# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 882 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.177 0.092 0.032 0.144 0.025 0.030 0.158 0.077 0.141 0.050 2 C 0.047 0.234 0.154 0.015 0.121 0.016 0.029 0.270 0.050 0.041 0.024 3 Q 0.028 0.090 0.036 0.005 0.037 0.006 0.015 0.605 0.115 0.048 0.015 4 S 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.854 0.113 0.009 0.002 5 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.925 0.060 0.005 0.001 6 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.028 0.005 0.001 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.030 0.003 0.001 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.080 0.001 0.001 9 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.956 0.033 0.001 0.001 10 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.905 0.050 0.016 0.001 11 F 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.838 0.114 0.023 0.005 12 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.863 0.111 0.008 0.001 13 S 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.002 0.025 0.870 0.057 0.028 0.003 14 H 0.012 0.013 0.005 0.002 0.012 0.002 0.010 0.781 0.092 0.061 0.010 15 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.866 0.111 0.009 0.001 16 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.926 0.057 0.006 0.001 17 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.939 0.038 0.009 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.069 0.005 0.001 19 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.897 0.098 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.937 0.047 0.003 0.001 21 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.849 0.096 0.024 0.002 22 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.532 0.425 0.028 0.003 23 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.074 0.692 0.208 0.010 0.001 24 K 0.005 0.007 0.005 0.002 0.009 0.002 0.052 0.183 0.092 0.631 0.013 25 I 0.070 0.371 0.119 0.006 0.215 0.004 0.012 0.026 0.024 0.115 0.038 26 S 0.050 0.502 0.207 0.002 0.181 0.002 0.002 0.024 0.009 0.007 0.013 27 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.453 0.517 0.006 0.001 28 D 0.003 0.008 0.005 0.001 0.007 0.004 0.041 0.632 0.238 0.059 0.003 29 H 0.017 0.007 0.002 0.001 0.014 0.002 0.010 0.423 0.185 0.303 0.036 30 Y 0.042 0.086 0.026 0.007 0.066 0.014 0.051 0.313 0.171 0.185 0.039 31 S 0.036 0.098 0.048 0.015 0.075 0.027 0.061 0.250 0.132 0.224 0.036 32 Y 0.054 0.201 0.090 0.017 0.167 0.012 0.042 0.067 0.083 0.225 0.043 33 K 0.053 0.351 0.268 0.012 0.230 0.007 0.014 0.021 0.014 0.016 0.014 34 P 0.084 0.365 0.131 0.018 0.201 0.012 0.027 0.056 0.041 0.032 0.032 35 A 0.064 0.255 0.143 0.022 0.140 0.018 0.041 0.134 0.106 0.047 0.031 36 E 0.024 0.043 0.023 0.012 0.032 0.026 0.086 0.381 0.270 0.080 0.025 37 T 0.035 0.090 0.055 0.025 0.073 0.024 0.048 0.227 0.127 0.255 0.039 38 S 0.060 0.098 0.042 0.016 0.103 0.017 0.022 0.250 0.106 0.229 0.058 39 M 0.029 0.167 0.097 0.017 0.067 0.028 0.048 0.297 0.095 0.130 0.024 40 S 0.061 0.337 0.120 0.006 0.109 0.004 0.007 0.261 0.033 0.038 0.024 41 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.838 0.143 0.007 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.050 0.001 0.001 43 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.002 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.013 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.038 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.030 0.001 0.001 47 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.962 0.022 0.002 0.001 48 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.913 0.053 0.010 0.003 49 L 0.004 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.011 0.852 0.102 0.011 0.003 50 T 0.005 0.009 0.004 0.001 0.006 0.003 