# TARGET T0480 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0480.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.353 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.146 0.052 0.019 0.161 0.019 0.035 0.202 0.115 0.092 0.051 2 Q 0.078 0.264 0.071 0.017 0.210 0.022 0.055 0.160 0.057 0.036 0.029 3 K 0.268 0.086 0.018 0.008 0.296 0.012 0.028 0.109 0.056 0.069 0.049 4 R 0.228 0.117 0.022 0.015 0.348 0.036 0.038 0.090 0.046 0.028 0.032 5 E 0.182 0.091 0.031 0.013 0.398 0.043 0.069 0.084 0.033 0.025 0.029 6 L 0.446 0.052 0.009 0.004 0.331 0.006 0.014 0.034 0.018 0.038 0.048 7 Y 0.108 0.274 0.036 0.002 0.521 0.003 0.005 0.009 0.004 0.004 0.034 8 E 0.270 0.148 0.030 0.001 0.460 0.002 0.003 0.010 0.003 0.006 0.067 9 I 0.354 0.143 0.059 0.018 0.196 0.024 0.027 0.047 0.020 0.031 0.082 10 A 0.009 0.028 0.054 0.323 0.016 0.349 0.080 0.075 0.032 0.026 0.008 11 D 0.007 0.139 0.104 0.393 0.020 0.088 0.156 0.059 0.017 0.013 0.004 12 G 0.009 0.005 0.010 0.032 0.004 0.014 0.004 0.010 0.014 0.746 0.151 13 K 0.047 0.539 0.065 0.003 0.295 0.004 0.007 0.010 0.006 0.009 0.016 14 L 0.420 0.092 0.011 0.002 0.371 0.005 0.006 0.021 0.009 0.015 0.047 15 V 0.156 0.235 0.055 0.016 0.371 0.026 0.033 0.043 0.019 0.013 0.033 16 R 0.219 0.144 0.072 0.017 0.332 0.020 0.024 0.061 0.023 0.026 0.062 17 K 0.164 0.155 0.043 0.020 0.222 0.024 0.033 0.121 0.064 0.087 0.066 18 H 0.116 0.177 0.057 0.020 0.268 0.026 0.026 0.132 0.065 0.049 0.063 19 R 0.142 0.144 0.032 0.011 0.244 0.013 0.047 0.210 0.071 0.049 0.037 20 F 0.116 0.124 0.057 0.035 0.142 0.025 0.084 0.146 0.071 0.144 0.055 21 C 0.115 0.230 0.194 0.028 0.265 0.008 0.008 0.054 0.037 0.018 0.041 22 P 0.020 0.051 0.018 0.010 0.039 0.022 0.092 0.437 0.267 0.032 0.012 23 R 0.053 0.080 0.042 0.019 0.060 0.026 0.144 0.153 0.100 0.272 0.051 24 C 0.062 0.276 0.085 0.078 0.134 0.024 0.026 0.050 0.043 0.156 0.066 25 G 0.045 0.123 0.306 0.257 0.064 0.034 0.019 0.048 0.035 0.042 0.027 26 P 0.041 0.057 0.041 0.043 0.052 0.058 0.146 0.246 0.195 0.094 0.026 27 G 0.069 0.162 0.124 0.071 0.160 0.033 0.025 0.092 0.059 0.147 0.059 28 V 0.204 0.150 0.016 0.005 0.358 0.008 0.024 0.136 0.044 0.025 0.031 29 F 0.170 0.161 0.041 0.007 0.379 0.009 0.020 0.113 0.031 0.024 0.046 30 L 0.186 0.106 0.031 0.016 0.212 0.019 0.025 0.192 0.069 0.068 0.075 31 A 0.120 0.169 0.038 0.016 0.282 0.018 0.030 0.178 0.076 0.038 0.036 32 E 0.096 0.080 0.038 0.018 0.136 0.033 0.116 0.254 0.095 0.096 0.037 33 H 0.154 0.126 0.077 0.020 0.228 0.014 0.033 0.128 0.062 0.093 0.065 34 A 0.051 0.091 0.037 0.026 0.081 0.038 0.049 0.268 0.227 0.100 0.031 35 D 0.053 0.080 0.043 0.024 0.090 0.037 0.051 0.280 0.161 0.138 0.043 36 R 0.079 0.056 0.018 0.007 0.127 0.010 0.026 0.324 0.178 0.139 0.036 37 Y 0.091 0.101 0.049 0.015 0.136 0.022 0.068 0.332 0.084 0.068 0.035 38 S 0.117 0.060 0.042 0.044 0.101 0.054 0.057 0.234 0.077 0.139 0.075 39 C 0.044 0.302 0.123 0.092 0.138 0.049 0.040 0.095 0.043 0.047 0.027 40 G 0.047 0.046 0.071 0.112 0.043 0.047 0.035 0.141 0.073 0.282 0.103 41 R 0.128 0.088 0.063 0.026 0.135 0.028 0.055 0.138 0.071 0.187 0.080 42 C 0.070 0.362 0.118 0.058 0.170 0.042 0.027 0.063 0.029 0.032 0.029 43 G 0.073 0.069 0.076 0.108 0.066 0.085 0.070 0.169 0.085 0.142 0.058 44 Y 0.142 0.114 0.055 0.016 0.207 0.017 0.026 0.172 0.083 0.117 0.052 45 T 0.131 0.257 0.046 0.010 0.297 0.012 0.016 0.140 0.035 0.023 0.031 46 E 0.136 0.215 0.061 0.005 0.276 0.008 0.017 0.179 0.035 0.018 0.050 47 F 0.142 0.107 0.024 0.008 0.172 0.011 0.022 0.334 0.086 0.053 0.042 48 K 0.060 0.089 0.040 0.016 0.103 0.029 0.071 0.418 0.107 0.045 0.023 49 K 0.069 0.084 0.044 0.016 0.088 0.025 0.075 0.341 0.105 0.116 0.037 50 A 0.058 0.181 0.073 0.023 0.127 0.023 0.047 0.242 0.105 0.085 0.035 51 K 0.052 0.119 0.055 0.036 0.074 0.038 0.053 0.240 0.161 0.124 0.047 52 K 0.056 0.112 0.055 0.026 0.084 0.031 0.065 0.210 0.135 0.170 0.055 53 S 0.091 0.172 0.063 0.020 0.168 0.021 0.038 0.154 0.089 0.130 0.053 54 K 0.087 0.147 0.061 0.026 0.134 0.031 0.052 0.180 0.119 0.114 0.050 55 S 0.096 0.183 0.073 0.021 0.178 0.024 0.040 0.156 0.091 0.089 0.048