# TARGET T0478 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0478.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 43 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.018 0.004 0.019 0.130 0.795 2 S 0.057 0.037 0.008 0.035 0.200 0.662 3 L 0.047 0.030 0.023 0.056 0.307 0.538 4 D 0.023 0.020 0.036 0.064 0.425 0.431 5 T 0.025 0.014 0.043 0.056 0.427 0.435 6 G 0.023 0.022 0.036 0.097 0.389 0.432 7 V 0.022 0.017 0.045 0.140 0.410 0.365 8 T 0.023 0.014 0.032 0.240 0.332 0.359 9 S 0.013 0.004 0.023 0.575 0.166 0.219 10 V 0.007 0.001 0.006 0.903 0.043 0.039 11 M 0.007 0.001 0.003 0.933 0.025 0.031 12 F 0.008 0.002 0.003 0.955 0.013 0.020 13 V 0.007 0.001 0.002 0.977 0.005 0.008 14 E 0.007 0.001 0.005 0.977 0.006 0.005 15 R 0.006 0.001 0.005 0.976 0.006 0.008 16 S 0.007 0.001 0.005 0.970 0.007 0.010 17 L 0.006 0.001 0.007 0.970 0.009 0.008 18 N 0.006 0.001 0.011 0.944 0.017 0.021 19 E 0.006 0.002 0.010 0.933 0.016 0.033 20 I 0.003 0.001 0.003 0.957 0.009 0.026 21 R 0.001 0.001 0.003 0.960 0.007 0.029 22 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 23 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 27 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.005 29 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 30 H 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 31 S 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.008 32 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 33 F 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.003 34 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.003 35 R 0.001 0.001 0.005 0.980 0.009 0.005 36 L 0.001 0.001 0.009 0.959 0.019 0.014 37 G 0.001 0.001 0.008 0.887 0.043 0.060 38 F 0.002 0.012 0.009 0.143 0.174 0.660 39 R 0.001 0.004 0.009 0.036 0.222 0.727 40 C 0.001 0.001 0.440 0.188 0.267 0.104 41 E 0.001 0.002 0.504 0.193 0.247 0.054 42 D 0.001 0.001 0.387 0.371 0.180 0.060 43 T 0.002 0.002 0.073 0.628 0.157 0.138 44 Q 0.001 0.003 0.025 0.612 0.167 0.192 45 L 0.001 0.002 0.017 0.841 0.061 0.078 46 I 0.001 0.001 0.007 0.964 0.018 0.010 47 E 0.001 0.001 0.008 0.970 0.014 0.007 48 E 0.001 0.001 0.006 0.971 0.010 0.011 49 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 50 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 51 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.005 52 F 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 54 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.006 55 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.005 0.012 56 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.006 57 E 0.001 0.001 0.001 0.984 0.006 0.009 58 H 0.001 0.001 0.002 0.984 0.007 0.006 59 I 0.001 0.001 0.003 0.979 0.011 0.007 60 E 0.001 0.001 0.004 0.975 0.013 0.008 61 Q 0.001 0.001 0.005 0.954 0.022 0.018 62 I 0.003 0.001 0.006 0.924 0.029 0.038 63 A 0.010 0.006 0.009 0.873 0.047 0.055 64 H 0.030 0.010 0.017 0.703 0.103 0.138 65 S 0.043 0.006 0.021 0.556 0.155 0.218 66 Y 0.049 0.012 0.032 0.358 0.321 0.227 67 T 0.048 0.015 0.029 0.201 0.439 0.268 68 N 0.028 0.005 0.036 0.093 0.611 0.228 69 E 0.032 0.013 0.035 0.053 0.594 0.272 70 T 0.050 0.030 0.021 0.045 0.461 0.393 71 D 0.038 0.011 