# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 839 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.628 0.182 0.126 0.042 0.018 0.005 0.001 2 C 0.422 0.249 0.173 0.111 0.034 0.011 0.001 3 Q 0.566 0.218 0.139 0.047 0.020 0.009 0.001 4 S 0.284 0.246 0.209 0.164 0.067 0.026 0.003 5 N 0.442 0.290 0.160 0.075 0.023 0.008 0.001 6 Q 0.118 0.202 0.257 0.214 0.151 0.052 0.006 7 I 0.026 0.034 0.049 0.121 0.265 0.412 0.093 8 V 0.025 0.064 0.150 0.263 0.301 0.165 0.033 9 S 0.083 0.248 0.263 0.219 0.115 0.057 0.015 10 H 0.025 0.081 0.178 0.278 0.268 0.141 0.029 11 F 0.011 0.016 0.030 0.087 0.287 0.446 0.123 12 L 0.062 0.207 0.275 0.261 0.135 0.051 0.009 13 S 0.105 0.283 0.272 0.191 0.097 0.044 0.008 14 H 0.027 0.067 0.104 0.207 0.293 0.257 0.045 15 R 0.030 0.076 0.163 0.274 0.256 0.164 0.036 16 N 0.146 0.339 0.259 0.149 0.072 0.030 0.005 17 V 0.027 0.104 0.249 0.334 0.201 0.076 0.009 18 T 0.008 0.013 0.019 0.060 0.239 0.572 0.089 19 N 0.027 0.125 0.301 0.327 0.168 0.046 0.007 20 E 0.143 0.445 0.249 0.116 0.032 0.012 0.002 21 L 0.014 0.054 0.202 0.367 0.281 0.080 0.003 22 A 0.011 0.021 0.057 0.209 0.438 0.253 0.012 23 E 0.231 0.428 0.268 0.059 0.012 0.002 0.001 24 K 0.199 0.557 0.176 0.054 0.013 0.002 0.001 25 I 0.021 0.049 0.158 0.467 0.247 0.057 0.001 26 S 0.329 0.413 0.169 0.073 0.014 0.002 0.001 27 K 0.593 0.299 0.080 0.023 0.005 0.001 0.001 28 D 0.550 0.308 0.102 0.032 0.007 0.001 0.001 29 H 0.193 0.324 0.262 0.157 0.054 0.010 0.001 30 Y 0.064 0.103 0.184 0.345 0.244 0.058 0.002 31 S 0.275 0.330 0.261 0.095 0.031 0.009 0.001 32 Y 0.135 0.216 0.222 0.248 0.140 0.037 0.002 33 K 0.246 0.290 0.225 0.148 0.066 0.024 0.002 34 P 0.211 0.185 0.201 0.210 0.138 0.051 0.005 35 A 0.361 0.252 0.185 0.129 0.053 0.017 0.002 36 E 0.448 0.280 0.157 0.073 0.029 0.012 0.002 37 T 0.304 0.265 0.173 0.142 0.076 0.034 0.006 38 S 0.197 0.203 0.194 0.197 0.123 0.072 0.013 39 M 0.116 0.149 0.174 0.206 0.197 0.134 0.024 40 S 0.053 0.095 0.133 0.193 0.223 0.220 0.084 41 A 0.021 0.041 0.058 0.115 0.196 0.367 0.201 42 E 0.037 0.106 0.161 0.246 0.229 0.154 0.066 43 E 0.019 0.079 0.139 0.247 0.258 0.169 0.090 44 L 0.004 0.009 0.020 0.048 0.128 0.394 0.396 45 V 0.002 0.007 0.018 0.058 0.184 0.448 0.282 46 K 0.010 0.067 0.158 0.299 0.243 0.143 0.081 47 H 0.004 0.012 0.021 0.053 0.153 0.364 0.393 48 I 0.001 0.003 0.005 0.014 0.046 0.348 0.582 49 L 0.006 0.020 0.035 0.110 0.195 0.314 0.320 50 T 0.014 0.049 0.079 0.155 0.215 0.224 0.264 51 S 0.004 0.010 