# TARGET T0481 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 839 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.224 0.122 0.112 0.134 0.134 0.100 0.065 0.048 0.028 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 2 C 0.283 0.156 0.135 0.127 0.114 0.071 0.051 0.033 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.223 0.135 0.137 0.141 0.126 0.097 0.063 0.035 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 4 S 0.178 0.134 0.141 0.158 0.142 0.108 0.072 0.031 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 5 N 0.487 0.209 0.136 0.073 0.040 0.029 0.014 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Q 0.218 0.203 0.173 0.152 0.116 0.074 0.032 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.037 0.030 0.035 0.083 0.141 0.174 0.191 0.158 0.088 0.031 0.019 0.006 0.004 0.001 8 V 0.050 0.083 0.109 0.193 0.215 0.152 0.092 0.057 0.033 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 9 S 0.580 0.212 0.105 0.044 0.022 0.021 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 H 0.078 0.106 0.142 0.222 0.208 0.138 0.056 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 11 F 0.040 0.033 0.047 0.099 0.183 0.180 0.189 0.137 0.056 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 12 L 0.296 0.216 0.165 0.136 0.095 0.051 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 S 0.571 0.204 0.099 0.053 0.031 0.025 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.109 0.083 0.101 0.162 0.196 0.180 0.099 0.034 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 15 R 0.116 0.118 0.179 0.188 0.165 0.127 0.063 0.024 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 N 0.648 0.192 0.082 0.039 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.134 0.172 0.160 0.190 0.162 0.100 0.041 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.014 0.015 0.024 0.072 0.136 0.205 0.232 0.166 0.089 0.027 0.014 0.003 0.002 0.001 19 N 0.075 0.157 0.202 0.247 0.170 0.089 0.034 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.606 0.236 0.121 0.022 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.014 0.040 0.069 0.219 0.249 0.210 0.107 0.061 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.006 0.018 0.030 0.112 0.184 0.218 0.231 0.130 0.058 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 23 E 0.413 0.307 0.190 0.052 0.021 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.385 0.293 0.219 0.057 0.021 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 I 0.029 0.042 0.057 0.225 0.291 0.200 0.105 0.037 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 S 0.252 0.219 0.247 0.129 0.085 0.041 0.019 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.773 0.126 0.063 0.018 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.626 0.139 0.103 0.055 0.037 0.019 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 H 0.320 0.191 0.176 0.102 0.091 0.069 0.033 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Y 0.149 0.107 0.078 0.147 0.190 0.158 0.088 0.050 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 31 S 0.363 0.170 0.128 0.100 0.089 0.067 0.042 0.015 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.173 0.102 0.113 0.151 0.145 0.131 0.069 0.049 0.033 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 33 K 0.173 0.128 0.129 0.156 0.149 0.106 0.071 0.042 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 34 P 0.155 0.109 0.130 0.159 0.158 0.117 0.071 0.050 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 35 A 0.260 0.163 0.135 0.150 0.117 0.068 0.048 0.027 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 36 E 0.306 0.199 0.152 0.133 0.081 0.057 0.033 0.019 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 37 T 0.259 0.150 0.149 0.129 0.104 0.091 0.060 0.025 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 38 S 0.193 0.133 0.152 0.145 0.134 0.101 0.068 0.033 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 39 M 0.196 0.119 0.098 0.131 0.134 0.110 0.089 0.063 0.027 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 40 S 0.083 0.091 0.109 0.149 0.164 0.134 0.106 0.085 0.044 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 41 A 0.024 0.015 0.019 0.041 0.081 0.133 0.177 0.192 0.147 0.074 0.061 0.019 0.012 0.004 42 E 0.074 0.130 0.146 0.201 0.163 0.120 0.077 0.047 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 43 E 0.216 0.192 0.150 0.151 0.117 0.078 0.043 0.024 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 44 L 0.021 0.030 0.035 0.094 0.138 0.199 0.187 0.157 0.075 0.035 0.015 0.007 0.005 0.002 45 V 0.017 0.018 0.027 0.057 0.103 0.175 0.225 0.208 0.076 0.038 0.034 0.011 0.009 0.003 46 K 0.158 0.194 0.157 0.169 0.118 0.094 0.052 0.030 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 47 H 0.094 0.073 0.096 0.169 0.191 0.142 0.111 0.060 0.032 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 48 I 0.032 0.026 0.042 0.081 0.127 0.193 0.179 0.150 0.080 0.038 0.029 0.012 0.007 0.003 49 L 0.105 0.072 0.081 0.102 0.159 0.144 0.142 0.093 0.045 0.028 0.015 0.007 0.005 0.002 50 T 0.231 0.186 0.123 0.139 0.117 0.082 0.056 0.036 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 51 S 0.060 0.038 0.051 0.093 0.143 