# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 839 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.184 0.040 0.006 0.012 0.012 0.020 0.055 0.003 0.001 0.002 0.665 2 C 0.017 0.008 0.001 0.006 0.003 0.006 0.034 0.001 0.001 0.001 0.925 3 Q 0.054 0.028 0.006 0.012 0.005 0.009 0.135 0.001 0.001 0.001 0.748 4 S 0.031 0.083 0.001 0.011 0.005 0.011 0.195 0.001 0.001 0.002 0.660 5 N 0.048 0.126 0.003 0.008 0.006 0.016 0.168 0.001 0.001 0.004 0.618 6 Q 0.042 0.481 0.004 0.008 0.001 0.002 0.184 0.001 0.001 0.001 0.276 7 I 0.014 0.878 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.078 8 V 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.019 9 S 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.026 10 H 0.013 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.023 11 F 0.019 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 12 L 0.015 0.937 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.032 13 S 0.043 0.831 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.096 14 H 0.087 0.816 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.064 15 R 0.036 0.872 0.013 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.060 16 N 0.029 0.705 0.014 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.001 0.001 0.217 17 V 0.033 0.822 0.010 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 0.001 0.001 0.108 18 T 0.023 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.074 19 N 0.015 0.865 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.095 20 E 0.008 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.064 21 L 0.021 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.055 22 A 0.022 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 23 E 0.023 0.939 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.020 24 K 0.276 0.572 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.073 0.001 0.001 0.066 25 I 0.458 0.420 0.033 0.003 0.001 0.002 0.002 0.047 0.001 0.001 0.034 26 S 0.074 0.231 0.015 0.013 0.012 0.009 0.104 0.041 0.001 0.001 0.500 27 K 0.014 0.058 0.014 0.004 0.002 0.003 0.018 0.003 0.001 0.001 0.884 28 D 0.026 0.108 0.012 0.015 0.004 0.019 0.373 0.002 0.001 0.041 0.401 29 H 0.656 0.029 0.004 0.004 0.001 0.001 0.237 0.002 0.001 0.010 0.055 30 Y 0.197 0.601 0.042 0.017 0.006 0.007 0.024 0.011 0.001 0.003 0.092 31 S 0.090 0.355 0.025 0.077 0.028 0.038 0.040 0.024 0.001 0.004 0.321 32 Y 0.158 0.132 0.016 0.065 0.011 0.027 0.020 0.020 0.001 0.003 0.547 33 K 0.073 0.046 0.005 0.062 0.102 0.046 0.086 0.011 0.001 0.003 0.566 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 35 A 0.016 0.006 0.009 0.052 0.039 0.147 0.129 0.001 0.001 0.003 0.597 36 E 0.105 0.009 0.002 0.021 0.009 0.017 0.115 0.001 0.001 0.012 0.709 37 T 0.198 0.028 0.002 0.022 0.011 0.015 0.134 0.001 0.001 0.007 0.581 38 S 0.373 0.030 0.011 0.027 0.012 0.018 0.098 0.002 0.001 0.016 0.413 39 M 0.116 0.084 0.007 0.024 0.012 0.020 0.249 0.003 0.001 0.013 0.472 40 S 0.060 0.045 0.003 0.009 0.006 0.008 0.467 0.001 0.001 0.005 0.395 41 A 0.023 0.128 0.003 0.007 0.003 0.005 0.144 0.001 0.001 0.002 0.684 42 E 0.004 0.202 0.001 0.002 0.004 0.013 0.421 0.001 0.001 0.002 0.351 43 E 0.022 0.265 0.001 0.002 0.001 0.002 0.498 0.001 0.001 0.001 0.206 44 L 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 45 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 46 K 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 47 H 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 48 I 0.004 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 49 L 0.003 0.979 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 50 T 0.012 0.942 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.019 51 S 0.020 0.927 