# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 882 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.173 0.097 0.206 0.076 0.138 0.028 0.097 0.069 0.035 0.080 0.001 2 C 0.354 0.048 0.452 0.071 0.016 0.040 0.006 0.001 0.008 0.002 0.002 3 Q 0.664 0.062 0.130 0.070 0.022 0.039 0.004 0.001 0.005 0.002 0.001 4 S 0.910 0.011 0.032 0.027 0.007 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 5 N 0.981 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.984 0.002 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.987 0.002 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 S 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 H 0.960 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.966 0.003 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 L 0.986 0.001 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.928 0.002 0.003 0.062 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.908 0.004 0.011 0.066 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 15 R 0.974 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 N 0.975 0.002 0.005 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.957 0.002 0.004 0.029 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.974 0.004 0.004 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 N 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.978 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.979 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.874 0.004 0.011 0.095 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.436 0.014 0.018 0.422 0.004 0.009 0.083 0.011 0.004 0.001 0.001 25 I 0.039 0.040 0.745 0.159 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 26 S 0.113 0.042 0.704 0.011 0.029 0.035 0.018 0.001 0.035 0.010 0.001 27 K 0.942 0.002 0.039 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 28 D 0.801 0.010 0.017 0.145 0.004 0.008 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 29 H 0.659 0.050 0.037 0.187 0.010 0.014 0.027 0.006 0.010 0.001 0.001 30 Y 0.563 0.131 0.119 0.127 0.011 0.015 0.015 0.002 0.015 0.001 0.001 31 S 0.350 0.128 0.149 0.245 0.040 0.035 0.031 0.006 0.012 0.003 0.001 32 Y 0.118 0.294 0.198 0.192 0.050 0.050 0.048 0.005 0.040 0.003 0.001 33 K 0.011 0.206 0.531 0.003 0.025 0.021 0.005 0.001 0.196 0.001 0.001 34 P 0.080 0.004 0.845 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 35 A 0.292 0.145 0.405 0.046 0.039 0.029 0.006 0.005 0.026 0.006 0.002 36 E 0.493 0.039 0.265 0.111 0.019 0.046 0.007 0.004 0.007 0.003 0.007 37 T 0.264 0.111 0.127 0.307 0.055 0.028 0.063 0.012 0.013 0.018 0.001 38 S 0.309 0.109 0.167 0.200 0.079 0.032 0.062 0.009 0.018 0.014 0.001 39 M 0.268 0.077 0.240 0.278 0.042 0.041 0.024 0.009 0.015 0.006 0.001 40 S 0.146 0.204 0.465 0.036 0.064 0.037 0.003 0.001 0.039 0.005 0.001 41 A 0.986 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 H 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.978 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 T 0.926 0.004 0.002 0.063 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 S 0.968 0.005 0.003 0.020 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 F 0.977 0.003 0.002 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 H 0.967 0.005 0.003 0.015 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 54 L 0.945 0.008 0.005 0.031 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 F 0.910 0.020 0.006 0.044 0.004 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 56 A 0.940 0.013 0.009 0.024 0.004 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 57 N 0.917 0.008 0.012 0.045 0.003 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 58 V 0.860 0.026 0.023 0.071 0.004 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 59 I 0.695 0.053 0.087 0.132 0.005 0.013 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 60 K 0.516 0.048 0.066 0.280 0.015 0.015 0.049 0.002 0.007 0.001 0.001 61 E 0.136 0.024 0.069 0.379 0.037 0.014 0.262 0.057 0.009 0.013 0.001 62 G 0.102 0.028 0.103 0.072 0.064 0.010 0.111 0.361 0.010 0.139 0.001 63 N 0.110 0.102 0.511 0.124 0.026 0.050 0.038 0.004 0.025 0.006 0.004 64 A 0.174 0.132 0.468 0.097 0.024 0.052 0.012 0.005 0.023 0.006 0.007 65 S 0.048 0.162 0.614 0.013 0.049 0.020 0.004 0.001 0.083 0.004 0.002 66 P 0.362 0.009 0.532 0.022 0.003 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.049 67 F 0.315 0.173 0.275 0.122 0.032 0.031 0.015 0.006 0.026 0.004 0.002 68 Q 0.350 0.133 0.307 0.109 0.025 0.032 0.009 0.003 0.025 0.003 0.004 69 N 0.343 0.094 0.248 0.149 0.029 0.034 0.057 0.012 0.021 0.009 0.003 70 K 0.320 0.073 0.193 0.250 0.033 0.042 0.045 0.020 0.015 0.007 0.002 71 Q 0.210 0.185 0.271 0.156 0.045 0.034 0.046 0.010 0.032 0.008 0.002 72 E 0.307 0.115 0.348 0.099 0.027 0.045 0.026 0.005 0.019 0.004 0.004 73 E 