# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.037 0.096 0.144 0.355 0.013 0.044 0.017 0.016 0.030 0.008 0.032 0.059 0.082 0.005 0.016 0.047 2 A 0.056 0.029 0.248 0.286 0.015 0.099 0.024 0.010 0.009 0.007 0.030 0.029 0.118 0.009 0.009 0.020 3 K 0.018 0.292 0.166 0.388 0.003 0.020 0.005 0.014 0.009 0.002 0.008 0.010 0.032 0.001 0.005 0.028 4 C 0.021 0.013 0.096 0.406 0.014 0.305 0.022 0.003 0.010 0.009 0.016 0.011 0.060 0.003 0.002 0.009 5 P 0.025 0.106 0.154 0.120 0.079 0.107 0.009 0.028 0.002 0.002 0.240 0.027 0.086 0.005 0.005 0.007 6 I 0.003 0.035 0.008 0.091 0.322 0.029 0.077 0.019 0.005 0.006 0.046 0.086 0.016 0.252 0.003 0.002 7 C 0.008 0.036 0.034 0.046 0.006 0.023 0.016 0.283 0.010 0.003 0.019 0.018 0.041 0.003 0.445 0.009 8 G 0.010 0.036 0.046 0.044 0.006 0.010 0.015 0.004 0.163 0.114 0.022 0.014 0.032 0.003 0.008 0.473 9 S 0.761 0.006 0.042 0.051 0.003 0.034 0.005 0.005 0.003 0.003 0.013 0.032 0.031 0.002 0.003 0.006 10 P 0.028 0.111 0.507 0.102 0.005 0.080 0.011 0.005 0.008 0.002 0.043 0.022 0.047 0.002 0.003 0.023 11 L 0.022 0.119 0.139 0.424 0.002 0.060 0.002 0.009 0.003 0.007 0.044 0.109 0.050 0.001 0.003 0.008 12 K 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.026 0.001 0.001 0.001 13 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.028 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.001 0.002 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.005 20 M 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.005 0.002 0.012 21 L 0.002 0.003 0.033 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.913 0.004 0.009 0.021 22 I 0.002 0.004 0.021 0.012 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.865 0.023 0.003 0.040 23 I 0.008 0.009 0.032 0.010 0.008 0.034 0.029 0.003 0.001 0.001 0.041 0.008 0.717 0.065 0.017 0.018 24 E 0.004 0.072 0.042 0.023 0.003 0.029 0.015 0.020 0.002 0.003 0.077 0.084 0.489 0.019 0.079 0.039 25 N 0.006 0.015 0.010 0.006 0.001 0.141 0.005 0.004 0.007 0.005 0.047 0.129 0.544 0.007 0.021 0.053 26 F 0.010 0.006 0.010 0.002 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.271 0.049 0.618 0.003 0.004 0.013 27 E 0.005 0.021 0.013 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.347 0.581 0.001 0.004 0.003 28 E 0.001 0.006 0.017 0.008 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.919 0.001 0.001 0.021 29 I 0.001 0.002 0.027 0.008 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.927 0.002 0.001 0.007 30 V 0.001 0.004 0.019 0.010 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.919 0.003 0.002 0.003 31 K 0.001 0.015 0.015 0.016 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.020 0.882 0.003 0.005 0.014 32 D 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.862 0.002 0.001 0.012 33 R 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.012 0.785 0.002 0.001 0.003 34 E 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.329 0.640 0.002 0.004 0.001 35 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.977 0.001 0.001 0.007 36 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.987 0.001 0.001 0.004 37 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 38 A 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.006 39 Q 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.923 0.007 0.001 0.040 40 V 0.003 0.002 0.049 0.003 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.867 