# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.063 0.006 0.014 0.025 0.050 0.102 0.037 0.705 2 A 0.014 0.006 0.035 0.065 0.083 0.136 0.019 0.643 3 K 0.022 0.017 0.036 0.042 0.075 0.092 0.042 0.675 4 C 0.049 0.009 0.065 0.078 0.068 0.127 0.057 0.547 5 P 0.057 0.008 0.114 0.055 0.096 0.100 0.051 0.520 6 I 0.061 0.005 0.069 0.047 0.062 0.113 0.068 0.576 7 C 0.032 0.008 0.095 0.017 0.026 0.125 0.033 0.665 8 G 0.069 0.017 0.036 0.010 0.018 0.118 0.048 0.683 9 S 0.075 0.076 0.046 0.025 0.026 0.130 0.086 0.536 10 P 0.054 0.172 0.029 0.009 0.017 0.114 0.032 0.573 11 L 0.027 0.256 0.025 0.020 0.020 0.105 0.095 0.453 12 K 0.011 0.874 0.004 0.002 0.003 0.016 0.036 0.054 13 W 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 14 E 0.007 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.009 15 E 0.006 0.940 0.002 0.001 0.001 0.004 0.037 0.011 16 L 0.016 0.863 0.008 0.001 0.001 0.003 0.095 0.013 17 I 0.039 0.869 0.009 0.001 0.002 0.006 0.051 0.023 18 E 0.070 0.605 0.008 0.002 0.002 0.034 0.058 0.221 19 E 0.033 0.656 0.014 0.002 0.003 0.027 0.060 0.206 20 M 0.038 0.590 0.018 0.004 0.007 0.050 0.097 0.195 21 L 0.050 0.188 0.062 0.008 0.010 0.079 0.314 0.289 22 I 0.084 0.345 0.035 0.006 0.011 0.053 0.088 0.378 23 I 0.131 0.324 0.031 0.007 0.010 0.061 0.051 0.386 24 E 0.031 0.284 0.057 0.009 0.015 0.098 0.048 0.458 25 N 0.068 0.578 0.008 0.003 0.005 0.040 0.072 0.226 26 F 0.111 0.586 0.009 0.002 0.004 0.025 0.136 0.126 27 E 0.052 0.496 0.012 0.006 0.009 0.059 0.112 0.255 28 E 0.041 0.398 0.034 0.011 0.023 0.060 0.127 0.305 29 I 0.099 0.362 0.041 0.012 0.015 0.045 0.160 0.266 30 V 0.077 0.327 0.029 0.015 0.020 0.076 0.086 0.369 31 K 0.014 0.253 0.011 0.003 0.006 0.077 0.034 0.601 32 D 0.035 0.836 0.004 0.001 0.001 0.011 0.056 0.056 33 R 0.030 0.917 0.002 0.001 0.001 0.006 0.019 0.025 34 E 0.028 0.871 0.002 0.001 0.001 0.008 0.034 0.055 35 R 0.027 0.784 0.006 0.001 0.002 0.016 0.101 0.063 36 F 0.044 0.722 0.017 0.003 0.004 0.016 0.132 0.063 37 L 0.120 0.551 0.015 0.005 0.006 0.030 0.125 0.148 38 A 0.047 0.359 0.013 0.006 0.009 0.056 0.040 0.471 39 Q 0.051 0.302 0.028 0.011 0.017 0.070 0.062 0.459 40 V 0.150 0.128 0.036 0.010 0.013 0.101 0.195 0.368 41 E 0.075 0.069 0.030 0.022 0.030 0.117 0.122 0.535 42 E 0.021 0.034 0.044 0.009 0.030 0.083 0.044 0.735 43 F 0.025 0.021 0.179 0.094 0.107 0.096 0.076 0.402 44 V 0.032 0.007 0.170 0.071 0.103 0.093 0.091 0.433 45 F 0.019 0.007 0.148 0.130 0.161 0.074 0.039 0.423 46 K 0.024 0.014 0.107 0.041 0.082 0.092 0.052 0.589 47 C 0.048 0.011 0.114 0.061 0.078 0.134 0.056 0.498 48 P 0.039 0.019 0.125 0.058 0.089 0.105 0.042 0.521 49 V 0.060 0.029 0.052 0.045 0.059 0.118 0.041 0.595 50 C 0.061 0.076 0.041 0.025 0.040 0.133 0.056 0.568 51 G 0.194 0.148 0.020 0.013 0.026 0.098 0.115 0.386 52 E 0.131 0.066 0.047 0.057 0.068 0.099 0.159 0.373 53 E 0.168 0.033 0.038 0.062 0.088 0.107 0.057 0.448 54 F 0.182 0.008 0.040 