0.030 0.861 0.062 0.015 0.004 51 S 0.007 0.014 0.006 0.001 0.011 0.002 0.018 0.836 0.081 0.018 0.004 52 F 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.853 0.102 0.016 0.004 53 H 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.008 0.875 0.078 0.014 0.004 54 L 0.008 0.012 0.005 0.001 0.012 0.002 0.012 0.873 0.057 0.015 0.004 55 F 0.014 0.008 0.002 0.001 0.013 0.002 0.010 0.845 0.081 0.018 0.005 56 A 0.005 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.782 0.177 0.009 0.003 57 N 0.005 0.006 0.003 0.001 0.010 0.004 0.034 0.825 0.099 0.010 0.002 58 V 0.015 0.015 0.007 0.002 0.019 0.004 0.061 0.705 0.126 0.041 0.006 59 I 0.047 0.031 0.019 0.010 0.039 0.013 0.053 0.462 0.172 0.116 0.037 60 K 0.015 0.074 0.050 0.057 0.025 0.059 0.183 0.343 0.123 0.057 0.015 61 E 0.016 0.065 0.085 0.176 0.025 0.051 0.090 0.099 0.100 0.251 0.042 62 G 0.032 0.116 0.129 0.125 0.066 0.034 0.040 0.062 0.081 0.253 0.062 63 N 0.085 0.152 0.086 0.027 0.168 0.013 0.027 0.054 0.063 0.237 0.087 64 A 0.058 0.359 0.196 0.025 0.142 0.017 0.021 0.038 0.055 0.058 0.031 65 S 0.067 0.332 0.266 0.014 0.217 0.008 0.011 0.026 0.024 0.016 0.020 66 P 0.057 0.146 0.052 0.008 0.094 0.016 0.061 0.228 0.252 0.056 0.030 67 F 0.080 0.164 0.084 0.017 0.147 0.019 0.060 0.170 0.099 0.113 0.047 68 Q 0.085 0.168 0.085 0.030 0.142 0.030 0.046 0.149 0.090 0.119 0.055 69 N 0.049 0.172 0.116 0.047 0.102 0.034 0.053 0.173 0.107 0.107 0.039 70 K 0.052 0.108 0.073 0.037 0.084 0.027 0.045 0.189 0.158 0.179 0.048 71 Q 0.050 0.188 0.093 0.025 0.131 0.019 0.039 0.175 0.128 0.118 0.034 72 E 0.059 0.161 0.069 0.014 0.111 0.018 0.044 0.251 0.119 0.108 0.045 73 E 0.037 0.182 0.099 0.019 0.085 0.027 0.069 0.215 0.092 0.141 0.034 74 T 0.049 0.507 0.190 0.005 0.099 0.003 0.004 0.079 0.016 0.029 0.020 75 E 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.769 0.198 0.011 0.002 76 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.914 0.075 0.002 0.001 77 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.030 0.014 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.030 0.003 0.001 79 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.057 0.001 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.958 0.024 0.004 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.091 0.006 0.001 83 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.915 0.079 0.002 0.001 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.942 0.033 0.007 0.001 85 Y 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.008 0.864 0.059 0.045 0.006 86 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.079 0.003 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.038 0.001 0.001 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.020 0.003 0.001 89 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.030 0.002 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.066 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.963 0.027 0.001 0.001 92 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.901 0.061 0.012 0.001 93 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.638 0.333 0.016 0.002 94 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.725 0.200 0.008 0.001 95 Q 0.007 0.009 0.006 0.002 0.011 0.003 0.066 0.352 0.116 0.414 0.014 96 L 0.072 0.269 0.097 0.008 0.172 0.006 0.027 0.067 0.049 0.180 0.054 97 T 0.055 0.518 0.187 0.002 0.163 0.002 0.002 0.030 0.011 0.012 0.019 98 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.529 0.439 0.010 0.001 99 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.021 0.745 0.205 0.017 0.001 100 Q 0.007 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.007 0.686 0.142 0.136 0.010 101 L 0.023 0.036 0.008 0.005 0.035 0.007 0.043 0.585 0.135 0.108 0.015 102 D 0.016 0.018 0.015 0.010 0.019 0.019 