# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.735 0.191 0.047 0.020 0.006 0.002 0.001 2 A 0.500 0.214 0.146 0.092 0.038 0.009 0.001 3 K 0.402 0.284 0.186 0.093 0.026 0.009 0.001 4 C 0.203 0.168 0.188 0.197 0.172 0.067 0.005 5 P 0.309 0.289 0.186 0.123 0.068 0.023 0.002 6 I 0.216 0.177 0.191 0.200 0.147 0.064 0.006 7 C 0.195 0.230 0.233 0.180 0.113 0.045 0.003 8 G 0.314 0.229 0.213 0.166 0.063 0.014 0.001 9 S 0.567 0.321 0.075 0.026 0.008 0.002 0.001 10 P 0.421 0.388 0.130 0.046 0.012 0.003 0.001 11 L 0.076 0.074 0.224 0.351 0.232 0.040 0.002 12 K 0.232 0.459 0.213 0.073 0.019 0.004 0.001 13 W 0.044 0.083 0.153 0.297 0.269 0.146 0.008 14 E 0.154 0.336 0.262 0.174 0.061 0.012 0.001 15 E 0.206 0.402 0.213 0.134 0.037 0.007 0.001 16 L 0.019 0.045 0.119 0.254 0.362 0.181 0.019 17 I 0.027 0.062 0.114 0.251 0.325 0.202 0.021 18 E 0.155 0.347 0.270 0.144 0.062 0.021 0.002 19 E 0.101 0.237 0.280 0.255 0.096 0.028 0.003 20 M 0.042 0.063 0.101 0.176 0.298 0.287 0.033 21 L 0.061 0.097 0.187 0.287 0.251 0.105 0.012 22 I 0.178 0.291 0.254 0.154 0.081 0.037 0.003 23 I 0.142 0.189 0.243 0.238 0.146 0.040 0.002 24 E 0.467 0.339 0.116 0.053 0.020 0.004 0.001 25 N 0.328 0.315 0.181 0.114 0.048 0.013 0.001 26 F 0.134 0.132 0.221 0.278 0.180 0.052 0.003 27 E 0.443 0.354 0.137 0.049 0.014 0.003 0.001 28 E 0.343 0.430 0.146 0.062 0.016 0.003 0.001 29 I 0.043 0.080 0.147 0.274 0.317 0.133 0.005 30 V 0.046 0.112 0.287 0.330 0.188 0.037 0.001 31 K 0.415 0.420 0.125 0.033 0.007 0.001 0.001 32 D 0.267 0.275 0.228 0.161 0.060 0.009 0.001 33 R 0.234 0.260 0.227 0.192 0.073 0.014 0.001 34 E 0.571 0.342 0.066 0.016 0.005 0.001 0.001 35 R 0.339 0.448 0.150 0.056 0.007 0.001 0.001 36 F 0.033 0.072 0.166 0.262 0.360 0.105 0.003 37 L 0.034 0.104 0.265 0.395 0.171 0.032 0.001 38 A 0.478 0.424 0.077 0.015 0.005 0.001 0.001 39 Q 0.159 0.335 0.282 0.187 0.032 0.005 0.001 40 V 0.046 0.058 0.171 0.317 0.305 0.099 0.004 41 E 0.352 0.410 0.161 0.061 0.014 0.003 0.001 42 E 0.427 0.424 0.109 0.031 0.007 0.002 0.001 43 F 0.041 0.064 0.112 0.286 0.355 0.132 0.009 44 V 0.061 0.189 0.260 0.270 0.156 0.062 0.003 45 F 0.062 0.096 0.186 0.272 0.234 0.135 0.015 46 K 0.205 0.309 0.235 0.152 0.076 0.021 0.002 47 C 0.110 0.129 0.170 0.246 0.229 0.106 0.010 48 P 0.388 0.310 0.151 0.087 0.048 0.016 0.002 49 V 0.432 0.287 0.138 0.090 0.038 0.013 0.002 50 C 0.278 0.190 0.194 0.170 0.112 0.048 0.007 51 G 0.354 0.224 0.150 0.136 0.089 0.041 0.006 52 E 0.420 0.263 0.147 0.093 0.053 0.022 0.003 53 E 0.367 0.302 0.162 0.105 0.046 0.016 0.002 54 F 0.166 0.120 0.172 0.211 0.213 0.104 0.014 55 Y 0.247 