# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.006 0.009 0.007 0.008 0.022 0.002 0.935 2 A 0.066 0.022 0.060 0.052 0.120 0.108 0.011 0.561 3 K 0.162 0.024 0.071 0.039 0.057 0.098 0.025 0.524 4 C 0.132 0.030 0.122 0.064 0.078 0.101 0.010 0.464 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 6 I 0.025 0.006 0.052 0.035 0.085 0.119 0.005 0.673 7 C 0.129 0.015 0.123 0.030 0.057 0.074 0.010 0.563 8 G 0.118 0.022 0.061 0.022 0.037 0.062 0.011 0.668 9 S 0.094 0.009 0.045 0.014 0.015 0.063 0.004 0.755 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 11 L 0.069 0.007 0.102 0.023 0.061 0.177 0.006 0.554 12 K 0.070 0.019 0.022 0.004 0.008 0.234 0.005 0.638 13 W 0.075 0.066 0.042 0.004 0.025 0.069 0.004 0.715 14 E 0.022 0.094 0.012 0.003 0.006 0.250 0.002 0.611 15 E 0.037 0.129 0.004 0.001 0.003 0.612 0.004 0.210 16 L 0.020 0.901 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.065 17 I 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 18 E 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.022 19 E 0.017 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.016 20 M 0.031 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 21 L 0.024 0.930 0.011 0.002 0.001 0.004 0.008 0.020 22 I 0.076 0.740 0.053 0.008 0.006 0.010 0.032 0.076 23 I 0.107 0.651 0.041 0.015 0.019 0.009 0.027 0.131 24 E 0.069 0.456 0.048 0.021 0.018 0.045 0.029 0.315 25 N 0.076 0.213 0.062 0.019 0.019 0.166 0.030 0.416 26 F 0.121 0.268 0.094 0.017 0.038 0.093 0.018 0.351 27 E 0.026 0.152 0.014 0.009 0.012 0.238 0.009 0.541 28 E 0.114 0.183 0.015 0.011 0.012 0.346 0.021 0.298 29 I 0.076 0.755 0.010 0.005 0.010 0.016 0.004 0.124 30 V 0.027 0.851 0.013 0.007 0.022 0.009 0.003 0.067 31 K 0.039 0.651 0.020 0.009 0.016 0.050 0.013 0.203 32 D 0.078 0.574 0.023 0.008 0.019 0.048 0.024 0.227 33 R 0.063 0.503 0.017 0.004 0.014 0.040 0.015 0.344 34 E 0.028 0.304 0.017 0.002 0.004 0.230 0.014 0.402 35 R 0.089 0.433 0.013 0.002 0.003 0.164 0.011 0.285 36 F 0.043 0.862 0.002 0.001 0.002 0.015 0.003 0.073 37 L 0.022 0.924 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.039 38 A 0.020 0.884 0.002 0.001 0.002 0.011 0.006 0.074 39 Q 0.058 0.809 0.003 0.002 0.003 0.014 0.019 0.092 40 V 0.048 0.891 0.005 0.003 0.004 0.006 0.007 0.037 41 E 0.026 0.716 0.022 0.006 0.004 0.023 0.011 0.191 42 E 0.053 0.652 0.030 0.009 0.012 0.026 0.027 0.191 43 F 0.294 0.522 0.025 0.010 0.013 0.012 0.028 0.094 44 V 0.122 0.420 0.100 0.063 0.049 0.023 0.021 0.202 45 F 0.025 0.079 0.393 0.192 0.128 0.026 0.012 0.145 46 K 0.053 0.064 0.100 0.069 0.096 0.039 0.023 0.555 47 C 0.062 0.031 0.117 0.075 0.124 0.051 0.011 0.529 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 49 V 0.013 0.003 0.035 0.023 0.044 0.166 0.003 0.712 50 C 0.148 0.012 0.024 0.015 0.033 0.084 0.009 0.675 51 G 0.122 0.028 0.022 0.024 0.056 0.085 0.008 0.655 52 E 0.056 0.026 0.019 0.022 0.028 0.139 0.006 0.705 53 E 0.079 0.071 0.018 0.028 0.033 0.082 0.008 0.682 54 F 