# TARGET T0478 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0478.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 43 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.740 0.190 0.053 0.014 0.002 0.001 0.001 2 S 0.672 0.209 0.080 0.031 0.007 0.001 0.001 3 L 0.692 0.162 0.070 0.048 0.022 0.005 0.001 4 D 0.765 0.160 0.048 0.020 0.006 0.001 0.001 5 T 0.746 0.168 0.057 0.021 0.006 0.001 0.001 6 G 0.523 0.257 0.110 0.073 0.028 0.008 0.002 7 V 0.416 0.237 0.166 0.109 0.056 0.014 0.001 8 T 0.350 0.300 0.190 0.118 0.035 0.006 0.001 9 S 0.470 0.325 0.141 0.050 0.011 0.002 0.001 10 V 0.473 0.321 0.121 0.064 0.018 0.003 0.001 11 M 0.372 0.347 0.178 0.081 0.019 0.002 0.001 12 F 0.111 0.116 0.162 0.271 0.245 0.086 0.009 13 V 0.153 0.231 0.220 0.226 0.131 0.035 0.003 14 E 0.220 0.316 0.213 0.156 0.071 0.022 0.002 15 R 0.049 0.109 0.173 0.271 0.244 0.130 0.024 16 S 0.011 0.019 0.028 0.072 0.197 0.462 0.210 17 L 0.016 0.034 0.064 0.139 0.242 0.341 0.166 18 N 0.042 0.098 0.138 0.203 0.213 0.221 0.085 19 E 0.010 0.020 0.036 0.098 0.227 0.372 0.236 20 I 0.006 0.011 0.019 0.044 0.122 0.444 0.355 21 R 0.021 0.047 0.076 0.175 0.285 0.294 0.102 22 F 0.007 0.023 0.045 0.134 0.251 0.352 0.187 23 W 0.004 0.006 0.011 0.042 0.147 0.421 0.369 24 S 0.008 0.022 0.036 0.098 0.211 0.372 0.252 25 R 0.008 0.033 0.077 0.203 0.287 0.271 0.121 26 I 0.002 0.007 0.016 0.049 0.149 0.420 0.357 27 M 0.001 0.003 0.006 0.032 0.133 0.468 0.357 28 K 0.002 0.020 0.058 0.184 0.320 0.320 0.096 29 E 0.001 0.009 0.032 0.131 0.337 0.374 0.116 30 H 0.001 0.003 0.004 0.014 0.062 0.454 0.463 31 S 0.001 0.011 0.040 0.171 0.343 0.374 0.061 32 F 0.003 0.027 0.115 0.322 0.361 0.160 0.012 33 F 0.001 0.002 0.008 0.046 0.236 0.523 0.183 34 L 0.001 0.002 0.003 0.015 0.088 0.497 0.395 35 R 0.002 0.023 0.109 0.348 0.345 0.158 0.014 36 L 0.006 0.037 0.128 0.331 0.328 0.155 0.015 37 G 0.005 0.013 0.023 0.062 0.213 0.533 0.150 38 F 0.006 0.016 0.051 0.177 0.382 0.336 0.031 39 R 0.069 0.297 0.320 0.224 0.077 0.012 0.001 40 C 0.192 0.266 0.231 0.206 0.086 0.018 0.002 41 E 0.454 0.368 0.129 0.039 0.008 0.001 0.001 42 D 0.345 0.310 0.198 0.110 0.032 0.005 0.001 43 T 0.491 0.305 0.132 0.056 0.014 0.002 0.001 44 Q 0.614 0.303 0.064 0.015 0.003 0.001 0.001 45 L 0.079 0.185 0.297 0.299 0.122 0.017 0.001 46 I 0.074 0.182 0.287 0.275 0.153 0.028 0.001 47 E 0.360 0.446 0.142 0.042 0.009 0.001 0.001 48 E 0.137 0.315 0.318 0.177 0.045 0.008 0.001 49 A 0.029 0.057 0.122 0.293 0.376 0.118 0.004 50 N 0.215 0.380 0.258 0.106 0.033 0.007 0.001 51 Q 0.230 0.355 0.251 0.127 0.030 0.006 0.001 52 F 0.057 0.086 0.106 0.209 0.302 0.225 0.015 53 Y 0.028 0.091 0.227 0.355 0.230 0.063 0.005 54 R 0.160 0.418 0.269 0.105 0.036 0.010 0.001 55 L 0.036 0.139 0.245 0.352 