0.024 0.013 105 I 0.013 0.010 0.015 0.025 0.036 0.094 0.196 0.210 0.180 0.126 0.096 106 D 0.123 0.159 0.335 0.207 0.096 0.034 0.020 0.011 0.007 0.005 0.002 107 L 0.031 0.038 0.075 0.075 0.075 0.104 0.178 0.141 0.127 0.094 0.063 108 T 0.159 0.128 0.070 0.134 0.121 0.089 0.113 0.067 0.056 0.040 0.022 109 S 0.228 0.116 0.064 0.135 0.110 0.098 0.103 0.052 0.046 0.030 0.017 110 A 0.186 0.123 0.078 0.121 0.088 0.094 0.097 0.060 0.065 0.051 0.037 111 F 0.131 0.104 0.037 0.126 0.115 0.116 0.154 0.086 0.063 0.041 0.026 112 G 0.273 0.166 0.047 0.121 0.094 0.074 0.082 0.054 0.043 0.028 0.018 113 R 0.111 0.104 0.043 0.115 0.128 0.148 0.143 0.083 0.060 0.042 0.024 114 K 0.346 0.180 0.071 0.170 0.098 0.054 0.040 0.019 0.011 0.007 0.004 115 V 0.035 0.020 0.016 0.041 0.050 0.070 0.138 0.203 0.162 0.141 0.123 116 T 0.072 0.172 0.081 0.191 0.158 0.103 0.091 0.050 0.039 0.031 0.013 117 G 0.053 0.050 0.048 0.080 0.092 0.098 0.166 0.135 0.127 0.094 0.057 118 R 0.076 0.076 0.090 0.202 0.192 0.153 0.105 0.042 0.033 0.023 0.009 119 A 0.014 0.025 0.044 0.123 0.143 0.158 0.220 0.134 0.077 0.042 0.020 120 L 0.001 0.004 0.015 0.020 0.028 0.042 0.119 0.180 0.221 0.211 0.159 121 L 0.001 0.001 0.013 0.010 0.013 0.028 0.100 0.126 0.241 0.252 0.214 122 Q 0.001 0.007 0.123 0.153 0.223 0.140 0.164 0.082 0.061 0.033 0.013 123 L 0.002 0.006 0.043 0.034 0.048 0.133 0.290 0.188 0.140 0.079 0.037 124 A 0.002 0.003 0.018 0.012 0.010 0.019 0.075 0.120 0.228 0.278 0.235 125 M 0.006 0.006 0.026 0.022 0.025 0.056 0.151 0.188 0.218 0.180 0.121 126 E 0.021 0.053 0.208 0.186 0.165 0.113 0.098 0.064 0.045 0.032 0.014 127 H 0.016 0.016 0.038 0.040 0.052 0.112 0.247 0.187 0.145 0.097 0.049 128 E 0.060 0.047 0.081 0.103 0.094 0.093 0.144 0.105 0.121 0.102 0.049 129 I 0.054 0.040 0.074 0.079 0.081 0.112 0.183 0.127 0.115 0.084 0.050 130 H 0.031 0.047 0.104 0.132 0.128 0.127 0.145 0.105 0.087 0.064 0.030 131 H 0.016 0.018 0.037 0.038 0.043 0.075 0.153 0.161 0.194 0.161 0.103 132 K 0.052 0.062 0.091 0.158 0.163 0.133 0.141 0.073 0.060 0.045 0.020 133 G 0.100 0.075 0.109 0.121 0.116 0.105 0.147 0.091 0.070 0.046 0.022 134 N 0.011 0.022 0.037 0.089 0.110 0.134 0.205 0.141 0.133 0.079 0.040 135 L 0.002 0.002 0.008 0.008 0.008 0.017 0.074 0.091 0.249 0.273 0.270 136 F 0.005 0.013 0.059 0.153 0.184 0.191 0.207 0.082 0.061 0.031 0.015 137 V 0.003 0.016 0.093 0.117 0.112 0.156 0.209 0.131 0.094 0.046 0.025 138 Y 0.001 0.001 0.006 0.007 0.007 0.016 0.082 0.136 0.236 0.244 0.264 139 V 0.003 0.006 0.034 0.036 0.030 0.064 0.172 0.153 0.209 0.169 0.123 140 R 0.004 0.012 0.155 0.201 0.242 0.151 0.125 0.056 0.029 0.018 0.007 141 E 0.010 0.025 0.070 0.087 0.093 0.165 0.272 0.125 0.081 0.048 0.024 142 M 0.015 0.013 0.020 0.027 0.028 0.057 0.151 0.201 0.198 0.192 0.098 143 G 0.518 0.226 0.081 0.082 0.033 0.020 0.018 0.010 0.006 0.005 0.002 144 H 0.092 0.074 0.054 0.112 0.097 0.114 0.127 0.094 0.090 0.076 0.071 145 T 0.379 0.242 0.052 0.117 0.080 0.040 0.036 0.022 0.016 0.011 0.006 146 E 0.356 0.189 0.047 0.128 0.096 0.057 0.058 0.030 0.020 0.012 0.007 147 L 0.053 0.044 0.038 0.065 0.069 0.098 0.135 0.131 0.146 0.122 0.099 148 P 0.249 0.189 0.069 0.170 0.105 0.081 0.072 0.029 0.020 0.011 0.006 149 F 0.089 0.067 0.044 0.091 0.081 0.098 0.146 0.118 0.113 0.095 0.057 150 Y 0.101 0.073 0.037 0.090 0.109 0.123 0.148 0.113 0.088 0.069 0.048 151 Q 0.337 0.216 0.077 0.137 0.086 0.048 0.040 0.024 0.016 0.012 0.006 152 Q 0.345 0.120 0.063 0.106 0.087 0.071 0.071 0.053 0.039 0.029 0.017 153 R 0.219 0.156 0.060 0.145 0.133 0.093 0.083 0.046 0.034 0.022 0.011 154 M 0.197 0.091 0.062 0.120 0.102 0.108 0.124 0.078 0.061 0.039 0.019