0.019 0.101 0.462 0.369 72 P 0.013 0.004 0.032 0.347 0.410 0.194 73 E 0.017 0.005 0.038 0.603 0.239 0.099 74 Q 0.057 0.012 0.056 0.661 0.126 0.088 75 I 0.064 0.007 0.036 0.816 0.031 0.045 76 K 0.100 0.003 0.040 0.804 0.025 0.028 77 R 0.080 0.005 0.036 0.817 0.027 0.035 78 F 0.054 0.005 0.016 0.855 0.022 0.047 79 N 0.026 0.001 0.007 0.862 0.026 0.078 80 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 81 E 0.002 0.001 0.003 0.983 0.007 0.005 82 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.004 83 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 85 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 86 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.004 87 T 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.006 88 N 0.001 0.001 0.003 0.970 0.012 0.016 89 I 0.001 0.001 0.003 0.930 0.016 0.050 90 W 0.001 0.001 0.005 0.942 0.018 0.034 91 G 0.001 0.001 0.010 0.931 0.025 0.032 92 F 0.001 0.001 0.025 0.933 0.020 0.021 93 K 0.001 0.001 0.029 0.916 0.029 0.024 94 R 0.001 0.001 0.027 0.918 0.026 0.029 95 K 0.001 0.001 0.022 0.939 0.018 0.019 96 I 0.001 0.001 0.023 0.938 0.021 0.017 97 L 0.002 0.002 0.035 0.922 0.027 0.012 98 G 0.003 0.001 0.031 0.895 0.044 0.026 99 L 0.012 0.001 0.048 0.759 0.093 0.087 100 I 0.053 0.011 0.041 0.709 0.101 0.084 101 L 0.146 0.024 0.041 0.483 0.169 0.137 102 T 0.167 0.010 0.040 0.465 0.168 0.150 103 C 0.178 0.005 0.060 0.356 0.198 0.202 104 K 0.257 0.010 0.033 0.275 0.193 0.231 105 L 0.305 0.017 0.029 0.218 0.200 0.230 106 P 0.304 0.024 0.025 0.138 0.244 0.264 107 G 0.227 0.023 0.030 0.112 0.293 0.314 108 Q 0.076 0.009 0.047 0.072 0.459 0.338 109 N 0.024 0.007 0.049 0.059 0.533 0.327 110 N 0.022 0.017 0.055 0.053 0.505 0.348 111 F 0.025 0.014 0.026 0.060 0.455 0.420 112 P 0.035 0.011 0.082 0.134 0.403 0.335 113 L 0.091 0.035 0.184 0.190 0.266 0.233 114 L 0.106 0.019 0.135 0.374 0.193 0.173 115 V 0.019 0.004 0.081 0.676 0.099 0.119 116 D 0.002 0.001 0.071 0.894 0.023 0.010 117 H 0.001 0.001 0.056 0.917 0.021 0.004 118 T 0.001 0.001 0.016 0.964 0.013 0.006 119 S 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 120 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 121 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 122 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 123 D 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 124 Y 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.004 125 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.005 126 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 127 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.005 0.007 128 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 129 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 130 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 131 Q 0.001 0.001 0.005 0.983 0.008 0.004 132 L 0.001 0.001 0.007 0.969 0.016 0.008 133 N 0.001 0.001 0.006 0.970 0.014 0.009 134 E 0.001 0.001 0.004 0.869 0.041 0.083 135 G 0.004 0.001 0.002 0.097 0.123 0.773 136 K 0.018 0.009 0.005 0.067 0.109 0.792 137 L 0.037 0.054 0.007 0.084 0.142 0.676 138 D 0.012 0.005 0.008 0.106 0.118 0.752 139 A 0.014 0.006 0.022 0.269 0.188 0.501 140 L 