# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 882 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.008 0.002 0.015 0.010 0.026 0.057 0.001 0.001 0.002 0.831 2 C 0.012 0.004 0.001 0.007 0.004 0.007 0.104 0.001 0.001 0.002 0.856 3 Q 0.030 0.005 0.002 0.005 0.002 0.005 0.238 0.001 0.001 0.003 0.711 4 S 0.074 0.072 0.003 0.020 0.005 0.018 0.248 0.001 0.001 0.006 0.554 5 N 0.033 0.178 0.001 0.007 0.003 0.007 0.146 0.001 0.001 0.009 0.616 6 Q 0.039 0.379 0.004 0.004 0.002 0.003 0.188 0.001 0.001 0.004 0.377 7 I 0.026 0.868 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.087 8 V 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 9 S 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 10 H 0.032 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.024 11 F 0.033 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.012 12 L 0.011 0.947 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.026 13 S 0.019 0.872 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.077 14 H 0.097 0.795 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.068 15 R 0.061 0.824 0.010 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.087 16 N 0.041 0.639 0.036 0.004 0.001 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.254 17 V 0.049 0.619 0.028 0.005 0.001 0.001 0.031 0.008 0.001 0.001 0.258 18 T 0.029 0.809 0.009 0.004 0.001 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.126 19 N 0.014 0.858 0.004 0.003 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.108 20 E 0.013 0.872 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.096 21 L 0.028 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.034 22 A 0.013 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 23 E 0.032 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.035 24 K 0.280 0.547 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.127 0.001 0.001 0.035 25 I 0.311 0.494 0.063 0.003 0.001 0.001 0.004 0.082 0.001 0.001 0.041 26 S 0.051 0.282 0.140 0.012 0.004 0.006 0.062 0.044 0.001 0.003 0.397 27 K 0.010 0.024 0.018 0.012 0.002 0.003 0.012 0.004 0.001 0.008 0.907 28 D 0.010 0.015 0.005 0.003 0.001 0.002 0.566 0.001 0.001 0.002 0.395 29 H 0.396 0.025 0.001 0.003 0.001 0.002 0.510 0.001 0.001 0.007 0.055 30 Y 0.366 0.519 0.006 0.009 0.005 0.007 0.014 0.007 0.001 0.003 0.065 31 S 0.121 0.358 0.075 0.051 0.023 0.033 0.050 0.015 0.001 0.008 0.268 32 Y 0.155 0.112 0.045 0.034 0.022 0.033 0.052 0.022 0.001 0.005 0.520 33 K 0.124 0.051 0.009 0.020 0.031 0.062 0.086 0.016 0.001 0.003 0.599 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.991 35 A 0.011 0.004 0.001 0.026 0.023 0.084 0.121 0.001 0.001 0.001 0.726 36 E 0.109 0.009 0.001 0.019 0.007 0.013 0.109 0.001 0.001 0.007 0.726 37 T 0.149 0.025 0.002 0.024 0.010 0.016 0.144 0.003 0.001 0.007 0.621 38 S 0.391 0.042 0.005 0.045 0.010 0.019 0.092 0.002 0.001 0.005 0.389 39 M 0.114 0.060 0.013 0.038 0.018 0.019 0.136 0.001 0.001 0.007 0.594 40 S 0.021 0.023 0.007 0.014 0.006 0.013 0.435 0.001 0.001 0.005 0.474 41 A 0.034 0.074 0.005 0.040 0.004 0.020 0.071 0.001 0.001 0.006 0.746 42 E 0.004 0.135 0.001 0.004 0.002 0.006 0.466 0.001 0.001 0.003 0.378 43 E 0.057 0.154 0.001 0.001 0.001 0.001 0.694 0.001 0.001 0.004 0.089 44 L 0.027 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 45 V 0.002 0.980 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 46 K 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 47 H 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 48 I 0.045 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.008 49 L 0.011 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 50 T 0.011 0.915 0.012 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.047 51 S 0.029 0.898 0.009 0.006 