0.016 0.037 0.097 0.352 0.485 52 F 0.005 0.017 0.031 0.077 0.148 0.338 0.384 53 H 0.017 0.054 0.100 0.170 0.233 0.239 0.187 54 L 0.011 0.035 0.074 0.149 0.237 0.300 0.195 55 F 0.004 0.008 0.014 0.037 0.130 0.453 0.355 56 A 0.005 0.013 0.041 0.097 0.259 0.386 0.198 57 N 0.037 0.175 0.241 0.224 0.146 0.131 0.047 58 V 0.015 0.061 0.208 0.332 0.252 0.120 0.012 59 I 0.013 0.019 0.046 0.157 0.436 0.296 0.031 60 K 0.139 0.290 0.331 0.168 0.058 0.013 0.001 61 E 0.557 0.314 0.096 0.026 0.006 0.001 0.001 62 G 0.440 0.303 0.160 0.074 0.018 0.004 0.001 63 N 0.545 0.283 0.118 0.041 0.011 0.003 0.001 64 A 0.236 0.285 0.200 0.193 0.074 0.013 0.001 65 S 0.432 0.298 0.161 0.079 0.025 0.005 0.001 66 P 0.272 0.302 0.214 0.136 0.062 0.013 0.001 67 F 0.196 0.194 0.219 0.249 0.115 0.028 0.001 68 Q 0.395 0.320 0.179 0.075 0.025 0.005 0.001 69 N 0.382 0.260 0.179 0.134 0.038 0.006 0.001 70 K 0.666 0.216 0.087 0.024 0.006 0.001 0.001 71 Q 0.590 0.279 0.087 0.036 0.007 0.001 0.001 72 E 0.682 0.193 0.095 0.023 0.006 0.001 0.001 73 E 0.464 0.339 0.124 0.060 0.010 0.002 0.001 74 T 0.452 0.303 0.153 0.061 0.027 0.004 0.001 75 E 0.142 0.255 0.266 0.247 0.077 0.012 0.001 76 T 0.482 0.329 0.130 0.047 0.010 0.002 0.001 77 D 0.067 0.222 0.324 0.258 0.113 0.015 0.001 78 L 0.011 0.016 0.035 0.133 0.411 0.376 0.019 79 N 0.033 0.141 0.324 0.301 0.157 0.040 0.003 80 V 0.152 0.421 0.254 0.124 0.037 0.012 0.001 81 L 0.021 0.077 0.193 0.333 0.286 0.084 0.006 82 A 0.023 0.040 0.080 0.209 0.349 0.274 0.026 83 K 0.194 0.348 0.285 0.121 0.040 0.011 0.001 84 T 0.167 0.389 0.255 0.129 0.046 0.013 0.001 85 Y 0.027 0.067 0.118 0.249 0.325 0.197 0.016 86 T 0.048 0.132 0.254 0.308 0.174 0.073 0.010 87 E 0.249 0.397 0.213 0.098 0.033 0.009 0.001 88 K 0.032 0.138 0.294 0.312 0.176 0.043 0.004 89 T 0.004 0.008 0.014 0.051 0.235 0.609 0.078 90 V 0.015 0.093 0.282 0.360 0.193 0.052 0.006 91 A 0.093 0.405 0.317 0.131 0.038 0.014 0.002 92 I 0.007 0.034 0.145 0.335 0.347 0.127 0.005 93 L 0.006 0.013 0.041 0.158 0.460 0.306 0.016 94 E 0.148 0.427 0.325 0.079 0.016 0.003 0.001 95 Q 0.176 0.569 0.184 0.056 0.014 0.002 0.001 96 L 0.018 0.043 0.145 0.474 0.263 0.056 0.001 97 T 0.363 0.405 0.174 0.049 0.008 0.001 0.001 98 E 0.613 0.303 0.067 0.015 0.002 0.001 0.001 99 E 0.610 0.299 0.071 0.017 0.003 0.001 0.001 100 Q 0.266 0.451 0.193 0.072 0.016 0.002 0.001 101 L 0.037 0.083 0.198 0.347 0.301 0.034 0.001 102 D 0.269 0.435 0.191 0.090 0.013 0.002 0.001 103 R 0.278 0.360 0.194 0.108 