# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.043 0.006 0.002 0.018 0.015 0.029 0.106 0.001 0.001 0.038 0.742 2 A 0.004 0.004 0.001 0.044 0.071 0.119 0.170 0.001 0.001 0.018 0.568 3 K 0.019 0.014 0.001 0.041 0.030 0.053 0.106 0.002 0.001 0.027 0.707 4 C 0.080 0.010 0.003 0.048 0.093 0.078 0.117 0.006 0.001 0.064 0.499 5 P 0.173 0.013 0.002 0.059 0.026 0.041 0.094 0.005 0.001 0.052 0.535 6 I 0.082 0.003 0.001 0.052 0.028 0.049 0.110 0.001 0.001 0.041 0.633 7 C 0.006 0.004 0.001 0.069 0.019 0.030 0.120 0.001 0.001 0.014 0.736 8 G 0.098 0.035 0.002 0.016 0.014 0.014 0.070 0.004 0.001 0.023 0.725 9 S 0.222 0.114 0.001 0.010 0.022 0.019 0.089 0.008 0.001 0.044 0.472 10 P 0.021 0.284 0.001 0.006 0.004 0.007 0.067 0.002 0.001 0.039 0.569 11 L 0.010 0.306 0.001 0.015 0.019 0.041 0.089 0.003 0.001 0.061 0.456 12 K 0.019 0.885 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.004 0.001 0.024 0.055 13 W 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.012 14 E 0.006 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.045 0.017 15 E 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.007 16 L 0.016 0.927 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.003 0.020 0.013 17 I 0.056 0.867 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.004 0.016 0.014 18 E 0.070 0.787 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.004 0.030 0.088 19 E 0.050 0.688 0.007 0.001 0.001 0.002 0.019 0.009 0.003 0.019 0.199 20 M 0.106 0.485 0.021 0.002 0.003 0.005 0.048 0.019 0.012 0.063 0.236 21 L 0.055 0.163 0.031 0.008 0.008 0.010 0.076 0.009 0.009 0.105 0.526 22 I 0.119 0.222 0.004 0.008 0.004 0.007 0.047 0.008 0.002 0.038 0.541 23 I 0.150 0.275 0.005 0.014 0.006 0.005 0.058 0.008 0.002 0.053 0.425 24 E 0.016 0.209 0.008 0.018 0.005 0.010 0.074 0.005 0.002 0.039 0.614 25 N 0.075 0.662 0.002 0.008 0.003 0.006 0.022 0.005 0.001 0.020 0.197 26 F 0.069 0.721 0.001 0.005 0.003 0.003 0.017 0.007 0.001 0.017 0.156 27 E 0.035 0.586 0.005 0.007 0.012 0.020 0.034 0.004 0.001 0.075 0.223 28 E 0.050 0.598 0.005 0.021 0.007 0.025 0.028 0.008 0.002 0.083 0.174 29 I 0.096 0.477 0.007 0.019 0.010 0.012 0.036 0.015 0.003 0.104 0.221 30 V 0.074 0.474 0.012 0.018 0.028 0.023 0.037 0.008 0.002 0.085 0.240 31 K 0.023 0.528 0.004 0.006 0.008 0.016 0.032 0.004 0.001 0.056 0.321 32 D 0.030 0.859 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.006 0.001 0.016 0.074 33 R 0.023 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.007 0.029 34 E 0.034 0.834 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.043 0.069 35 R 0.021 0.818 0.006 0.003 0.002 0.003 0.012 0.004 0.002 0.048 