# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.017 0.018 0.050 0.043 0.118 0.012 0.209 0.029 0.007 0.003 0.005 0.004 0.008 0.009 0.048 0.021 0.087 0.138 0.092 0.081 0.002 2 A 0.010 0.009 0.068 0.078 0.082 0.007 0.102 0.014 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.007 0.044 0.041 0.135 0.047 0.120 0.222 0.002 3 K 0.007 0.011 0.040 0.031 0.149 0.006 0.104 0.009 0.003 0.001 0.004 0.004 0.008 0.011 0.061 0.068 0.101 0.152 0.092 0.134 0.004 4 C 0.006 0.008 0.085 0.047 0.063 0.004 0.029 0.011 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 0.009 0.078 0.095 0.074 0.037 0.195 0.241 0.004 5 P 0.006 0.009 0.047 0.045 0.128 0.005 0.028 0.018 0.002 0.001 0.003 0.005 0.009 0.018 0.103 0.073 0.108 0.069 0.136 0.182 0.006 6 I 0.010 0.008 0.050 0.038 0.105 0.009 0.060 0.019 0.006 0.001 0.011 0.007 0.014 0.042 0.095 0.087 0.112 0.040 0.140 0.144 0.002 7 C 0.002 0.003 0.043 0.062 0.038 0.006 0.079 0.014 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.018 0.126 0.061 0.150 0.057 0.131 0.192 0.002 8 G 0.004 0.005 0.030 0.014 0.126 0.004 0.116 0.013 0.002 0.001 0.006 0.004 0.007 0.013 0.050 0.111 0.103 0.130 0.103 0.156 0.001 9 S 0.001 0.001 0.055 0.037 0.021 0.003 0.024 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.065 0.035 0.108 0.035 0.168 0.423 0.001 10 P 0.001 0.001 0.009 0.012 0.090 0.003 0.070 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.053 0.262 0.104 0.109 0.210 0.001 11 L 0.001 0.001 0.039 0.024 0.012 0.008 0.083 0.172 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.060 0.015 0.253 0.046 0.092 0.183 0.001 12 K 0.001 0.001 0.006 0.008 0.023 0.005 0.056 0.473 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.128 0.030 0.060 0.189 0.001 13 W 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.020 0.493 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.442 0.009 0.007 0.009 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 0.901 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.002 0.001 0.001 20 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.077 0.794 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.015 0.012 0.006 0.001 21 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.010 0.070 0.711 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.103 0.025 0.016 0.017 0.001 22 I 0.001 0.002 0.006 0.004 0.014 0.012 0.100 0.560 0.063 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.091 0.041 0.043 0.042 0.001 23 I 0.001 0.001 0.007 0.007 0.009 0.009 0.073 0.465 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.218 0.040 0.057 0.052 0.001 24 E 0.001 0.001 0.008 0.009 0.007 0.011 0.090 0.478 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.262 0.030 0.027 0.047 0.001 25 N 0.001 0.001 0.004 0.004 0.018 0.012 0.099 0.499 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.064 0.069 0.083 0.121 0.001 26 F 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.002 0.014 0.310 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.578 0.018 0.025 0.022 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.065 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.158 0.004 0.004 0.008 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.022 0.151 0.714 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.040 0.014 0.005 0.001 29 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.008 0.055 0.691 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.131 0.028 0.026 0.018 0.001 30 V 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.005 0.042 0.591 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.238 0.025 0.043 0.028 0.001 31 K 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.010 0.067 0.613 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.226 0.019 0.012 0.023 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.046 0.679 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.054 0.034 0.068 0.093 0.001 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.306 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.666 0.005 0.006 0.007 0.001 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.001 0.002 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.002 0.003 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.853 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.007 0.008 0.003 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.077 0.783 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.002 0.002 0.005 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.022 0.229 0.531 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.066 0.017 0.015 0.001 40 V 0.002 0.002 0.008 0.010 0.016 0.004 0.048 0.389 