0.186 0.040 0.002 56 F 0.006 0.019 0.048 0.167 0.360 0.362 0.037 57 E 0.117 0.405 0.316 0.120 0.034 0.007 0.001 58 H 0.065 0.394 0.344 0.155 0.036 0.005 0.001 59 I 0.003 0.006 0.020 0.117 0.411 0.421 0.022 60 E 0.004 0.043 0.165 0.401 0.310 0.074 0.003 61 Q 0.132 0.572 0.216 0.060 0.016 0.004 0.001 62 I 0.007 0.057 0.280 0.445 0.179 0.031 0.001 63 A 0.005 0.010 0.028 0.156 0.459 0.332 0.011 64 H 0.076 0.288 0.308 0.220 0.090 0.017 0.001 65 S 0.265 0.417 0.203 0.087 0.023 0.005 0.001 66 Y 0.068 0.176 0.279 0.294 0.149 0.033 0.002 67 T 0.300 0.286 0.193 0.141 0.066 0.013 0.001 68 N 0.557 0.271 0.104 0.049 0.015 0.004 0.001 69 E 0.618 0.232 0.085 0.044 0.016 0.005 0.001 70 T 0.423 0.270 0.162 0.095 0.041 0.009 0.001 71 D 0.307 0.268 0.218 0.142 0.053 0.010 0.001 72 P 0.310 0.326 0.201 0.123 0.034 0.005 0.001 73 E 0.423 0.375 0.133 0.052 0.015 0.002 0.001 74 Q 0.082 0.261 0.317 0.234 0.086 0.017 0.001 75 I 0.006 0.021 0.066 0.225 0.407 0.259 0.016 76 K 0.022 0.124 0.231 0.314 0.219 0.085 0.006 77 R 0.033 0.126 0.190 0.246 0.230 0.159 0.016 78 F 0.002 0.008 0.022 0.113 0.358 0.444 0.054 79 N 0.002 0.020 0.096 0.232 0.386 0.245 0.018 80 A 0.103 0.385 0.307 0.147 0.045 0.012 0.001 81 E 0.014 0.142 0.365 0.345 0.112 0.020 0.002 82 V 0.001 0.003 0.011 0.070 0.384 0.494 0.037 83 Q 0.002 0.074 0.268 0.390 0.227 0.038 0.002 84 Q 0.056 0.513 0.307 0.105 0.016 0.002 0.001 85 A 0.003 0.017 0.096 0.311 0.414 0.154 0.005 86 A 0.002 0.008 0.017 0.092 0.371 0.476 0.034 87 T 0.013 0.188 0.391 0.309 0.086 0.012 0.001 88 N 0.031 0.151 0.321 0.344 0.127 0.025 0.001 89 I 0.004 0.011 0.014 0.050 0.245 0.586 0.090 90 W 0.008 0.046 0.148 0.338 0.341 0.111 0.008 91 G 0.062 0.323 0.362 0.198 0.047 0.007 0.001 92 F 0.007 0.028 0.095 0.333 0.404 0.126 0.006 93 K 0.011 0.031 0.046 0.138 0.330 0.392 0.052 94 R 0.106 0.309 0.296 0.197 0.075 0.015 0.001 95 K 0.121 0.400 0.310 0.136 0.028 0.004 0.001 96 I 0.039 0.079 0.114 0.248 0.332 0.176 0.012 97 L 0.052 0.087 0.158 0.302 0.294 0.102 0.006 98 G 0.220 0.416 0.231 0.102 0.025 0.005 0.001 99 L 0.190 0.338 0.259 0.156 0.050 0.007 0.001 100 I 0.096 0.173 0.204 0.256 0.191 0.075 0.005 101 L 0.070 0.086 0.158 0.314 0.277 0.088 0.006 102 T 0.286 0.361 0.198 0.102 0.040 0.011 0.002 103 C 0.134 0.186 0.190 0.233 0.173 0.071 0.012 104 K 0.161 0.281 0.259 0.189 0.083 0.024 0.004 105 L 0.126 0.136 0.142 0.200 0.243 0.134 0.019 106 P 0.204 0.246 0.218 0.201 0.093 0.032 0.005 107 G 0.280 0.193 0.142 0.149 0.129 0.085 0.023 108 Q 0.235 0.203 0.165 0.170 0.139 0.070 0.018 109 N 0.228 0.205 0.159 0.166 0.132 0.083 0.028 110 N 0.259 0.195 0.137 0.153 0.111 0.093 0.052 111 F 0.135 0.157 0.146 0.183 0.163 0.143 0.073 112 P 0.184 0.211 0.168 0.170 0.156 0.084 0.027 113 L 0.149 0.182 0.187 