0.052 0.007 0.001 104 E 0.145 0.294 0.279 0.195 0.069 0.017 0.001 105 I 0.034 0.060 0.122 0.309 0.340 0.127 0.008 106 D 0.193 0.333 0.281 0.132 0.046 0.013 0.001 107 L 0.112 0.151 0.165 0.244 0.217 0.100 0.011 108 T 0.213 0.247 0.212 0.187 0.100 0.036 0.005 109 S 0.400 0.300 0.155 0.088 0.038 0.017 0.002 110 A 0.362 0.231 0.177 0.129 0.071 0.028 0.004 111 F 0.250 0.219 0.191 0.181 0.107 0.046 0.006 112 G 0.327 0.283 0.168 0.124 0.065 0.029 0.004 113 R 0.302 0.237 0.179 0.159 0.090 0.030 0.005 114 K 0.339 0.317 0.165 0.114 0.041 0.020 0.003 115 V 0.079 0.091 0.158 0.249 0.268 0.138 0.017 116 T 0.106 0.201 0.211 0.218 0.152 0.091 0.021 117 G 0.056 0.104 0.143 0.214 0.221 0.195 0.066 118 R 0.073 0.143 0.181 0.243 0.194 0.124 0.041 119 A 0.042 0.104 0.156 0.216 0.218 0.184 0.079 120 L 0.016 0.026 0.046 0.088 0.173 0.356 0.296 121 L 0.008 0.012 0.019 0.047 0.117 0.381 0.416 122 Q 0.022 0.050 0.076 0.148 0.203 0.261 0.240 123 L 0.020 0.034 0.048 0.099 0.168 0.298 0.333 124 A 0.017 0.019 0.027 0.053 0.109 0.344 0.431 125 M 0.030 0.040 0.049 0.109 0.188 0.303 0.280 126 E 0.099 0.138 0.155 0.190 0.161 0.143 0.113 127 H 0.083 0.087 0.100 0.157 0.197 0.242 0.136 128 E 0.139 0.143 0.149 0.170 0.156 0.163 0.081 129 I 0.137 0.120 0.126 0.162 0.191 0.187 0.076 130 H 0.146 0.142 0.155 0.169 0.161 0.155 0.072 131 H 0.099 0.098 0.101 0.139 0.181 0.247 0.134 132 K 0.136 0.143 0.163 0.193 0.146 0.136 0.082 133 G 0.123 0.139 0.151 0.171 0.172 0.162 0.083 134 N 0.061 0.073 0.100 0.147 0.195 0.252 0.171 135 L 0.032 0.030 0.040 0.081 0.173 0.371 0.274 136 F 0.066 0.123 0.163 0.208 0.192 0.164 0.084 137 V 0.060 0.115 0.162 0.214 0.204 0.167 0.079 138 Y 0.035 0.042 0.061 0.123 0.241 0.369 0.129 139 V 0.062 0.092 0.151 0.226 0.243 0.175 0.050 140 R 0.144 0.244 0.236 0.193 0.110 0.063 0.011 141 E 0.148 0.188 0.216 0.205 0.152 0.079 0.011 142 M 0.110 0.127 0.161 0.259 0.207 0.121 0.016 143 G 0.363 0.316 0.187 0.082 0.034 0.016 0.002 144 H 0.198 0.199 0.196 0.230 0.124 0.047 0.006 145 T 0.403 0.270 0.178 0.093 0.037 0.017 0.003 146 E 0.246 0.246 0.199 0.172 0.091 0.040 0.006 147 L 0.168 0.137 0.159 0.212 0.203 0.107 0.015 148 P 0.238 0.259 0.218 0.153 0.081 0.043 0.008 149 F 0.206 0.170 0.180 0.211 0.151 0.072 0.011 150 Y 0.254 0.215 0.178 0.175 0.117 0.055 0.007 151 Q 0.463 0.242 0.150 0.088 0.038 0.016 0.003 152 Q 0.558 0.231 0.115 0.060 0.027 0.008 0.001 153 R 0.549 0.272 0.088 0.060 0.022 0.008 0.001 154 M 0.489 0.212 0.131 0.098 0.053 0.015 0.001