# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.565 0.154 0.042 0.085 0.052 0.030 0.033 0.019 0.011 0.006 0.004 2 A 0.178 0.088 0.040 0.086 0.079 0.077 0.121 0.100 0.104 0.075 0.054 3 K 0.224 0.232 0.068 0.183 0.111 0.058 0.052 0.033 0.023 0.012 0.006 4 C 0.030 0.027 0.020 0.052 0.064 0.087 0.152 0.165 0.172 0.132 0.099 5 P 0.125 0.146 0.098 0.235 0.166 0.077 0.060 0.046 0.025 0.013 0.009 6 I 0.041 0.034 0.026 0.061 0.079 0.098 0.157 0.159 0.147 0.123 0.075 7 C 0.044 0.049 0.033 0.107 0.114 0.095 0.147 0.141 0.124 0.090 0.055 8 G 0.240 0.122 0.050 0.113 0.091 0.084 0.113 0.065 0.059 0.045 0.018 9 S 0.185 0.192 0.104 0.211 0.123 0.067 0.057 0.031 0.017 0.008 0.004 10 P 0.246 0.194 0.062 0.151 0.108 0.079 0.083 0.040 0.022 0.012 0.005 11 L 0.080 0.025 0.021 0.052 0.067 0.085 0.166 0.149 0.143 0.111 0.099 12 K 0.138 0.401 0.128 0.196 0.085 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 13 W 0.005 0.009 0.011 0.026 0.048 0.072 0.154 0.156 0.208 0.177 0.134 14 E 0.226 0.098 0.134 0.185 0.147 0.088 0.075 0.028 0.012 0.005 0.002 15 E 0.073 0.094 0.336 0.289 0.115 0.046 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 16 L 0.002 0.005 0.014 0.013 0.024 0.076 0.140 0.120 0.229 0.234 0.144 17 I 0.003 0.006 0.009 0.027 0.054 0.090 0.261 0.180 0.189 0.130 0.052 18 E 0.023 0.053 0.676 0.166 0.049 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 19 E 0.013 0.026 0.215 0.170 0.169 0.165 0.167 0.053 0.014 0.006 0.002 20 M 0.009 0.009 0.026 0.028 0.039 0.055 0.141 0.203 0.196 0.179 0.113 21 L 0.012 0.010 0.030 0.037 0.070 0.138 0.254 0.178 0.133 0.100 0.036 22 I 0.010 0.073 0.513 0.193 0.092 0.047 0.037 0.017 0.010 0.006 0.002 23 I 0.017 0.015 0.067 0.063 0.103 0.153 0.304 0.146 0.073 0.041 0.018 24 E 0.426 0.175 0.189 0.110 0.045 0.022 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 25 N 0.069 0.150 0.113 0.170 0.135 0.108 0.136 0.069 0.029 0.015 0.007 26 F 0.029 0.033 0.036 0.060 0.088 0.119 0.226 0.158 0.119 0.089 0.042 27 E 0.447 0.124 0.216 0.115 0.049 0.022 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 28 E 0.063 0.116 0.348 0.249 0.116 0.057 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 29 I 0.006 0.009 0.015 0.021 0.036 0.057 0.147 0.161 0.220 0.199 0.129 30 V 0.027 0.023 0.042 0.061 0.094 0.157 0.301 0.138 0.087 0.056 0.015 31 K 0.020 0.079 0.696 0.161 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.027 0.099 0.103 0.099 0.122 0.145 0.205 0.116 0.043 0.029 0.010 33 R 0.046 0.060 0.032 0.088 0.109 0.155 0.251 0.139 0.075 0.033 0.010 34 E 0.709 0.058 0.143 0.054 0.017 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 35 R 0.030 0.048 0.357 0.251 0.141 0.104 