# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.130 0.089 0.044 0.028 0.172 0.022 0.029 0.111 0.073 0.173 0.129 2 A 0.155 0.159 0.042 0.011 0.274 0.016 0.031 0.138 0.054 0.067 0.054 3 K 0.122 0.142 0.064 0.040 0.193 0.043 0.061 0.116 0.049 0.104 0.066 4 C 0.150 0.196 0.093 0.016 0.291 0.013 0.017 0.078 0.048 0.060 0.038 5 P 0.076 0.124 0.054 0.013 0.149 0.016 0.048 0.251 0.198 0.040 0.031 6 I 0.084 0.074 0.042 0.018 0.096 0.030 0.143 0.223 0.120 0.126 0.043 7 C 0.056 0.251 0.105 0.043 0.112 0.041 0.065 0.094 0.056 0.132 0.046 8 G 0.044 0.068 0.083 0.177 0.056 0.079 0.041 0.081 0.063 0.235 0.073 9 S 0.036 0.303 0.268 0.033 0.119 0.018 0.024 0.069 0.062 0.054 0.014 10 P 0.079 0.117 0.039 0.008 0.154 0.008 0.030 0.241 0.185 0.098 0.042 11 L 0.060 0.261 0.073 0.010 0.164 0.017 0.036 0.225 0.071 0.057 0.025 12 K 0.023 0.407 0.132 0.009 0.074 0.007 0.012 0.234 0.054 0.025 0.023 13 W 0.006 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.798 0.168 0.011 0.005 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.054 0.002 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.018 0.005 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.024 0.007 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.065 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.919 0.077 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.934 0.047 0.008 0.001 20 M 0.005 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.818 0.131 0.021 0.003 21 L 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.882 0.081 0.011 0.001 22 I 0.010 0.009 0.002 0.001 0.011 0.001 0.037 0.797 0.069 0.060 0.003 23 I 0.025 0.061 0.026 0.005 0.043 0.006 0.029 0.618 0.101 0.067 0.018 24 E 0.010 0.050 0.029 0.021 0.022 0.032 0.075 0.622 0.096 0.032 0.010 25 N 0.030 0.050 0.029 0.007 0.042 0.005 0.018 0.422 0.102 0.252 0.044 26 F 0.019 0.017 0.003 0.001 0.022 0.002 0.012 0.565 0.313 0.031 0.014 27 E 0.004 0.007 0.003 0.002 0.007 0.008 0.039 0.744 0.175 0.009 0.003 28 E 0.013 0.016 0.003 0.001 0.016 0.001 0.018 0.792 0.101 0.037 0.003 29 I 0.019 0.030 0.003 0.001 0.032 0.001 0.016 0.743 0.105 0.045 0.006 30 V 0.029 0.016 0.006 0.003 0.034 0.006 0.025 0.711 0.116 0.038 0.015 31 K 0.011 0.031 0.009 0.004 0.018 0.010 0.041 0.744 0.065 0.060 0.007 32 D 0.030 0.133 0.081 0.007 0.074 0.004 0.015 0.470 0.070 0.097 0.019 33 R 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.697 0.272 0.011 0.003 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.897 0.088 0.004 0.001 35 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.928 0.048 0.010 0.001 36 F 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.907 0.048 0.031 0.001 37 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.874 0.104 0.010 0.002 38 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.893 0.086 0.004 0.001 39 Q 0.006 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.030 0.754 0.050 0.134 0.006 40 V 0.065 0.028 0.005 0.001 0.042 0.002 0.018 0.441 0.318 0.037 0.043 41 E 0.005 0.004 0.002 0.003 0.006 0.024 0.092 0.630 0.221 0.008 0.004 42 E 0.040 0.016 0.006 0.002 0.035 0.004 0.093 0.584 0.101 0.109 0.010 43 F 0.093 0.266 0.024 0.001 0.261 0.004 0.043 0.189 0.064 0.034 0.021 44 V 0.231 0.045 0.009 0.007 0.303 0.021 0.051 0.147 0.038 0.051 0.096 45 F 0.237 0.111 0.027 0.008 0.360 0.012 0.019 0.094 0.024 0.056 0.052 46 K 0.088 0.183 0.106 0.045 0.251 0.040 0.072 0.076 0.028 0.066 0.045 47 C 0.158 0.192 0.119 0.013 0.330 0.007 0.012 0.057 0.037 0.044 0.033 48 P 0.050 0.113 0.047 0.012 0.101 0.017 0.054 0.293 0.236 0.049 0.029 49 V 0.054 0.078 0.047 0.026 0.080 0.030 0.109 0.299 0.113 0.125 0.040 50 C 0.056 0.211 0.080 0.043 0.101 0.038 0.053 0.173 0.064 0.135 0.046 51 G 0.048 0.073 0.087 0.095 0.062 0.041 0.025 0.187 0.103 0.203 0.077 52 E 0.056 0.124 0.055 0.012 0.122 0.011 0.025 0.319 0.195 0.063 0.019 53 E 0.068 0.085 0.024 0.005 0.114 0.007 0.045 0.427 0.141 0.062 0.022 54 F 0.089 0.064 0.025 0.011 0.092 0.023 0.071 0.365 0.109 0.109 0.043 55 Y 0.039 0.169 0.067 0.072 