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.045 52 F 0.019 0.893 0.005 0.005 0.001 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.064 53 H 0.033 0.798 0.018 0.004 0.003 0.004 0.022 0.005 0.001 0.001 0.114 54 L 0.044 0.839 0.010 0.004 0.004 0.003 0.013 0.006 0.001 0.001 0.077 55 F 0.030 0.901 0.008 0.003 0.003 0.004 0.003 0.006 0.001 0.001 0.041 56 A 0.021 0.896 0.009 0.005 0.008 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.044 57 N 0.024 0.859 0.004 0.005 0.018 0.014 0.005 0.009 0.001 0.001 0.061 58 V 0.067 0.786 0.005 0.007 0.013 0.015 0.005 0.023 0.001 0.001 0.080 59 I 0.064 0.731 0.010 0.016 0.031 0.032 0.016 0.021 0.001 0.001 0.080 60 K 0.107 0.408 0.017 0.022 0.035 0.041 0.065 0.038 0.001 0.004 0.264 61 E 0.167 0.159 0.022 0.017 0.012 0.025 0.054 0.067 0.001 0.008 0.469 62 G 0.291 0.058 0.064 0.029 0.012 0.017 0.090 0.033 0.001 0.009 0.396 63 N 0.098 0.013 0.046 0.016 0.008 0.009 0.103 0.010 0.001 0.004 0.694 64 A 0.072 0.008 0.024 0.027 0.012 0.027 0.080 0.002 0.001 0.004 0.744 65 S 0.047 0.007 0.005 0.028 0.014 0.025 0.306 0.002 0.001 0.003 0.564 66 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.974 67 F 0.011 0.009 0.001 0.015 0.008 0.017 0.385 0.001 0.001 0.004 0.550 68 Q 0.221 0.029 0.001 0.014 0.009 0.015 0.364 0.001 0.001 0.016 0.330 69 N 0.183 0.227 0.003 0.013 0.014 0.023 0.079 0.006 0.001 0.011 0.441 70 K 0.176 0.165 0.012 0.016 0.015 0.030 0.100 0.006 0.001 0.023 0.456 71 Q 0.199 0.117 0.017 0.013 0.012 0.016 0.159 0.008 0.001 0.008 0.451 72 E 0.207 0.115 0.006 0.008 0.010 0.020 0.096 0.013 0.001 0.010 0.514 73 E 0.175 0.132 0.028 0.013 0.007 0.011 0.147 0.012 0.001 0.006 0.469 74 T 0.074 0.098 0.021 0.012 0.006 0.013 0.244 0.007 0.001 0.004 0.522 75 E 0.039 0.060 0.005 0.014 0.003 0.013 0.035 0.002 0.001 0.004 0.826 76 T 0.009 0.090 0.004 0.004 0.002 0.004 0.246 0.001 0.001 0.003 0.635 77 D 0.067 0.163 0.002 0.003 0.001 0.002 0.460 0.001 0.001 0.006 0.295 78 L 0.038 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.069 79 N 0.005 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 80 V 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 81 L 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 82 A 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 83 K 0.010 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 84 T 0.020 0.920 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.043 85 Y 0.037 0.888 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.051 86 T 0.013 0.922 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.050 87 E 0.008 0.886 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.092 88 K 0.010 0.893 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.083 89 T 0.009 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 90 V 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 91 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 92 I 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 93 L 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 94 E 0.015 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.008 95 Q 0.137 0.733 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.001 0.001 0.019 96 L 0.308 0.528 0.048 0.002 0.001 0.001 0.002 0.084 0.001 0.001 0.027 97 T 0.056 0.417 0.195 0.008 0.001 0.002 0.051 0.045 0.001 0.002 0.223 98 E 0.015 0.060 0.050 0.016 0.001 0.002 0.013 0.007 0.001 0.008 0.828 99 E 0.011 0.044 0.010 0.003 0.001 0.001 0.548 0.002 0.001 0.002 0.378 100 Q 0.290 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.603 0.002 0.001 0.006 0.049 101 L 0.242 0.684 0.005 0.003 0.001 0.003 0.006 0.011 0.001 0.001 0.044 102 D 0.068 0.609 0.090 0.020 0.009 0.010 0.028 0.012 0.001 0.006 0.147 103 R 0.148 0.376 0.049 0.031 0.052 0.020 0.061 0.033 0.001 0.008 0.221 104 E 