# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.8323 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.041 0.006 0.047 0.054 0.107 0.085 0.002 0.001 0.008 0.566 2 Q 0.048 0.040 0.005 0.046 0.079 0.103 0.118 0.002 0.001 0.006 0.551 3 K 0.051 0.045 0.002 0.043 0.073 0.137 0.096 0.002 0.001 0.004 0.546 4 R 0.059 0.082 0.003 0.057 0.166 0.246 0.064 0.002 0.001 0.006 0.314 5 E 0.058 0.092 0.002 0.054 0.205 0.230 0.082 0.003 0.001 0.007 0.269 6 L 0.139 0.092 0.009 0.048 0.128 0.204 0.068 0.005 0.001 0.006 0.300 7 Y 0.059 0.044 0.003 0.066 0.366 0.359 0.022 0.002 0.001 0.002 0.076 8 E 0.014 0.026 0.004 0.032 0.217 0.295 0.042 0.004 0.001 0.001 0.364 9 I 0.020 0.011 0.002 0.035 0.315 0.507 0.014 0.001 0.001 0.001 0.095 10 A 0.008 0.009 0.001 0.015 0.177 0.266 0.118 0.001 0.001 0.001 0.403 11 D 0.008 0.005 0.001 0.009 0.061 0.108 0.055 0.001 0.001 0.003 0.750 12 G 0.088 0.008 0.005 0.017 0.058 0.107 0.190 0.001 0.001 0.025 0.501 13 K 0.484 0.003 0.009 0.013 0.021 0.024 0.193 0.001 0.001 0.010 0.242 14 L 0.043 0.014 0.005 0.025 0.108 0.172 0.125 0.001 0.001 0.003 0.504 15 V 0.018 0.014 0.001 0.037 0.180 0.564 0.033 0.001 0.001 0.001 0.151 16 R 0.013 0.038 0.001 0.022 0.180 0.270 0.079 0.001 0.001 0.002 0.395 17 K 0.023 0.074 0.001 0.015 0.168 0.336 0.050 0.001 0.001 0.001 0.331 18 H 0.056 0.126 0.001 0.015 0.142 0.323 0.042 0.002 0.001 0.003 0.292 19 R 0.127 0.102 0.005 0.013 0.062 0.110 0.066 0.008 0.001 0.006 0.502 20 F 0.227 0.106 0.022 0.014 0.031 0.074 0.080 0.013 0.001 0.007 0.427 21 C 0.219 0.075 0.011 0.024 0.031 0.065 0.042 0.007 0.001 0.004 0.521 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 23 R 0.018 0.003 0.002 0.006 0.006 0.012 0.135 0.001 0.001 0.001 0.816 24 C 0.462 0.009 0.001 0.009 0.005 0.014 0.035 0.001 0.001 0.009 0.455 25 G 0.209 0.012 0.005 0.027 0.014 0.019 0.194 0.001 0.001 0.005 0.515 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.988 27 G 0.045 0.010 0.001 0.097 0.114 0.181 0.080 0.001 0.001 0.010 0.462 28 V 0.258 0.031 0.004 0.099 0.038 0.050 0.111 0.001 0.001 0.007 0.400 29 F 0.033 0.057 0.002 0.264 0.127 0.185 0.100 0.001 0.001 0.009 0.223 30 L 0.044 0.095 0.002 0.222 0.093 0.212 0.059 0.001 0.001 0.004 0.269 31 A 0.024 0.189 0.001 0.168 0.126 0.178 0.040 0.002 0.001 0.003 0.268 32 E 0.041 0.168 0.003 0.057 0.065 0.086 0.191 0.005 0.001 0.007 0.378 33 H 0.171 0.218 0.007 0.038 0.044 0.084 0.096 0.012 0.001 0.008 0.322 34 A 0.141 0.168 0.022 0.022 0.017 0.045 0.111 0.012 0.001 0.006 0.458 35 D 0.093 0.112 0.018 0.020 0.024 0.044 0.115 0.010 0.001 0.013 0.551 36 R 0.182 0.129 0.024 0.024 0.018 0.038 0.070 0.009 0.001 0.012 0.494 37 Y 0.123 0.153 0.025 0.028 0.029 0.032 0.185 0.007 0.001 0.007 0.410 38 S 0.129 0.188 0.012 0.031 0.047 0.069 0.186 0.008 0.001 0.006 0.324 39 C 0.115 0.150 0.005 0.037 0.033 0.078 0.038 0.010 0.001 0.005 0.529 40 G 0.074 0.075 0.010 0.051 0.054 0.088 0.089 0.012 0.001 0.007 0.539 41 R 0.176 0.048 0.020 0.061 0.054 0.057 0.153 0.007 0.001 0.007 0.416 42 C 0.069 0.052 0.008 0.043 0.076 0.103 0.079 0.004 0.001 0.004 0.561 43 G 0.063 0.029 0.007 0.068 0.173 0.289 0.080 0.002 0.001 0.008 0.280 44 Y 0.051 0.023 0.012 0.052 0.084 0.122 0.108 0.002 0.001 0.004 0.542 45 T 0.039 0.021 0.002 0.038 0.232 0.411 0.061 0.001 0.001 0.003 0.193 46 E 0.016 0.052 0.001 0.034 0.177 0.263 0.144 0.001 0.001 0.004 0.309 47 F 0.012 0.138 0.001 0.033 0.211 0.327 0.066 0.001 0.001 0.003 0.209 48 K 0.020 0.262 0.001 0.015 0.190 0.261 0.083 0.001 0.001 0.003 0.163 49 K 0.039 0.447 0.002 0.006 0.096 0.120 0.054 0.004 0.001 0.002 0.230 50 A 0.070 0.473 0.003 0.005 0.052 0.111 0.027 0.008 0.001 0.002 0.249 51 K 0.147 0.350 0.011 0.005 0.028 0.043 0.036 0.013 0.001 0.004 0.363 52 K 0.193 0.281 0.020 0.006 0.018 0.027 0.043 0.018 0.001 0.004 0.390 53 S 0.221 0.289 0.019 0.009 0.018 0.030 0.032 0.021 0.001 0.003 0.358 54 K 0.177 0.184 0.022 0.015 0.018 0.029 0.040 0.015 0.001 0.003 0.495 55 S 0.085 0.092 0.015 0.018 0.021 0.029 0.080 0.009 0.001 0.003 0.647