# TARGET T0481 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 141 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.004 0.004 0.053 0.184 0.740 2 C 0.040 0.028 0.004 0.187 0.095 0.647 3 Q 0.017 0.010 0.006 0.608 0.087 0.272 4 S 0.002 0.001 0.012 0.897 0.040 0.049 5 N 0.002 0.001 0.012 0.902 0.046 0.037 6 Q 0.001 0.001 0.019 0.883 0.069 0.027 7 I 0.002 0.002 0.009 0.908 0.044 0.035 8 V 0.002 0.001 0.008 0.934 0.034 0.021 9 S 0.001 0.001 0.009 0.926 0.043 0.021 10 H 0.001 0.001 0.007 0.902 0.042 0.047 11 F 0.001 0.001 0.004 0.888 0.036 0.071 12 L 0.001 0.001 0.002 0.936 0.026 0.035 13 S 0.001 0.001 0.004 0.942 0.027 0.025 14 H 0.001 0.001 0.007 0.949 0.022 0.021 15 R 0.001 0.001 0.005 0.971 0.010 0.013 16 N 0.001 0.001 0.002 0.981 0.006 0.009 17 V 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.009 18 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 19 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 20 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 21 L 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 22 A 0.001 0.001 0.011 0.981 0.004 0.003 23 E 0.001 0.001 0.027 0.944 0.018 0.011 24 K 0.002 0.001 0.039 0.745 0.106 0.107 25 I 0.009 0.006 0.007 0.075 0.270 0.633 26 S 0.009 0.012 0.005 0.041 0.364 0.570 27 K 0.009 0.002 0.333 0.162 0.433 0.061 28 D 0.019 0.002 0.424 0.156 0.337 0.063 29 H 0.029 0.002 0.553 0.187 0.190 0.039 30 Y 0.152 0.009 0.152 0.165 0.210 0.313 31 S 0.152 0.022 0.074 0.108 0.313 0.331 32 Y 0.107 0.022 0.069 0.141 0.250 0.411 33 K 0.105 0.027 0.039 0.058 0.292 0.480 34 P 0.049 0.028 0.040 0.060 0.324 0.500 35 A 0.018 0.018 0.045 0.023 0.793 0.102 36 E 0.008 0.005 0.058 0.011 0.873 0.044 37 T 0.009 0.002 0.053 0.011 0.873 0.052 38 S 0.029 0.017 0.026 0.012 0.802 0.115 39 M 0.051 0.064 0.013 0.022 0.374 0.475 40 S 0.055 0.076 0.004 0.030 0.158 0.677 41 A 0.003 0.001 0.011 0.945 0.027 0.013 42 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.012 0.003 43 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.012 0.002 44 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 45 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 46 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 47 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 48 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 49 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 50 T 0.001 0.001 0.002 0.984 0.004 0.009 51 S 0.002 0.001 0.003 0.980 0.005 0.010 52 F 0.001 0.001 0.002 0.981 0.005 0.011 53 H 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.005 54 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 55 F 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 56 A 0.002 0.001 0.004 0.985 0.006 0.003 57 N 0.001 0.001 0.004 0.981 0.009 0.004 58 V 0.001 0.001 0.008 0.966 0.015 0.010 59 I 0.004 0.001 0.011 0.935 0.027 0.022 60 K 0.007 0.003 0.015 0.873 0.052 0.050 61 E 0.011 0.002 0.014 0.574 0.126 0.272 62 G 0.014 0.002 0.009 0.092 0.207 0.675 63 N 0.056 0.012 0.022 0.084 0.256 0.571 64 A 0.095 0.027 0.036 0.088 0.307 0.447 65 S 0.071 0.019 0.050 0.097 0.281 0.480 66 P 0.055 0.014 0.088 0.110 0.309 0.425 67 F 0.029 0.009 0.136 0.091 0.418 0.316 68 Q 0.025 0.007 0.139 0.090 0.440 0.298 69 N 0.019 0.008 0.117 0.075 0.446 0.335 70 K 0.014 0.011 0.076 0.046 0.470 0.383 71 Q 0.013 0.006 0.049 0.043 0.364 0.526 72 E 0.021 0.011 0.038 0.055 0.343 0.532 73 E 0.020 