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.194 0.053 0.184 0.051 0.001 41 E 0.004 0.004 0.053 0.031 0.029 0.012 0.081 0.317 0.013 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.007 0.291 0.030 0.025 0.055 0.001 42 E 0.004 0.008 0.014 0.014 0.046 0.022 0.521 0.122 0.007 0.006 0.002 0.001 0.003 0.003 0.010 0.012 0.094 0.044 0.034 0.032 0.001 43 F 0.011 0.020 0.054 0.070 0.053 0.007 0.134 0.115 0.008 0.006 0.005 0.003 0.010 0.020 0.061 0.050 0.076 0.138 0.100 0.051 0.006 44 V 0.024 0.029 0.097 0.053 0.184 0.004 0.038 0.047 0.009 0.004 0.007 0.006 0.015 0.030 0.089 0.100 0.070 0.065 0.076 0.047 0.008 45 F 0.029 0.035 0.167 0.111 0.084 0.005 0.059 0.012 0.013 0.002 0.011 0.008 0.024 0.069 0.129 0.066 0.040 0.023 0.037 0.067 0.007 46 K 0.026 0.035 0.028 0.040 0.316 0.003 0.072 0.006 0.004 0.001 0.010 0.012 0.026 0.040 0.082 0.064 0.046 0.072 0.049 0.059 0.009 47 C 0.018 0.020 0.114 0.124 0.053 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.012 0.107 0.067 0.045 0.041 0.136 0.225 0.005 48 P 0.013 0.014 0.030 0.043 0.328 0.002 0.013 0.009 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.010 0.045 0.122 0.118 0.048 0.069 0.119 0.003 49 V 0.029 0.030 0.083 0.096 0.109 0.006 0.057 0.022 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.012 0.121 0.028 0.112 0.040 0.092 0.143 0.002 50 C 0.016 0.018 0.058 0.114 0.126 0.005 0.073 0.025 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.004 0.041 0.030 0.192 0.056 0.095 0.132 0.002 51 G 0.034 0.038 0.053 0.052 0.183 0.005 0.113 0.046 0.002 0.001 0.004 0.005 0.009 0.006 0.035 0.027 0.145 0.083 0.065 0.092 0.002 52 E 0.028 0.029 0.171 0.122 0.094 0.006 0.072 0.064 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.003 0.044 0.012 0.184 0.028 0.047 0.078 0.002 53 E 0.023 0.040 0.030 0.043 0.220 0.009 0.189 0.098 0.003 0.001 0.004 0.004 0.012 0.005 0.021 0.016 0.154 0.050 0.030 0.044 0.003 54 F 0.040 0.037 0.135 0.105 0.086 0.010 0.132 0.062 0.006 0.003 0.007 0.005 0.012 0.007 0.067 0.012 0.094 0.050 0.067 0.061 0.001 55 Y 0.012 0.020 0.056 0.094 0.129 0.004 0.111 0.036 0.006 0.004 0.003 0.003 0.009 0.006 0.035 0.034 0.183 0.048 0.073 0.133 0.003 56 G 0.029 0.023 0.038 0.023 0.147 0.009 0.273 0.034 0.004 0.002 0.004 0.004 0.009 0.006 0.045 0.017 0.110 0.098 0.051 0.073 0.002 57 K 0.010 0.012 0.127 0.115 0.060 0.014 0.133 0.022 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.004 0.045 0.016 0.106 0.106 0.089 0.123 0.001 58 T 0.005 0.007 0.017 0.012 0.255 0.004 0.148 0.010 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.004 0.019 0.046 0.085 0.147 0.136 0.088 0.001 59 L 0.001 0.001 0.132 0.054 0.010 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.011 0.027 0.037 0.154 0.493 0.001 60 P 0.001 0.001 0.003 0.007 0.089 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.055 0.018 0.133 0.638 0.001 61 R 0.001 0.001 0.006 0.011 0.005 0.001 0.014 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.005 0.797 0.010 0.024 0.065 0.001 62 R 0.001 0.001 0.009 0.007 0.011 0.011 0.228 0.536 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.116 0.022 0.017 0.026 0.001 63 E 0.002 0.001 0.005 0.005 0.013 0.014 0.136 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.080 0.042 0.029 0.023 0.001 64 A 0.002 0.001 0.007 0.008 0.010 0.003 0.049 0.655 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.195 0.027 0.019 0.013 0.001 65 E 0.002 0.003 0.005 0.004 0.006 0.005 0.048 0.781 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.115 0.007 0.009 0.009 0.001 66 K 0.003 0.003 0.003 0.004 0.006 0.006 0.043 0.831 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.079 0.007 0.005 0.005 0.001 67 V 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.003 0.026 0.815 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.105 0.008 0.008 0.004 0.001 68 F 0.004 0.004 0.003 0.003 0.004 0.003 0.014 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.051 0.008 0.009 0.003 0.001 69 E 0.007 0.005 0.003 0.005 0.006 0.010 0.016 0.881 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.036 0.006 0.005 0.004 0.001 70 L 0.015 0.017 0.005 0.010 0.019 0.013 0.053 0.663 0.015 0.005 0.002 0.001 0.004 0.007 0.008 0.004 0.124 0.016 0.016 0.005 0.001 71 L 0.011 0.013 0.013 0.017 0.019 0.011 0.100 0.488 0.020 0.010 0.002 0.001 0.004 0.008 0.023 0.009 0.186 0.020 0.027 0.016 0.001 72 N 0.011 0.011 0.022 0.021 0.023 0.031 0.158 0.259 0.028 0.010 0.002 0.001 0.004 0.009 0.019 0.013 0.235 0.054 0.041 0.046 0.001 73 D 0.004 0.007 0.010 0.010 0.042 0.012 0.276 0.094 0.018 0.007 0.002 0.001 0.005 0.007 0.013 0.016 0.278 0.087 0.057 0.053 0.001 74 F 0.004 0.005 0.033 0.024 