0.024 0.545 0.175 0.137 0.021 103 R 0.019 0.270 0.094 0.008 0.113 0.011 0.067 0.248 0.082 0.077 0.010 104 E 0.154 0.105 0.040 0.007 0.208 0.010 0.047 0.179 0.086 0.092 0.071 105 I 0.105 0.257 0.058 0.015 0.291 0.019 0.023 0.105 0.057 0.038 0.032 106 D 0.148 0.185 0.043 0.009 0.352 0.012 0.030 0.098 0.032 0.039 0.051 107 L 0.123 0.166 0.062 0.011 0.186 0.013 0.028 0.130 0.121 0.106 0.053 108 T 0.066 0.310 0.098 0.012 0.329 0.015 0.021 0.082 0.027 0.026 0.014 109 S 0.081 0.135 0.077 0.010 0.106 0.011 0.037 0.316 0.159 0.038 0.029 110 A 0.029 0.017 0.020 0.027 0.024 0.067 0.144 0.401 0.159 0.080 0.034 111 F 0.009 0.515 0.120 0.122 0.039 0.041 0.074 0.030 0.016 0.026 0.006 112 G 0.017 0.006 0.016 0.117 0.007 0.014 0.005 0.017 0.022 0.450 0.328 113 R 0.014 0.560 0.232 0.009 0.134 0.003 0.006 0.011 0.010 0.015 0.007 114 K 0.262 0.197 0.038 0.007 0.309 0.014 0.019 0.028 0.017 0.027 0.082 115 V 0.106 0.318 0.127 0.042 0.204 0.028 0.025 0.055 0.023 0.029 0.045 116 T 0.061 0.373 0.264 0.017 0.129 0.012 0.010 0.090 0.012 0.012 0.021 117 G 0.008 0.014 0.006 0.002 0.009 0.003 0.004 0.745 0.187 0.016 0.005 118 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.909 0.070 0.006 0.001 119 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.964 0.024 0.003 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.001 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.024 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.965 0.018 0.001 0.001 124 A 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.906 0.059 0.008 0.002 125 M 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.015 0.829 0.124 0.010 0.003 126 E 0.006 0.008 0.003 0.002 0.006 0.006 0.058 0.786 0.097 0.022 0.005 127 H 0.026 0.047 0.023 0.005 0.040 0.008 0.054 0.594 0.118 0.067 0.019 128 E 0.053 0.043 0.011 0.004 0.060 0.008 0.028 0.508 0.144 0.088 0.051 129 I 0.078 0.068 0.014 0.005 0.113 0.014 0.049 0.455 0.113 0.056 0.036 130 H 0.077 0.087 0.040 0.017 0.097 0.039 0.092 0.339 0.083 0.086 0.042 131 H 0.097 0.116 0.088 0.030 0.120 0.028 0.047 0.272 0.060 0.093 0.051 132 K 0.017 0.030 0.015 0.026 0.024 0.032 0.047 0.548 0.195 0.055 0.012 133 G 0.008 0.023 0.025 0.024 0.011 0.018 0.024 0.674 0.102 0.078 0.012 134 N 0.011 0.028 0.007 0.002 0.021 0.001 0.006 0.824 0.053 0.038 0.009 135 L 0.008 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.926 0.046 0.003 0.002 136 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.034 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.973 0.020 0.001 0.001 138 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.020 0.001 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.925 0.068 0.001 0.001 140 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.860 0.118 0.002 0.001 141 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.125 0.697 0.079 0.073 0.013 142 M 0.002 0.839 0.102 0.004 0.017 0.003 0.020 0.006 0.003 0.003 0.001 143 G 0.009 0.002 0.004 0.036 0.002 0.014 0.006 0.013 0.013 0.426 0.475 144 H 0.024 0.454 0.202 0.025 0.161 0.004 0.009 0.015 0.020 0.067 0.019 145 T 0.110 0.266 0.125 0.023 0.242 0.028 0.020 0.029 0.035 0.047 0.074 146 E 0.065 0.333 0.261 0.039 0.152 0.013 0.017 0.037 0.045 0.019 0.020 147 L 0.064 0.367 0.152 0.008 0.256 0.006 0.017 0.050 0.045 0.018 0.017 148 P 0.101 0.159 0.061 0.006 0.135 0.014 0.049 0.193 0.164 0.071 0.047 149 F 0.080 0.187 0.079 0.017 0.164 0.022 0.049 0.126 0.096 0.137 0.042 150 Y 0.071 0.290 0.164 0.022 0.207 0.016 0.018 0.103 0.046 0.040 0.022 151 Q 0.024 0.043 0.022 0.013 0.040 0.021 0.049 0.432 0.261 0.078 0.018 152 Q 0.029 0.079 0.036 0.012 0.064 0.016 0.062 0.394 0.171 0.118 0.019 153 R 0.077 0.097 0.037 0.011 0.114 0.012 0.030 0.265 0.111 0.183 0.061 154 M 0.077 0.168 0.065 0.013 0.152 0.017 0.035 0.252 0.109 0.076 0.035