# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.152 0.240 0.178 0.178 0.119 0.033 0.049 0.015 0.025 0.009 0.001 2 A 0.146 0.341 0.246 0.076 0.106 0.029 0.024 0.005 0.020 0.005 0.001 3 K 0.131 0.366 0.277 0.096 0.039 0.054 0.014 0.002 0.016 0.002 0.003 4 C 0.026 0.368 0.328 0.004 0.054 0.013 0.004 0.001 0.199 0.004 0.001 5 P 0.227 0.010 0.668 0.015 0.005 0.025 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 6 I 0.267 0.281 0.196 0.140 0.048 0.023 0.010 0.004 0.030 0.001 0.001 7 C 0.158 0.119 0.318 0.193 0.074 0.019 0.074 0.012 0.015 0.017 0.001 8 G 0.024 0.012 0.047 0.049 0.097 0.012 0.083 0.470 0.003 0.202 0.001 9 S 0.055 0.242 0.540 0.016 0.056 0.016 0.004 0.001 0.064 0.006 0.001 10 P 0.439 0.011 0.472 0.018 0.003 0.041 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 11 L 0.579 0.126 0.136 0.091 0.021 0.030 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 12 K 0.464 0.074 0.180 0.127 0.062 0.059 0.010 0.001 0.020 0.002 0.001 13 W 0.878 0.022 0.047 0.019 0.009 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 14 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.964 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 M 0.945 0.007 0.004 0.037 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 21 L 0.911 0.026 0.019 0.028 0.005 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 22 I 0.809 0.061 0.045 0.055 0.005 0.018 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 23 I 0.725 0.082 0.057 0.085 0.012 0.019 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 24 E 0.734 0.030 0.063 0.121 0.014 0.012 0.016 0.001 0.008 0.001 0.001 25 N 0.378 0.054 0.097 0.252 0.037 0.056 0.086 0.008 0.025 0.006 0.001 26 F 0.767 0.027 0.115 0.049 0.008 0.016 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 27 E 0.951 0.006 0.018 0.018 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.906 0.013 0.022 0.043 0.005 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 29 I 0.854 0.038 0.026 0.061 0.006 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 30 V 0.829 0.047 0.034 0.057 0.008 0.008 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 31 K 0.700 0.043 0.060 0.142 0.017 0.012 0.012 0.001 0.011 0.001 0.001 32 D 0.260 0.051 0.257 0.228 0.029 0.086 0.029 0.002 0.051 0.006 0.001 33 R 0.917 0.003 0.049 0.017 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 34 E 0.985 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.967 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 F 0.966 0.007 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.986 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.977 0.002 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.838 0.008 0.014 0.123 0.004 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 40 V 0.861 0.020 0.038 0.067 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 41 E 0.879 0.016 0.024 0.058 0.004 0.005 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 42 E 0.564 0.088 0.053 0.227 0.026 0.012 0.020 0.002 0.007 0.001 0.001 43 F 0.262 0.301 0.181 0.113 0.055 0.033 0.022 0.003 0.029 0.001 0.001 44 V 0.141 0.525 0.216 0.050 0.016 0.031 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 45 F 0.066 0.534 0.172 0.043 0.111 0.034 0.013 0.001 0.023 0.002 0.001 46 K 0.054 0.381 0.358 0.049 0.035 0.089 0.012 0.001 0.017 0.001 0.002 47 C 0.011 0.356 0.338 0.003 0.046 0.017 0.004 0.001 0.223 0.002 0.001 48 P 0.294 0.006 0.596 0.016 0.005 0.029 0.001 0.001 0.004 0.002 0.046 49 V 0.283 0.244 0.181 0.164 0.060 0.023 0.013 0.007 0.022 0.002 0.001 50 C 0.161 0.143 0.293 0.198 0.083 0.028 0.048 0.013 0.017 0.016 0.001 51 G 0.090 0.032 0.114 0.042 0.191 0.026 0.082 0.182 0.012 0.228 0.001 52 E 0.717 0.077 0.135 0.039 0.013 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 53 E 0.718 0.073 0.101 0.059 0.020 0.015 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 54 F 0.565 0.133 0.088 0.103 0.057 0.015 0.008 0.001 0.027 0.002 0.001 55 Y 0.340 0.124 0.214 0.217 0.039 0.012 0.032 0.002 0.016 0.002 0.001 56 G 0.080 0.020 0.065 0.027 0.081 0.008 0.058 0.383 0.004 0.274 0.001 57 K 0.462 0.110 0.239 0.131 0.024 0.014 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 58 