# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 882 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.016 0.043 0.015 0.028 0.084 0.010 0.710 2 C 0.073 0.018 0.030 0.023 0.029 0.145 0.009 0.673 3 Q 0.040 0.018 0.023 0.009 0.020 0.116 0.004 0.770 4 S 0.033 0.030 0.016 0.006 0.023 0.164 0.004 0.725 5 N 0.036 0.064 0.008 0.003 0.009 0.181 0.004 0.695 6 Q 0.048 0.224 0.004 0.002 0.004 0.183 0.004 0.530 7 I 0.043 0.645 0.003 0.002 0.005 0.064 0.004 0.235 8 V 0.008 0.929 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.050 9 S 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 10 H 0.021 0.941 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 11 F 0.023 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 12 L 0.020 0.915 0.006 0.001 0.003 0.006 0.006 0.043 13 S 0.030 0.892 0.003 0.001 0.001 0.007 0.007 0.058 14 H 0.067 0.824 0.010 0.001 0.001 0.007 0.014 0.077 15 R 0.047 0.814 0.010 0.001 0.001 0.012 0.013 0.102 16 N 0.055 0.691 0.015 0.002 0.002 0.026 0.016 0.192 17 V 0.043 0.747 0.016 0.002 0.002 0.029 0.008 0.153 18 T 0.023 0.806 0.012 0.002 0.005 0.028 0.006 0.119 19 N 0.008 0.866 0.017 0.003 0.005 0.008 0.002 0.092 20 E 0.008 0.865 0.005 0.002 0.003 0.020 0.003 0.095 21 L 0.012 0.943 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.032 22 A 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 23 E 0.038 0.920 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.021 24 K 0.781 0.100 0.002 0.001 0.001 0.001 0.088 0.028 25 I 0.469 0.247 0.134 0.003 0.003 0.007 0.050 0.085 26 S 0.031 0.163 0.108 0.010 0.028 0.153 0.021 0.486 27 K 0.012 0.074 0.028 0.004 0.017 0.027 0.004 0.834 28 D 0.012 0.061 0.014 0.002 0.003 0.326 0.005 0.578 29 H 0.089 0.099 0.006 0.001 0.001 0.639 0.010 0.155 30 Y 0.054 0.895 0.007 0.002 0.002 0.005 0.003 0.032 31 S 0.052 0.743 0.016 0.015 0.022 0.021 0.020 0.110 32 Y 0.194 0.300 0.071 0.028 0.034 0.018 0.073 0.281 33 K 0.279 0.152 0.043 0.066 0.080 0.064 0.024 0.293 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 A 0.009 0.013 0.039 0.028 0.085 0.139 0.005 0.682 36 E 0.137 0.009 0.022 0.005 0.006 0.070 0.008 0.742 37 T 0.212 0.028 0.016 0.006 0.010 0.159 0.009 0.561 38 S 0.499 0.033 0.040 0.007 0.010 0.085 0.010 0.316 39 M 0.173 0.044 0.092 0.014 0.013 0.206 0.012 0.446 40 S 0.061 0.023 0.018 0.007 0.016 0.516 0.007 0.351 41 A 0.051 0.118 0.018 0.005 0.037 0.052 0.003 0.716 42 E 0.011 0.056 0.005 0.001 0.006 0.380 0.002 0.538 43 E 0.010 0.028 0.001 0.001 0.001 0.887 0.001 0.073 44 L 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 45 V 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 46 K 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 47 H 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 48 I 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 49 L 0.003 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 50 T 0.010 0.958 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.019 51 S 0.017 0.946 0.006 0.001 0.001 0.003 0.006 0.020 52 F 0.015 0.918 0.008 0.002 0.002 0.008 0.007 0.039 53 H 0.014 0.897 0.008 0.003 0.003 0.011 0.006 0.058 54 L 0.018 0.919 0.005 0.004 0.004 0.010 0.005 0.036 55 F 0.018 0.929 0.005 0.004 0.006 0.006 0.006 0.027 56 A 0.015 0.917 0.009 0.008 0.012 0.005 0.005 0.029 57 N 0.022 0.871 0.009 0.018 0.014 0.007 0.010 0.048 58 V 0.076 0.727 0.017 0.018 0.024 0.011 0.023 0.104 59 I 0.072 0.734 0.026 0.032 0.041 0.014 0.017 0.064 60 K 0.080 0.501 0.048 0.043 0.049 0.043 0.040 0.196 61 E 0.155 0.241 0.039 0.025 0.031 0.034 0.045 0.432 62 G 0.217 0.090 0.039 0.014 0.015 0.060 0.049 0.516 63 N 0.090 0.024 0.024 0.008 0.008 0.063 0.029 0.753 64 A 0.062 0.018 0.062 0.011 0.016 0.071 0.020 0.741 65 S 0.043 0.008 0.026 0.017 0.023 0.250 0.005 0.628 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 67 F 0.011 0.008 0.015 0.011 0.040 0.316 0.002 0.597 68 Q 0.212 0.020 0.013 0.006 0.013 0.281 0.009 0.448 69 N 0.192 0.176 0.013 0.011 0.019 0.073 0.007 0.510 70 K 0.222 0.121 0.017 0.010 0.019 0.108 0.011 0.493 71 Q 0.230 0.082 0.017 0.006 0.012 0.168 0.018 0.467 72 E 0.182 0.083 0.010 0.007 0.015 0.096 0.018 0.590 73 E 0.119 0.083 0.013 0.007 0.011 0.191 0.012 0.563 74 T 0.081 0.090 0.008 0.004 0.008 0.200 0.008 0.600 75 E 0.018 0.057 0.005 0.001 0.006 0.021 0.002 0.889 76 T 0.009 0.069 0.003 0.001 0.004 0.181 0.002 0.731 77 D 0.032 0.182 0.001 0.001 0.002 0.345 0.003 0.434 78 L 0.013 0.930 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.048 