0.012 0.013 0.004 41 E 0.004 0.069 0.030 0.021 0.001 0.012 0.009 0.005 0.001 0.001 0.020 0.036 0.720 0.018 0.025 0.029 42 E 0.031 0.056 0.057 0.135 0.001 0.009 0.011 0.003 0.009 0.002 0.011 0.028 0.475 0.015 0.024 0.134 43 F 0.024 0.010 0.477 0.088 0.003 0.021 0.021 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.274 0.008 0.014 0.048 44 V 0.028 0.029 0.398 0.347 0.008 0.021 0.013 0.005 0.001 0.001 0.010 0.004 0.093 0.005 0.009 0.026 45 F 0.016 0.039 0.096 0.659 0.021 0.076 0.008 0.007 0.003 0.003 0.005 0.009 0.037 0.008 0.003 0.009 46 K 0.007 0.142 0.129 0.637 0.003 0.023 0.002 0.010 0.004 0.002 0.003 0.002 0.015 0.001 0.003 0.016 47 C 0.005 0.006 0.023 0.098 0.005 0.815 0.003 0.002 0.003 0.004 0.011 0.004 0.018 0.001 0.001 0.003 48 P 0.008 0.106 0.022 0.031 0.020 0.057 0.002 0.006 0.001 0.001 0.696 0.018 0.027 0.001 0.001 0.003 49 V 0.003 0.115 0.010 0.074 0.111 0.023 0.056 0.013 0.003 0.003 0.054 0.415 0.016 0.099 0.003 0.002 50 C 0.006 0.024 0.099 0.034 0.002 0.047 0.012 0.122 0.006 0.002 0.024 0.033 0.131 0.002 0.441 0.012 51 G 0.008 0.024 0.023 0.022 0.006 0.049 0.007 0.004 0.078 0.106 0.127 0.055 0.268 0.005 0.006 0.210 52 E 0.409 0.028 0.019 0.053 0.003 0.009 0.005 0.004 0.002 0.001 0.091 0.185 0.173 0.007 0.006 0.005 53 E 0.007 0.045 0.218 0.050 0.009 0.045 0.014 0.006 0.005 0.002 0.019 0.112 0.437 0.004 0.009 0.020 54 F 0.006 0.012 0.046 0.060 0.117 0.047 0.154 0.005 0.001 0.004 0.033 0.016 0.323 0.160 0.002 0.015 55 Y 0.008 0.032 0.026 0.045 0.003 0.022 0.004 0.241 0.004 0.003 0.042 0.034 0.181 0.002 0.346 0.006 56 G 0.006 0.020 0.022 0.047 0.008 0.027 0.019 0.002 0.148 0.094 0.023 0.061 0.207 0.017 0.004 0.296 57 K 0.460 0.024 0.102 0.079 0.001 0.013 0.007 0.007 0.001 0.001 0.034 0.020 0.213 0.003 0.015 0.019 58 T 0.010 0.107 0.560 0.098 0.001 0.027 0.012 0.001 0.008 0.002 0.004 0.016 0.064 0.002 0.003 0.084 59 L 0.063 0.030 0.324 0.341 0.006 0.061 0.024 0.002 0.001 0.002 0.016 0.008 0.103 0.002 0.003 0.014 60 P 0.004 0.024 0.054 0.081 0.012 0.666 0.005 0.009 0.001 0.001 0.024 0.036 0.076 0.004 0.002 0.003 61 R 0.002 0.031 0.004 0.022 0.005 0.069 0.001 0.008 0.002 0.001 0.720 0.048 0.078 0.001 0.003 0.003 62 R 0.002 0.022 0.004 0.009 0.001 0.017 0.002 0.002 0.002 0.001 0.072 0.778 0.082 0.003 0.002 0.003 63 E 0.005 0.012 0.019 0.008 0.001 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.053 0.115 0.741 0.001 0.015 0.012 64 A 0.001 0.002 0.014 0.003 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.042 0.890 0.001 0.001 0.007 65 E 0.004 0.011 0.019 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.026 0.910 0.001 0.001 0.002 66 K 0.001 0.001 0.009 0.010 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.923 0.001 0.001 0.004 67 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 68 F 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.001 0.004 70 L 0.001 0.004 0.007 0.011 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.862 0.055 0.007 0.025 71 L 0.004 0.005 0.021 0.010 0.002 0.008 0.018 0.003 0.001 0.001 0.005 0.010 0.799 0.041 0.058 0.015 72 N 0.009 0.015 0.024 0.013 0.003 0.015 0.027 0.006 0.002 0.003 0.016 0.009 0.719 0.033 0.037 0.072 73 D 0.052 0.056 0.039 0.028 0.009 0.024 0.059 0.010 0.010 0.005 0.043 0.021 0.362 0.055 0.054 0.173 74 F 0.018 0.014 0.082 0.013 0.068 0.019 0.367 0.008 0.004 