# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.016 0.005 0.001 0.017 0.016 0.027 0.021 0.001 0.001 0.002 0.895 2 A 0.071 0.008 0.005 0.061 0.071 0.129 0.050 0.001 0.001 0.004 0.600 3 K 0.051 0.008 0.005 0.054 0.039 0.081 0.101 0.003 0.001 0.008 0.651 4 C 0.093 0.009 0.008 0.078 0.134 0.184 0.054 0.001 0.001 0.004 0.436 5 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 6 I 0.011 0.003 0.001 0.057 0.070 0.132 0.078 0.001 0.001 0.004 0.644 7 C 0.126 0.012 0.001 0.143 0.044 0.110 0.064 0.001 0.001 0.004 0.495 8 G 0.104 0.018 0.006 0.080 0.047 0.079 0.121 0.002 0.001 0.011 0.532 9 S 0.134 0.014 0.008 0.048 0.026 0.028 0.248 0.001 0.001 0.006 0.486 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 11 L 0.019 0.011 0.001 0.028 0.022 0.067 0.238 0.001 0.001 0.007 0.607 12 K 0.102 0.023 0.001 0.008 0.003 0.007 0.204 0.001 0.001 0.003 0.649 13 W 0.130 0.195 0.004 0.012 0.007 0.017 0.102 0.001 0.001 0.002 0.530 14 E 0.035 0.381 0.001 0.005 0.006 0.010 0.171 0.001 0.001 0.002 0.389 15 E 0.032 0.475 0.001 0.002 0.002 0.002 0.171 0.001 0.001 0.001 0.312 16 L 0.029 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.061 17 I 0.012 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 18 E 0.011 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.024 19 E 0.014 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.019 20 M 0.044 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.020 21 L 0.038 0.898 0.018 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.028 22 I 0.062 0.693 0.053 0.006 0.004 0.006 0.021 0.021 0.001 0.001 0.134 23 I 0.104 0.696 0.021 0.009 0.007 0.011 0.015 0.012 0.001 0.001 0.126 24 E 0.064 0.522 0.011 0.007 0.005 0.006 0.036 0.017 0.001 0.002 0.330 25 N 0.068 0.343 0.010 0.005 0.003 0.006 0.115 0.021 0.001 0.003 0.426 26 F 0.089 0.432 0.015 0.009 0.004 0.008 0.059 0.009 0.001 0.002 0.373 27 E 0.029 0.329 0.004 0.005 0.005 0.006 0.198 0.005 0.001 0.002 0.418 28 E 0.107 0.328 0.010 0.007 0.004 0.004 0.223 0.005 0.001 0.004 0.308 29 I 0.138 0.750 0.002 0.004 0.005 0.005 0.014 0.002 0.001 0.001 0.078 30 V 0.044 0.889 0.003 0.003 0.004 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 0.039 31 K 0.072 0.686 0.012 0.006 0.004 0.007 0.032 0.013 0.001 0.001 0.168 32 D 0.092 0.628 0.007 0.003 0.004 0.006 0.036 0.032 0.001 0.003 0.191 33 R 0.078 0.440 0.011 0.003 0.002 0.003 0.034 0.016 0.001 0.002 0.412 34 E 0.010 0.242 0.006 0.002 0.002 0.003 0.340 0.006 0.001 0.001 0.389 35 R 0.106 0.177 0.006 0.003 0.001 0.002 0.479 0.006 0.001 0.004 0.217 36 F 0.085 0.809 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.083 