0.171 0.268 0.024 0.043 0.114 0.038 0.010 0.332 55 Y 0.115 0.282 0.041 0.071 0.112 0.053 0.013 0.312 56 G 0.124 0.157 0.032 0.060 0.075 0.047 0.028 0.477 57 K 0.315 0.069 0.028 0.049 0.055 0.063 0.031 0.389 58 T 0.108 0.040 0.022 0.022 0.031 0.058 0.025 0.695 59 L 0.087 0.027 0.105 0.051 0.078 0.139 0.007 0.506 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 61 R 0.011 0.008 0.013 0.010 0.042 0.095 0.002 0.818 62 R 0.082 0.048 0.008 0.005 0.009 0.089 0.004 0.755 63 E 0.103 0.151 0.007 0.005 0.008 0.170 0.006 0.550 64 A 0.101 0.428 0.009 0.004 0.012 0.123 0.007 0.316 65 E 0.101 0.577 0.012 0.005 0.011 0.049 0.009 0.237 66 K 0.054 0.656 0.006 0.003 0.006 0.043 0.009 0.222 67 V 0.013 0.879 0.004 0.002 0.003 0.012 0.003 0.083 68 F 0.005 0.969 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.017 69 E 0.008 0.949 0.004 0.002 0.002 0.006 0.002 0.027 70 L 0.021 0.913 0.009 0.002 0.003 0.006 0.007 0.039 71 L 0.051 0.905 0.006 0.002 0.005 0.003 0.009 0.020 72 N 0.071 0.760 0.012 0.004 0.004 0.010 0.024 0.115 73 D 0.101 0.454 0.086 0.005 0.008 0.022 0.042 0.282 74 F 0.441 0.229 0.072 0.011 0.012 0.057 0.053 0.126 75 K 0.178 0.186 0.061 0.014 0.013 0.118 0.032 0.398 76 G 0.078 0.082 0.151 0.028 0.030 0.081 0.019 0.532 77 G 0.203 0.038 0.080 0.026 0.038 0.073 0.017 0.524 78 I 0.073 0.028 0.085 0.046 0.039 0.144 0.007 0.579 79 D 0.014 0.020 0.083 0.154 0.169 0.143 0.005 0.412 80 W 0.016 0.029 0.028 0.023 0.060 0.043 0.004 0.798 81 E 0.004 0.007 0.008 0.008 0.007 0.843 0.004 0.119 82 N 0.412 0.017 0.017 0.011 0.014 0.121 0.123 0.285 83 K 0.301 0.308 0.032 0.022 0.029 0.092 0.019 0.197 84 R 0.064 0.021 0.087 0.056 0.055 0.264 0.012 0.441 85 V 0.029 0.014 0.107 0.203 0.256 0.068 0.009 0.314 86 K 0.010 0.004 0.109 0.257 0.436 0.022 0.003 0.159 87 L 0.010 0.011 0.166 0.279 0.243 0.054 0.003 0.235 88 K 0.004 0.012 0.539 0.043 0.096 0.093 0.002 0.210 89 L 0.022 0.030 0.306 0.061 0.237 0.070 0.007 0.268 90 N 0.011 0.033 0.128 0.020 0.048 0.233 0.010 0.517 91 D 0.057 0.053 0.044 0.010 0.030 0.205 0.021 0.580 92 L 0.072 0.386 0.028 0.008 0.020 0.177 0.008 0.302 93 L 0.027 0.484 0.014 0.007 0.015 0.303 0.003 0.147 94 A 0.037 0.767 0.007 0.002 0.006 0.051 0.004 0.127 95 L 0.065 0.864 0.005 0.001 0.006 0.005 0.005 0.048 96 E 0.030 0.895 0.003 0.001 0.003 0.006 0.007 0.055 97 T 0.033 0.820 0.005 0.001 0.002 0.020 0.015 0.105 98 M 0.034 0.880 0.005 0.001 0.002 0.015 0.007 0.057 99 L 0.024 0.919 0.005 0.001 0.001 0.014 0.003 0.033 100 E 0.026 0.867 0.005 0.001 0.001 0.022 0.006 0.070 101 E 0.043 0.854 0.004 0.001 0.001 0.009 0.009 0.079 102 W 0.050 0.884 0.003 0.001 0.002 0.007 0.009 0.044 103 D 0.030 0.839 0.015 0.003 0.003 0.014 0.009 0.086 104 R 0.025 0.776 0.015 0.004 0.004 0.014 0.010 0.153 105 R 0.100 0.644 0.013 0.007 0.007 0.053 0.026 0.150 106 V 0.118 0.624 0.032 0.012 0.012 0.034 0.020 0.147 107 K 0.061 0.594 0.067 0.022 0.024 0.034 0.013 0.185 108 R 0.073 0.322 0.026 0.015 0.021 0.044 0.029 0.470