0.136 0.120 0.007 0.012 0.011 0.029 0.028 0.069 0.001 0.004 0.584 105 I 0.233 0.126 0.046 0.092 0.050 0.071 0.077 0.017 0.001 0.003 0.284 106 D 0.039 0.030 0.011 0.098 0.039 0.050 0.099 0.010 0.001 0.003 0.622 107 L 0.044 0.027 0.010 0.152 0.057 0.122 0.040 0.004 0.001 0.003 0.542 108 T 0.032 0.018 0.003 0.156 0.041 0.070 0.232 0.002 0.001 0.004 0.442 109 S 0.039 0.007 0.001 0.038 0.020 0.030 0.102 0.002 0.001 0.004 0.758 110 A 0.037 0.027 0.002 0.054 0.040 0.067 0.262 0.002 0.001 0.008 0.501 111 F 0.118 0.031 0.002 0.031 0.024 0.035 0.387 0.002 0.001 0.026 0.343 112 G 0.374 0.027 0.006 0.018 0.013 0.022 0.077 0.007 0.001 0.095 0.361 113 R 0.318 0.016 0.078 0.034 0.032 0.025 0.209 0.003 0.001 0.008 0.277 114 K 0.008 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.050 0.001 0.001 0.001 0.926 115 V 0.054 0.008 0.007 0.062 0.132 0.308 0.074 0.001 0.001 0.002 0.353 116 T 0.005 0.002 0.001 0.008 0.005 0.009 0.138 0.001 0.001 0.001 0.833 117 G 0.017 0.008 0.001 0.027 0.016 0.073 0.073 0.001 0.001 0.003 0.782 118 R 0.006 0.058 0.001 0.013 0.007 0.015 0.489 0.001 0.001 0.006 0.405 119 A 0.054 0.140 0.001 0.003 0.004 0.006 0.577 0.001 0.001 0.008 0.207 120 L 0.021 0.929 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.033 121 L 0.003 0.977 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 122 Q 0.003 0.982 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 123 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 124 A 0.017 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 125 M 0.017 0.948 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.016 126 E 0.036 0.833 0.013 0.004 0.002 0.003 0.007 0.019 0.001 0.001 0.083 127 H 0.122 0.656 0.031 0.007 0.002 0.003 0.010 0.025 0.001 0.001 0.144 128 E 0.075 0.721 0.051 0.009 0.003 0.004 0.018 0.012 0.001 0.001 0.107 129 I 0.046 0.692 0.029 0.011 0.005 0.006 0.014 0.008 0.001 0.001 0.190 130 H 0.044 0.690 0.018 0.012 0.007 0.008 0.019 0.008 0.001 0.001 0.193 131 H 0.079 0.714 0.011 0.009 0.009 0.011 0.025 0.010 0.001 0.001 0.131 132 K 0.046 0.680 0.007 0.008 0.005 0.011 0.026 0.009 0.001 0.001 0.209 133 G 0.061 0.540 0.008 0.006 0.005 0.010 0.025 0.008 0.001 0.003 0.335 134 N 0.080 0.669 0.035 0.005 0.005 0.005 0.073 0.004 0.001 0.002 0.121 135 L 0.014 0.850 0.006 0.004 0.007 0.008 0.019 0.002 0.001 0.001 0.090 136 F 0.005 0.894 0.002 0.003 0.003 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.073 137 V 0.003 0.955 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 138 Y 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 139 V 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 140 R 0.005 0.985 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 141 E 0.046 0.929 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.004 142 M 0.139 0.735 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.102 0.001 0.001 0.015 143 G 0.403 0.158 0.035 0.004 0.002 0.003 0.003 0.285 0.001 0.010 0.096 144 H 0.032 0.013 0.884 0.004 0.001 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.041 145 T 0.047 0.013 0.041 0.059 0.017 0.013 0.093 0.008 0.001 0.014 0.695 146 E 0.005 0.001 0.004 0.009 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.937 147 L 0.049 0.004 0.003 0.087 0.012 0.024 0.202 0.001 0.001 0.002 0.616 148 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.971 149 F 0.023 0.009 0.001 0.038 0.014 0.033 0.142 0.001 0.001 0.003 0.736 150 Y 0.178 0.040 0.001 0.064 0.020 0.039 0.103 0.001 0.001 0.009 0.544 151 Q 0.067 0.060 0.001 0.022 0.017 0.029 0.124 0.001 0.001 0.009 0.669 152 Q 0.111 0.084 0.003 0.015 0.013 0.024 0.232 0.002 0.001 0.009 0.507 153 R 0.263 0.170 0.004 0.015 0.019 0.031 0.139 0.004 0.001 0.008 0.346 154 M 0.151 0.232 0.012 0.015 0.029 0.041 0.074 0.008 0.001 0.006 0.432