0.012 0.004 0.033 0.398 0.178 0.374 141 P 0.010 0.004 0.039 0.633 0.106 0.208 142 D 0.011 0.003 0.050 0.680 0.115 0.140 143 A 0.013 0.003 0.054 0.730 0.117 0.084 144 I 0.010 0.005 0.047 0.823 0.073 0.042 145 I 0.011 0.003 0.046 0.804 0.078 0.057 146 K 0.010 0.003 0.038 0.835 0.060 0.053 147 E 0.008 0.001 0.021 0.865 0.041 0.064 148 N 0.010 0.001 0.004 0.928 0.016 0.040 149 V 0.007 0.001 0.002 0.976 0.005 0.011 150 F 0.009 0.001 0.002 0.976 0.005 0.008 151 F 0.005 0.001 0.004 0.980 0.004 0.006 152 L 0.003 0.001 0.005 0.980 0.005 0.007 153 R 0.001 0.001 0.010 0.978 0.006 0.005 154 I 0.001 0.001 0.011 0.976 0.006 0.006 155 M 0.001 0.001 0.009 0.971 0.010 0.009 156 A 0.001 0.001 0.007 0.967 0.015 0.009 157 D 0.001 0.001 0.007 0.939 0.030 0.022 158 H 0.001 0.002 0.011 0.907 0.041 0.038 159 A 0.002 0.003 0.015 0.918 0.039 0.023 160 K 0.003 0.002 0.031 0.883 0.056 0.026 161 F 0.004 0.002 0.042 0.881 0.053 0.018 162 I 0.002 0.001 0.036 0.907 0.039 0.016 163 G 0.001 0.001 0.033 0.894 0.048 0.022 164 H 0.001 0.001 0.039 0.834 0.076 0.049 165 L 0.003 0.005 0.030 0.681 0.140 0.141 166 L 0.004 0.010 0.010 0.295 0.122 0.559 167 D 0.005 0.004 0.011 0.324 0.169 0.487 168 P 0.001 0.001 0.043 0.845 0.071 0.041 169 S 0.002 0.003 0.047 0.876 0.049 0.024 170 E 0.001 0.001 0.031 0.929 0.028 0.011 171 R 0.001 0.001 0.020 0.940 0.019 0.020 172 K 0.001 0.001 0.024 0.957 0.012 0.006 173 L 0.001 0.001 0.012 0.977 0.008 0.003 174 V 0.001 0.001 0.010 0.977 0.009 0.004 175 D 0.001 0.001 0.009 0.972 0.012 0.006 176 T 0.001 0.001 0.011 0.947 0.017 0.024 177 A 0.001 0.001 0.005 0.959 0.013 0.021 178 R 0.001 0.001 0.006 0.947 0.020 0.026 179 N 0.001 0.001 0.009 0.963 0.016 0.013 180 F 0.001 0.001 0.007 0.973 0.011 0.008 181 S 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.004 182 N 0.001 0.001 0.004 0.982 0.008 0.006 183 D 0.001 0.001 0.006 0.977 0.007 0.010 184 F 0.001 0.001 0.003 0.980 0.006 0.010 185 D 0.001 0.001 0.003 0.979 0.007 0.010 186 E 0.001 0.001 0.003 0.980 0.008 0.009 187 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.006 0.006 188 M 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 189 Y 0.001 0.001 0.003 0.979 0.009 0.009 190 Q 0.001 0.001 0.003 0.980 0.007 0.009 191 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.009 0.008 192 I 0.001 0.001 0.008 0.959 0.017 0.013 193 D 0.002 0.001 0.010 0.944 0.021 0.022 194 L 0.002 0.001 0.013 0.936 0.024 0.025 195 E 0.002 0.001 0.022 0.917 0.030 0.029 196 S 0.003 0.001 0.032 0.816 0.065 0.083 197 M 0.004 0.003 0.058 0.663 0.125 0.146 198 K 0.006 0.013 0.063 0.431 0.321 0.166 199 P 0.006 0.004 0.122 0.319 0.420 0.130 200 Q 0.004 0.003 0.087 0.221 0.484 0.200 201 S 0.006 0.008 0.113 0.147 0.518 0.207 202 Q 0.014 0.015 0.053 0.082 0.448 0.388 203 T 0.016 0.009 0.060 0.103 0.347 0.464 204 A 0.016 0.008 0.135 0.271 0.291 0.278 205 P 0.015 0.010 0.141 0.469 0.176 0.190 206 L 0.019 0.009 0.163 0.540 0.133 0.136 207 L 0.018 0.005 0.116 0.643 0.112 0.106 208 D 0.024 0.008 0.107 0.606 0.147 0.108 209 Q 0.017 0.007 0.092 0.610 0.158 0.117 210 F 0.022 0.013 0.040 0.687 0.124 0.114 211 L 0.021 0.005 0.021 0.730 0.109 0.113 212 D 0.006 0.001 0.009 0.908 0.042 