# TARGET T0481 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0481.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 141 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 C 0.006 0.027 0.003 0.048 0.006 0.022 0.887 3 Q 0.002 0.013 0.014 0.353 0.209 0.042 0.368 4 S 0.001 0.001 0.017 0.861 0.016 0.029 0.075 5 N 0.001 0.001 0.014 0.902 0.010 0.033 0.039 6 Q 0.001 0.001 0.010 0.953 0.004 0.020 0.012 7 I 0.001 0.001 0.003 0.963 0.009 0.014 0.009 8 V 0.001 0.001 0.001 0.975 0.006 0.010 0.007 9 S 0.001 0.001 0.001 0.973 0.004 0.017 0.004 10 H 0.001 0.001 0.002 0.971 0.003 0.018 0.006 11 F 0.001 0.001 0.002 0.972 0.004 0.015 0.006 12 L 0.001 0.001 0.002 0.954 0.006 0.034 0.004 13 S 0.001 0.001 0.002 0.914 0.006 0.070 0.008 14 H 0.001 0.001 0.001 0.929 0.010 0.038 0.021 15 R 0.001 0.001 0.001 0.949 0.009 0.026 0.014 16 N 0.001 0.001 0.001 0.970 0.006 0.015 0.008 17 V 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.011 0.005 18 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 19 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 22 A 0.001 0.001 0.009 0.975 0.001 0.014 0.001 23 E 0.001 0.001 0.019 0.843 0.002 0.135 0.001 24 K 0.001 0.001 0.038 0.590 0.010 0.356 0.007 25 I 0.001 0.009 0.014 0.158 0.522 0.060 0.235 26 S 0.004 0.009 0.016 0.045 0.093 0.039 0.793 27 K 0.001 0.002 0.553 0.275 0.019 0.130 0.020 28 D 0.001 0.001 0.701 0.149 0.020 0.113 0.016 29 H 0.002 0.001 0.771 0.126 0.012 0.066 0.021 30 Y 0.027 0.014 0.288 0.244 0.100 0.173 0.155 31 S 0.089 0.016 0.144 0.107 0.100 0.236 0.308 32 Y 0.142 0.041 0.058 0.093 0.182 0.075 0.408 33 K 0.145 0.036 0.023 0.054 0.127 0.037 0.579 34 P 0.080 0.037 0.022 0.046 0.137 0.060 0.619 35 A 0.026 0.014 0.041 0.038 0.132 0.080 0.670 36 E 0.008 0.003 0.090 0.028 0.214 0.523 0.133 37 T 0.008 0.002 0.083 0.021 0.152 0.641 0.094 38 S 0.034 0.025 0.036 0.016 0.243 0.117 0.529 39 M 0.034 0.065 0.005 0.011 0.294 0.030 0.561 40 S 0.035 0.043 0.001 0.031 0.140 0.008 0.742 41 A 0.001 0.001 0.006 0.983 0.003 0.004 0.003 42 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 43 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 47 H 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 48 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 49 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.012 0.001 50 T 0.001 0.001 0.002 0.963 0.002 0.030 0.002 51 S 0.001 0.001 0.002 0.971 0.004 0.018 0.005 52 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.002 53 H 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.002 54 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.007 0.002 55 F 0.003 0.001 0.002 0.982 0.002 0.007 0.002 56 A 0.005 0.001 0.004 0.972 0.004 0.011 0.004 57 N 0.007 0.001 0.008 0.937 0.006 0.035 0.006 58 V 0.009 0.001 0.018 0.874 0.013 0.067 0.016 59 I 0.018 0.008 0.023 0.760 0.046 0.100 0.047 60 K 0.020 0.005 0.026 0.526 0.059 0.260 0.105 61 E 0.015 0.004 0.022 0.231 0.161 0.360 0.207 62 G 0.021 0.008 0.027 0.101 0.221 0.216 0.407 63 N 0.039 0.018 0.037 0.070 0.222 0.133 0.481 64 A 0.074 0.039 0.053 0.082 0.167 0.094 0.492 65 S 0.076 0.027 0.058 0.072 0.150 0.087 0.529 66 P 0.057 0.023 0.092 0.116 0.157 0.130 0.424 67 F 0.044 0.019 0.104 0.108 0.134 0.123 0.467 68 Q 0.034 0.015 0.121 0.102 0.135 0.209 0.383 69 N 0.030 0.019 0.101 0.090 0.167 0.183 0.410 70 K 0.027 0.016 0.065 0.049 0.258 0.106 0.479 71 Q 0.032 0.011 0.043 0.046 0.139 0.122 0.608 72 E 0.036 0.028 0.039 0.050 0.117 0.113 0.616 73 E 0.020 0.039 0.017 0.033 0.251 0.067 0.573 74 T 0.012 0.028 0.002 0.062 0.219 0.016 0.660 75 E 0.001 0.001 0.006 0.969 0.009 0.007 