# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 839 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.444 0.117 0.065 0.089 0.067 0.047 0.069 0.043 0.029 0.018 0.010 2 C 0.157 0.128 0.098 0.175 0.138 0.089 0.095 0.053 0.034 0.021 0.013 3 Q 0.114 0.297 0.126 0.175 0.111 0.062 0.052 0.031 0.017 0.010 0.004 4 S 0.080 0.078 0.057 0.143 0.156 0.148 0.164 0.089 0.048 0.025 0.011 5 N 0.404 0.116 0.173 0.147 0.068 0.037 0.030 0.014 0.007 0.003 0.001 6 Q 0.044 0.063 0.117 0.237 0.185 0.144 0.124 0.048 0.022 0.011 0.005 7 I 0.002 0.004 0.013 0.010 0.018 0.031 0.089 0.126 0.238 0.267 0.202 8 V 0.003 0.006 0.029 0.055 0.116 0.192 0.281 0.137 0.097 0.062 0.022 9 S 0.019 0.041 0.642 0.175 0.067 0.029 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 10 H 0.006 0.012 0.049 0.086 0.120 0.218 0.290 0.119 0.058 0.031 0.012 11 F 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.015 0.060 0.096 0.250 0.299 0.266 12 L 0.028 0.033 0.167 0.178 0.197 0.145 0.144 0.058 0.028 0.015 0.007 13 S 0.030 0.064 0.433 0.199 0.118 0.070 0.048 0.019 0.010 0.006 0.003 14 H 0.009 0.018 0.026 0.035 0.058 0.097 0.227 0.179 0.157 0.120 0.073 15 R 0.032 0.026 0.029 0.068 0.099 0.154 0.256 0.148 0.098 0.064 0.026 16 N 0.107 0.087 0.430 0.199 0.085 0.044 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 17 V 0.015 0.032 0.054 0.100 0.134 0.194 0.241 0.116 0.062 0.036 0.018 18 T 0.003 0.007 0.007 0.009 0.015 0.022 0.083 0.132 0.235 0.249 0.238 19 N 0.037 0.030 0.104 0.170 0.236 0.187 0.148 0.050 0.023 0.010 0.005 20 E 0.080 0.067 0.548 0.187 0.072 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 21 L 0.002 0.007 0.013 0.033 0.058 0.149 0.308 0.173 0.137 0.082 0.038 22 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.064 0.103 0.237 0.294 0.273 23 E 0.020 0.042 0.510 0.236 0.127 0.039 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 24 K 0.025 0.053 0.398 0.252 0.144 0.071 0.042 0.010 0.003 0.001 0.001 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.060 0.184 0.287 0.421 26 S 0.051 0.370 0.067 0.200 0.149 0.067 0.053 0.024 0.011 0.005 0.002 27 K 0.453 0.121 0.194 0.137 0.056 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 28 D 0.690 0.090 0.066 0.072 0.036 0.019 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 29 H 0.023 0.054 0.034 0.123 0.110 0.172 0.219 0.121 0.082 0.046 0.015 30 Y 0.004 0.005 0.009 0.011 0.022 0.077 0.144 0.138 0.220 0.229 0.141 31 S 0.032 0.100 0.292 0.284 0.148 0.067 0.042 0.019 0.009 0.005 0.002 32 Y 0.040 0.037 0.122 0.112 0.102 0.162 0.192 0.102 0.067 0.048 0.016 33 K 0.140 0.181 0.092 0.207 0.131 0.090 0.071 0.043 0.024 0.014 0.007 34 P 0.130 0.092 0.037 0.082 0.084 0.102 0.154 0.133 0.086 0.062 0.037 35 A 0.280 0.158 0.074 0.138 0.105 0.067 0.070 0.047 0.028 0.020 0.013 36 E 0.360 0.233 0.069 0.131 0.076 0.045 0.040 0.022 0.012 0.007 0.004 37 T 0.184 0.130 0.044 0.129 0.120 0.101 0.113 0.075 0.051 