0.005 0.032 0.023 0.106 0.199 0.025 0.018 75 K 0.022 0.049 0.099 0.042 0.037 0.017 0.176 0.134 0.005 0.004 0.028 0.020 0.060 0.059 0.231 0.017 76 G 0.036 0.025 0.058 0.132 0.005 0.037 0.019 0.062 0.120 0.086 0.038 0.025 0.082 0.003 0.068 0.205 77 G 0.363 0.046 0.135 0.136 0.006 0.019 0.009 0.003 0.060 0.019 0.020 0.037 0.036 0.004 0.003 0.104 78 I 0.155 0.037 0.301 0.352 0.003 0.027 0.004 0.008 0.003 0.002 0.022 0.047 0.029 0.001 0.005 0.004 79 D 0.002 0.023 0.029 0.044 0.008 0.823 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.021 0.033 0.001 0.001 0.003 80 W 0.003 0.022 0.005 0.026 0.017 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.863 0.006 0.023 0.002 0.001 0.003 81 E 0.003 0.105 0.016 0.024 0.004 0.021 0.006 0.030 0.004 0.002 0.017 0.719 0.022 0.005 0.017 0.003 82 N 0.016 0.047 0.142 0.057 0.005 0.052 0.049 0.012 0.069 0.011 0.046 0.031 0.217 0.013 0.070 0.162 83 K 0.187 0.097 0.257 0.100 0.001 0.016 0.007 0.008 0.013 0.003 0.041 0.039 0.113 0.001 0.019 0.100 84 R 0.078 0.073 0.590 0.165 0.001 0.015 0.007 0.001 0.005 0.001 0.003 0.010 0.024 0.001 0.001 0.027 85 V 0.022 0.009 0.416 0.486 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 86 K 0.002 0.038 0.092 0.832 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 87 L 0.003 0.004 0.011 0.924 0.011 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 88 K 0.001 0.030 0.021 0.248 0.087 0.519 0.004 0.014 0.002 0.002 0.015 0.018 0.036 0.002 0.001 0.001 89 L 0.002 0.024 0.003 0.112 0.062 0.080 0.005 0.050 0.004 0.008 0.556 0.032 0.052 0.003 0.004 0.001 90 N 0.003 0.044 0.006 0.044 0.002 0.066 0.002 0.026 0.015 0.010 0.048 0.554 0.168 0.001 0.007 0.005 91 D 0.009 0.013 0.008 0.013 0.001 0.019 0.003 0.001 0.007 0.006 0.127 0.061 0.693 0.001 0.002 0.035 92 L 0.013 0.007 0.031 0.011 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.040 0.183 0.689 0.003 0.002 0.004 93 L 0.001 0.009 0.024 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.053 0.876 0.001 0.002 0.003 94 A 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.945 0.001 0.001 0.006 95 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.022 0.949 0.003 0.001 0.001 96 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.965 0.001 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.971 0.001 0.001 0.007 98 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.984 0.001 0.001 0.004 99 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.974 0.002 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.981 0.001 0.001 0.003 101 E 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.944 0.006 0.001 0.021 102 W 0.002 0.004 0.025 0.005 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.919 0.002 0.009 0.014 103 D 0.002 0.004 0.016 0.004 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.909 0.007 0.002 0.011 104 R 0.006 0.010 0.025 0.015 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.059 0.006 0.841 0.005 0.009 0.016 105 R 0.006 0.048 0.072 0.041 0.002 0.026 0.023 0.001 0.003 0.001 0.006 0.106 0.543 0.040 0.013 0.070 106 V 0.010 0.007 0.113 0.032 0.009 0.017 0.121 0.002 0.001 0.001 0.020 0.004 0.587 0.033 0.022 0.023 107 K 0.011 0.077 0.094 0.061 0.032 0.050 0.090 0.045 0.003 0.003 0.025 0.035 0.290 0.085 0.061 0.040 108 R 0.038 0.045 0.049 0.103 0.026 0.054 0.064 0.062 0.036 0.018 0.076 0.034 0.180 0.054 0.083 0.078