# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 839 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.253 0.069 0.022 0.156 0.017 0.033 0.186 0.071 0.085 0.047 2 C 0.053 0.211 0.145 0.029 0.128 0.021 0.024 0.252 0.060 0.042 0.035 3 Q 0.034 0.074 0.028 0.005 0.040 0.007 0.017 0.557 0.148 0.076 0.016 4 S 0.005 0.017 0.006 0.002 0.009 0.003 0.006 0.810 0.116 0.022 0.004 5 N 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.056 0.005 0.001 6 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.034 0.005 0.001 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.032 0.007 0.001 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.049 0.001 0.001 9 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.968 0.025 0.001 0.001 10 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.956 0.025 0.008 0.001 11 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.864 0.109 0.017 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.876 0.107 0.004 0.001 13 S 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.002 0.029 0.844 0.074 0.037 0.001 14 H 0.008 0.013 0.007 0.001 0.008 0.002 0.015 0.779 0.107 0.057 0.004 15 R 0.002 0.009 0.003 0.001 0.005 0.002 0.006 0.860 0.099 0.011 0.003 16 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.919 0.052 0.008 0.001 17 V 0.003 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.904 0.045 0.025 0.001 18 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.035 0.007 0.001 19 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.060 0.002 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.979 0.012 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.879 0.095 0.021 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.726 0.253 0.008 0.001 23 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.011 0.050 0.641 0.238 0.052 0.001 24 K 0.014 0.012 0.012 0.001 0.016 0.004 0.140 0.288 0.075 0.429 0.009 25 I 0.047 0.446 0.097 0.007 0.130 0.009 0.029 0.048 0.031 0.130 0.027 26 S 0.149 0.334 0.120 0.008 0.301 0.004 0.005 0.039 0.012 0.009 0.019 27 K 0.008 0.008 0.003 0.001 0.010 0.003 0.007 0.439 0.492 0.024 0.005 28 D 0.003 0.009 0.004 0.002 0.005 0.009 0.095 0.635 0.198 0.038 0.003 29 H 0.036 0.025 0.008 0.003 0.033 0.007 0.029 0.435 0.157 0.246 0.020 30 Y 0.053 0.086 0.028 0.018 0.083 0.039 0.063 0.303 0.176 0.117 0.034 31 S 0.068 0.093 0.039 0.023 0.110 0.033 0.093 0.190 0.150 0.165 0.036 32 Y 0.076 0.208 0.133 0.029 0.194 0.016 0.053 0.072 0.063 0.119 0.036 33 K 0.068 0.300 0.346 0.022 0.145 0.005 0.014 0.031 0.018 0.027 0.025 34 P 0.058 0.361 0.207 0.024 0.113 0.013 0.040 0.071 0.052 0.032 0.030 35 A 0.034 0.385 0.250 0.028 0.114 0.012 0.031 0.063 0.043 0.021 0.018 36 E 0.027 0.050 0.028 0.018 0.039 0.033 0.122 0.333 0.266 0.065 0.020 37 T 0.026 0.082 0.060 0.020 0.058 0.035 0.081 0.188 0.159 0.254 0.037 38 S 0.096 0.088 0.027 0.009 0.139 0.010 0.025 0.131 0.106 0.295 0.075 39 M 0.038 0.186 0.135 0.025 0.110 0.050 0.062 0.149 0.065 0.139 0.040 40 S 0.089 0.527 0.105 0.002 0.203 0.001 0.001 0.037 0.006 0.012 0.018 41 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.596 0.382 0.008 0.002 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.062 0.001 0.001 43 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.048 0.005 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.021 0.003 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.921 0.072 0.002 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.961 0.025 0.001 0.001 47 H 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.941 0.026 0.007 0.001 48 I 0.012 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.900 0.050 0.009 0.003 49 L 0.003 0.009 0.002 0.001 0.009 0.002 0.011 0.905 0.052 0.004 0.002 50 T 0.005 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.011 