0.213 0.159 0.088 0.022 114 L 0.087 0.090 0.090 0.169 0.197 0.272 0.094 115 V 0.019 0.044 0.076 0.198 0.303 0.289 0.072 116 D 0.037 0.127 0.236 0.300 0.206 0.081 0.012 117 H 0.008 0.030 0.077 0.232 0.356 0.251 0.047 118 T 0.003 0.007 0.009 0.031 0.148 0.588 0.212 119 S 0.002 0.022 0.100 0.308 0.352 0.201 0.015 120 R 0.012 0.126 0.286 0.328 0.182 0.061 0.005 121 E 0.002 0.008 0.026 0.132 0.381 0.398 0.054 122 A 0.001 0.005 0.015 0.078 0.337 0.515 0.049 123 D 0.011 0.191 0.389 0.303 0.090 0.015 0.001 124 Y 0.015 0.137 0.293 0.368 0.158 0.027 0.002 125 F 0.001 0.003 0.008 0.043 0.251 0.617 0.076 126 R 0.006 0.058 0.208 0.419 0.255 0.052 0.002 127 K 0.061 0.473 0.326 0.114 0.023 0.003 0.001 128 R 0.010 0.043 0.140 0.337 0.355 0.110 0.004 129 L 0.005 0.017 0.052 0.222 0.451 0.245 0.008 130 I 0.112 0.395 0.309 0.139 0.039 0.006 0.001 131 Q 0.140 0.368 0.307 0.150 0.032 0.004 0.001 132 L 0.015 0.062 0.176 0.378 0.310 0.059 0.001 133 N 0.213 0.335 0.277 0.133 0.036 0.004 0.001 134 E 0.616 0.280 0.077 0.023 0.004 0.001 0.001 135 G 0.397 0.312 0.182 0.088 0.019 0.002 0.001 136 K 0.656 0.235 0.078 0.024 0.006 0.001 0.001 137 L 0.384 0.286 0.172 0.111 0.041 0.006 0.001 138 D 0.294 0.238 0.207 0.180 0.070 0.011 0.001 139 A 0.495 0.272 0.127 0.073 0.027 0.006 0.001 140 L 0.390 0.276 0.172 0.113 0.041 0.008 0.001 141 P 0.450 0.268 0.136 0.093 0.042 0.011 0.001 142 D 0.397 0.265 0.169 0.112 0.045 0.011 0.001 143 A 0.519 0.288 0.115 0.055 0.018 0.005 0.001 144 I 0.173 0.197 0.197 0.218 0.159 0.052 0.005 145 I 0.102 0.153 0.203 0.254 0.202 0.077 0.008 146 K 0.192 0.246 0.203 0.177 0.115 0.058 0.009 147 E 0.064 0.111 0.141 0.220 0.245 0.181 0.038 148 N 0.023 0.054 0.109 0.220 0.303 0.239 0.053 149 V 0.025 0.048 0.078 0.150 0.271 0.318 0.111 150 F 0.015 0.022 0.032 0.081 0.175 0.385 0.290 151 F 0.009 0.015 0.023 0.066 0.144 0.380 0.362 152 L 0.013 0.030 0.055 0.118 0.216 0.331 0.236 153 R 0.019 0.042 0.061 0.132 0.231 0.312 0.203 154 I 0.009 0.018 0.033 0.088 0.178 0.364 0.311 155 M 0.009 0.019 0.030 0.068 0.158 0.418 0.298 156 A 0.060 0.132 0.163 0.240 0.224 0.148 0.033 157 D 0.042 0.088 0.148 0.247 0.262 0.170 0.044 158 H 0.048 0.048 0.049 0.099 0.217 0.422 0.118 159 A 0.065 0.107 0.148 0.254 0.266 0.144 0.015 160 K 0.158 0.318 0.278 0.170 0.063 0.012 0.001 161 F 0.164 0.159 0.201 0.244 0.179 0.051 0.003 162 I 0.172 0.138 0.131 0.197 0.205 0.144 0.012 163 G 0.222 0.270 0.245 0.185 0.065 0.012 0.001 164 H 0.351 0.364 0.178 0.077 0.026 0.004 0.001 165 L 0.296 0.252 0.177 0.144 0.091 0.037 0.004 166 L 0.177 0.151 0.191 0.246 0.171 0.061 0.004 167 D 0.340 0.297 0.208 0.116 0.035 0.004 0.001 168 P 0.564 0.267 0.110 0.045 0.012 0.002 0.001 169 S 0.579 0.223 0.109 0.061 0.022 0.005 0.001 170 E 0.402 0.219 0.161 