# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.211 0.216 0.303 0.110 0.056 0.024 0.047 0.009 0.019 0.004 0.001 2 Q 0.177 0.259 0.346 0.047 0.054 0.045 0.036 0.006 0.023 0.005 0.002 3 K 0.146 0.367 0.353 0.052 0.024 0.037 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 4 R 0.133 0.442 0.224 0.080 0.056 0.035 0.010 0.002 0.016 0.001 0.001 5 E 0.072 0.550 0.180 0.033 0.126 0.010 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 6 L 0.059 0.542 0.200 0.081 0.059 0.031 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 7 Y 0.008 0.636 0.102 0.015 0.210 0.007 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 8 E 0.010 0.550 0.308 0.008 0.025 0.069 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 9 I 0.016 0.623 0.266 0.006 0.018 0.031 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 10 A 0.364 0.131 0.357 0.046 0.019 0.030 0.008 0.001 0.021 0.013 0.009 11 D 0.038 0.038 0.062 0.413 0.019 0.009 0.395 0.012 0.011 0.002 0.001 12 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 0.001 0.087 0.815 0.001 0.072 0.001 13 K 0.029 0.366 0.502 0.029 0.030 0.027 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 14 L 0.022 0.316 0.504 0.017 0.007 0.126 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 15 V 0.157 0.504 0.174 0.050 0.035 0.065 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 16 R 0.143 0.505 0.145 0.027 0.112 0.031 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 17 K 0.297 0.303 0.208 0.064 0.046 0.044 0.012 0.001 0.020 0.001 0.003 18 H 0.261 0.224 0.155 0.125 0.119 0.023 0.039 0.017 0.028 0.008 0.001 19 R 0.259 0.269 0.271 0.077 0.046 0.025 0.028 0.003 0.017 0.003 0.002 20 F 0.217 0.241 0.185 0.269 0.033 0.027 0.008 0.001 0.015 0.001 0.002 21 C 0.016 0.191 0.361 0.008 0.045 0.025 0.008 0.001 0.342 0.003 0.001 22 P 0.693 0.003 0.238 0.020 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 23 R 0.394 0.062 0.092 0.360 0.013 0.021 0.031 0.008 0.016 0.002 0.001 24 C 0.145 0.070 0.192 0.398 0.040 0.011 0.100 0.008 0.029 0.004 0.002 25 G 0.047 0.036 0.218 0.012 0.104 0.011 0.042 0.077 0.048 0.403 0.002 26 P 0.335 0.018 0.521 0.058 0.010 0.013 0.012 0.002 0.004 0.011 0.018 27 G 0.156 0.052 0.156 0.046 0.201 0.024 0.037 0.270 0.006 0.050 0.001 28 V 0.372 0.426 0.144 0.011 0.011 0.021 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 29 F 0.334 0.352 0.200 0.013 0.028 0.053 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 30 L 0.296 0.369 0.158 0.044 0.033 0.060 0.005 0.001 0.033 0.001 0.001 31 A 0.587 0.194 0.108 0.032 0.037 0.017 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 32 E 0.585 0.109 0.109 0.128 0.018 0.021 0.015 0.001 0.010 0.001 0.002 33 H 0.341 0.102 0.097 0.218 0.106 0.023 0.060 0.016 0.031 0.006 0.001 34 A 0.610 0.086 0.156 0.080 0.022 0.011 0.015 0.004 0.010 0.004 0.001 35 D 0.403 0.081 0.127 0.259 0.036 0.036 0.033 0.008 0.010 0.004 0.002 36 R 0.461 0.129 0.107 0.207 0.034 0.024 0.019 0.004 0.015 0.001 0.001 37 Y 0.342 0.230 0.171 0.173 0.032 0.017 0.015 0.002 0.016 0.001 0.001 38 S 0.295 0.227 0.165 0.152 0.042 0.041 0.033 0.005 0.036 0.003 0.002 39 C 0.148 0.202 0.225 0.231 0.038 0.030 0.082 0.004 0.036 0.003 0.002 40 G 0.111 0.037 0.113 0.034 0.167 0.013 0.051 0.213 0.007 0.251 0.002 41 R 0.269 0.198 0.241 0.155 0.040 0.038 0.022 0.006 0.021 0.005 0.003 42 C 0.124 0.249 0.245 0.212 0.052 0.026 0.053 0.004 0.031 0.002 0.002 43 G 0.142 0.056 0.115 0.039 0.198 0.018 0.083 0.208 0.009 0.128 0.002 44 Y 0.196 0.331 0.292 0.075 0.044 0.032 0.013 0.002 0.012 0.001 0.001 45 T 0.266 0.373 0.197 0.055 0.058 0.029 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 46 E 0.258 0.428 0.158 0.049 0.043 0.031 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 47 F 0.347 0.280 0.173 0.077 0.043 0.044 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 48 K 0.529 0.192 0.142 0.067 0.027 0.015 0.009 0.001 0.015 0.002 0.001 49 K 0.509 0.118 0.141 0.116 0.028 0.028 0.032 0.004 0.020 0.003 0.001 50 A 0.570 0.092 0.158 0.093 0.027 0.015 0.018 0.005 0.016 0.004 0.001 51 K 0.604 0.072 0.149 0.115 0.011 0.014 0.019 0.003 0.010 0.002 0.002 52 K 0.530 0.101 0.128 0.156 0.019 0.014 0.032 0.005 0.011 0.002 0.001 53 S 0.343 0.135 0.228 0.152 0.036 0.028 0.041 0.014 0.017 0.006 0.002 54 K 0.293 0.199 0.266 0.146 0.024 0.024 0.025 0.004 0.015 0.002 0.002 55 S 0.168 0.283 0.320 0.085 0.052 0.034 0.024 0.005 0.023 0.004 0.001