0.081 36 F 0.053 0.781 0.009 0.002 0.002 0.004 0.013 0.018 0.004 0.044 0.071 37 L 0.188 0.592 0.016 0.003 0.004 0.004 0.014 0.012 0.004 0.074 0.089 38 A 0.036 0.344 0.015 0.004 0.007 0.012 0.048 0.004 0.004 0.068 0.459 39 Q 0.054 0.382 0.017 0.008 0.009 0.022 0.055 0.008 0.003 0.059 0.384 40 V 0.261 0.261 0.012 0.006 0.009 0.015 0.065 0.022 0.007 0.042 0.300 41 E 0.115 0.122 0.008 0.014 0.027 0.041 0.076 0.005 0.002 0.057 0.534 42 E 0.032 0.033 0.004 0.033 0.014 0.046 0.076 0.003 0.002 0.050 0.708 43 F 0.053 0.018 0.004 0.167 0.102 0.121 0.092 0.004 0.001 0.064 0.374 44 V 0.034 0.005 0.002 0.163 0.055 0.086 0.082 0.002 0.001 0.067 0.503 45 F 0.004 0.002 0.001 0.133 0.143 0.156 0.098 0.001 0.001 0.022 0.442 46 K 0.014 0.009 0.001 0.127 0.058 0.077 0.064 0.001 0.001 0.024 0.624 47 C 0.085 0.016 0.003 0.060 0.098 0.069 0.108 0.006 0.001 0.068 0.485 48 P 0.127 0.046 0.002 0.027 0.031 0.036 0.096 0.005 0.001 0.043 0.586 49 V 0.087 0.033 0.002 0.030 0.023 0.041 0.089 0.003 0.001 0.035 0.656 50 C 0.034 0.040 0.003 0.023 0.022 0.053 0.107 0.003 0.001 0.030 0.684 51 G 0.258 0.100 0.003 0.013 0.017 0.026 0.065 0.012 0.001 0.039 0.466 52 E 0.137 0.033 0.006 0.009 0.085 0.088 0.072 0.004 0.001 0.097 0.469 53 E 0.029 0.025 0.002 0.017 0.051 0.081 0.083 0.002 0.001 0.037 0.672 54 F 0.104 0.007 0.008 0.018 0.090 0.103 0.076 0.004 0.001 0.081 0.507 55 Y 0.034 0.004 0.001 0.063 0.137 0.132 0.086 0.003 0.001 0.033 0.506 56 G 0.068 0.002 0.001 0.011 0.026 0.030 0.060 0.001 0.001 0.021 0.779 57 K 0.001 0.001 0.001 0.007 0.104 0.111 0.147 0.001 0.001 0.006 0.623 58 T 0.012 0.011 0.001 0.020 0.009 0.020 0.087 0.001 0.001 0.023 0.818 59 L 0.018 0.013 0.001 0.010 0.031 0.023 0.191 0.002 0.001 0.041 0.669 60 P 0.115 0.276 0.002 0.020 0.003 0.006 0.066 0.010 0.001 0.040 0.460 61 R 0.195 0.308 0.004 0.011 0.005 0.007 0.045 0.012 0.002 0.049 0.364 62 R 0.112 0.430 0.006 0.011 0.003 0.007 0.044 0.006 0.001 0.055 0.324 63 E 0.047 0.690 0.002 0.008 0.003 0.006 0.022 0.005 0.001 0.023 0.194 64 A 0.013 0.842 0.003 0.002 0.004 0.007 0.012 0.002 0.001 0.015 0.098 65 E 0.018 0.786 0.002 0.003 0.010 0.021 0.018 0.002 0.001 0.041 0.100 66 K 0.013 0.889 0.001 0.003 0.008 0.019 0.006 0.001 0.001 0.018 0.042 67 V 0.020 0.839 0.002 0.004 0.008 0.020 0.011 0.009 0.001 0.021 0.067 68 F 0.050 0.178 0.026 0.027 0.093 0.080 0.027 0.004 0.002 0.417 0.096 69 E 0.057 0.324 0.011 0.060 0.073 0.112 0.034 0.004 0.003 0.106 0.215 70 L 0.169 0.336 0.009 0.023 0.027 0.036 0.048 0.022 0.003 0.064 0.264 71 L 0.323 0.117 0.029 0.023 0.026 0.039 0.063 0.047 0.022 0.060 0.251 72 N 0.136 0.064 0.016 0.022 0.029 0.046 0.072 