T 0.211 0.146 0.233 0.275 0.036 0.044 0.029 0.004 0.020 0.003 0.001 59 L 0.035 0.297 0.441 0.006 0.035 0.015 0.007 0.001 0.160 0.003 0.001 60 P 0.058 0.004 0.840 0.005 0.002 0.053 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 61 R 0.724 0.040 0.163 0.039 0.008 0.014 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 62 R 0.892 0.011 0.042 0.033 0.008 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 63 E 0.780 0.017 0.027 0.148 0.008 0.009 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 64 A 0.894 0.024 0.024 0.036 0.006 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 65 E 0.943 0.021 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 K 0.961 0.012 0.009 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.958 0.019 0.005 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 F 0.893 0.059 0.011 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 69 E 0.776 0.093 0.025 0.028 0.053 0.006 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 70 L 0.597 0.137 0.136 0.080 0.008 0.030 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 71 L 0.602 0.127 0.078 0.141 0.013 0.016 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 72 N 0.373 0.055 0.087 0.228 0.044 0.045 0.136 0.006 0.020 0.006 0.001 73 D 0.336 0.053 0.077 0.339 0.035 0.033 0.091 0.010 0.018 0.008 0.001 74 F 0.342 0.163 0.165 0.224 0.017 0.031 0.026 0.004 0.023 0.004 0.001 75 K 0.156 0.141 0.260 0.233 0.039 0.024 0.094 0.009 0.032 0.009 0.003 76 G 0.038 0.031 0.116 0.085 0.087 0.015 0.158 0.297 0.008 0.164 0.001 77 G 0.052 0.146 0.245 0.086 0.194 0.045 0.039 0.106 0.013 0.074 0.001 78 I 0.054 0.554 0.257 0.048 0.035 0.033 0.002 0.001 0.013 0.002 0.001 79 D 0.027 0.148 0.571 0.014 0.027 0.141 0.011 0.001 0.056 0.004 0.001 80 W 0.794 0.017 0.102 0.041 0.011 0.009 0.002 0.001 0.007 0.004 0.013 81 E 0.671 0.022 0.058 0.180 0.012 0.015 0.030 0.004 0.005 0.002 0.001 82 N 0.161 0.051 0.060 0.546 0.022 0.018 0.098 0.026 0.013 0.004 0.001 83 K 0.147 0.240 0.397 0.058 0.024 0.015 0.089 0.005 0.020 0.002 0.001 84 R 0.099 0.366 0.348 0.055 0.043 0.050 0.020 0.001 0.014 0.001 0.003 85 V 0.028 0.757 0.145 0.014 0.027 0.015 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 86 K 0.024 0.672 0.223 0.005 0.027 0.036 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 87 L 0.024 0.722 0.130 0.007 0.067 0.032 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 88 K 0.024 0.740 0.135 0.006 0.041 0.033 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 89 L 0.355 0.192 0.274 0.027 0.046 0.081 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 90 N 0.629 0.057 0.078 0.115 0.041 0.026 0.036 0.004 0.009 0.004 0.001 91 D 0.675 0.033 0.045 0.084 0.047 0.019 0.068 0.016 0.008 0.006 0.001 92 L 0.873 0.045 0.041 0.027 0.004 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 93 L 0.870 0.072 0.019 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 94 A 0.854 0.038 0.029 0.030 0.031 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 95 L 0.884 0.035 0.029 0.034 0.005 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 96 E 0.968 0.003 0.011 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.878 0.006 0.009 0.094 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 98 M 0.814 0.024 0.026 0.101 0.007 0.008 0.014 0.001 0.007 0.001 0.001 99 L 0.847 0.037 0.044 0.049 0.005 0.009 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 100 E 0.889 0.019 0.021 0.050 0.006 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 101 E 0.709 0.032 0.040 0.181 0.009 0.010 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 102 W 0.552 0.084 0.105 0.167 0.016 0.022 0.026 0.002 0.024 0.001 0.001 103 D 0.598 0.052 0.120 0.136 0.013 0.034 0.032 0.001 0.013 0.001 0.001 104 R 0.803 0.038 0.056 0.067 0.011 0.007 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 105 R 0.749 0.056 0.070 0.083 0.012 0.014 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 106 V 0.536 0.120 0.132 0.142 0.017 0.023 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 107 K 0.493 0.167 0.170 0.090 0.020 0.019 0.018 0.001 0.020 0.001 0.001 108 R 0.284 0.160 0.207 0.139 0.066 0.047 0.053 0.007 0.030 0.007 0.001