0.241 0.141 0.348 0.171 0.021 0.043 0.009 0.003 0.019 0.002 0.001 74 T 0.094 0.145 0.501 0.037 0.066 0.078 0.012 0.001 0.058 0.007 0.001 75 E 0.949 0.002 0.034 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 76 T 0.972 0.005 0.009 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.956 0.003 0.006 0.026 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 T 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 T 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.888 0.001 0.004 0.098 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Q 0.537 0.009 0.009 0.395 0.002 0.005 0.038 0.003 0.002 0.001 0.001 96 L 0.124 0.029 0.464 0.368 0.001 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 97 T 0.177 0.064 0.569 0.027 0.039 0.038 0.030 0.001 0.047 0.009 0.001 98 E 0.951 0.002 0.034 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 99 E 0.897 0.007 0.014 0.067 0.003 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 100 Q 0.740 0.029 0.028 0.155 0.008 0.015 0.011 0.003 0.010 0.001 0.001 101 L 0.845 0.022 0.047 0.058 0.004 0.007 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 102 D 0.716 0.027 0.061 0.146 0.009 0.016 0.013 0.003 0.007 0.001 0.001 103 R 0.600 0.066 0.100 0.137 0.022 0.018 0.037 0.007 0.010 0.002 0.001 104 E 0.423 0.082 0.254 0.168 0.012 0.028 0.018 0.002 0.012 0.001 0.001 105 I 0.178 0.337 0.353 0.052 0.026 0.018 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 106 D 0.172 0.128 0.433 0.046 0.025 0.114 0.024 0.003 0.050 0.001 0.004 107 L 0.279 0.224 0.271 0.123 0.035 0.039 0.006 0.002 0.019 0.001 0.001 108 T 0.201 0.280 0.280 0.090 0.051 0.053 0.008 0.002 0.032 0.004 0.001 109 S 0.438 0.082 0.291 0.067 0.036 0.038 0.017 0.004 0.015 0.011 0.002 110 A 0.642 0.072 0.076 0.144 0.024 0.010 0.011 0.005 0.008 0.008 0.001 111 F 0.121 0.054 0.106 0.571 0.020 0.011 0.096 0.005 0.012 0.003 0.001 112 G 0.010 0.002 0.010 0.008 0.023 0.003 0.098 0.736 0.001 0.109 0.001 113 R 0.068 0.307 0.487 0.041 0.044 0.016 0.009 0.001 0.022 0.003 0.001 114 K 0.096 0.074 0.625 0.047 0.010 0.094 0.015 0.002 0.018 0.002 0.016 115 V 0.091 0.461 0.300 0.069 0.034 0.025 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 116 T 0.135 0.141 0.545 0.025 0.052 0.058 0.003 0.001 0.039 0.002 0.001 117 G 0.957 0.002 0.026 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 R 0.990 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 A 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.985 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 M 0.971 0.002 0.002 0.018 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.829 0.005 0.004 0.149 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 127 H 0.762 0.016 0.016 0.163 0.011 0.007 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 128 E 0.805 0.033 0.032 0.066 0.006 0.034 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 129 I 0.739 0.060 0.031 0.139 0.007 0.016 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 130 H 0.443 0.108 0.053 0.312 0.049 0.014 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 131 H 0.488 0.111 0.105 0.145 0.060 0.036 0.037 0.004 0.012 0.003 0.001 132 K 0.699 0.024 0.068 0.171 0.010 0.011 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 133 G 0.637 0.011 0.035 0.034 0.084 0.004 0.040 0.089 0.001 0.066 0.001 134 N 0.894 0.026 0.035 0.016 0.008 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 135 L 0.951 0.023 0.014 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 F 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 V 0.985 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Y 0.986 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 V 0.989 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 R 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.889 0.003 0.002 0.098 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 142 M 0.200 0.008 0.042 0.700 0.001 0.003 0.040 0.001 0.005 0.001 0.001 143 G 0.009 0.001 0.003 0.012 0.006 0.001 0.278 0.620 0.001 0.072 0.001 144 H 0.099 0.179 0.380 0.235 0.040 0.019 0.023 0.007 0.014 0.004 0.001 145 T 0.104 0.257 0.490 0.047 0.032 0.037 0.007 0.001 0.020 0.003 0.002 146 E 0.143 0.117 0.556 0.050 0.025 0.062 0.006 0.002 0.028 0.002 0.008 147 L 0.062 0.119 0.683 0.009 0.029 0.020 0.003 0.001 0.069 0.003 0.003 148 P 0.326 0.011 0.569 0.020 0.004 0.023 0.002 0.001 0.004 0.001 0.039 149 F 0.284 0.203 0.233 0.154 0.044 0.029 0.014 0.012 0.022 0.004 0.001 150 Y 0.198 0.180 0.307 0.122 0.046 0.060 0.024 0.004 0.053 0.004 0.002 151 Q 0.508 0.047 0.186 0.148 0.018 0.035 0.029 0.010 0.009 0.006 0.003 152 Q 0.480 0.113 0.105 0.216 0.031 0.020 0.017 0.005 0.010 0.004 0.001 153 R 0.340 0.150 0.191 0.185 0.039 0.032 0.029 0.005 0.025 0.003 0.002 154 M 0.338 0.149 0.262 0.104 0.041 0.029 0.040 0.008 0.020 0.007 0.001