# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 839 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.066 0.061 0.030 0.052 0.074 0.010 0.637 2 C 0.049 0.035 0.021 0.016 0.027 0.199 0.007 0.646 3 Q 0.047 0.048 0.018 0.008 0.018 0.238 0.006 0.617 4 S 0.055 0.152 0.023 0.006 0.017 0.124 0.009 0.615 5 N 0.033 0.202 0.009 0.002 0.002 0.169 0.005 0.579 6 Q 0.046 0.332 0.005 0.001 0.002 0.211 0.004 0.399 7 I 0.037 0.847 0.006 0.001 0.002 0.035 0.002 0.071 8 V 0.017 0.944 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 9 S 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 10 H 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 11 F 0.031 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 12 L 0.035 0.922 0.006 0.001 0.001 0.004 0.010 0.022 13 S 0.049 0.892 0.005 0.001 0.001 0.006 0.017 0.032 14 H 0.116 0.750 0.007 0.001 0.001 0.010 0.032 0.085 15 R 0.071 0.743 0.016 0.001 0.001 0.016 0.017 0.135 16 N 0.045 0.535 0.035 0.002 0.001 0.051 0.015 0.316 17 V 0.110 0.548 0.017 0.002 0.001 0.063 0.013 0.246 18 T 0.038 0.786 0.013 0.001 0.001 0.037 0.004 0.119 19 N 0.045 0.815 0.008 0.001 0.002 0.018 0.005 0.107 20 E 0.016 0.875 0.006 0.001 0.001 0.015 0.002 0.084 21 L 0.019 0.907 0.003 0.001 0.001 0.019 0.004 0.047 22 A 0.024 0.942 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 23 E 0.042 0.923 0.010 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 24 K 0.348 0.551 0.004 0.001 0.001 0.002 0.055 0.038 25 I 0.285 0.542 0.014 0.001 0.002 0.009 0.060 0.087 26 S 0.052 0.300 0.013 0.007 0.003 0.187 0.045 0.393 27 K 0.023 0.042 0.022 0.004 0.004 0.020 0.009 0.875 28 D 0.035 0.063 0.074 0.007 0.004 0.211 0.008 0.598 29 H 0.141 0.110 0.015 0.013 0.004 0.404 0.016 0.297 30 Y 0.233 0.506 0.032 0.007 0.013 0.026 0.015 0.168 31 S 0.191 0.444 0.063 0.024 0.027 0.064 0.024 0.163 32 Y 0.249 0.185 0.041 0.040 0.075 0.029 0.039 0.343 33 K 0.135 0.090 0.049 0.058 0.072 0.127 0.022 0.447 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 35 A 0.020 0.008 0.054 0.037 0.075 0.128 0.004 0.675 36 E 0.051 0.003 0.011 0.008 0.007 0.063 0.003 0.853 37 T 0.153 0.025 0.026 0.013 0.027 0.126 0.015 0.617 38 S 0.368 0.027 0.034 0.007 0.011 0.097 0.022 0.435 39 M 0.128 0.052 0.041 0.016 0.016 0.199 0.009 0.538 40 S 0.029 0.038 0.007 0.005 0.008 0.507 0.003 0.403 41 A 0.023 0.125 0.010 0.005 0.017 0.106 0.002 0.712 42 E 0.006 0.255 0.005 0.002 0.005 0.337 0.002 0.387 43 E 0.012 0.326 0.001 0.001 0.001 0.542 0.001 0.116 44 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 45 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 46 K 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 47 H 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.020 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 49 L 0.007 0.965 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 50 T 0.022 0.879 0.027 0.002 0.001 0.008 0.011 0.050 51 S 0.024 0.913 0.009 0.001 0.001 