# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.013 0.466 0.010 0.071 0.044 0.002 0.001 0.020 0.133 0.180 0.020 0.036 2 A 0.004 0.015 0.522 0.005 0.049 0.035 0.002 0.001 0.020 0.158 0.120 0.041 0.027 3 K 0.008 0.040 0.451 0.008 0.037 0.025 0.004 0.001 0.026 0.191 0.096 0.013 0.099 4 C 0.004 0.035 0.498 0.007 0.026 0.016 0.003 0.003 0.026 0.187 0.026 0.141 0.029 5 P 0.003 0.020 0.579 0.005 0.046 0.025 0.003 0.003 0.042 0.079 0.110 0.009 0.076 6 I 0.004 0.028 0.417 0.018 0.096 0.034 0.006 0.004 0.034 0.132 0.159 0.040 0.027 7 C 0.004 0.023 0.312 0.012 0.112 0.023 0.005 0.002 0.028 0.124 0.298 0.029 0.029 8 G 0.003 0.026 0.354 0.006 0.045 0.020 0.002 0.002 0.016 0.278 0.208 0.009 0.033 9 S 0.001 0.012 0.565 0.003 0.013 0.014 0.001 0.001 0.010 0.314 0.028 0.033 0.005 10 P 0.001 0.023 0.636 0.001 0.038 0.049 0.001 0.001 0.013 0.128 0.062 0.005 0.040 11 L 0.001 0.037 0.481 0.003 0.033 0.142 0.001 0.001 0.007 0.201 0.055 0.025 0.012 12 K 0.001 0.018 0.591 0.002 0.040 0.215 0.001 0.001 0.004 0.075 0.032 0.008 0.014 13 W 0.001 0.001 0.028 0.001 0.059 0.896 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.002 14 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 0.905 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.039 0.001 0.011 0.857 0.001 0.001 0.001 0.019 0.067 0.001 0.001 24 E 0.001 0.002 0.094 0.001 0.012 0.772 0.001 0.001 0.002 0.045 0.067 0.002 0.002 25 N 0.001 0.003 0.180 0.001 0.020 0.673 0.001 0.001 0.003 0.037 0.078 0.002 0.003 26 F 0.001 0.001 0.030 0.001 0.037 0.900 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 0.001 0.002 27 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.100 0.873 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.068 0.903 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.022 0.925 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.001 0.002 30 V 0.001 0.002 0.036 0.001 0.015 0.873 0.001 0.001 0.002 0.014 0.051 0.003 0.002 31 K 0.001 0.002 0.033 0.001 0.015 0.845 0.001 0.001 0.001 0.029 0.071 0.001 0.003 32 D 0.001 0.002 0.105 0.001 0.009 0.793 0.001 0.001 0.001 0.035 0.054 0.001 0.001 33 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 36 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.001 0.001 40 V 0.001 0.001 0.026 0.001 0.011 0.917 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.001 0.002 41 E 0.001 0.001 0.031 0.002 0.025 0.876 0.001 0.001 0.002 0.014 0.041 0.004 0.003 42 E 0.004 0.002 0.021 0.002 0.057 0.826 0.001 0.001 0.003 0.012 0.051 0.004 0.015 43 F 0.011 0.003 0.052 0.005 0.046 0.705 0.004 0.004 0.016 0.023 0.077 0.036 0.019 44 V 0.039 0.010 0.127 0.020 0.046 0.403 0.009 0.008 0.057 0.035 0.116 0.034 0.096 45 F 0.050 0.019 0.216 0.011 0.027 0.148 0.013 0.007 0.040 0.072 0.112 0.195 0.090 46 K 0.035 0.030 0.347 0.010 0.019 0.062 0.009 0.003 0.036 0.109 0.108 0.020 0.211 47 C 0.004 0.014 0.518 0.005 0.010 0.026 0.001 0.001 0.013 0.219 0.042 0.124 0.021 48 P 0.001 0.009 0.467 0.003 0.034 0.051 0.001 0.001 0.011 0.150 0.224 0.004 0.044 49 V 0.002 0.011 0.356 0.006 0.052 0.062 0.001 0.001 0.005 0.170 0.304 0.021 0.010 50 C 0.004 0.015 0.214 0.008 0.079 0.123 0.002 0.001 0.006 0.117 0.388 0.011 0.032 51 G 0.008 0.020 0.232 0.011 0.086 0.229 0.002 0.001 0.009 0.137 0.177 0.025 0.062 52 E 0.007 0.018 0.113 0.008 0.103 0.495 0.001 0.002 0.009 0.064 0.058 0.083 0.039 53 E 0.027 0.017 0.097 0.007 0.105 0.413 0.003 0.002 0.018 0.025 0.083 0.030 0.172 54 F 0.078 0.023 0.084 0.025 0.090 0.364 0.011 0.003 0.014 0.026 0.079 0.124 0.080 55 Y 0.060 0.013 0.136 0.030 0.084 0.195 0.006 0.002 0.013 0.047 0.264 0.066 0.084 56 G 0.027 0.014 0.190 0.023 0.065 0.118 0.004 0.001 0.007 0.115 0.328 0.032 0.077 57 K 0.008 0.012 0.335 0.005 0.050 0.073 0.001 0.001 0.008 0.199 0.165 0.111 0.032 58 T 0.009 0.042 0.367 0.003 0.028 0.029 0.001 0.001 0.006 0.226 0.109 0.015 0.163 59 L 0.001 0.012 0.619 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.237 0.009 0.105 0.007 60 P 0.001 0.012 0.769 0.001 0.025 0.027 