0.165 0.170 0.129 0.071 0.039 0.024 0.009 0.005 0.002 52 F 0.053 0.056 0.092 0.149 0.181 0.179 0.128 0.082 0.045 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 53 H 0.224 0.138 0.130 0.132 0.135 0.096 0.064 0.036 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 54 L 0.108 0.089 0.089 0.118 0.162 0.131 0.118 0.084 0.048 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 55 F 0.031 0.030 0.045 0.077 0.131 0.156 0.164 0.156 0.092 0.055 0.037 0.014 0.008 0.005 56 A 0.047 0.051 0.058 0.093 0.127 0.145 0.144 0.126 0.098 0.055 0.029 0.015 0.009 0.004 57 N 0.226 0.164 0.157 0.141 0.101 0.081 0.053 0.033 0.023 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 58 V 0.068 0.084 0.126 0.174 0.191 0.146 0.094 0.059 0.032 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 59 I 0.051 0.048 0.056 0.114 0.174 0.171 0.153 0.121 0.062 0.025 0.015 0.005 0.004 0.001 60 K 0.187 0.206 0.173 0.183 0.115 0.075 0.033 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.547 0.190 0.110 0.059 0.038 0.027 0.018 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 G 0.321 0.173 0.192 0.129 0.083 0.053 0.030 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 N 0.461 0.167 0.143 0.085 0.060 0.039 0.029 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.307 0.171 0.121 0.123 0.109 0.076 0.054 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 65 S 0.305 0.158 0.143 0.133 0.111 0.066 0.043 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 66 P 0.238 0.166 0.145 0.149 0.121 0.082 0.048 0.024 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 67 F 0.201 0.134 0.128 0.180 0.147 0.094 0.054 0.034 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 68 Q 0.475 0.188 0.119 0.086 0.056 0.034 0.024 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 N 0.425 0.178 0.121 0.109 0.073 0.046 0.029 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.538 0.172 0.118 0.075 0.047 0.023 0.018 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.567 0.179 0.101 0.060 0.041 0.025 0.018 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 E 0.600 0.157 0.119 0.052 0.033 0.019 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 E 0.587 0.177 0.100 0.064 0.039 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 T 0.461 0.163 0.132 0.089 0.072 0.041 0.027 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.205 0.153 0.198 0.161 0.136 0.081 0.041 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 76 T 0.745 0.139 0.058 0.026 0.014 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.380 0.248 0.178 0.087 0.048 0.039 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.030 0.030 0.041 0.122 0.217 0.229 0.160 0.103 0.046 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 79 N 0.140 0.158 0.229 0.192 0.141 0.076 0.035 0.012 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.718 0.155 0.078 0.024 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.062 0.092 0.109 0.221 0.229 0.165 0.071 0.029 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.034 0.041 0.064 0.140 0.232 0.197 0.153 0.085 0.037 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 83 K 0.562 0.197 0.142 0.051 0.025 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 T 0.520 0.230 0.137 0.058 0.028 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.049 0.047 0.058 0.144 0.223 0.218 0.156 0.058 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 86 T 0.070 0.116 0.174 0.219 0.195 0.133 0.057 0.019 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.743 0.183 0.048 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.117 0.188 0.203 0.202 0.150 0.095 0.028 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.006 0.009 0.018 0.062 0.132 0.210 0.259 0.190 0.083 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 90 V 0.069 0.169 0.164 0.267 0.193 0.086 0.031 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.545 0.296 0.121 0.024 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.010 0.026 0.050 0.174 0.241 0.236 0.147 0.078 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 93 L 0.006 0.022 0.040 0.139 0.215 0.229 0.197 0.099 0.045 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 94 E 0.487 0.293 0.155 0.038 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Q 0.286 0.260 0.255 0.110 0.047 0.034 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.035 0.048 0.060 0.222 0.287 0.192 0.102 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.299 0.245 0.231 0.103 0.068 0.035 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.713 0.148 0.089 0.025 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.661 0.147 0.090 0.047 0.030 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 Q 0.349 0.243 0.210 0.079 0.053 0.045 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.096 0.095 0.069 0.187 0.264 0.161 0.074 0.035 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 D 0.426 0.237 0.133 0.070 0.051 0.044 0.022 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 R 0.365 0.176 0.154 0.108 0.072 0.072 0.029 0.010 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 104 E 0.129 0.129 0.111 0.158 0.185 0.137 0.083 0.028 0.024 