# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 882 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.246 0.131 0.139 0.131 0.128 0.092 0.059 0.034 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 2 C 0.246 0.149 0.128 0.152 0.138 0.083 0.047 0.031 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.237 0.166 0.150 0.150 0.121 0.074 0.045 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 4 S 0.145 0.101 0.126 0.156 0.169 0.136 0.076 0.042 0.029 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 5 N 0.368 0.216 0.150 0.110 0.078 0.039 0.019 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.231 0.185 0.167 0.159 0.120 0.067 0.036 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 7 I 0.027 0.022 0.034 0.091 0.156 0.192 0.180 0.164 0.090 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 8 V 0.052 0.070 0.107 0.184 0.187 0.166 0.117 0.061 0.031 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 9 S 0.548 0.247 0.115 0.045 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 H 0.108 0.110 0.141 0.184 0.184 0.129 0.081 0.035 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 11 F 0.045 0.045 0.088 0.135 0.198 0.194 0.154 0.081 0.041 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 12 L 0.378 0.215 0.150 0.112 0.075 0.037 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.427 0.208 0.146 0.102 0.058 0.031 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.093 0.073 0.101 0.160 0.199 0.166 0.103 0.055 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 15 R 0.094 0.118 0.179 0.181 0.180 0.124 0.069 0.034 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 16 N 0.609 0.201 0.090 0.046 0.029 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.084 0.119 0.153 0.228 0.190 0.111 0.068 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.010 0.009 0.021 0.052 0.120 0.208 0.237 0.187 0.120 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 19 N 0.070 0.146 0.220 0.240 0.171 0.085 0.040 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 20 E 0.648 0.246 0.079 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.012 0.030 0.060 0.199 0.275 0.206 0.123 0.074 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.005 0.010 0.025 0.093 0.156 0.191 0.231 0.142 0.119 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 23 E 0.394 0.355 0.141 0.071 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.584 0.271 0.116 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 I 0.020 0.022 0.065 0.201 0.333 0.198 0.097 0.047 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 S 0.317 0.227 0.204 0.114 0.079 0.032 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.736 0.168 0.054 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.720 0.217 0.045 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 H 0.307 0.196 0.191 0.111 0.127 0.042 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Y 0.108 0.064 0.087 0.147 0.213 0.180 0.113 0.061 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 31 S 0.434 0.181 0.150 0.094 0.072 0.036 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.275 0.108 0.111 0.157 0.140 0.080 0.051 0.037 0.018 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 33 K 0.249 0.165 0.135 0.154 0.137 0.075 0.038 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 34 P 0.185 0.099 0.127 0.153 0.147 0.120 0.069 0.048 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 35 A 0.307 0.145 0.113 0.141 0.113 0.083 0.045 0.024 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 36 E 0.334 0.196 0.153 0.125 0.084 0.050 0.026 0.014 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 37 T 0.224 0.155 0.151 0.143 0.122 0.088 0.054 0.031 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 38 S 0.120 0.122 0.147 0.154 0.184 0.125 0.072 0.040 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 39 M 0.203 0.137 0.114 0.152 0.134 0.102 0.068 0.045 0.023 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 40 S 0.066 0.080 0.104 0.163 0.190 0.166 0.115 0.072 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 41 A 0.016 0.010 0.022 0.044 0.093 0.177 0.207 0.175 0.150 0.067 0.024 0.009 0.005 0.001 42 E 0.072 0.120 0.171 0.225 0.197 0.114 0.059 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 43 E 0.205 0.227 0.200 0.140 0.110 0.057 0.028 0.014 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 44 L 0.014 0.014 0.029 0.095 0.137 0.178 0.247 0.223 0.041 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 45 V 0.013 0.017 0.039 0.067 0.125 0.187 0.242 0.187 0.074 0.034 0.009 0.003 0.002 0.001 46 K 0.193 0.192 0.172 0.139 0.135 0.071 0.045 0.031 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 H 0.076 0.070 0.110 0.157 0.158 0.170 0.124 0.060 0.034 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 48 I 0.028 0.019 0.033 0.089 0.160 0.171 0.177 0.124 0.121 0.056 0.014 0.006 0.002 0.001 49 L 0.074 0.064 0.070 0.107 0.122 0.166 0.151 0.116 0.068 0.029 0.018 0.009 0.005 0.002 50 T 0.175 0.131 0.133 0.143 0.134 0.108 0.070 0.047 0.030 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 51 S 0.072 0.047 0.066 0.104 0.135 0.168 0.157 0.100 0.073 0.041 0.022 