0.069 0.088 0.113 0.191 0.076 0.083 0.032 56 G 0.048 0.052 0.075 0.132 0.055 0.052 0.034 0.131 0.100 0.254 0.067 57 K 0.054 0.182 0.105 0.017 0.159 0.016 0.046 0.147 0.146 0.102 0.027 58 T 0.107 0.151 0.065 0.011 0.186 0.013 0.050 0.085 0.090 0.168 0.073 59 L 0.032 0.501 0.244 0.016 0.105 0.011 0.014 0.024 0.013 0.024 0.016 60 P 0.035 0.434 0.242 0.016 0.094 0.010 0.017 0.067 0.049 0.020 0.016 61 R 0.018 0.050 0.023 0.006 0.025 0.005 0.017 0.466 0.319 0.058 0.014 62 R 0.005 0.036 0.019 0.009 0.014 0.012 0.030 0.649 0.178 0.042 0.006 63 E 0.018 0.034 0.011 0.002 0.025 0.003 0.013 0.613 0.161 0.105 0.015 64 A 0.009 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.800 0.128 0.029 0.008 65 E 0.006 0.007 0.002 0.002 0.009 0.005 0.012 0.872 0.077 0.006 0.003 66 K 0.007 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.925 0.027 0.014 0.002 67 V 0.010 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.898 0.051 0.016 0.004 68 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.007 0.877 0.089 0.007 0.002 69 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.916 0.061 0.007 0.001 70 L 0.006 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.049 0.804 0.086 0.038 0.003 71 L 0.022 0.070 0.026 0.009 0.041 0.016 0.047 0.545 0.140 0.071 0.015 72 N 0.038 0.035 0.021 0.013 0.048 0.014 0.045 0.445 0.206 0.107 0.027 73 D 0.048 0.048 0.037 0.005 0.067 0.007 0.067 0.374 0.194 0.131 0.022 74 F 0.063 0.111 0.059 0.009 0.100 0.016 0.103 0.256 0.147 0.101 0.035 75 K 0.069 0.148 0.062 0.052 0.095 0.064 0.108 0.152 0.081 0.117 0.052 76 G 0.044 0.150 0.135 0.128 0.077 0.066 0.048 0.072 0.047 0.175 0.058 77 G 0.113 0.143 0.109 0.031 0.213 0.014 0.022 0.066 0.050 0.160 0.078 78 I 0.101 0.330 0.087 0.015 0.299 0.014 0.020 0.040 0.028 0.044 0.021 79 D 0.124 0.309 0.149 0.011 0.325 0.006 0.009 0.022 0.014 0.012 0.020 80 W 0.082 0.056 0.026 0.010 0.090 0.022 0.037 0.320 0.270 0.049 0.038 81 E 0.044 0.160 0.055 0.029 0.104 0.044 0.130 0.218 0.106 0.089 0.023 82 N 0.109 0.054 0.033 0.029 0.092 0.020 0.023 0.113 0.084 0.321 0.122 83 K 0.053 0.302 0.091 0.015 0.192 0.020 0.031 0.142 0.064 0.060 0.030 84 R 0.346 0.077 0.011 0.004 0.423 0.006 0.015 0.043 0.016 0.023 0.036 85 V 0.225 0.174 0.018 0.002 0.455 0.008 0.017 0.039 0.021 0.010 0.031 86 K 0.260 0.086 0.009 0.004 0.513 0.011 0.014 0.039 0.009 0.013 0.044 87 L 0.238 0.154 0.017 0.003 0.456 0.007 0.010 0.050 0.010 0.019 0.034 88 K 0.125 0.246 0.058 0.011 0.295 0.013 0.026 0.104 0.023 0.036 0.063 89 L 0.075 0.049 0.010 0.008 0.071 0.011 0.028 0.487 0.166 0.051 0.044 90 N 0.009 0.026 0.015 0.017 0.020 0.024 0.041 0.692 0.120 0.027 0.008 91 D 0.009 0.012 0.005 0.001 0.010 0.002 0.010 0.738 0.173 0.034 0.006 92 L 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.879 0.082 0.016 0.003 93 L 0.003 0.008 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.929 0.040 0.006 0.001 94 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.938 0.027 0.020 0.002 95 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.907 0.071 0.010 0.002 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.877 0.106 0.003 0.001 97 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.912 0.069 0.007 0.001 98 M 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.796 0.128 0.040 0.002 99 L 0.007 0.009 0.002 0.001 0.008 0.001 0.012 0.743 0.172 0.040 0.004 100 E 0.003 0.009 0.003 0.001 0.005 0.002 0.024 0.780 0.152 0.019 0.002 101 E 0.011 0.013 0.007 0.001 0.014 0.002 0.055 0.715 0.112 0.065 0.006 102 W 0.034 0.097 0.019 0.002 0.068 0.004 0.023 0.504 0.166 0.064 0.018 103 D 0.075 0.024 0.007 0.003 0.071 0.007 0.032 0.516 0.152 0.081 0.031 104 R 0.028 0.077 0.018 0.003 0.063 0.007 0.027 0.579 0.151 0.037 0.009 105 R 0.070 0.061 0.013 0.003 0.109 0.006 0.083 0.438 0.101 0.091 0.024 106 V 0.149 0.100 0.025 0.004 0.180 0.008 0.028 0.262 0.104 0.090 0.049 107 K 0.065 0.096 0.046 0.044 0.111 0.067 0.108 0.255 0.092 0.073 0.042 108 R 0.117 0.116 0.083 0.032 0.175 0.022 0.043 0.173 0.072 0.128 0.040