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 105 I 0.053 0.046 0.066 0.114 0.160 0.190 0.127 0.114 0.059 0.035 0.018 0.011 0.006 0.002 106 D 0.259 0.157 0.147 0.130 0.113 0.080 0.048 0.028 0.022 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 107 L 0.084 0.061 0.076 0.122 0.153 0.138 0.103 0.094 0.073 0.044 0.022 0.019 0.008 0.002 108 T 0.147 0.118 0.130 0.149 0.147 0.103 0.088 0.054 0.032 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 109 S 0.265 0.161 0.134 0.127 0.101 0.086 0.054 0.031 0.019 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 110 A 0.258 0.144 0.112 0.118 0.118 0.089 0.072 0.039 0.025 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 111 F 0.183 0.132 0.126 0.159 0.138 0.107 0.064 0.045 0.023 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 112 G 0.301 0.173 0.129 0.124 0.093 0.069 0.051 0.026 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 113 R 0.229 0.152 0.140 0.149 0.113 0.090 0.054 0.036 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 114 K 0.334 0.176 0.147 0.118 0.087 0.058 0.036 0.017 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 115 V 0.160 0.106 0.104 0.135 0.145 0.125 0.086 0.071 0.032 0.020 0.009 0.005 0.003 0.001 116 T 0.187 0.141 0.134 0.148 0.139 0.093 0.067 0.043 0.026 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 117 G 0.085 0.057 0.070 0.120 0.150 0.157 0.124 0.098 0.072 0.038 0.017 0.007 0.003 0.001 118 R 0.101 0.109 0.149 0.170 0.158 0.114 0.086 0.056 0.031 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 119 A 0.207 0.155 0.132 0.139 0.122 0.091 0.060 0.039 0.026 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 120 L 0.035 0.039 0.045 0.087 0.123 0.160 0.174 0.154 0.083 0.049 0.026 0.014 0.008 0.003 121 L 0.022 0.017 0.022 0.041 0.076 0.130 0.183 0.197 0.110 0.065 0.081 0.028 0.020 0.008 122 Q 0.098 0.116 0.117 0.159 0.139 0.128 0.091 0.066 0.043 0.022 0.010 0.007 0.003 0.002 123 L 0.101 0.071 0.086 0.138 0.167 0.132 0.111 0.077 0.047 0.031 0.018 0.013 0.006 0.003 124 A 0.042 0.033 0.043 0.081 0.126 0.169 0.162 0.141 0.088 0.047 0.035 0.017 0.010 0.005 125 M 0.066 0.046 0.061 0.085 0.155 0.153 0.162 0.118 0.065 0.043 0.026 0.011 0.006 0.003 126 E 0.257 0.171 0.134 0.130 0.108 0.079 0.055 0.032 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 127 H 0.135 0.075 0.097 0.134 0.168 0.138 0.100 0.067 0.040 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 128 E 0.212 0.124 0.116 0.136 0.132 0.116 0.075 0.040 0.025 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 129 I 0.200 0.089 0.088 0.105 0.137 0.125 0.095 0.070 0.038 0.026 0.013 0.007 0.004 0.001 130 H 0.198 0.118 0.094 0.115 0.139 0.103 0.091 0.063 0.038 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 131 H 0.136 0.066 0.083 0.100 0.128 0.121 0.108 0.089 0.067 0.049 0.030 0.014 0.006 0.003 132 K 0.143 0.100 0.104 0.126 0.134 0.113 0.091 0.073 0.049 0.033 0.020 0.009 0.004 0.003 133 G 0.155 0.084 0.082 0.093 0.109 0.110 0.098 0.082 0.068 0.055 0.030 0.020 0.010 0.004 134 N 0.052 0.054 0.063 0.107 0.147 0.147 0.143 0.119 0.075 0.050 0.023 0.012 0.005 0.004 135 L 0.028 0.020 0.030 0.044 0.078 0.108 0.146 0.157 0.130 0.097 0.096 0.036 0.021 0.009 136 F 0.104 0.106 0.100 0.134 0.148 0.120 0.100 0.074 0.051 0.032 0.018 0.008 0.004 0.003 137 V 0.095 0.079 0.102 0.124 0.140 0.122 0.101 0.093 0.058 0.037 0.026 0.013 0.006 0.003 138 Y 0.030 0.031 0.038 0.081 0.141 0.163 0.175 0.149 0.095 0.047 0.029 0.011 0.006 0.003 139 V 0.076 0.096 0.126 0.170 0.173 0.141 0.092 0.059 0.040 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 140 R 0.433 0.190 0.139 0.087 0.059 0.046 0.023 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 141 E 0.211 0.174 0.169 0.158 0.116 0.094 0.041 0.016 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 142 M 0.112 0.089 0.094 0.171 0.207 0.160 0.085 0.052 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 143 G 0.537 0.185 0.138 0.057 0.034 0.023 0.015 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 H 0.314 0.145 0.147 0.131 0.105 0.071 0.043 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 145 T 0.396 0.150 0.150 0.096 0.073 0.048 0.046 0.015 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 146 E 0.230 0.139 0.140 0.137 0.131 0.096 0.057 0.031 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 147 L 0.132 0.079 0.069 0.114 0.149 0.139 0.106 0.089 0.053 0.034 0.018 0.011 0.004 0.001 148 P 0.203 0.121 0.121 0.138 0.134 0.096 0.069 0.050 0.031 0.020 0.011 0.004 0.001 0.001 149 F 0.138 0.075 0.081 0.114 0.140 0.118 0.101 0.088 0.058 0.039 0.025 0.014 0.006 0.003 150 Y 0.144 0.094 0.095 0.126 0.151 0.115 0.095 0.075 0.045 0.030 0.016 0.008 0.003 0.002 151 Q 0.282 0.135 0.115 0.116 0.103 0.083 0.066 0.039 0.025 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 152 Q 0.335 0.140 0.111 0.106 0.095 0.073 0.061 0.033 0.020 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 153 R 0.319 0.151 0.127 0.116 0.101 0.071 0.051 0.026 0.018 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 154 M 0.252 0.133 0.113 0.133 0.123 0.096 0.063 0.039 0.022 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001