0.009 76 T 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.007 0.004 77 D 0.001 0.001 0.003 0.987 0.002 0.005 0.002 78 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 79 N 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.006 0.002 80 V 0.001 0.001 0.001 0.972 0.003 0.022 0.003 81 L 0.001 0.001 0.001 0.955 0.004 0.029 0.011 82 A 0.001 0.001 0.001 0.958 0.008 0.020 0.012 83 K 0.001 0.001 0.001 0.943 0.012 0.035 0.009 84 T 0.001 0.001 0.001 0.937 0.006 0.042 0.013 85 Y 0.001 0.001 0.001 0.944 0.008 0.024 0.022 86 T 0.001 0.001 0.001 0.963 0.009 0.017 0.010 87 E 0.001 0.001 0.001 0.975 0.005 0.013 0.006 88 K 0.001 0.001 0.001 0.979 0.002 0.012 0.005 89 T 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.004 90 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 91 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.009 0.001 92 I 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.013 0.002 93 L 0.001 0.001 0.017 0.939 0.004 0.034 0.005 94 E 0.001 0.001 0.042 0.721 0.008 0.223 0.005 95 Q 0.001 0.001 0.041 0.415 0.022 0.500 0.021 96 L 0.002 0.013 0.008 0.090 0.480 0.053 0.354 97 T 0.004 0.010 0.003 0.030 0.086 0.015 0.853 98 E 0.001 0.001 0.098 0.787 0.024 0.062 0.026 99 E 0.003 0.001 0.160 0.702 0.023 0.089 0.022 100 Q 0.008 0.002 0.221 0.640 0.021 0.074 0.034 101 L 0.037 0.007 0.080 0.665 0.054 0.069 0.088 102 D 0.125 0.009 0.075 0.496 0.047 0.134 0.113 103 R 0.173 0.009 0.056 0.437 0.067 0.134 0.123 104 E 0.261 0.015 0.036 0.327 0.070 0.098 0.192 105 I 0.330 0.027 0.029 0.193 0.077 0.053 0.290 106 D 0.255 0.034 0.038 0.205 0.097 0.055 0.314 107 L 0.135 0.021 0.036 0.146 0.190 0.092 0.380 108 T 0.052 0.008 0.049 0.087 0.175 0.204 0.425 109 S 0.028 0.010 0.070 0.063 0.181 0.316 0.333 110 A 0.018 0.007 0.088 0.051 0.142 0.180 0.512 111 F 0.025 0.010 0.120 0.064 0.123 0.249 0.408 112 G 0.027 0.014 0.104 0.056 0.241 0.213 0.345 113 R 0.060 0.014 0.057 0.074 0.245 0.155 0.395 114 K 0.088 0.025 0.025 0.076 0.159 0.091 0.535 115 V 0.054 0.028 0.009 0.065 0.219 0.024 0.601 116 T 0.046 0.020 0.002 0.086 0.061 0.010 0.774 117 G 0.001 0.001 0.007 0.979 0.003 0.006 0.005 118 R 0.001 0.001 0.003 0.988 0.002 0.004 0.002 119 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.008 0.001 125 M 0.001 0.001 0.001 0.976 0.002 0.018 0.002 126 E 0.001 0.001 0.002 0.936 0.004 0.053 0.004 127 H 0.004 0.001 0.007 0.862 0.015 0.095 0.016 128 E 0.004 0.002 0.015 0.881 0.017 0.060 0.021 129 I 0.002 0.001 0.020 0.902 0.017 0.044 0.014 130 H 0.003 0.001 0.017 0.865 0.016 0.081 0.017 131 H 0.004 0.002 0.009 0.897 0.009 0.060 0.018 132 K 0.002 0.001 0.003 0.932 0.008 0.044 0.011 133 G 0.002 0.001 0.003 0.944 0.009 0.035 0.007 134 N 0.004 0.001 0.001 0.980 0.003 0.007 0.006 135 L 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 136 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 138 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 141 E 0.001 0.001 0.003 0.962 0.002 0.031 0.002 142 M 0.001 0.001 0.004 0.425 0.011 0.555 0.004 143 G 0.001 0.001 0.002 0.014 0.039 0.891 0.052 144 H 0.006 0.008 0.002 0.002 0.092 0.018 0.874 145 T 0.046 0.055 0.004 0.002 0.180 0.010 0.704 146 E 0.062 0.019 0.013 0.005 0.128 0.017 0.756 147 L 0.056 0.005 0.016 0.006 0.086 0.038 0.792 148 P 0.365 0.014 0.035 0.015 0.169 0.063 0.340 149 F 0.531 0.046 0.022 0.019 0.065 0.029 0.287 150 Y 0.403 0.026 0.014 0.024 0.069 0.023 0.442 151 Q 0.279 0.022 0.006 0.012 0.158 0.026 0.496 152 Q 0.101 0.015 0.007 0.009 0.178 0.041 0.649 153 R 0.048 0.026 0.005 0.008 0.037 0.043 0.833 154 M 0.001 0.001 0.003 0.006 0.009 0.005 0.976