37 L 0.037 0.866 0.006 0.002 0.002 0.003 0.014 0.004 0.001 0.001 0.065 38 A 0.032 0.813 0.004 0.002 0.002 0.002 0.018 0.005 0.001 0.001 0.122 39 Q 0.101 0.726 0.003 0.002 0.001 0.003 0.015 0.023 0.001 0.001 0.124 40 V 0.117 0.768 0.005 0.002 0.003 0.004 0.007 0.025 0.001 0.001 0.069 41 E 0.048 0.697 0.022 0.007 0.014 0.016 0.023 0.016 0.001 0.001 0.156 42 E 0.060 0.445 0.049 0.013 0.016 0.020 0.070 0.021 0.001 0.003 0.302 43 F 0.243 0.401 0.009 0.034 0.057 0.059 0.021 0.007 0.001 0.003 0.164 44 V 0.094 0.348 0.015 0.049 0.072 0.081 0.031 0.019 0.001 0.006 0.284 45 F 0.054 0.178 0.048 0.105 0.174 0.170 0.020 0.005 0.001 0.002 0.243 46 K 0.040 0.056 0.013 0.100 0.060 0.122 0.058 0.015 0.001 0.004 0.531 47 C 0.082 0.028 0.007 0.063 0.082 0.124 0.057 0.003 0.001 0.003 0.551 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 49 V 0.013 0.005 0.002 0.026 0.033 0.089 0.105 0.001 0.001 0.006 0.721 50 C 0.163 0.024 0.003 0.038 0.020 0.048 0.084 0.001 0.001 0.006 0.613 51 G 0.124 0.037 0.004 0.022 0.024 0.046 0.114 0.002 0.001 0.004 0.621 52 E 0.117 0.066 0.006 0.016 0.027 0.029 0.113 0.001 0.001 0.006 0.620 53 E 0.050 0.117 0.001 0.011 0.016 0.024 0.110 0.002 0.001 0.003 0.665 54 F 0.119 0.299 0.003 0.013 0.032 0.039 0.166 0.006 0.001 0.007 0.315 55 Y 0.152 0.491 0.004 0.013 0.018 0.036 0.053 0.011 0.001 0.004 0.218 56 G 0.193 0.304 0.011 0.016 0.028 0.042 0.050 0.025 0.001 0.006 0.325 57 K 0.379 0.133 0.077 0.020 0.026 0.027 0.047 0.010 0.001 0.006 0.275 58 T 0.077 0.085 0.027 0.021 0.014 0.026 0.049 0.014 0.001 0.007 0.681 59 L 0.121 0.074 0.039 0.048 0.077 0.100 0.113 0.005 0.001 0.005 0.419 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 61 R 0.013 0.012 0.001 0.015 0.021 0.081 0.074 0.001 0.001 0.002 0.780 62 R 0.058 0.043 0.001 0.010 0.019 0.029 0.077 0.001 0.001 0.004 0.759 63 E 0.118 0.103 0.001 0.005 0.008 0.017 0.169 0.001 0.001 0.003 0.574 64 A 0.135 0.356 0.002 0.007 0.010 0.018 0.121 0.002 0.001 0.002 0.347 65 E 0.111 0.504 0.001 0.005 0.016 0.021 0.054 0.003 0.001 0.003 0.283 66 K 0.070 0.562 0.007 0.005 0.009 0.010 0.068 0.003 0.001 0.002 0.264 67 V 0.040 0.705 0.005 0.005 0.011 0.014 0.017 0.001 0.001 0.001 0.201 68 F 0.022 0.805 0.004 0.013 0.029 0.030 0.010 0.003 0.001 0.002 0.082 69 E 0.014 0.817 0.007 0.010 0.026 0.020 0.014 0.002 0.001 0.001 0.089 70 L 0.019 0.856 0.006 0.012 0.039 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 0.031 71 L 0.052 0.811 0.003 0.016 0.018 0.033 0.007 0.007 0.001 0.001 0.052 72 N 0.040 0.682 0.007 0.021 0.032 0.036 0.016 0.019 0.001 0.002 0.144 