0.023 0.006 0.101 0.039 0.024 0.010 0.002 0.001 0.003 0.005 0.032 0.018 0.179 0.118 0.196 0.177 0.001 75 K 0.003 0.003 0.023 0.027 0.055 0.003 0.103 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.022 0.377 0.038 0.089 0.214 0.001 76 G 0.007 0.010 0.027 0.018 0.074 0.011 0.409 0.012 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.020 0.015 0.118 0.150 0.037 0.072 0.001 77 G 0.008 0.009 0.068 0.043 0.087 0.005 0.090 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.027 0.036 0.060 0.172 0.216 0.145 0.002 78 I 0.010 0.014 0.161 0.050 0.172 0.002 0.011 0.012 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.004 0.059 0.030 0.065 0.042 0.096 0.255 0.003 79 D 0.012 0.010 0.047 0.056 0.143 0.002 0.014 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.025 0.029 0.044 0.023 0.180 0.381 0.003 80 W 0.003 0.005 0.035 0.055 0.063 0.003 0.031 0.028 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.042 0.007 0.643 0.010 0.018 0.039 0.001 81 E 0.006 0.008 0.052 0.054 0.033 0.004 0.627 0.026 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.017 0.005 0.098 0.022 0.019 0.020 0.001 82 N 0.031 0.023 0.059 0.032 0.117 0.005 0.362 0.017 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.024 0.008 0.030 0.148 0.065 0.064 0.001 83 K 0.026 0.020 0.098 0.111 0.143 0.002 0.065 0.017 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.031 0.037 0.157 0.051 0.053 0.168 0.004 84 R 0.051 0.104 0.063 0.050 0.229 0.004 0.126 0.019 0.001 0.001 0.011 0.011 0.033 0.013 0.065 0.048 0.075 0.035 0.022 0.023 0.014 85 V 0.142 0.198 0.108 0.076 0.086 0.003 0.019 0.033 0.003 0.001 0.027 0.015 0.051 0.038 0.069 0.051 0.009 0.009 0.023 0.011 0.028 86 K 0.121 0.123 0.034 0.049 0.161 0.002 0.006 0.022 0.009 0.001 0.036 0.045 0.100 0.142 0.072 0.025 0.007 0.006 0.009 0.004 0.027 87 L 0.130 0.127 0.029 0.039 0.043 0.002 0.006 0.018 0.013 0.001 0.044 0.045 0.098 0.294 0.044 0.033 0.003 0.004 0.007 0.005 0.016 88 K 0.122 0.111 0.014 0.026 0.128 0.004 0.009 0.059 0.006 0.001 0.018 0.033 0.062 0.158 0.137 0.048 0.010 0.011 0.014 0.013 0.015 89 L 0.064 0.103 0.035 0.059 0.043 0.004 0.011 0.101 0.013 0.001 0.030 0.020 0.056 0.124 0.139 0.067 0.074 0.013 0.020 0.018 0.005 90 N 0.036 0.036 0.016 0.014 0.051 0.010 0.056 0.410 0.008 0.002 0.006 0.007 0.014 0.036 0.088 0.046 0.083 0.016 0.031 0.033 0.002 91 D 0.012 0.015 0.012 0.014 0.013 0.009 0.046 0.576 0.009 0.001 0.003 0.003 0.006 0.013 0.032 0.006 0.191 0.014 0.011 0.012 0.001 92 L 0.004 0.003 0.002 0.003 0.009 0.007 0.039 0.826 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.076 0.007 0.006 0.004 0.001 93 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.006 0.005 0.002 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.002 0.002 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.913 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.002 0.003 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.891 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.001 0.002 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.036 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.008 0.003 0.002 0.001 98 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.846 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.013 0.014 0.007 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.819 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.007 0.007 0.005 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.053 0.769 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.006 0.006 0.008 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.112 0.702 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.018 0.011 0.011 0.001 102 W 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.005 0.060 0.630 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.177 0.043 0.035 0.022 0.001 103 D 0.003 0.003 0.010 0.008 0.014 0.009 0.071 0.601 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.134 0.042 0.050 0.035 0.001 104 R 0.003 0.003 0.013 0.013 0.020 0.014 0.108 0.468 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.254 0.025 0.024 0.028 0.001 105 R 0.004 0.006 0.021 0.025 0.032 0.019 0.192 0.408 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.008 0.127 0.050 0.039 0.035 0.001 106 V 0.008 0.010 0.032 0.035 0.062 0.010 0.092 0.257 0.011 0.006 0.002 0.001 0.003 0.004 0.021 0.022 0.154 0.094 0.112 0.063 0.001 107 K 0.010 0.010 0.071 0.050 0.077 0.011 0.089 0.149 0.014 0.005 0.002 0.002 0.006 0.007 0.051 0.021 0.175 0.065 0.072 0.111 0.002 108 R 0.010 0.011 0.042 0.050 0.088 0.009 0.149 0.058 0.008 0.004 0.002 0.002 0.004 0.005 0.029 0.020 0.169 0.083 0.114 0.144 0.001