# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.42801 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.720 0.201 0.052 0.021 0.005 0.001 0.001 2 Q 0.669 0.265 0.048 0.014 0.004 0.001 0.001 3 K 0.458 0.322 0.144 0.061 0.012 0.002 0.001 4 R 0.290 0.321 0.262 0.101 0.023 0.003 0.001 5 E 0.253 0.466 0.170 0.089 0.020 0.003 0.001 6 L 0.020 0.073 0.243 0.354 0.241 0.068 0.001 7 Y 0.016 0.058 0.138 0.209 0.367 0.208 0.004 8 E 0.115 0.503 0.280 0.084 0.016 0.002 0.001 9 I 0.016 0.049 0.159 0.488 0.248 0.039 0.001 10 A 0.423 0.435 0.100 0.028 0.012 0.001 0.001 11 D 0.637 0.312 0.037 0.011 0.002 0.001 0.001 12 G 0.570 0.334 0.075 0.018 0.002 0.001 0.001 13 K 0.244 0.469 0.212 0.067 0.007 0.001 0.001 14 L 0.067 0.076 0.172 0.306 0.318 0.059 0.002 15 V 0.140 0.298 0.294 0.194 0.063 0.011 0.001 16 R 0.215 0.302 0.242 0.157 0.066 0.017 0.001 17 K 0.181 0.255 0.252 0.194 0.097 0.020 0.001 18 H 0.147 0.198 0.218 0.238 0.159 0.038 0.002 19 R 0.326 0.322 0.202 0.093 0.044 0.013 0.001 20 F 0.254 0.263 0.210 0.172 0.077 0.023 0.002 21 C 0.183 0.177 0.205 0.208 0.165 0.059 0.004 22 P 0.367 0.262 0.177 0.123 0.057 0.014 0.001 23 R 0.505 0.310 0.112 0.049 0.018 0.005 0.001 24 C 0.262 0.199 0.179 0.193 0.121 0.041 0.004 25 G 0.336 0.253 0.181 0.132 0.068 0.026 0.003 26 P 0.290 0.282 0.230 0.136 0.039 0.019 0.003 27 G 0.163 0.157 0.179 0.208 0.171 0.101 0.022 28 V 0.052 0.048 0.066 0.123 0.230 0.342 0.138 29 F 0.028 0.037 0.053 0.095 0.173 0.358 0.256 30 L 0.026 0.041 0.063 0.118 0.169 0.315 0.269 31 A 0.041 0.063 0.105 0.176 0.238 0.254 0.122 32 E 0.100 0.188 0.220 0.222 0.145 0.097 0.028 33 H 0.076 0.107 0.163 0.220 0.222 0.176 0.036 34 A 0.166 0.203 0.232 0.204 0.119 0.065 0.012 35 D 0.292 0.262 0.150 0.125 0.099 0.060 0.011 36 R 0.140 0.140 0.162 0.212 0.192 0.127 0.028 37 Y 0.213 0.168 0.165 0.179 0.154 0.101 0.020 38 S 0.332 0.254 0.156 0.121 0.082 0.045 0.010 39 C 0.212 0.156 0.149 0.179 0.161 0.112 0.031 40 G 0.237 0.206 0.156 0.151 0.146 0.086 0.018 41 R 0.210 0.224 0.198 0.178 0.112 0.063 0.015 42 C 0.198 0.145 0.169 0.190 0.181 0.098 0.020 43 G 0.276 0.269 0.174 0.138 0.085 0.048 0.009 44 Y 0.173 0.143 0.184 0.216 0.177 0.094 0.013 45 T 0.289 0.288 0.185 0.128 0.077 0.031 0.003 46 E 0.192 0.264 0.229 0.181 0.099 0.033 0.002 47 F 0.100 0.108 0.190 0.266 0.248 0.084 0.003 48 K 0.444 0.344 0.145 0.051 0.014 0.002 0.001 49 K 0.604 0.267 0.090 0.032 0.006 0.001 0.001 50 A 0.550 0.231 0.139 0.066 0.013 0.001 0.001 51 K 0.780 0.179 0.031 0.008 0.001 0.001 0.001 52 K 0.840 0.145 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 53 S 0.789 0.167 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 54 K 0.773 0.167 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 55 S 0.802 0.161 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001