0.033 0.020 38 S 0.145 0.090 0.047 0.133 0.127 0.119 0.133 0.088 0.057 0.038 0.023 39 M 0.048 0.045 0.044 0.113 0.114 0.156 0.183 0.116 0.090 0.058 0.033 40 S 0.015 0.045 0.039 0.085 0.100 0.090 0.146 0.135 0.141 0.107 0.097 41 A 0.003 0.005 0.008 0.020 0.042 0.052 0.118 0.142 0.209 0.193 0.208 42 E 0.069 0.049 0.114 0.211 0.188 0.133 0.118 0.055 0.034 0.020 0.011 43 E 0.006 0.015 0.047 0.098 0.115 0.179 0.254 0.121 0.088 0.053 0.023 44 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.017 0.053 0.092 0.217 0.259 0.340 45 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.032 0.092 0.116 0.238 0.283 0.217 46 K 0.006 0.029 0.207 0.221 0.174 0.138 0.105 0.045 0.040 0.023 0.012 47 H 0.001 0.002 0.011 0.016 0.038 0.055 0.176 0.243 0.175 0.154 0.129 48 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.019 0.045 0.189 0.318 0.416 49 L 0.002 0.003 0.010 0.020 0.044 0.074 0.198 0.179 0.196 0.151 0.125 50 T 0.007 0.021 0.114 0.160 0.170 0.139 0.152 0.099 0.067 0.045 0.026 51 S 0.001 0.002 0.008 0.009 0.018 0.032 0.099 0.131 0.222 0.251 0.227 52 F 0.003 0.007 0.009 0.034 0.059 0.111 0.220 0.168 0.172 0.138 0.079 53 H 0.015 0.029 0.099 0.142 0.135 0.149 0.170 0.095 0.078 0.057 0.030 54 L 0.003 0.007 0.022 0.035 0.056 0.139 0.228 0.154 0.154 0.134 0.069 55 F 0.001 0.004 0.006 0.012 0.018 0.032 0.092 0.118 0.231 0.260 0.226 56 A 0.002 0.002 0.006 0.011 0.024 0.049 0.106 0.120 0.214 0.245 0.222 57 N 0.022 0.038 0.131 0.162 0.162 0.156 0.146 0.072 0.056 0.037 0.018 58 V 0.008 0.013 0.027 0.064 0.085 0.144 0.238 0.161 0.125 0.086 0.049 59 I 0.003 0.004 0.004 0.006 0.009 0.022 0.058 0.080 0.205 0.274 0.336 60 K 0.065 0.132 0.069 0.190 0.181 0.118 0.119 0.058 0.035 0.020 0.012 61 E 0.303 0.221 0.105 0.165 0.085 0.047 0.033 0.019 0.011 0.007 0.005 62 G 0.301 0.119 0.030 0.093 0.089 0.091 0.106 0.067 0.047 0.033 0.022 63 N 0.337 0.239 0.037 0.130 0.075 0.053 0.052 0.036 0.021 0.014 0.007 64 A 0.066 0.078 0.030 0.080 0.085 0.150 0.151 0.103 0.110 0.091 0.056 65 S 0.249 0.166 0.060 0.137 0.112 0.081 0.081 0.051 0.032 0.019 0.012 66 P 0.263 0.158 0.058 0.150 0.098 0.077 0.082 0.051 0.033 0.021 0.010 67 F 0.054 0.045 0.022 0.077 0.085 0.126 0.187 0.134 0.124 0.091 0.056 68 Q 0.278 0.231 0.071 0.175 0.103 0.051 0.043 0.025 0.013 0.007 0.004 69 N 0.183 0.120 0.070 0.162 0.129 0.103 0.103 0.062 0.035 0.021 0.012 70 K 0.215 0.214 0.067 0.135 0.101 0.076 0.082 0.049 0.030 0.020 0.011 71 Q 0.236 0.205 0.055 0.160 0.117 0.073 0.076 0.041 0.021 0.010 0.005 72 E 0.532 0.141 0.074 0.095 0.056 0.033 0.033 0.018 0.010 0.006 0.003 73 E 0.270 0.174 0.087 0.166 0.108 0.075 0.063 0.029 0.015 0.009 0.004 74 T 0.072 0.351 0.101 0.174 0.106 0.072 0.060 0.034 0.017 0.010 0.004 75 E 0.092 0.060 0.048 0.122 0.160 0.176 0.186 0.092 0.040 0.019 0.007 76 T 0.482 0.098 0.239 0.114 0.036 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 77 D 0.018 0.061 0.123 0.282 0.204 