0.148 0.059 0.010 0.001 171 R 0.686 0.246 0.055 0.011 0.002 0.001 0.001 172 K 0.679 0.249 0.056 0.013 0.002 0.001 0.001 173 L 0.255 0.213 0.203 0.204 0.101 0.024 0.001 174 V 0.338 0.299 0.206 0.121 0.033 0.004 0.001 175 D 0.668 0.272 0.048 0.010 0.002 0.001 0.001 176 T 0.278 0.306 0.248 0.135 0.029 0.003 0.001 177 A 0.253 0.214 0.192 0.212 0.108 0.020 0.001 178 R 0.574 0.316 0.087 0.020 0.003 0.001 0.001 179 N 0.534 0.339 0.100 0.023 0.003 0.001 0.001 180 F 0.166 0.176 0.197 0.263 0.164 0.034 0.001 181 S 0.159 0.272 0.288 0.210 0.062 0.008 0.001 182 N 0.496 0.385 0.093 0.022 0.004 0.001 0.001 183 D 0.096 0.227 0.302 0.284 0.081 0.010 0.001 184 F 0.025 0.044 0.092 0.240 0.391 0.198 0.010 185 D 0.216 0.388 0.250 0.111 0.030 0.005 0.001 186 E 0.138 0.365 0.293 0.160 0.038 0.007 0.001 187 L 0.009 0.019 0.046 0.179 0.417 0.311 0.018 188 M 0.011 0.066 0.180 0.315 0.309 0.112 0.006 189 Y 0.114 0.394 0.283 0.145 0.051 0.012 0.001 190 Q 0.026 0.138 0.298 0.344 0.152 0.039 0.002 191 A 0.008 0.023 0.059 0.226 0.430 0.244 0.010 192 I 0.076 0.397 0.346 0.137 0.036 0.007 0.001 193 D 0.193 0.375 0.246 0.134 0.042 0.008 0.001 194 L 0.030 0.066 0.153 0.307 0.331 0.109 0.004 195 E 0.166 0.282 0.267 0.200 0.070 0.014 0.001 196 S 0.396 0.393 0.149 0.048 0.012 0.002 0.001 197 M 0.098 0.152 0.250 0.292 0.171 0.037 0.002 198 K 0.252 0.268 0.216 0.167 0.079 0.018 0.001 199 P 0.483 0.283 0.135 0.068 0.025 0.006 0.001 200 Q 0.536 0.289 0.110 0.050 0.013 0.003 0.001 201 S 0.345 0.238 0.200 0.140 0.061 0.015 0.001 202 Q 0.450 0.252 0.140 0.094 0.049 0.014 0.001 203 T 0.314 0.311 0.191 0.118 0.048 0.015 0.002 204 A 0.155 0.193 0.222 0.243 0.146 0.038 0.003 205 P 0.286 0.361 0.194 0.104 0.042 0.012 0.001 206 L 0.079 0.163 0.231 0.296 0.174 0.053 0.005 207 L 0.042 0.063 0.104 0.212 0.326 0.230 0.021 208 D 0.169 0.303 0.239 0.179 0.081 0.027 0.003 209 Q 0.145 0.311 0.291 0.168 0.060 0.021 0.003 210 F 0.032 0.055 0.096 0.242 0.361 0.195 0.018 211 L 0.049 0.162 0.253 0.269 0.185 0.074 0.007 212 D 0.334 0.374 0.175 0.080 0.028 0.008 0.001 213 Q 0.223 0.331 0.252 0.138 0.045 0.010 0.001 214 N 0.066 0.088 0.131 0.230 0.300 0.172 0.014 215 R 0.127 0.241 0.246 0.225 0.126 0.033 0.003 216 V 0.314 0.402 0.182 0.074 0.022 0.005 0.001 217 S 0.066 0.126 0.214 0.301 0.209 0.079 0.005 218 V 0.039 0.070 0.105 0.217 0.324 0.226 0.018 219 A 0.175 0.302 0.252 0.163 0.080 0.025 0.002 220 S 0.096 0.246 0.301 0.248 0.090 0.019 0.001 221 L 0.053 0.075 0.104 0.184 0.331 0.237 0.016 222 R 0.247 0.289 0.243 0.147 0.058 0.015 0.001 223 D 0.218 0.422 0.260 0.084 0.015 0.002 0.001 224 F 0.067 0.067 0.110 0.290 0.368 0.096 0.003 225 K 0.150 0.271 0.263 0.213 0.086 0.016 0.001 226 K 0.502 0.383 0.092 0.020 0.003 0.001 0.001 227 T 0.350 0.310 0.199 