73 D 0.169 0.305 0.018 0.022 0.017 0.036 0.031 0.055 0.001 0.007 0.341 74 F 0.220 0.175 0.048 0.033 0.028 0.039 0.116 0.050 0.001 0.010 0.281 75 K 0.100 0.059 0.058 0.032 0.037 0.039 0.260 0.010 0.001 0.019 0.386 76 G 0.094 0.043 0.033 0.051 0.042 0.051 0.171 0.007 0.001 0.014 0.494 77 G 0.210 0.033 0.008 0.054 0.037 0.059 0.058 0.002 0.001 0.005 0.534 78 I 0.049 0.037 0.018 0.095 0.082 0.102 0.126 0.002 0.001 0.007 0.481 79 D 0.026 0.020 0.003 0.039 0.131 0.130 0.113 0.003 0.001 0.006 0.530 80 W 0.033 0.032 0.010 0.044 0.048 0.100 0.071 0.001 0.001 0.007 0.653 81 E 0.011 0.017 0.001 0.010 0.015 0.023 0.676 0.002 0.001 0.004 0.242 82 N 0.255 0.019 0.002 0.015 0.017 0.028 0.339 0.004 0.001 0.045 0.277 83 K 0.402 0.109 0.006 0.022 0.030 0.031 0.066 0.003 0.001 0.012 0.318 84 R 0.099 0.060 0.038 0.050 0.057 0.058 0.158 0.003 0.001 0.012 0.463 85 V 0.038 0.036 0.011 0.093 0.128 0.168 0.066 0.001 0.001 0.005 0.454 86 K 0.012 0.035 0.003 0.113 0.185 0.349 0.042 0.001 0.001 0.004 0.255 87 L 0.016 0.035 0.004 0.111 0.238 0.281 0.041 0.001 0.001 0.001 0.272 88 K 0.010 0.056 0.001 0.181 0.142 0.310 0.084 0.001 0.001 0.004 0.210 89 L 0.026 0.081 0.004 0.111 0.080 0.162 0.084 0.001 0.001 0.002 0.451 90 N 0.008 0.131 0.002 0.133 0.090 0.155 0.082 0.002 0.001 0.009 0.388 91 D 0.131 0.080 0.021 0.058 0.022 0.050 0.204 0.003 0.001 0.016 0.415 92 L 0.070 0.415 0.008 0.049 0.028 0.051 0.158 0.003 0.001 0.006 0.214 93 L 0.039 0.539 0.008 0.028 0.095 0.080 0.050 0.001 0.001 0.009 0.150 94 A 0.035 0.662 0.010 0.015 0.011 0.015 0.061 0.003 0.001 0.002 0.186 95 L 0.095 0.727 0.005 0.012 0.013 0.039 0.017 0.003 0.001 0.001 0.087 96 E 0.022 0.880 0.001 0.003 0.004 0.009 0.011 0.005 0.001 0.001 0.066 97 T 0.021 0.797 0.002 0.001 0.002 0.003 0.029 0.010 0.001 0.001 0.133 98 M 0.059 0.815 0.003 0.001 0.001 0.002 0.015 0.014 0.001 0.001 0.090 99 L 0.043 0.876 0.003 0.001 0.001 0.003 0.014 0.008 0.001 0.001 0.050 100 E 0.020 0.806 0.011 0.001 0.003 0.005 0.040 0.004 0.001 0.001 0.109 101 E 0.042 0.816 0.010 0.001 0.002 0.002 0.019 0.004 0.001 0.001 0.103 102 W 0.034 0.884 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.066 103 D 0.020 0.878 0.005 0.001 0.003 0.003 0.009 0.004 0.001 0.001 0.076 104 R 0.029 0.825 0.013 0.003 0.006 0.005 0.015 0.004 0.001 0.001 0.100 105 R 0.072 0.765 0.008 0.004 0.009 0.009 0.036 0.010 0.001 0.002 0.085 106 V 0.091 0.779 0.011 0.005 0.011 0.010 0.008 0.007 0.001 0.002 0.077 107 K 0.068 0.637 0.014 0.009 0.019 0.027 0.019 0.017 0.001 0.002 0.188 108 R 0.122 0.337 0.029 0.014 0.017 0.024 0.032 0.022 0.001 0.005 0.399