0.052 0.011 0.003 0.001 0.001 36 F 0.003 0.008 0.020 0.013 0.023 0.036 0.132 0.154 0.234 0.220 0.156 37 L 0.003 0.005 0.026 0.045 0.106 0.194 0.320 0.156 0.082 0.052 0.013 38 A 0.011 0.026 0.878 0.067 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.013 0.067 0.238 0.260 0.188 0.107 0.086 0.031 0.005 0.002 0.001 40 V 0.008 0.007 0.010 0.010 0.018 0.034 0.115 0.170 0.227 0.233 0.167 41 E 0.320 0.139 0.212 0.160 0.084 0.035 0.031 0.013 0.004 0.002 0.001 42 E 0.033 0.063 0.570 0.203 0.078 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 43 F 0.018 0.016 0.031 0.023 0.038 0.104 0.248 0.151 0.170 0.132 0.071 44 V 0.065 0.104 0.093 0.174 0.135 0.121 0.135 0.080 0.053 0.028 0.012 45 F 0.050 0.040 0.143 0.086 0.079 0.113 0.149 0.117 0.103 0.080 0.041 46 K 0.078 0.119 0.139 0.232 0.161 0.080 0.089 0.054 0.028 0.014 0.007 47 C 0.025 0.021 0.019 0.036 0.045 0.068 0.168 0.198 0.182 0.148 0.090 48 P 0.181 0.138 0.111 0.185 0.134 0.081 0.069 0.047 0.029 0.016 0.010 49 V 0.144 0.110 0.080 0.122 0.112 0.090 0.135 0.094 0.056 0.036 0.021 50 C 0.069 0.085 0.047 0.109 0.111 0.090 0.140 0.125 0.103 0.076 0.045 51 G 0.481 0.149 0.042 0.093 0.053 0.039 0.053 0.033 0.030 0.019 0.008 52 E 0.189 0.128 0.087 0.187 0.108 0.085 0.092 0.054 0.038 0.021 0.011 53 E 0.084 0.095 0.076 0.179 0.169 0.121 0.124 0.077 0.041 0.022 0.013 54 F 0.034 0.037 0.034 0.051 0.064 0.093 0.146 0.149 0.152 0.145 0.095 55 Y 0.044 0.071 0.061 0.149 0.141 0.129 0.163 0.108 0.074 0.043 0.017 56 G 0.183 0.105 0.063 0.103 0.073 0.082 0.125 0.081 0.088 0.069 0.028 57 K 0.186 0.158 0.113 0.228 0.131 0.069 0.056 0.029 0.017 0.008 0.004 58 T 0.252 0.193 0.079 0.138 0.095 0.076 0.079 0.042 0.024 0.014 0.007 59 L 0.021 0.019 0.014 0.038 0.065 0.076 0.146 0.180 0.173 0.136 0.132 60 P 0.197 0.322 0.117 0.133 0.080 0.046 0.050 0.026 0.016 0.010 0.004 61 R 0.187 0.102 0.123 0.207 0.141 0.090 0.085 0.034 0.019 0.009 0.005 62 R 0.553 0.204 0.096 0.084 0.031 0.013 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 63 E 0.071 0.102 0.065 0.174 0.149 0.114 0.153 0.090 0.049 0.023 0.010 64 A 0.113 0.069 0.087 0.104 0.101 0.104 0.162 0.117 0.072 0.050 0.021 65 E 0.046 0.089 0.348 0.235 0.112 0.076 0.051 0.022 0.012 0.006 0.002 66 K 0.019 0.064 0.225 0.179 0.151 0.122 0.118 0.070 0.030 0.016 0.006 67 V 0.012 0.016 0.034 0.049 0.065 0.080 0.174 0.201 0.173 0.135 0.061 68 F 0.012 0.013 0.043 0.058 0.074 0.130 0.222 0.174 0.136 0.100 0.038 69 E 0.024 0.049 0.294 0.205 0.140 0.092 0.088 0.051 0.030 0.019 0.008 70 L 0.003 0.005 0.021 0.021 0.041 0.074 0.182 0.191 0.190 0.176 0.096 71 L 0.005 0.007 0.015 0.023 0.036 0.067 0.137 0.137 0.230 0.213 0.130 72 N 0.062 