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.026 52 F 0.020 0.887 0.015 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 0.058 53 H 0.026 0.758 0.018 0.002 0.002 0.003 0.035 0.009 0.001 0.001 0.146 54 L 0.027 0.858 0.012 0.001 0.001 0.002 0.020 0.006 0.001 0.001 0.073 55 F 0.012 0.938 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.033 56 A 0.013 0.926 0.004 0.002 0.002 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.038 57 N 0.023 0.890 0.004 0.003 0.005 0.007 0.006 0.010 0.001 0.001 0.051 58 V 0.043 0.861 0.008 0.003 0.004 0.007 0.007 0.016 0.001 0.001 0.052 59 I 0.056 0.825 0.014 0.005 0.006 0.012 0.006 0.021 0.001 0.001 0.053 60 K 0.094 0.637 0.020 0.010 0.012 0.027 0.023 0.035 0.001 0.001 0.141 61 E 0.193 0.282 0.033 0.015 0.012 0.020 0.029 0.032 0.001 0.003 0.383 62 G 0.266 0.119 0.039 0.013 0.013 0.020 0.054 0.028 0.001 0.005 0.444 63 N 0.203 0.041 0.048 0.017 0.012 0.014 0.130 0.012 0.001 0.005 0.518 64 A 0.044 0.011 0.016 0.013 0.005 0.011 0.043 0.002 0.001 0.002 0.853 65 S 0.016 0.009 0.004 0.025 0.026 0.020 0.259 0.001 0.001 0.003 0.637 66 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 67 F 0.019 0.015 0.002 0.039 0.028 0.088 0.214 0.001 0.001 0.003 0.594 68 Q 0.159 0.029 0.002 0.018 0.013 0.023 0.160 0.001 0.001 0.012 0.583 69 N 0.179 0.127 0.004 0.034 0.021 0.034 0.082 0.003 0.001 0.007 0.509 70 K 0.144 0.085 0.012 0.030 0.020 0.030 0.130 0.005 0.001 0.011 0.532 71 Q 0.119 0.051 0.005 0.016 0.010 0.014 0.154 0.004 0.001 0.008 0.619 72 E 0.121 0.026 0.007 0.014 0.007 0.011 0.081 0.003 0.001 0.004 0.727 73 E 0.090 0.057 0.012 0.016 0.009 0.015 0.235 0.003 0.001 0.006 0.558 74 T 0.049 0.029 0.004 0.004 0.003 0.004 0.355 0.001 0.001 0.003 0.549 75 E 0.040 0.060 0.003 0.003 0.002 0.003 0.071 0.001 0.001 0.002 0.816 76 T 0.006 0.053 0.001 0.001 0.001 0.004 0.391 0.001 0.001 0.003 0.540 77 D 0.079 0.119 0.001 0.001 0.001 0.001 0.569 0.001 0.001 0.002 0.227 78 L 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.027 79 N 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 80 V 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 81 L 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 82 A 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 83 K 0.004 0.976 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 84 T 0.013 0.947 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.024 85 Y 0.019 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.020 86 T 0.010 0.941 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.035 87 E 0.006 0.888 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.091 88 K 0.007 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.038 89 T 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 90 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 91 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 92 I 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 93 L 0.014 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 94 E 0.014 0.956 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.007 95 Q 0.288 0.575 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.001 0.001 0.034 96 L 0.524 0.372 0.028 0.002 0.001 0.001 0.002 0.048 0.001 0.001 0.023 97 T 0.148 0.270 0.020 0.006 0.004 0.004 0.116 0.055 0.001 0.001 0.376 98 E 0.017 0.076 0.025 0.003 0.001 0.002 0.035 0.005 0.001 0.001 0.836 99 E 0.013 0.104 0.010 0.004 0.001 0.007 0.440 0.001 0.001 0.023 0.397 100 Q 0.289 0.050 0.002 0.002 0.001 0.001 0.568 0.002 0.001 0.007 0.079 101 L 0.081 0.843 0.014 0.002 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.038 102 D 0.026 0.834 0.010 0.008 0.004 0.005 0.014 0.010 0.001 0.001 0.088 103 R 0.078 0.606 0.004 0.009 0.006 0.008 0.017 0.021 