79 N 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 80 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 81 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 A 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 83 K 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 84 T 0.015 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 85 Y 0.019 0.935 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034 86 T 0.017 0.907 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.061 87 E 0.006 0.935 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.047 88 K 0.011 0.884 0.002 0.001 0.001 0.015 0.005 0.083 89 T 0.012 0.928 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.047 90 V 0.001 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 91 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 92 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 93 L 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 94 E 0.015 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 95 Q 0.614 0.275 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.015 96 L 0.479 0.330 0.085 0.001 0.001 0.002 0.061 0.041 97 T 0.070 0.230 0.146 0.008 0.018 0.099 0.034 0.395 98 E 0.010 0.074 0.038 0.003 0.014 0.022 0.004 0.836 99 E 0.013 0.069 0.016 0.001 0.003 0.311 0.004 0.583 100 Q 0.024 0.049 0.002 0.001 0.001 0.848 0.004 0.072 101 L 0.085 0.859 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.044 102 D 0.026 0.830 0.009 0.004 0.005 0.020 0.008 0.098 103 R 0.130 0.555 0.040 0.018 0.014 0.025 0.041 0.177 104 E 0.274 0.339 0.021 0.014 0.029 0.028 0.040 0.255 105 I 0.077 0.297 0.126 0.092 0.097 0.033 0.018 0.261 106 D 0.018 0.085 0.097 0.053 0.054 0.067 0.012 0.613 107 L 0.039 0.065 0.146 0.066 0.078 0.059 0.010 0.536 108 T 0.070 0.067 0.097 0.081 0.103 0.151 0.012 0.419 109 S 0.037 0.033 0.054 0.041 0.067 0.082 0.011 0.676 110 A 0.059 0.066 0.054 0.039 0.059 0.220 0.013 0.489 111 F 0.110 0.043 0.036 0.024 0.031 0.329 0.036 0.390 112 G 0.306 0.053 0.026 0.021 0.019 0.069 0.050 0.456 113 R 0.261 0.032 0.147 0.032 0.044 0.154 0.018 0.312 114 K 0.009 0.007 0.018 0.012 0.016 0.048 0.003 0.887 115 V 0.050 0.027 0.066 0.048 0.102 0.105 0.005 0.598 116 T 0.013 0.021 0.017 0.019 0.030 0.162 0.002 0.736 117 G 0.023 0.060 0.016 0.013 0.040 0.059 0.003 0.786 118 R 0.020 0.099 0.009 0.006 0.015 0.340 0.003 0.509 119 A 0.037 0.197 0.002 0.002 0.004 0.538 0.004 0.216 120 L 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 121 L 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 122 Q 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 123 L 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 124 A 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 125 M 0.013 0.963 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.011 126 E 0.024 0.923 0.005 0.003 0.003 0.004 0.011 0.028 127 H 0.079 0.800 0.011 0.005 0.004 0.006 0.031 0.065 128 E 0.066 0.770 0.024 0.007 0.008 0.016 0.021 0.088 129 I 0.055 0.645 0.027 0.014 0.017 0.030 0.019 0.192 130 H 0.076 0.544 0.038 0.021 0.021 0.049 0.026 0.224 131 H 0.103 0.500 0.027 0.015 0.016 0.053 0.025 0.262 132 K 0.052 0.620 0.042 0.011 0.018 0.037 0.012 0.208 133 G 0.040 0.494 0.020 0.018 0.016 0.056 0.021 0.335 134 N 0.184 0.284 0.019 0.014 0.016 0.123 0.024 0.337 135 L 0.040 0.701 0.026 0.022 0.024 0.039 0.006 0.141 136 F 0.016 0.753 0.016 0.024 0.038 0.029 0.004 0.120 137 V 0.005 0.866 0.008 0.015 0.016 0.011 0.002 0.078 138 Y 0.005 0.926 0.004 0.010 0.017 0.005 0.002 0.031 139 V 0.005 0.952 0.003 0.006 0.013 0.002 0.002 0.017 140 R 0.003 0.979 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.008 141 E 0.020 0.955 0.002 0.002 0.003 0.001 0.009 0.008 142 M 0.091 0.818 0.005 0.008 0.003 0.002 0.053 0.020 143 G 0.661 0.069 0.020 0.009 0.005 0.005 0.161 0.069 144 H 0.133 0.057 0.446 0.025 0.023 0.033 0.028 0.255 145 T 0.024 0.032 0.092 0.034 0.053 0.064 0.012 0.689 146 E 0.012 0.008 0.040 0.008 0.017 0.033 0.004 0.878 147 L 0.035 0.014 0.140 0.036 0.041 0.114 0.006 0.614 148 P 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.009 0.001 0.977 149 F 0.030 0.012 0.035 0.022 0.053 0.136 0.005 0.707 150 Y 0.155 0.029 0.033 0.020 0.042 0.191 0.008 0.522 151 Q 0.060 0.036 0.014 0.012 0.026 0.089 0.007 0.756 152 Q 0.110 0.072 0.019 0.013 0.026 0.198 0.011 0.551 153 R 0.224 0.141 0.016 0.015 0.023 0.184 0.020 0.377 154 M 0.154 0.235 0.022 0.025 0.036 0.074 0.021 0.434