0.005 0.006 0.040 52 F 0.014 0.867 0.015 0.001 0.002 0.014 0.007 0.081 53 H 0.022 0.760 0.020 0.003 0.003 0.040 0.007 0.146 54 L 0.022 0.876 0.019 0.003 0.004 0.016 0.006 0.056 55 F 0.017 0.933 0.011 0.002 0.003 0.005 0.003 0.027 56 A 0.013 0.933 0.010 0.003 0.005 0.003 0.003 0.030 57 N 0.023 0.902 0.008 0.005 0.007 0.007 0.007 0.041 58 V 0.097 0.794 0.008 0.006 0.008 0.005 0.026 0.056 59 I 0.068 0.820 0.023 0.008 0.015 0.004 0.020 0.043 60 K 0.057 0.682 0.028 0.022 0.021 0.039 0.030 0.122 61 E 0.139 0.207 0.014 0.012 0.014 0.030 0.071 0.513 62 G 0.351 0.066 0.038 0.008 0.008 0.033 0.126 0.370 63 N 0.257 0.015 0.046 0.020 0.010 0.093 0.038 0.522 64 A 0.024 0.009 0.047 0.013 0.022 0.052 0.004 0.829 65 S 0.063 0.008 0.035 0.029 0.047 0.270 0.004 0.544 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 67 F 0.026 0.011 0.027 0.023 0.060 0.223 0.003 0.627 68 Q 0.150 0.012 0.010 0.011 0.015 0.176 0.005 0.621 69 N 0.220 0.082 0.020 0.014 0.027 0.111 0.018 0.507 70 K 0.264 0.059 0.019 0.007 0.014 0.104 0.024 0.510 71 Q 0.124 0.065 0.021 0.007 0.010 0.243 0.017 0.514 72 E 0.092 0.032 0.008 0.003 0.006 0.054 0.011 0.794 73 E 0.101 0.060 0.018 0.005 0.009 0.157 0.008 0.642 74 T 0.080 0.074 0.007 0.002 0.003 0.440 0.007 0.385 75 E 0.079 0.176 0.007 0.001 0.003 0.062 0.005 0.667 76 T 0.008 0.151 0.003 0.001 0.001 0.316 0.002 0.518 77 D 0.015 0.212 0.001 0.001 0.001 0.572 0.002 0.198 78 L 0.023 0.919 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.041 79 N 0.004 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 80 V 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 81 L 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 A 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 83 K 0.020 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 84 T 0.023 0.946 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 0.017 85 Y 0.030 0.918 0.003 0.001 0.001 0.005 0.009 0.035 86 T 0.024 0.923 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.038 87 E 0.020 0.883 0.008 0.001 0.001 0.011 0.005 0.073 88 K 0.018 0.857 0.002 0.001 0.001 0.038 0.004 0.081 89 T 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.023 90 V 0.006 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 91 A 0.002 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 92 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 93 L 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 94 E 0.031 0.951 0.004 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 95 Q 0.279 0.634 0.003 0.001 0.001 0.001 0.063 0.019 96 L 0.313 0.542 0.012 0.001 0.001 0.007 0.076 0.050 97 T 0.064 0.337 0.012 0.003 0.001 0.240 0.048 0.295 98 E 0.025 0.070 0.023 0.002 0.002 0.020 0.009 0.849 99 E 0.022 0.077 0.038 0.002 0.001 0.226 0.005 0.628 100 Q 0.043 0.077 0.003 0.002 0.001 0.713 0.005 0.158 101 L 0.116 0.775 0.008 0.001 0.002 0.009 0.007 0.082 102 D 0.049 0.859 0.025 0.002 0.002 0.010 0.006 0.048 103 R 0.106 