# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.088 0.036 0.023 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.022 0.117 0.621 2 A 0.093 0.027 0.009 0.005 0.007 0.006 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.264 0.018 0.096 0.448 3 K 0.066 0.025 0.015 0.003 0.008 0.008 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.182 0.018 0.120 0.530 4 C 0.054 0.021 0.012 0.003 0.005 0.007 0.005 0.005 0.001 0.002 0.007 0.001 0.007 0.005 0.005 0.003 0.231 0.010 0.093 0.523 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 6 I 0.029 0.005 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.247 0.005 0.109 0.562 7 C 0.100 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.006 0.074 0.678 8 G 0.083 0.015 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.012 0.123 0.617 9 S 0.159 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.010 0.225 0.548 10 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.991 11 L 0.053 0.008 0.009 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.006 0.171 0.680 12 K 0.043 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.477 0.450 13 W 0.036 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.065 0.779 14 E 0.020 0.155 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.229 0.582 15 E 0.023 0.254 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.350 0.367 16 L 0.022 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.105 17 I 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 18 E 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 19 E 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 20 M 0.025 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 21 L 0.039 0.917 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.018 22 I 0.116 0.688 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.045 0.007 0.101 23 I 0.181 0.594 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.046 0.007 0.130 24 E 0.096 0.562 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.030 0.034 0.238 25 N 0.077 0.303 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.025 0.127 0.439 26 F 0.129 0.242 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.026 0.058 0.451 27 E 0.022 0.165 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.007 0.223 0.556 28 E 0.052 0.224 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.447 0.258 29 I 0.067 0.816 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.022 0.087 30 V 0.044 0.866 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.017 0.050 31 K 0.074 0.776 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.013 0.109 32 D 0.124 0.727 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.018 0.103 33 R 0.067 0.756 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.014 0.134 34 E 0.015 0.601 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.122 0.245 35 R 0.046 0.511 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.224 0.194 36 F 0.037 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.063 37 L 0.026 0.929 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.029 38 A 0.031 0.887 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.064 39 Q 0.079 0.830 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.066 40 V 0.124 0.810 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.002 0.040 41 E 0.065 0.691 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.016 0.025 0.162 42 E 0.092 0.464 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.041 0.036 0.313 43 F 0.282 0.373 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.058 0.009 0.196 44 V 0.177 0.174 0.021 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.032 0.044 0.300 45 F 0.029 0.063 0.066 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.004 0.450 0.010 0.054 0.299 46 K 0.022 0.043 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.515 0.011 0.040 0.343 47 C 0.033 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.001 0.010 0.005 0.003 0.002 0.204 0.007 0.066 0.615 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 49 V 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.007 0.134 0.578 50 C 0.140 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.097 0.012 0.084 0.640 51 G 0.067 0.034 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.014 0.124 0.635 52 E 0.164 0.017 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.054 0.025 0.212 0.501 53 E 0.101 0.058 0.006 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.008 0.155 0.580 54 F 0.131 0.097 0.012 0.005 0.030 0.013 0.026 0.005 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.023 0.078 0.407 55 Y 0.112 0.115 0.007 0.002 0.003 0.006 0.009 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.019 0.094 0.413 56 G 0.064 0.081 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.021 0.066 0.606 57 K 0.158 0.040 0.020 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.028 0.147 0.398 58 T 0.079 0.027 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.014 0.079 0.659 59 L 0.083 0.033 0.014 0.006 0.009 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.010 0.104 0.406 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 61 R 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.002 0.029 0.878 62 R 0.041 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.110 0.816 63 E 0.192 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.161 0.589 64 A 0.188 0.306 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.094 0.387 65 E 0.114 0.554 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.006 0.049 0.233 66 K 0.066 0.543 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.007 0.058 0.287 67 V 0.046 0.691 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.008 0.015 0.196 68 F 0.020 0.824 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 0.034 0.083 69 E 0.014 0.829 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.004 0.025 0.070 70 L 0.029 0.857 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.010 0.008 0.056 71 L 0.049 0.832 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.015 0.009 0.047 72 N 0.104 0.606 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.065 0.023 0.146 73 D 0.315 0.224 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.139 0.022 0.233 74 F 0.277 0.167 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.063 0.074 0.294 75 K 0.111 0.087 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.045 0.197 0.427 76 G 0.113 0.056 0.026 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.029 0.117 0.573 77 G 0.079 0.011 0.034 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.038 0.009 0.077 0.013 0.069 0.650 78 I 0.035 0.013 0.014 0.005 0.005 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.015 0.003 0.002 0.236 0.004 0.113 0.526 79 D 0.025 0.015 0.002 0.001 0.004 0.005 0.004 0.001 0.012 0.049 0.247 0.005 0.069 0.009 0.002 0.003 0.086 0.005 0.109 0.346 80 W 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.003 0.050 0.684 81 E 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.003 0.577 0.295 82 N 0.457 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.065 0.109 0.314 83 K 0.286 0.165 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.030 0.108 0.353 84 R 0.090 0.023 0.088 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.025 0.215 0.451 85 V 0.032 0.026 0.006 0.003 0.016 0.049 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.006 0.057 0.393 86 K 0.018 0.028 0.003 0.001 0.053 0.043 0.088 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.276 0.003 0.104 0.368 87 L 0.014 0.046 0.004 0.001 0.002 0.015 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.376 0.004 0.104 0.399 88 K 0.008 0.086 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.561 0.004 0.081 0.249 89 L 0.012 0.184 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.242 0.007 0.109 0.432 90 N 0.035 0.175 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.019 0.092 0.492 91 D 0.056 0.258 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.025 0.196 0.402 92 L 0.094 0.512 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.019 0.072 0.268 93 L 0.029 0.770 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.005 0.029 0.126 94 A 0.032 0.821 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.017 0.106 95 L 0.024 0.863 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.007 0.083 96 E 0.010 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.005 0.070 97 T 0.010 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.059 98 M 0.022 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.048 99 L 0.027 0.909 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.044 100 E 0.020 0.850 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.009 0.103 101 E 0.028 0.839 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.110 102 W 0.033 0.895 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.056 103 D 0.082 0.742 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.010 0.126 104 R 0.030 0.688 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.014 0.198 105 R 0.036 0.726 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.048 0.164 106 V 0.187 0.620 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.013 0.123 107 K 0.063 0.641 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.015 0.044 0.161 108 R 0.075 0.284 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.027 0.031 0.505