0.009 0.004 0.002 52 F 0.055 0.056 0.084 0.126 0.190 0.180 0.129 0.075 0.057 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 53 H 0.154 0.138 0.143 0.140 0.145 0.097 0.077 0.046 0.030 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 54 L 0.102 0.070 0.096 0.132 0.140 0.149 0.118 0.084 0.051 0.030 0.016 0.007 0.004 0.002 55 F 0.029 0.022 0.039 0.086 0.146 0.156 0.183 0.128 0.109 0.053 0.026 0.013 0.005 0.003 56 A 0.030 0.027 0.045 0.070 0.102 0.151 0.170 0.166 0.109 0.061 0.040 0.017 0.010 0.002 57 N 0.210 0.189 0.144 0.145 0.116 0.075 0.048 0.034 0.018 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 58 V 0.080 0.086 0.118 0.175 0.173 0.129 0.117 0.061 0.031 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 59 I 0.029 0.024 0.047 0.102 0.174 0.209 0.175 0.122 0.074 0.032 0.008 0.003 0.001 0.001 60 K 0.204 0.172 0.197 0.187 0.118 0.059 0.033 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.579 0.176 0.106 0.064 0.038 0.018 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 G 0.386 0.233 0.136 0.119 0.071 0.031 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 N 0.500 0.214 0.132 0.068 0.042 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.305 0.147 0.152 0.127 0.125 0.072 0.039 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 65 S 0.442 0.171 0.132 0.091 0.071 0.044 0.026 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 P 0.283 0.144 0.135 0.132 0.139 0.071 0.042 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 67 F 0.212 0.116 0.110 0.163 0.146 0.100 0.067 0.046 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 68 Q 0.331 0.162 0.138 0.125 0.098 0.065 0.035 0.021 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 69 N 0.373 0.137 0.119 0.130 0.098 0.062 0.036 0.021 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 70 K 0.482 0.199 0.139 0.088 0.049 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.436 0.167 0.144 0.103 0.074 0.042 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 E 0.532 0.173 0.112 0.082 0.059 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.538 0.191 0.106 0.086 0.045 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 T 0.428 0.199 0.141 0.100 0.069 0.036 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.207 0.135 0.166 0.184 0.159 0.080 0.036 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 T 0.702 0.182 0.059 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.232 0.232 0.182 0.159 0.118 0.043 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.013 0.011 0.025 0.079 0.151 0.230 0.222 0.171 0.069 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 79 N 0.103 0.143 0.227 0.209 0.161 0.089 0.040 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.714 0.183 0.064 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.038 0.073 0.098 0.239 0.254 0.153 0.087 0.039 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.015 0.019 0.054 0.104 0.166 0.213 0.229 0.124 0.059 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 83 K 0.454 0.274 0.142 0.073 0.033 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 T 0.516 0.267 0.135 0.048 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.032 0.033 0.069 0.149 0.248 0.220 0.136 0.075 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 86 T 0.065 0.099 0.187 0.200 0.200 0.126 0.074 0.031 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.722 0.188 0.054 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.089 0.180 0.199 0.244 0.161 0.070 0.037 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.005 0.006 0.017 0.048 0.125 0.228 0.263 0.201 0.087 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 90 V 0.055 0.119 0.203 0.248 0.209 0.099 0.041 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.673 0.238 0.069 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.011 0.026 0.052 0.192 0.279 0.232 0.112 0.069 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.006 0.016 0.037 0.150 0.204 0.191 0.192 0.101 0.083 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 94 E 0.511 0.354 0.096 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Q 0.508 0.286 0.153 0.032 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.028 0.031 0.077 0.237 0.321 0.165 0.086 0.039 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.402 0.305 0.173 0.066 0.031 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.746 0.181 0.046 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.683 0.255 0.049 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 Q 0.454 0.248 0.177 0.049 0.049 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.078 0.057 0.082 0.168 0.284 0.166 0.098 0.048 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 102 D 0.467 0.240 0.144 0.073 0.043 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.506 0.177 0.114 0.088 0.058 0.029 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 E 0.146 0.123 0.135 0.178 0.192 0.098 0.060 0.033 0.021 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 105 I 0.063 0.036 0.057 0.101 0.151 0.211 0.136 0.125 0.056 0.043 0.015 0.006 0.003 0.001 106 D 0.262 0.177 0.142 0.144 0.115 0.065 0.042 0.024 