0.106 0.030 0.004 0.001 228 A 0.219 0.163 0.198 0.235 0.149 0.034 0.001 229 R 0.515 0.328 0.114 0.034 0.007 0.001 0.001 230 D 0.634 0.284 0.065 0.014 0.002 0.001 0.001 231 L 0.275 0.243 0.210 0.189 0.070 0.012 0.001 232 I 0.315 0.272 0.197 0.136 0.065 0.014 0.001 233 E 0.420 0.236 0.165 0.128 0.045 0.006 0.001 234 Q 0.419 0.300 0.153 0.086 0.033 0.007 0.001 235 C 0.312 0.289 0.180 0.128 0.065 0.021 0.003 236 K 0.100 0.226 0.270 0.245 0.116 0.037 0.006 237 I 0.031 0.043 0.063 0.165 0.361 0.286 0.052 238 K 0.055 0.162 0.254 0.281 0.173 0.064 0.013 239 S 0.086 0.105 0.105 0.159 0.205 0.247 0.092 240 I 0.049 0.080 0.091 0.152 0.209 0.273 0.146 241 I 0.016 0.024 0.033 0.078 0.153 0.360 0.337 242 H 0.016 0.035 0.055 0.118 0.209 0.271 0.296 243 P 0.082 0.095 0.080 0.093 0.146 0.239 0.265 244 L 0.084 0.082 0.069 0.117 0.157 0.264 0.227 245 L 0.048 0.061 0.082 0.159 0.180 0.260 0.211 246 A 0.049 0.096 0.120 0.188 0.220 0.201 0.126 247 D 0.045 0.093 0.117 0.207 0.234 0.194 0.110 248 H 0.018 0.031 0.048 0.117 0.250 0.347 0.189 249 V 0.009 0.021 0.031 0.068 0.140 0.375 0.356 250 F 0.006 0.031 0.078 0.222 0.280 0.298 0.085 251 R 0.006 0.023 0.063 0.175 0.359 0.316 0.060 252 E 0.005 0.013 0.022 0.068 0.210 0.469 0.213 253 A 0.004 0.013 0.029 0.078 0.197 0.493 0.186 254 D 0.011 0.064 0.165 0.315 0.295 0.137 0.012 255 R 0.006 0.048 0.149 0.344 0.310 0.129 0.015 256 F 0.001 0.002 0.007 0.037 0.200 0.595 0.158 257 L 0.002 0.010 0.034 0.116 0.292 0.455 0.091 258 E 0.028 0.198 0.274 0.287 0.152 0.055 0.006 259 I 0.011 0.044 0.112 0.273 0.346 0.196 0.017 260 I 0.011 0.017 0.034 0.117 0.342 0.433 0.046 261 D 0.104 0.273 0.304 0.221 0.079 0.017 0.001 262 M 0.189 0.350 0.279 0.139 0.038 0.005 0.001 263 Y 0.079 0.151 0.225 0.310 0.196 0.039 0.001 264 D 0.295 0.311 0.217 0.129 0.039 0.007 0.001 265 V 0.592 0.302 0.078 0.022 0.005 0.001 0.001 266 H 0.382 0.301 0.187 0.096 0.029 0.004 0.001 267 L 0.536 0.287 0.125 0.043 0.008 0.001 0.001 268 T 0.680 0.218 0.074 0.023 0.005 0.001 0.001 269 N 0.757 0.165 0.053 0.022 0.004 0.001 0.001 270 I 0.792 0.156 0.039 0.011 0.002 0.001 0.001 271 Q 0.689 0.205 0.071 0.028 0.006 0.001 0.001 272 S 0.798 0.156 0.035 0.009 0.001 0.001 0.001 273 Q 0.789 0.153 0.041 0.014 0.003 0.001 0.001 274 P 0.804 0.152 0.034 0.008 0.002 0.001 0.001 275 R 0.680 0.196 0.085 0.033 0.006 0.001 0.001 276 E 0.718 0.189 0.063 0.024 0.005 0.001 0.001 277 G 0.801 0.145 0.039 0.012 0.002 0.001 0.001 278 H 0.765 0.175 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 279 H 0.720 0.184 0.065 0.025 0.005 0.001 0.001 280 H 0.689 0.214 0.069 0.023 0.005 0.001 0.001 281 H 0.685 0.205 0.076 0.028 0.006 0.001 0.001 282 H 0.728 0.176 0.062 0.027 0.006 0.001 0.001 283 H 0.782 0.142 0.045 0.022 0.007 0.001 0.001