0.001 0.001 0.004 0.064 0.048 0.002 0.049 61 R 0.001 0.012 0.405 0.005 0.123 0.217 0.001 0.001 0.003 0.149 0.058 0.021 0.007 62 R 0.001 0.004 0.093 0.001 0.228 0.564 0.001 0.001 0.002 0.041 0.051 0.003 0.013 63 E 0.001 0.004 0.042 0.001 0.172 0.692 0.001 0.001 0.002 0.016 0.059 0.005 0.007 64 A 0.001 0.001 0.026 0.001 0.035 0.896 0.001 0.001 0.003 0.006 0.027 0.002 0.004 65 E 0.001 0.001 0.022 0.001 0.022 0.913 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 0.003 0.006 66 K 0.002 0.001 0.009 0.001 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.006 0.002 67 V 0.003 0.001 0.010 0.001 0.009 0.944 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.001 0.010 68 F 0.010 0.002 0.014 0.006 0.009 0.901 0.001 0.002 0.004 0.005 0.027 0.014 0.004 69 E 0.011 0.002 0.020 0.002 0.017 0.856 0.002 0.001 0.005 0.006 0.045 0.011 0.021 70 L 0.015 0.002 0.036 0.002 0.035 0.769 0.003 0.003 0.008 0.008 0.081 0.009 0.029 71 L 0.010 0.003 0.077 0.009 0.036 0.641 0.001 0.002 0.012 0.033 0.150 0.015 0.010 72 N 0.010 0.006 0.100 0.004 0.056 0.428 0.001 0.001 0.005 0.111 0.236 0.018 0.023 73 D 0.007 0.016 0.215 0.004 0.043 0.240 0.002 0.001 0.006 0.124 0.312 0.008 0.024 74 F 0.003 0.014 0.327 0.008 0.070 0.178 0.001 0.001 0.007 0.184 0.166 0.025 0.016 75 K 0.002 0.006 0.242 0.007 0.104 0.129 0.001 0.001 0.006 0.117 0.364 0.006 0.017 76 G 0.002 0.008 0.203 0.008 0.073 0.065 0.001 0.001 0.009 0.228 0.373 0.015 0.016 77 G 0.012 0.032 0.352 0.005 0.047 0.062 0.004 0.002 0.035 0.202 0.086 0.081 0.080 78 I 0.021 0.164 0.312 0.006 0.020 0.039 0.004 0.003 0.024 0.103 0.025 0.073 0.205 79 D 0.007 0.047 0.579 0.006 0.020 0.032 0.002 0.001 0.016 0.082 0.024 0.108 0.076 80 W 0.003 0.005 0.103 0.009 0.196 0.200 0.001 0.001 0.005 0.031 0.377 0.008 0.062 81 E 0.001 0.002 0.022 0.017 0.101 0.092 0.001 0.001 0.001 0.028 0.724 0.007 0.003 82 N 0.008 0.007 0.156 0.010 0.143 0.093 0.001 0.001 0.004 0.162 0.375 0.011 0.031 83 K 0.016 0.012 0.318 0.024 0.029 0.136 0.001 0.001 0.009 0.157 0.191 0.058 0.047 84 R 0.109 0.036 0.228 0.013 0.027 0.058 0.007 0.002 0.023 0.064 0.048 0.070 0.316 85 V 0.181 0.010 0.168 0.037 0.010 0.055 0.024 0.006 0.053 0.052 0.023 0.219 0.163 86 K 0.242 0.006 0.071 0.031 0.005 0.044 0.031 0.016 0.056 0.019 0.012 0.214 0.252 87 L 0.252 0.009 0.071 0.010 0.004 0.078 0.049 0.028 0.064 0.012 0.009 0.142 0.272 88 K 0.122 0.008 0.163 0.025 0.006 0.156 0.037 0.019 0.099 0.020 0.017 0.159 0.170 89 L 0.042 0.004 0.073 0.009 0.028 0.557 0.006 0.007 0.036 0.023 0.046 0.031 0.139 90 N 0.005 0.002 0.095 0.015 0.025 0.663 0.002 0.002 0.029 0.047 0.089 0.012 0.014 91 D 0.002 0.002 0.040 0.002 0.038 0.831 0.001 0.001 0.007 0.024 0.039 0.006 0.007 92 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.017 0.939 0.001 0.001 0.004 0.004 0.015 0.001 0.005 93 L 0.006 0.002 0.009 0.002 0.019 0.914 0.001 0.001 0.004 0.005 0.024 0.008 0.004 94 A 0.005 0.001 0.010 0.001 0.009 0.935 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 0.002 0.007 95 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 96 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.049 0.001 0.001 98 M 0.001 0.001 0.018 0.001 0.016 0.902 0.001 0.001 0.001 0.012 0.048 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.034 0.001 0.020 0.913 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.024 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 102 W 0.001 0.001 0.013 0.001 0.014 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 103 D 0.001 0.001 0.042 0.001 0.028 0.886 0.001 0.001 0.003 0.009 0.024 0.001 0.004 104 R 0.001 0.001 0.018 0.001 0.084 0.839 0.001 0.001 0.002 0.008 0.044 0.001 0.002 105 R 0.001 0.001 0.047 0.001 0.057 0.692 0.001 0.001 0.010 0.015 0.169 0.003 0.005 106 V 0.003 0.013 0.168 0.001 0.040 0.530 0.001 0.001 0.017 0.057 0.126 0.020 0.022 107 K 0.003 0.030 0.435 0.003 0.019 0.212 0.002 0.001 0.013 0.134 0.111 0.014 0.025 108 R 0.001 0.008 0.614 0.002 0.025 0.107 0.001 0.001 0.005 0.119 0.097 0.011 0.011