0.910 0.047 0.009 0.002 51 S 0.006 0.010 0.003 0.001 0.008 0.001 0.009 0.878 0.069 0.011 0.003 52 F 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.905 0.064 0.006 0.002 53 H 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.917 0.054 0.005 0.001 54 L 0.006 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.015 0.924 0.032 0.005 0.001 55 F 0.008 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.910 0.049 0.011 0.002 56 A 0.005 0.007 0.002 0.002 0.008 0.003 0.007 0.841 0.116 0.008 0.002 57 N 0.005 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.029 0.851 0.079 0.012 0.002 58 V 0.017 0.020 0.007 0.002 0.035 0.003 0.043 0.710 0.098 0.058 0.007 59 I 0.059 0.059 0.029 0.007 0.070 0.012 0.065 0.455 0.116 0.096 0.034 60 K 0.021 0.084 0.059 0.035 0.044 0.056 0.106 0.411 0.103 0.055 0.025 61 E 0.021 0.300 0.165 0.087 0.054 0.047 0.085 0.094 0.052 0.073 0.023 62 G 0.039 0.079 0.092 0.097 0.044 0.031 0.029 0.038 0.051 0.369 0.130 63 N 0.127 0.184 0.125 0.028 0.187 0.013 0.031 0.047 0.058 0.132 0.068 64 A 0.073 0.258 0.128 0.036 0.158 0.023 0.050 0.063 0.086 0.080 0.044 65 S 0.033 0.319 0.392 0.049 0.100 0.009 0.016 0.022 0.023 0.020 0.016 66 P 0.076 0.270 0.136 0.025 0.146 0.015 0.042 0.105 0.101 0.054 0.031 67 F 0.048 0.270 0.165 0.022 0.146 0.019 0.048 0.119 0.088 0.048 0.026 68 Q 0.072 0.107 0.051 0.027 0.104 0.033 0.082 0.202 0.132 0.138 0.052 69 N 0.075 0.137 0.080 0.030 0.147 0.025 0.042 0.115 0.111 0.176 0.062 70 K 0.080 0.130 0.065 0.033 0.135 0.028 0.053 0.148 0.141 0.141 0.046 71 Q 0.067 0.166 0.100 0.030 0.135 0.029 0.058 0.128 0.087 0.139 0.061 72 E 0.106 0.161 0.059 0.017 0.174 0.013 0.028 0.128 0.078 0.159 0.077 73 E 0.036 0.217 0.150 0.032 0.101 0.054 0.072 0.123 0.061 0.120 0.035 74 T 0.088 0.476 0.154 0.003 0.183 0.002 0.002 0.037 0.008 0.027 0.021 75 E 0.003 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.640 0.329 0.011 0.002 76 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.911 0.081 0.002 0.001 77 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.045 0.019 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.040 0.014 0.001 79 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.020 0.003 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.064 0.004 0.001 83 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.925 0.068 0.003 0.001 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.948 0.020 0.005 0.001 85 Y 0.003 0.008 0.005 0.001 0.003 0.001 0.006 0.861 0.077 0.035 0.002 86 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.055 0.003 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.031 0.001 0.001 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.967 0.020 0.004 0.001 89 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.024 0.007 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.048 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.007 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.048 0.008 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.770 0.217 0.006 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 0.664 0.257 0.035 0.001 95 Q 0.010 0.012 0.010 0.001 0.014 0.003 0.113 0.419 0.096 0.318 0.005 96 L 0.040 0.298 0.088 0.005 0.099 0.013 0.065 0.106 0.066 0.192 0.027 97 T 0.186 0.301 0.073 0.003 0.332 0.003 0.005 0.044 0.012 0.018 0.023 98 E 0.008 0.008 0.002 0.001 0.009 0.002 0.002 0.460 0.481 0.023 0.004 99 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.793 0.148 0.010 0.001 100 Q 0.007 0.006 0.003 0.001 0.006 0.002 0.021 0.741 0.102 0.107 0.005 101 L 0.018 0.028 0.010 0.005 0.025 0.020 0.022 0.564 0.169 0.125 0.013 102 D 0.021 0.025 0.013 0.013 0.025 0.029 0.071 0.543 0.189 0.057 0.014 103 R 0.032 0.091 0.050 0.013 0.111 0.020 0.104 