0.049 0.063 0.091 0.127 0.440 55 Y 0.036 0.006 0.024 0.029 0.070 0.138 0.035 0.664 56 G 0.082 0.009 0.013 0.033 0.055 0.119 0.038 0.653 57 K 0.012 0.008 0.029 0.096 0.098 0.122 0.021 0.614 58 T 0.030 0.037 0.025 0.029 0.052 0.121 0.048 0.658 59 L 0.036 0.081 0.025 0.048 0.056 0.126 0.055 0.573 60 P 0.103 0.462 0.014 0.008 0.011 0.055 0.075 0.272 61 R 0.144 0.467 0.009 0.006 0.009 0.044 0.087 0.234 62 R 0.029 0.676 0.008 0.008 0.009 0.031 0.049 0.189 63 E 0.022 0.792 0.003 0.003 0.005 0.019 0.049 0.107 64 A 0.020 0.827 0.004 0.005 0.006 0.012 0.063 0.063 65 E 0.012 0.871 0.004 0.005 0.009 0.010 0.028 0.060 66 K 0.007 0.898 0.006 0.005 0.009 0.006 0.031 0.038 67 V 0.008 0.891 0.007 0.006 0.012 0.006 0.031 0.040 68 F 0.039 0.509 0.059 0.021 0.024 0.022 0.238 0.088 69 E 0.054 0.503 0.063 0.039 0.040 0.034 0.103 0.165 70 L 0.085 0.299 0.064 0.023 0.043 0.050 0.084 0.352 71 L 0.180 0.134 0.074 0.019 0.023 0.083 0.128 0.359 72 N 0.068 0.035 0.055 0.018 0.028 0.121 0.095 0.580 73 D 0.057 0.021 0.030 0.012 0.015 0.093 0.065 0.706 74 F 0.156 0.024 0.031 0.022 0.027 0.168 0.063 0.509 75 K 0.055 0.011 0.022 0.015 0.046 0.110 0.051 0.692 76 G 0.014 0.010 0.027 0.052 0.085 0.111 0.034 0.667 77 G 0.009 0.015 0.048 0.119 0.185 0.123 0.046 0.455 78 I 0.005 0.007 0.060 0.105 0.088 0.100 0.059 0.577 79 D 0.332 0.072 0.021 0.028 0.030 0.045 0.305 0.167 80 W 0.265 0.067 0.012 0.015 0.016 0.072 0.071 0.483 81 E 0.050 0.035 0.018 0.031 0.053 0.085 0.045 0.683 82 N 0.041 0.039 0.009 0.015 0.053 0.090 0.059 0.694 83 K 0.015 0.058 0.027 0.194 0.205 0.090 0.056 0.354 84 R 0.005 0.059 0.040 0.123 0.384 0.037 0.058 0.295 85 V 0.008 0.090 0.044 0.302 0.227 0.038 0.063 0.228 86 K 0.012 0.061 0.188 0.190 0.245 0.031 0.112 0.161 87 L 0.016 0.053 0.151 0.194 0.196 0.042 0.112 0.236 88 K 0.041 0.178 0.143 0.095 0.147 0.042 0.118 0.236 89 L 0.102 0.362 0.042 0.020 0.025 0.051 0.073 0.324 90 N 0.057 0.403 0.029 0.016 0.020 0.055 0.173 0.248 91 D 0.014 0.763 0.007 0.005 0.009 0.026 0.053 0.123 92 L 0.030 0.697 0.010 0.007 0.009 0.023 0.145 0.078 93 L 0.008 0.107 0.017 0.004 0.004 0.012 0.825 0.025 94 A 0.019 0.710 0.012 0.004 0.007 0.018 0.175 0.055 95 L 0.026 0.876 0.009 0.002 0.003 0.006 0.043 0.036 96 E 0.033 0.809 0.011 0.003 0.003 0.015 0.067 0.059 97 T 0.021 0.796 0.008 0.003 0.004 0.018 0.060 0.090 98 M 0.027 0.780 0.015 0.003 0.004 0.017 0.077 0.078 99 L 0.079 0.603 0.025 0.004 0.005 0.036 0.131 0.117 100 E 0.062 0.613 0.009 0.003 0.005 0.028 0.037 0.242 101 E 0.052 0.465 0.019 0.006 0.010 0.051 0.049 0.348 102 W 0.094 0.385 0.029 0.010 0.016 0.072 0.092 0.302 103 D 0.194 0.271 0.012 0.007 0.012 0.054 0.094 0.356 104 R 0.060 0.098 0.029 0.018 0.024 0.086 0.050 0.636 105 R 0.076 0.023 0.053 0.022 0.041 0.093 0.060 0.633 106 V 0.221 0.007 0.025 0.022 0.025 0.091 0.067 0.542 107 K 0.050 0.003 0.020 0.012 0.022 0.106 0.034 0.752 108 R 0.015 0.003 0.014 0.006 0.013 0.103 0.024 0.822