0.058 0.121 0.151 0.132 0.120 0.170 0.084 0.058 0.031 0.015 73 D 0.043 0.051 0.113 0.165 0.159 0.126 0.150 0.088 0.052 0.033 0.020 74 F 0.015 0.019 0.018 0.025 0.032 0.062 0.148 0.138 0.201 0.201 0.141 75 K 0.102 0.148 0.072 0.188 0.159 0.108 0.094 0.057 0.037 0.023 0.014 76 G 0.179 0.097 0.067 0.106 0.090 0.093 0.132 0.097 0.068 0.046 0.025 77 G 0.156 0.161 0.062 0.192 0.136 0.095 0.093 0.049 0.030 0.017 0.010 78 I 0.038 0.014 0.011 0.021 0.032 0.045 0.110 0.146 0.203 0.183 0.198 79 D 0.074 0.306 0.117 0.229 0.137 0.062 0.040 0.018 0.010 0.005 0.003 80 W 0.033 0.031 0.030 0.063 0.100 0.096 0.173 0.149 0.139 0.098 0.088 81 E 0.616 0.174 0.046 0.086 0.037 0.015 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 82 N 0.101 0.110 0.098 0.213 0.133 0.108 0.111 0.054 0.038 0.023 0.010 83 K 0.055 0.089 0.090 0.144 0.140 0.154 0.156 0.085 0.045 0.028 0.012 84 R 0.081 0.145 0.152 0.273 0.155 0.080 0.059 0.031 0.014 0.007 0.003 85 V 0.008 0.008 0.023 0.017 0.026 0.074 0.173 0.163 0.203 0.204 0.101 86 K 0.021 0.084 0.162 0.351 0.204 0.085 0.050 0.023 0.012 0.006 0.003 87 L 0.009 0.005 0.032 0.020 0.033 0.064 0.143 0.165 0.182 0.204 0.142 88 K 0.012 0.059 0.131 0.215 0.209 0.161 0.118 0.050 0.026 0.013 0.006 89 L 0.003 0.005 0.013 0.014 0.024 0.037 0.120 0.157 0.217 0.223 0.188 90 N 0.027 0.046 0.104 0.180 0.191 0.146 0.134 0.078 0.049 0.030 0.015 91 D 0.078 0.114 0.161 0.184 0.114 0.094 0.133 0.059 0.037 0.020 0.007 92 L 0.006 0.006 0.014 0.027 0.045 0.104 0.172 0.149 0.184 0.170 0.123 93 L 0.019 0.024 0.043 0.063 0.087 0.132 0.203 0.139 0.133 0.098 0.061 94 A 0.007 0.020 0.064 0.077 0.103 0.113 0.172 0.135 0.135 0.109 0.066 95 L 0.001 0.003 0.010 0.014 0.031 0.067 0.173 0.158 0.226 0.194 0.123 96 E 0.076 0.073 0.161 0.210 0.139 0.113 0.125 0.050 0.032 0.015 0.006 97 T 0.063 0.071 0.236 0.232 0.152 0.097 0.088 0.037 0.014 0.007 0.004 98 M 0.013 0.020 0.035 0.046 0.072 0.101 0.193 0.170 0.150 0.120 0.080 99 L 0.010 0.016 0.025 0.037 0.057 0.095 0.224 0.171 0.166 0.138 0.063 100 E 0.051 0.085 0.409 0.201 0.105 0.069 0.046 0.017 0.009 0.004 0.002 101 E 0.150 0.131 0.306 0.206 0.106 0.043 0.035 0.014 0.005 0.002 0.001 102 W 0.026 0.020 0.029 0.035 0.051 0.076 0.203 0.188 0.171 0.128 0.073 103 D 0.070 0.082 0.111 0.170 0.154 0.119 0.140 0.080 0.041 0.024 0.009 104 R 0.056 0.069 0.386 0.178 0.104 0.082 0.065 0.032 0.016 0.009 0.003 105 R 0.068 0.116 0.253 0.211 0.141 0.077 0.075 0.036 0.013 0.006 0.003 106 V 0.028 0.021 0.031 0.035 0.050 0.065 0.193 0.201 0.167 0.129 0.080 107 K 0.130 0.206 0.258 0.200 0.104 0.042 0.031 0.015 0.008 0.004 0.002 108 R 0.250 0.151 0.214 0.169 0.096 0.045 0.041 0.019 0.008 0.004 0.002