0.337 0.119 0.107 0.015 104 E 0.271 0.080 0.024 0.007 0.217 0.010 0.041 0.132 0.047 0.121 0.049 105 I 0.166 0.253 0.036 0.008 0.341 0.014 0.021 0.054 0.031 0.027 0.049 106 D 0.186 0.176 0.054 0.009 0.359 0.012 0.023 0.068 0.028 0.029 0.056 107 L 0.140 0.143 0.044 0.014 0.208 0.020 0.048 0.142 0.079 0.109 0.054 108 T 0.061 0.315 0.146 0.026 0.237 0.017 0.025 0.081 0.033 0.028 0.032 109 S 0.113 0.139 0.105 0.020 0.140 0.015 0.040 0.247 0.096 0.042 0.044 110 A 0.047 0.049 0.043 0.027 0.065 0.057 0.094 0.337 0.149 0.095 0.037 111 F 0.021 0.436 0.154 0.069 0.062 0.046 0.081 0.050 0.031 0.036 0.015 112 G 0.039 0.027 0.037 0.101 0.025 0.023 0.015 0.035 0.040 0.444 0.213 113 R 0.041 0.442 0.182 0.026 0.165 0.012 0.014 0.038 0.029 0.031 0.021 114 K 0.207 0.155 0.044 0.008 0.260 0.010 0.029 0.105 0.055 0.060 0.067 115 V 0.073 0.195 0.113 0.041 0.122 0.045 0.054 0.171 0.068 0.072 0.046 116 T 0.033 0.325 0.164 0.037 0.088 0.018 0.017 0.242 0.037 0.022 0.016 117 G 0.004 0.004 0.003 0.002 0.004 0.003 0.003 0.791 0.156 0.024 0.006 118 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.936 0.050 0.003 0.001 119 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.020 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.001 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.001 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.012 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.980 0.010 0.001 0.001 124 A 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.959 0.021 0.002 0.001 125 M 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.911 0.062 0.004 0.001 126 E 0.004 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.025 0.883 0.064 0.010 0.002 127 H 0.011 0.022 0.008 0.003 0.021 0.004 0.025 0.727 0.136 0.034 0.007 128 E 0.021 0.027 0.008 0.004 0.034 0.005 0.038 0.679 0.139 0.035 0.011 129 I 0.040 0.037 0.012 0.006 0.068 0.008 0.044 0.582 0.134 0.052 0.018 130 H 0.044 0.041 0.026 0.013 0.047 0.012 0.067 0.565 0.097 0.067 0.022 131 H 0.033 0.060 0.045 0.020 0.042 0.018 0.044 0.577 0.086 0.055 0.022 132 K 0.008 0.024 0.015 0.010 0.010 0.013 0.027 0.714 0.126 0.043 0.011 133 G 0.005 0.017 0.015 0.009 0.008 0.007 0.005 0.818 0.078 0.028 0.010 134 N 0.005 0.018 0.004 0.001 0.015 0.001 0.004 0.883 0.059 0.007 0.003 135 L 0.011 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.946 0.021 0.003 0.001 136 F 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.969 0.012 0.001 0.001 137 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.977 0.009 0.001 0.001 138 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.016 0.001 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.927 0.064 0.002 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.859 0.101 0.015 0.001 141 E 0.005 0.008 0.006 0.003 0.006 0.005 0.159 0.740 0.044 0.024 0.003 142 M 0.005 0.791 0.119 0.007 0.032 0.005 0.012 0.010 0.007 0.006 0.005 143 G 0.033 0.017 0.016 0.037 0.016 0.017 0.013 0.030 0.037 0.431 0.353 144 H 0.072 0.269 0.165 0.030 0.138 0.015 0.047 0.053 0.058 0.115 0.038 145 T 0.057 0.325 0.231 0.048 0.136 0.017 0.039 0.030 0.040 0.046 0.032 146 E 0.035 0.298 0.334 0.071 0.079 0.018 0.042 0.031 0.047 0.026 0.019 147 L 0.035 0.367 0.342 0.021 0.118 0.007 0.014 0.030 0.031 0.017 0.018 148 P 0.070 0.235 0.078 0.012 0.159 0.018 0.079 0.144 0.110 0.058 0.037 149 F 0.074 0.144 0.076 0.021 0.135 0.028 0.062 0.129 0.115 0.158 0.057 150 Y 0.098 0.212 0.083 0.028 0.205 0.023 0.033 0.108 0.077 0.089 0.044 151 Q 0.103 0.084 0.038 0.018 0.144 0.025 0.038 0.199 0.165 0.135 0.050 152 Q 0.092 0.121 0.046 0.018 0.159 0.026 0.049 0.194 0.121 0.128 0.045 153 R 0.131 0.147 0.063 0.019 0.191 0.020 0.038 0.156 0.068 0.104 0.062 154 M 0.103 0.158 0.061 0.024 0.164 0.025 0.037 0.196 0.096 0.087 0.049