0.618 0.021 0.009 0.009 0.028 0.032 0.176 104 E 0.291 0.349 0.020 0.008 0.014 0.023 0.051 0.244 105 I 0.118 0.312 0.100 0.088 0.064 0.038 0.027 0.252 106 D 0.044 0.102 0.104 0.070 0.061 0.059 0.016 0.545 107 L 0.076 0.071 0.098 0.078 0.082 0.054 0.011 0.530 108 T 0.083 0.066 0.106 0.072 0.092 0.178 0.012 0.390 109 S 0.019 0.017 0.018 0.022 0.026 0.042 0.004 0.853 110 A 0.047 0.045 0.053 0.032 0.054 0.248 0.016 0.504 111 F 0.188 0.036 0.023 0.021 0.024 0.327 0.031 0.351 112 G 0.323 0.046 0.027 0.019 0.029 0.080 0.066 0.410 113 R 0.174 0.040 0.096 0.061 0.059 0.152 0.013 0.407 114 K 0.005 0.003 0.008 0.007 0.014 0.017 0.001 0.944 115 V 0.045 0.019 0.033 0.123 0.258 0.073 0.004 0.446 116 T 0.029 0.024 0.018 0.028 0.057 0.139 0.002 0.703 117 G 0.018 0.048 0.013 0.027 0.062 0.054 0.002 0.776 118 R 0.023 0.157 0.019 0.025 0.053 0.209 0.003 0.510 119 A 0.023 0.235 0.005 0.011 0.013 0.467 0.002 0.245 120 L 0.011 0.898 0.006 0.004 0.011 0.016 0.001 0.053 121 L 0.003 0.974 0.004 0.002 0.005 0.003 0.001 0.010 122 Q 0.004 0.977 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.010 123 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 124 A 0.008 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 125 M 0.007 0.966 0.006 0.002 0.002 0.001 0.005 0.010 126 E 0.017 0.898 0.017 0.004 0.004 0.006 0.015 0.038 127 H 0.055 0.824 0.020 0.004 0.004 0.007 0.024 0.062 128 E 0.061 0.731 0.036 0.005 0.005 0.019 0.027 0.116 129 I 0.073 0.652 0.063 0.015 0.013 0.024 0.020 0.139 130 H 0.086 0.589 0.065 0.019 0.025 0.030 0.024 0.161 131 H 0.107 0.553 0.041 0.028 0.036 0.036 0.018 0.181 132 K 0.051 0.566 0.029 0.013 0.021 0.041 0.021 0.258 133 G 0.083 0.458 0.020 0.017 0.023 0.050 0.029 0.318 134 N 0.090 0.332 0.017 0.012 0.013 0.162 0.015 0.359 135 L 0.017 0.571 0.017 0.027 0.032 0.078 0.004 0.254 136 F 0.009 0.644 0.011 0.032 0.061 0.065 0.002 0.177 137 V 0.007 0.908 0.009 0.011 0.012 0.014 0.001 0.039 138 Y 0.001 0.980 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.007 139 V 0.003 0.987 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 140 R 0.009 0.976 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 0.004 141 E 0.046 0.914 0.002 0.002 0.003 0.001 0.020 0.012 142 M 0.071 0.699 0.005 0.003 0.003 0.008 0.169 0.042 143 G 0.461 0.127 0.027 0.005 0.005 0.009 0.220 0.146 144 H 0.077 0.057 0.556 0.022 0.010 0.034 0.014 0.229 145 T 0.035 0.032 0.093 0.061 0.030 0.129 0.009 0.611 146 E 0.036 0.012 0.018 0.006 0.016 0.028 0.003 0.882 147 L 0.066 0.031 0.073 0.017 0.032 0.182 0.006 0.594 148 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.988 149 F 0.072 0.028 0.031 0.021 0.043 0.153 0.009 0.644 150 Y 0.240 0.045 0.032 0.019 0.026 0.086 0.009 0.543 151 Q 0.067 0.090 0.024 0.018 0.031 0.104 0.008 0.659 152 Q 0.122 0.135 0.023 0.020 0.042 0.171 0.017 0.470 153 R 0.252 0.171 0.023 0.018 0.031 0.104 0.028 0.374 154 M 0.137 0.235 0.041 0.029 0.042 0.063 0.024 0.429