0.001 0.002 0.249 104 E 0.207 0.329 0.007 0.014 0.017 0.020 0.025 0.026 0.001 0.003 0.352 105 I 0.212 0.219 0.049 0.038 0.043 0.046 0.058 0.022 0.001 0.003 0.311 106 D 0.033 0.070 0.027 0.038 0.062 0.056 0.086 0.011 0.001 0.003 0.615 107 L 0.043 0.050 0.033 0.048 0.062 0.108 0.040 0.005 0.001 0.006 0.606 108 T 0.037 0.046 0.009 0.079 0.099 0.149 0.206 0.004 0.001 0.012 0.359 109 S 0.040 0.011 0.003 0.029 0.043 0.057 0.082 0.001 0.001 0.006 0.727 110 A 0.033 0.034 0.008 0.056 0.052 0.096 0.148 0.001 0.001 0.013 0.560 111 F 0.087 0.029 0.006 0.035 0.036 0.049 0.364 0.002 0.001 0.037 0.356 112 G 0.278 0.032 0.014 0.021 0.029 0.041 0.137 0.004 0.001 0.045 0.401 113 R 0.220 0.033 0.036 0.026 0.067 0.062 0.161 0.003 0.001 0.012 0.380 114 K 0.009 0.003 0.002 0.015 0.015 0.023 0.058 0.001 0.001 0.001 0.874 115 V 0.054 0.013 0.007 0.028 0.151 0.203 0.060 0.001 0.001 0.003 0.480 116 T 0.012 0.010 0.001 0.016 0.021 0.027 0.152 0.001 0.001 0.001 0.760 117 G 0.019 0.030 0.003 0.011 0.018 0.042 0.120 0.001 0.001 0.003 0.755 118 R 0.017 0.069 0.001 0.008 0.013 0.045 0.491 0.001 0.001 0.006 0.349 119 A 0.053 0.177 0.001 0.005 0.010 0.018 0.487 0.001 0.001 0.003 0.246 120 L 0.008 0.913 0.002 0.001 0.003 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.043 121 L 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 122 Q 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 123 L 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 124 A 0.005 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 125 M 0.004 0.977 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 126 E 0.015 0.937 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.026 127 H 0.048 0.857 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.053 128 E 0.082 0.741 0.027 0.001 0.001 0.002 0.012 0.025 0.001 0.001 0.109 129 I 0.058 0.694 0.050 0.002 0.002 0.003 0.017 0.019 0.001 0.001 0.153 130 H 0.076 0.624 0.025 0.004 0.004 0.007 0.027 0.023 0.001 0.001 0.209 131 H 0.091 0.632 0.025 0.003 0.003 0.003 0.026 0.016 0.001 0.001 0.199 132 K 0.059 0.664 0.025 0.004 0.003 0.005 0.026 0.007 0.001 0.001 0.207 133 G 0.036 0.431 0.012 0.006 0.009 0.015 0.083 0.005 0.001 0.002 0.401 134 N 0.070 0.562 0.017 0.006 0.009 0.010 0.096 0.004 0.001 0.002 0.225 135 L 0.010 0.861 0.003 0.003 0.003 0.004 0.029 0.001 0.001 0.001 0.085 136 F 0.003 0.918 0.002 0.002 0.004 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.043 137 V 0.002 0.941 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.037 138 Y 0.003 0.965 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 139 V 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 140 R 0.002 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 141 E 0.017 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.007 142 M 0.133 0.738 0.014 0.002 0.002 0.003 0.002 0.083 0.001 0.001 0.023 143 G 0.463 0.144 0.045 0.005 0.007 0.010 0.008 0.183 0.001 0.001 0.132 144 H 0.112 0.039 0.615 0.016 0.004 0.004 0.014 0.026 0.001 0.001 0.168 145 T 0.017 0.010 0.024 0.045 0.020 0.017 0.079 0.005 0.001 0.001 0.782 146 E 0.011 0.002 0.006 0.016 0.008 0.015 0.028 0.001 0.001 0.001 0.913 147 L 0.020 0.008 0.002 0.111 0.042 0.072 0.126 0.001 0.001 0.005 0.614 148 P 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.971 149 F 0.066 0.017 0.003 0.097 0.028 0.085 0.094 0.001 0.001 0.004 0.607 150 Y 0.209 0.036 0.003 0.058 0.023 0.034 0.127 0.002 0.001 0.015 0.494 151 Q 0.094 0.059 0.002 0.033 0.016 0.020 0.102 0.002 0.001 0.006 0.668 152 Q 0.109 0.060 0.008 0.032 0.027 0.046 0.167 0.003 0.001 0.013 0.537 153 R 0.142 0.079 0.006 0.022 0.024 0.033 0.246 0.004 0.001 0.014 0.429 154 M 0.163 0.115 0.010 0.019 0.028 0.046 0.104 0.006 0.001 0.008 0.500