0.035 213 Q 0.008 0.001 0.006 0.906 0.040 0.040 214 N 0.005 0.001 0.002 0.948 0.015 0.028 215 R 0.002 0.001 0.001 0.982 0.005 0.010 216 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.005 217 S 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.005 218 V 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 219 A 0.002 0.001 0.004 0.986 0.004 0.004 220 S 0.002 0.001 0.008 0.971 0.007 0.011 221 L 0.004 0.001 0.006 0.957 0.011 0.021 222 R 0.003 0.001 0.008 0.963 0.013 0.013 223 D 0.003 0.001 0.010 0.951 0.017 0.019 224 F 0.002 0.001 0.005 0.967 0.011 0.015 225 K 0.002 0.001 0.002 0.980 0.007 0.008 226 K 0.001 0.001 0.001 0.980 0.008 0.010 227 T 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.009 228 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.006 0.012 229 R 0.001 0.001 0.003 0.977 0.010 0.009 230 D 0.001 0.001 0.003 0.969 0.014 0.014 231 L 0.001 0.001 0.004 0.930 0.026 0.038 232 I 0.002 0.001 0.007 0.941 0.028 0.021 233 E 0.003 0.001 0.010 0.932 0.032 0.023 234 Q 0.002 0.001 0.012 0.931 0.029 0.025 235 C 0.004 0.001 0.016 0.847 0.046 0.087 236 K 0.005 0.002 0.030 0.880 0.035 0.048 237 I 0.008 0.003 0.032 0.893 0.025 0.038 238 K 0.007 0.001 0.036 0.924 0.014 0.019 239 S 0.008 0.001 0.046 0.897 0.017 0.030 240 I 0.003 0.001 0.053 0.913 0.011 0.018 241 I 0.001 0.001 0.047 0.929 0.011 0.011 242 H 0.001 0.001 0.103 0.864 0.022 0.009 243 P 0.001 0.001 0.179 0.763 0.046 0.010 244 L 0.001 0.001 0.273 0.632 0.076 0.017 245 L 0.004 0.002 0.248 0.583 0.143 0.020 246 A 0.006 0.001 0.114 0.532 0.255 0.093 247 D 0.011 0.002 0.050 0.394 0.306 0.238 248 H 0.061 0.011 0.040 0.351 0.301 0.236 249 V 0.157 0.016 0.027 0.437 0.144 0.218 250 F 0.278 0.012 0.037 0.467 0.095 0.112 251 R 0.155 0.005 0.098 0.548 0.079 0.115 252 E 0.110 0.011 0.078 0.570 0.081 0.151 253 A 0.024 0.002 0.061 0.766 0.071 0.077 254 D 0.004 0.001 0.016 0.897 0.038 0.044 255 R 0.002 0.001 0.011 0.941 0.022 0.023 256 F 0.002 0.001 0.005 0.978 0.007 0.008 257 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 258 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 259 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 260 I 0.001 0.001 0.002 0.985 0.006 0.006 261 D 0.001 0.001 0.003 0.980 0.009 0.007 262 M 0.001 0.001 0.005 0.960 0.018 0.016 263 Y 0.001 0.001 0.008 0.944 0.026 0.021 264 D 0.002 0.001 0.013 0.889 0.043 0.052 265 V 0.005 0.002 0.024 0.632 0.136 0.201 266 H 0.010 0.008 0.026 0.426 0.205 0.325 267 L 0.011 0.014 0.018 0.136 0.250 0.571 268 T 0.011 0.018 0.034 0.065 0.341 0.531 269 N 0.012 0.016 0.086 0.057 0.520 0.309 270 I 0.018 0.026 0.116 0.057 0.518 0.265 271 Q 0.027 0.038 0.059 0.038 0.489 0.349 272 S 0.019 0.067 0.028 0.011 0.719 0.156 273 Q 0.014 0.021 0.045 0.023 0.665 0.233 274 P 0.009 0.022 0.066 0.022 0.675 0.205 275 R 0.020 0.031 0.026 0.013 0.622 0.288 276 E 0.041 0.038 0.014 0.010 0.315 0.582 277 G 0.029 0.029 0.013 0.013 0.287 0.628 278 H 0.022 0.019 0.039 0.022 0.429 0.469 279 H 0.035 0.028 0.058 0.035 0.427 0.416 280 H 0.061 0.029 0.064 0.040 0.377 0.428 281 H 0.072 0.033 0.026 0.049 0.259 0.561 282 H 0.038 0.020 0.006 0.028 0.169 0.739 283 H 0.001 0.004 0.001 0.004 0.021 0.970