0.022 0.017 0.065 0.253 0.622 74 T 0.013 0.009 0.006 0.068 0.102 0.801 75 E 0.001 0.001 0.010 0.953 0.017 0.019 76 T 0.001 0.001 0.006 0.967 0.019 0.008 77 D 0.001 0.001 0.007 0.966 0.020 0.006 78 L 0.001 0.001 0.002 0.971 0.015 0.011 79 N 0.001 0.001 0.001 0.977 0.014 0.007 80 V 0.001 0.001 0.002 0.966 0.021 0.011 81 L 0.001 0.001 0.002 0.956 0.019 0.023 82 A 0.001 0.001 0.002 0.949 0.018 0.030 83 K 0.001 0.001 0.003 0.945 0.024 0.028 84 T 0.001 0.001 0.003 0.935 0.029 0.033 85 Y 0.001 0.001 0.005 0.922 0.027 0.046 86 T 0.001 0.001 0.004 0.949 0.016 0.029 87 E 0.001 0.001 0.002 0.976 0.009 0.011 88 K 0.001 0.001 0.002 0.980 0.006 0.011 89 T 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.010 90 V 0.001 0.001 0.003 0.984 0.005 0.007 91 A 0.001 0.001 0.005 0.977 0.010 0.008 92 I 0.001 0.001 0.009 0.974 0.010 0.007 93 L 0.001 0.001 0.023 0.944 0.018 0.014 94 E 0.001 0.001 0.056 0.866 0.053 0.024 95 Q 0.002 0.001 0.054 0.672 0.145 0.126 96 L 0.006 0.004 0.012 0.115 0.287 0.574 97 T 0.005 0.004 0.004 0.065 0.267 0.655 98 E 0.006 0.001 0.076 0.491 0.337 0.089 99 E 0.016 0.002 0.081 0.544 0.282 0.076 100 Q 0.027 0.001 0.100 0.663 0.156 0.053 101 L 0.078 0.007 0.055 0.601 0.089 0.172 102 D 0.092 0.007 0.042 0.545 0.153 0.161 103 R 0.060 0.005 0.050 0.655 0.105 0.125 104 E 0.138 0.010 0.035 0.474 0.134 0.208 105 I 0.124 0.010 0.034 0.523 0.148 0.160 106 D 0.122 0.009 0.029 0.384 0.200 0.256 107 L 0.061 0.009 0.030 0.197 0.365 0.338 108 T 0.075 0.012 0.041 0.121 0.393 0.358 109 S 0.033 0.010 0.047 0.088 0.504 0.319 110 A 0.027 0.011 0.075 0.088 0.507 0.292 111 F 0.029 0.014 0.064 0.074 0.484 0.335 112 G 0.038 0.016 0.077 0.062 0.488 0.320 113 R 0.063 0.017 0.056 0.076 0.395 0.393 114 K 0.080 0.027 0.033 0.081 0.256 0.521 115 V 0.080 0.033 0.018 0.111 0.205 0.554 116 T 0.044 0.018 0.009 0.131 0.104 0.693 117 G 0.002 0.001 0.010 0.960 0.012 0.016 118 R 0.001 0.001 0.005 0.984 0.005 0.005 119 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 120 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 124 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 125 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 127 H 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 128 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 129 I 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.002 130 H 0.001 0.001 0.006 0.971 0.010 0.012 131 H 0.001 0.002 0.008 0.925 0.020 0.044 132 K 0.001 0.002 0.005 0.880 0.039 0.074 133 G 0.001 0.001 0.004 0.849 0.033 0.113 134 N 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.010 135 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 136 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 138 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 141 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.005 142 M 0.001 0.001 0.004 0.897 0.019 0.077 143 G 0.003 0.001 0.001 0.007 0.057 0.931 144 H 0.029 0.006 0.001 0.002 0.071 0.892 145 T 0.081 0.051 0.002 0.001 0.112 0.752 146 E 0.035 0.009 0.006 0.002 0.113 0.836 147 L 0.077 0.003 0.028 0.003 0.117 0.771 148 P 0.272 0.031 0.090 0.007 0.205 0.395 149 F 0.421 0.044 0.069 0.009 0.183 0.273 150 Y 0.405 0.012 0.019 0.005 0.139 0.421 151 Q 0.292 0.009 0.010 0.005 0.180 0.504 152 Q 0.193 0.028 0.013 0.010 0.166 0.590 153 R 0.063 0.019 0.006 0.008 0.110 0.794 154 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.968