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 107 L 0.098 0.054 0.079 0.131 0.151 0.163 0.113 0.067 0.058 0.051 0.023 0.009 0.003 0.001 108 T 0.219 0.163 0.145 0.143 0.126 0.082 0.052 0.029 0.021 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 109 S 0.282 0.147 0.135 0.127 0.096 0.082 0.054 0.033 0.019 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 110 A 0.213 0.124 0.118 0.131 0.142 0.105 0.072 0.040 0.031 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 111 F 0.235 0.133 0.126 0.139 0.120 0.095 0.063 0.041 0.021 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 112 G 0.392 0.185 0.149 0.094 0.072 0.044 0.029 0.016 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 113 R 0.243 0.113 0.120 0.140 0.143 0.106 0.058 0.034 0.020 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 114 K 0.263 0.175 0.152 0.142 0.124 0.062 0.037 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 115 V 0.193 0.101 0.102 0.140 0.132 0.129 0.084 0.058 0.029 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 116 T 0.152 0.136 0.135 0.169 0.150 0.110 0.069 0.043 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 117 G 0.064 0.049 0.068 0.115 0.149 0.174 0.139 0.111 0.073 0.037 0.014 0.005 0.002 0.001 118 R 0.126 0.146 0.152 0.164 0.157 0.114 0.068 0.037 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 119 A 0.193 0.178 0.168 0.137 0.117 0.083 0.053 0.033 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 120 L 0.025 0.023 0.042 0.094 0.146 0.178 0.211 0.180 0.055 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 121 L 0.020 0.018 0.037 0.056 0.108 0.171 0.212 0.176 0.103 0.052 0.026 0.012 0.006 0.001 122 Q 0.089 0.103 0.111 0.151 0.179 0.120 0.093 0.069 0.042 0.022 0.009 0.006 0.003 0.001 123 L 0.069 0.058 0.085 0.129 0.140 0.159 0.127 0.087 0.062 0.045 0.022 0.011 0.004 0.002 124 A 0.034 0.022 0.035 0.096 0.165 0.161 0.146 0.127 0.119 0.064 0.017 0.009 0.003 0.002 125 M 0.061 0.045 0.060 0.100 0.123 0.171 0.156 0.115 0.078 0.044 0.025 0.013 0.007 0.002 126 E 0.187 0.142 0.136 0.151 0.148 0.094 0.057 0.037 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 127 H 0.123 0.086 0.104 0.158 0.156 0.144 0.098 0.050 0.036 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 128 E 0.210 0.141 0.132 0.145 0.146 0.097 0.054 0.030 0.027 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 129 I 0.197 0.111 0.112 0.141 0.136 0.109 0.077 0.054 0.033 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 130 H 0.248 0.134 0.138 0.133 0.117 0.089 0.062 0.042 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 131 H 0.171 0.087 0.100 0.126 0.143 0.126 0.092 0.064 0.045 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 132 K 0.178 0.117 0.121 0.140 0.148 0.112 0.077 0.048 0.030 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 133 G 0.300 0.146 0.118 0.113 0.097 0.078 0.057 0.038 0.024 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 134 N 0.121 0.096 0.103 0.138 0.151 0.139 0.111 0.065 0.040 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 135 L 0.037 0.030 0.050 0.084 0.139 0.178 0.171 0.122 0.095 0.050 0.026 0.010 0.005 0.002 136 F 0.138 0.120 0.129 0.149 0.148 0.119 0.086 0.052 0.032 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 137 V 0.147 0.122 0.133 0.139 0.148 0.108 0.077 0.063 0.031 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 138 Y 0.039 0.032 0.049 0.113 0.153 0.174 0.178 0.135 0.070 0.035 0.012 0.005 0.002 0.001 139 V 0.082 0.089 0.136 0.176 0.179 0.131 0.089 0.052 0.040 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 140 R 0.429 0.202 0.130 0.098 0.063 0.035 0.020 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 141 E 0.200 0.165 0.145 0.173 0.144 0.079 0.044 0.021 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 142 M 0.075 0.056 0.099 0.156 0.184 0.179 0.123 0.067 0.034 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 143 G 0.368 0.196 0.154 0.105 0.080 0.044 0.026 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 144 H 0.185 0.101 0.113 0.145 0.149 0.111 0.073 0.052 0.031 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 145 T 0.274 0.168 0.122 0.128 0.111 0.073 0.047 0.032 0.020 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 146 E 0.156 0.113 0.135 0.138 0.146 0.107 0.076 0.054 0.036 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 147 L 0.105 0.055 0.062 0.110 0.142 0.157 0.118 0.097 0.064 0.049 0.023 0.011 0.005 0.002 148 P 0.183 0.139 0.131 0.157 0.126 0.091 0.067 0.042 0.029 0.016 0.012 0.005 0.002 0.001 149 F 0.121 0.068 0.085 0.116 0.135 0.145 0.114 0.085 0.061 0.039 0.019 0.008 0.003 0.001 150 Y 0.225 0.131 0.127 0.139 0.135 0.096 0.058 0.037 0.025 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 151 Q 0.407 0.178 0.146 0.104 0.070 0.038 0.024 0.014 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 152 Q 0.352 0.146 0.127 0.116 0.103 0.067 0.038 0.021 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 153 R 0.282 0.162 0.141 0.135 0.114 0.068 0.044 0.026 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 154 M 0.222 0.121 0.124 0.127 0.125 0.110 0.076 0.047 0.023 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001