0.005 0.004 0.050 0.558 73 D 0.048 0.018 0.005 0.019 0.018 0.028 0.070 0.004 0.001 0.035 0.754 74 F 0.201 0.041 0.005 0.041 0.048 0.038 0.155 0.009 0.001 0.052 0.407 75 K 0.040 0.021 0.003 0.018 0.019 0.033 0.120 0.005 0.001 0.041 0.700 76 G 0.022 0.016 0.001 0.029 0.019 0.045 0.130 0.002 0.001 0.025 0.712 77 G 0.028 0.023 0.002 0.038 0.053 0.076 0.112 0.002 0.001 0.070 0.596 78 I 0.012 0.010 0.006 0.026 0.084 0.098 0.126 0.002 0.002 0.077 0.557 79 D 0.302 0.033 0.005 0.026 0.042 0.063 0.072 0.008 0.002 0.070 0.376 80 W 0.436 0.011 0.003 0.009 0.011 0.015 0.054 0.006 0.001 0.056 0.397 81 E 0.027 0.011 0.002 0.017 0.019 0.047 0.121 0.001 0.001 0.032 0.722 82 N 0.022 0.012 0.002 0.016 0.020 0.042 0.073 0.001 0.001 0.038 0.774 83 K 0.006 0.013 0.001 0.060 0.281 0.227 0.093 0.001 0.001 0.029 0.290 84 R 0.005 0.033 0.001 0.078 0.097 0.261 0.059 0.001 0.001 0.066 0.399 85 V 0.003 0.021 0.001 0.077 0.366 0.319 0.031 0.001 0.001 0.014 0.168 86 K 0.008 0.035 0.001 0.252 0.167 0.271 0.020 0.001 0.001 0.129 0.116 87 L 0.003 0.036 0.002 0.134 0.342 0.209 0.040 0.001 0.001 0.042 0.191 88 K 0.121 0.570 0.002 0.037 0.059 0.078 0.015 0.007 0.001 0.032 0.079 89 L 0.076 0.708 0.003 0.022 0.015 0.024 0.018 0.009 0.001 0.029 0.095 90 N 0.012 0.827 0.002 0.004 0.008 0.020 0.014 0.002 0.001 0.019 0.092 91 D 0.025 0.862 0.001 0.008 0.007 0.024 0.007 0.003 0.001 0.023 0.039 92 L 0.026 0.781 0.001 0.005 0.010 0.014 0.017 0.006 0.001 0.058 0.081 93 L 0.011 0.194 0.010 0.018 0.036 0.040 0.019 0.003 0.001 0.614 0.054 94 A 0.013 0.541 0.016 0.017 0.014 0.014 0.018 0.006 0.003 0.228 0.130 95 L 0.043 0.909 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.009 0.001 0.013 0.015 96 E 0.047 0.767 0.007 0.001 0.001 0.002 0.010 0.020 0.006 0.071 0.068 97 T 0.037 0.778 0.009 0.001 0.001 0.003 0.018 0.006 0.003 0.039 0.104 98 M 0.037 0.733 0.012 0.002 0.001 0.003 0.017 0.018 0.004 0.046 0.127 99 L 0.148 0.589 0.019 0.003 0.002 0.002 0.027 0.025 0.006 0.080 0.098 100 E 0.068 0.615 0.006 0.002 0.002 0.004 0.031 0.006 0.003 0.048 0.216 101 E 0.038 0.571 0.007 0.004 0.001 0.003 0.032 0.009 0.002 0.045 0.288 102 W 0.060 0.535 0.014 0.007 0.006 0.011 0.062 0.017 0.005 0.069 0.214 103 D 0.210 0.345 0.012 0.006 0.007 0.012 0.044 0.018 0.009 0.070 0.268 104 R 0.130 0.154 0.011 0.016 0.029 0.030 0.064 0.009 0.004 0.076 0.478 105 R 0.094 0.050 0.020 0.023 0.024 0.056 0.084 0.010 0.007 0.111 0.520 106 V 0.132 0.016 0.008 0.023 0.030 0.039 0.118 0.005 0.003 0.057 0.568 107 K 0.066 0.010 0.002 0.019 0.023 0.030 0.090 0.002 0.001 0.026 0.730 108 R 0.032 0.008 0.001 0.012 0.017 0.026 0.100 0.001 0.001 0.020 0.781