0.199 0.186 0.194 0.115 0.053 0.007 56 G 0.478 0.263 0.137 0.073 0.035 0.012 0.001 57 K 0.381 0.274 0.187 0.116 0.031 0.010 0.001 58 T 0.375 0.316 0.174 0.087 0.036 0.012 0.001 59 L 0.157 0.118 0.192 0.293 0.174 0.061 0.005 60 P 0.402 0.256 0.172 0.099 0.055 0.016 0.001 61 R 0.502 0.273 0.129 0.066 0.023 0.006 0.001 62 R 0.647 0.266 0.058 0.021 0.007 0.001 0.001 63 E 0.312 0.279 0.175 0.140 0.070 0.022 0.002 64 A 0.174 0.198 0.201 0.199 0.155 0.065 0.007 65 E 0.181 0.219 0.237 0.198 0.118 0.042 0.004 66 K 0.148 0.242 0.259 0.196 0.107 0.042 0.006 67 V 0.029 0.043 0.072 0.136 0.269 0.364 0.088 68 F 0.032 0.057 0.110 0.219 0.287 0.244 0.051 69 E 0.107 0.208 0.234 0.207 0.151 0.077 0.017 70 L 0.018 0.038 0.071 0.136 0.266 0.357 0.115 71 L 0.031 0.065 0.126 0.215 0.290 0.230 0.045 72 N 0.135 0.287 0.264 0.187 0.091 0.033 0.003 73 D 0.127 0.220 0.238 0.231 0.129 0.049 0.006 74 F 0.049 0.048 0.086 0.205 0.330 0.251 0.031 75 K 0.209 0.294 0.261 0.160 0.056 0.019 0.002 76 G 0.296 0.294 0.186 0.135 0.063 0.024 0.002 77 G 0.242 0.263 0.207 0.172 0.081 0.031 0.003 78 I 0.094 0.087 0.127 0.213 0.273 0.186 0.020 79 D 0.219 0.353 0.229 0.124 0.055 0.019 0.002 80 W 0.111 0.124 0.210 0.272 0.200 0.076 0.006 81 E 0.462 0.344 0.114 0.051 0.022 0.006 0.001 82 N 0.404 0.314 0.160 0.082 0.030 0.009 0.001 83 K 0.255 0.271 0.213 0.164 0.076 0.019 0.002 84 R 0.144 0.334 0.266 0.172 0.062 0.021 0.002 85 V 0.033 0.057 0.105 0.226 0.352 0.204 0.023 86 K 0.045 0.201 0.270 0.275 0.145 0.060 0.004 87 L 0.028 0.052 0.107 0.231 0.318 0.236 0.028 88 K 0.048 0.188 0.298 0.255 0.150 0.055 0.006 89 L 0.024 0.052 0.087 0.198 0.297 0.288 0.055 90 N 0.049 0.136 0.257 0.266 0.187 0.090 0.014 91 D 0.072 0.213 0.255 0.260 0.119 0.070 0.011 92 L 0.022 0.037 0.082 0.186 0.324 0.292 0.057 93 L 0.029 0.062 0.103 0.192 0.275 0.281 0.058 94 A 0.039 0.094 0.179 0.255 0.232 0.158 0.042 95 L 0.036 0.069 0.099 0.186 0.261 0.283 0.066 96 E 0.181 0.304 0.234 0.163 0.090 0.026 0.002 97 T 0.249 0.391 0.206 0.112 0.031 0.010 0.001 98 M 0.050 0.081 0.157 0.293 0.282 0.127 0.010 99 L 0.078 0.096 0.169 0.278 0.264 0.108 0.006 100 E 0.401 0.379 0.135 0.055 0.025 0.006 0.001 101 E 0.465 0.368 0.115 0.040 0.009 0.002 0.001 102 W 0.139 0.126 0.201 0.300 0.184 0.048 0.002 103 D 0.396 0.295 0.178 0.085 0.038 0.008 0.001 104 R 0.480 0.264 0.152 0.075 0.025 0.005 0.001 105 R 0.617 0.272 0.077 0.026 0.007 0.001 0.001 106 V 0.434 0.191 0.172 0.145 0.048 0.010 0.001 107 K 0.796 0.156 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 108 R 0.840 0.133 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001