0.155 0.105 0.034 0.012 0.005 0.002 78 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.013 0.057 0.115 0.237 0.287 0.277 79 N 0.008 0.017 0.141 0.167 0.247 0.199 0.150 0.044 0.017 0.007 0.002 80 V 0.009 0.017 0.799 0.114 0.040 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 81 L 0.002 0.004 0.023 0.035 0.060 0.213 0.348 0.144 0.096 0.059 0.016 82 A 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.025 0.117 0.140 0.280 0.276 0.143 83 K 0.012 0.023 0.535 0.182 0.127 0.065 0.038 0.011 0.005 0.002 0.001 84 T 0.015 0.038 0.595 0.168 0.098 0.046 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 85 Y 0.002 0.005 0.010 0.010 0.022 0.064 0.196 0.198 0.204 0.196 0.093 86 T 0.015 0.023 0.033 0.068 0.115 0.186 0.277 0.137 0.081 0.048 0.016 87 E 0.073 0.037 0.655 0.149 0.052 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 88 K 0.012 0.029 0.087 0.137 0.165 0.227 0.244 0.063 0.022 0.010 0.004 89 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.063 0.224 0.296 0.383 90 V 0.003 0.004 0.031 0.062 0.183 0.267 0.292 0.091 0.040 0.019 0.008 91 A 0.007 0.018 0.825 0.106 0.031 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.006 0.010 0.023 0.160 0.374 0.151 0.147 0.099 0.028 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.044 0.072 0.267 0.352 0.252 94 E 0.010 0.028 0.492 0.224 0.148 0.056 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 95 Q 0.009 0.030 0.597 0.181 0.102 0.048 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.022 0.085 0.113 0.221 0.296 0.253 97 T 0.048 0.536 0.068 0.144 0.085 0.047 0.040 0.018 0.008 0.004 0.001 98 E 0.374 0.125 0.216 0.154 0.077 0.032 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 99 E 0.913 0.032 0.031 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 Q 0.032 0.086 0.059 0.183 0.145 0.184 0.193 0.070 0.032 0.013 0.004 101 L 0.001 0.002 0.006 0.005 0.013 0.033 0.094 0.137 0.228 0.262 0.220 102 D 0.014 0.056 0.397 0.239 0.152 0.080 0.038 0.014 0.006 0.003 0.001 103 R 0.011 0.048 0.591 0.189 0.079 0.046 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 104 E 0.077 0.070 0.077 0.179 0.160 0.138 0.139 0.094 0.035 0.020 0.009 105 I 0.021 0.010 0.012 0.018 0.027 0.059 0.152 0.192 0.214 0.182 0.113 106 D 0.122 0.141 0.240 0.241 0.137 0.053 0.034 0.017 0.008 0.004 0.002 107 L 0.020 0.016 0.042 0.038 0.052 0.086 0.185 0.151 0.164 0.145 0.100 108 T 0.110 0.153 0.068 0.142 0.128 0.104 0.124 0.072 0.051 0.029 0.019 109 S 0.333 0.120 0.057 0.133 0.099 0.068 0.082 0.050 0.032 0.017 0.011 110 A 0.279 0.114 0.061 0.121 0.098 0.080 0.085 0.059 0.043 0.035 0.024 111 F 0.071 0.085 0.026 0.106 0.106 0.122 0.172 0.117 0.096 0.064 0.035 112 G 0.202 0.150 0.039 0.118 0.101 0.082 0.095 0.076 0.061 0.047 0.029 113 R 0.141 0.100 0.053 0.141 0.133 0.113 0.124 0.080 0.058 0.035 0.022 114 K 0.237 0.181 0.082 0.198 0.115 0.065 0.055 0.030 0.018 0.011 0.006 115 V 0.018 0.017 0.011 0.031 