# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.068 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.039 0.087 0.767 2 A 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.024 0.159 0.661 3 K 0.007 0.006 0.003 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.021 0.130 0.705 4 C 0.077 0.010 0.020 0.001 0.033 0.009 0.004 0.005 0.002 0.003 0.004 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.114 0.072 0.144 0.491 5 P 0.287 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.086 0.048 0.095 0.462 6 I 0.190 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.036 0.080 0.626 7 C 0.021 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.020 0.127 0.733 8 G 0.067 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.020 0.067 0.759 9 S 0.245 0.197 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.046 0.065 0.359 10 P 0.066 0.269 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.038 0.079 0.516 11 L 0.030 0.412 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.053 0.048 0.064 0.375 12 K 0.033 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.010 0.047 13 W 0.018 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.010 14 E 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 0.012 15 E 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.003 0.015 16 L 0.011 0.936 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.003 0.010 17 I 0.033 0.925 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.003 0.012 18 E 0.025 0.828 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.009 0.087 19 E 0.053 0.796 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 0.014 0.084 20 M 0.097 0.587 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.108 0.037 0.145 21 L 0.062 0.209 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.278 0.059 0.348 22 I 0.104 0.229 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.087 0.067 0.490 23 I 0.091 0.195 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.041 0.099 0.544 24 E 0.028 0.281 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.031 0.094 0.540 25 N 0.056 0.630 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.042 0.232 26 F 0.103 0.766 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.021 0.078 27 E 0.120 0.593 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.074 0.025 0.160 28 E 0.112 0.416 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.074 0.034 0.303 29 I 0.140 0.331 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.057 0.071 0.352 30 V 0.053 0.270 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.105 0.078 0.420 31 K 0.008 0.443 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.062 0.441 32 D 0.067 0.866 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.005 0.035 33 R 0.016 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.010 34 E 0.024 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.003 0.026 35 R 0.031 0.737 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.109 0.014 0.092 36 F 0.074 0.773 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.071 0.013 0.055 37 L 0.145 0.579 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.097 0.032 0.130 38 A 0.045 0.440 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.045 0.057 0.392 39 Q 0.075 0.347 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.092 0.067 0.370 40 V 0.319 0.186 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.139 0.076 0.236 41 E 0.142 0.100 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.070 0.100 0.527 42 E 0.015 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.039 0.079 0.767 43 F 0.025 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.432 0.075 0.088 0.356 44 V 0.044 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.076 0.096 0.560 45 F 0.006 0.006 0.002 0.001 0.008 0.016 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.035 0.095 0.518 46 K 0.009 0.012 0.007 0.001 0.016 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.044 0.095 0.581 47 C 0.194 0.024 0.017 0.001 0.025 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.088 0.105 0.424 48 P 0.253 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.028 0.092 0.562 49 V 0.075 0.023 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.029 0.079 0.747 50 C 0.051 0.065 0.003 0.001 0.004 0.005 0.005 0.002 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.062 0.114 0.582 51 G 0.133 0.117 0.003 0.001 0.004 0.004 0.002 0.003 0.034 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.140 0.062 0.404 52 E 0.153 0.060 0.009 0.002 0.009 0.003 0.003 0.004 0.045 0.049 0.049 0.004 0.012 0.003 0.001 0.001 0.048 0.132 0.062 0.351 53 E 0.130 0.026 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.013 0.007 0.003 0.001 0.051 0.039 0.086 0.625 54 F 0.121 0.021 0.010 0.001 0.013 0.011 0.002 0.014 0.001 0.003 0.008 0.010 0.026 0.033 0.022 0.007 0.060 0.139 0.087 0.409 55 Y 0.062 0.015 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.005 0.091 0.115 0.106 0.579 56 G 0.106 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.049 0.073 0.716 57 K 0.015 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.123 0.053 0.094 0.674 58 T 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.014 0.108 0.784 59 L 0.065 0.111 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.002 0.006 0.007 0.004 0.003 0.066 0.068 0.111 0.530 60 P 0.162 0.491 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.072 0.032 0.216 61 R 0.095 0.749 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.017 0.100 62 R 0.062 0.777 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.052 0.013 0.087 63 E 0.048 0.682 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.110 0.022 0.114 64 A 0.035 0.820 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.058 0.014 0.056 65 E 0.015 0.742 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.072 0.027 0.100 66 K 0.017 0.830 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.036 0.012 0.071 67 V 0.023 0.792 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.034 0.023 0.074 68 F 0.049 0.345 0.032 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.245 0.043 0.153 69 E 0.128 0.227 0.028 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.186 0.065 0.268 70 L 0.089 0.161 0.038 0.003 0.005 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.107 0.103 0.407 71 L 0.214 0.050 0.032 0.001 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.125 0.099 0.401 72 N 0.067 0.024 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.079 0.115 0.657 73 D 0.071 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.027 0.110 0.751 74 F 0.111 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.065 0.116 0.599 75 K 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.047 0.118 0.721 76 G 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.120 0.035 0.132 0.661 77 G 0.021 0.013 0.002 0.001 0.004 0.011 0.014 0.004 0.013 0.013 0.009 0.002 0.009 0.004 0.004 0.003 0.124 0.045 0.117 0.586 78 I 0.011 0.013 0.009 0.001 0.024 0.014 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.008 0.007 0.006 0.091 0.056 0.156 0.578 79 D 0.234 0.041 0.018 0.002 0.033 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.007 0.003 0.095 0.176 0.072 0.284 80 W 0.450 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.051 0.062 0.398 81 E 0.083 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.039 0.072 0.723 82 N 0.030 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.045 0.103 0.667 83 K 0.011 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.216 0.056 0.110 0.527 84 R 0.008 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.021 0.030 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.284 0.094 0.063 0.435 85 V 0.005 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.020 0.012 0.006 0.003 0.468 0.087 0.059 0.299 86 K 0.012 0.035 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.027 0.027 0.007 0.481 0.122 0.035 0.221 87 L 0.005 0.067 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.507 0.053 0.052 0.293 88 K 0.060 0.294 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.076 0.030 0.203 89 L 0.128 0.537 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.066 0.034 0.153 90 N 0.024 0.696 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.040 0.028 0.181 91 D 0.023 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.005 0.034 92 L 0.025 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.006 0.022 93 L 0.013 0.436 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.444 0.015 0.056 94 A 0.011 0.813 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.098 0.012 0.046 95 L 0.031 0.894 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.011 0.028 96 E 0.013 0.822 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.046 0.020 0.084 97 T 0.012 0.843 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.016 0.097 98 M 0.034 0.874 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.010 0.045 99 L 0.082 0.800 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.011 0.048 100 E 0.046 0.732 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.021 0.164 101 E 0.049 0.641 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.068 0.032 0.187 102 W 0.083 0.499 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.108 0.058 0.217 103 D 0.129 0.419 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.145 0.041 0.218 104 R 0.170 0.127 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.081 0.061 0.506 105 R 0.082 0.039 0.021 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.129 0.067 0.573 106 V 0.137 0.011 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.062 0.080 0.627 107 K 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.023 0.078 0.822 108 R 0.042 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.023 0.090 0.781