0.043 0.092 0.151 0.130 0.186 0.177 0.145 116 T 0.094 0.205 0.057 0.185 0.153 0.085 0.081 0.058 0.038 0.027 0.017 117 G 0.049 0.043 0.031 0.086 0.107 0.121 0.173 0.129 0.120 0.092 0.048 118 R 0.080 0.054 0.059 0.164 0.160 0.153 0.155 0.078 0.050 0.031 0.016 119 A 0.016 0.036 0.058 0.153 0.136 0.155 0.203 0.107 0.072 0.045 0.018 120 L 0.001 0.002 0.005 0.011 0.021 0.049 0.107 0.112 0.237 0.236 0.218 121 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.016 0.050 0.081 0.220 0.285 0.334 122 Q 0.004 0.010 0.070 0.109 0.144 0.158 0.180 0.109 0.100 0.076 0.039 123 L 0.001 0.003 0.019 0.023 0.037 0.089 0.196 0.166 0.196 0.170 0.100 124 A 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.022 0.062 0.101 0.239 0.269 0.285 125 M 0.003 0.004 0.009 0.018 0.031 0.057 0.142 0.155 0.222 0.193 0.166 126 E 0.022 0.050 0.153 0.188 0.168 0.132 0.120 0.066 0.049 0.031 0.020 127 H 0.009 0.014 0.032 0.045 0.068 0.117 0.225 0.187 0.140 0.104 0.060 128 E 0.061 0.061 0.050 0.121 0.109 0.112 0.161 0.121 0.096 0.066 0.041 129 I 0.062 0.052 0.068 0.098 0.094 0.111 0.174 0.117 0.098 0.072 0.053 130 H 0.036 0.054 0.088 0.146 0.155 0.135 0.144 0.092 0.070 0.046 0.033 131 H 0.020 0.038 0.045 0.051 0.063 0.081 0.173 0.151 0.151 0.137 0.090 132 K 0.049 0.070 0.082 0.176 0.168 0.134 0.128 0.075 0.059 0.036 0.025 133 G 0.243 0.091 0.090 0.114 0.087 0.078 0.118 0.072 0.055 0.035 0.019 134 N 0.015 0.032 0.038 0.115 0.134 0.117 0.182 0.138 0.111 0.073 0.046 135 L 0.001 0.003 0.006 0.008 0.014 0.024 0.068 0.118 0.220 0.278 0.261 136 F 0.010 0.021 0.065 0.125 0.161 0.159 0.174 0.110 0.086 0.056 0.032 137 V 0.011 0.016 0.075 0.083 0.110 0.111 0.198 0.164 0.109 0.080 0.044 138 Y 0.002 0.003 0.010 0.019 0.028 0.048 0.114 0.135 0.233 0.253 0.155 139 V 0.002 0.004 0.010 0.021 0.036 0.075 0.169 0.141 0.223 0.210 0.111 140 R 0.018 0.037 0.158 0.174 0.158 0.147 0.139 0.068 0.053 0.033 0.015 141 E 0.015 0.046 0.101 0.123 0.119 0.163 0.198 0.093 0.066 0.051 0.024 142 M 0.011 0.012 0.011 0.018 0.025 0.068 0.142 0.125 0.218 0.213 0.158 143 G 0.389 0.258 0.061 0.133 0.066 0.031 0.029 0.016 0.009 0.005 0.003 144 H 0.147 0.098 0.060 0.106 0.093 0.107 0.124 0.079 0.077 0.064 0.045 145 T 0.301 0.248 0.053 0.131 0.094 0.061 0.049 0.029 0.017 0.010 0.007 146 E 0.312 0.244 0.041 0.141 0.081 0.062 0.051 0.033 0.018 0.011 0.006 147 L 0.081 0.046 0.021 0.058 0.069 0.102 0.143 0.135 0.136 0.114 0.094 148 P 0.229 0.163 0.062 0.184 0.127 0.080 0.070 0.042 0.024 0.013 0.007 149 F 0.059 0.076 0.054 0.106 0.099 0.127 0.155 0.108 0.098 0.072 0.046 150 Y 0.056 0.060 0.034 0.098 0.113 0.113 0.170 0.132 0.104 0.069 0.051 151 Q 0.416 0.164 0.065 0.139 0.078 0.043 0.043 0.025 0.015 0.008 0.004 152 Q 0.192 0.116 0.087 0.165 0.125 0.090 0.097 0.057 0.037 0.022 0.013 153 R 0.133 0.139 0.073 0.163 0.135 0.098 0.109 0.069 0.042 0.025 0.014 154 M 0.155 0.129 0.078 0.142 0.122 0.097 0.113 0.074 0.047 0.028 0.016