# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33065 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.319 0.174 0.126 0.120 0.096 0.066 0.042 0.024 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 2 A 0.143 0.074 0.100 0.115 0.144 0.143 0.119 0.073 0.042 0.023 0.013 0.008 0.004 0.001 3 K 0.185 0.163 0.138 0.150 0.131 0.085 0.067 0.040 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 4 C 0.133 0.062 0.077 0.106 0.142 0.136 0.103 0.097 0.068 0.034 0.021 0.012 0.005 0.002 5 P 0.186 0.124 0.126 0.147 0.142 0.102 0.074 0.045 0.027 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 6 I 0.098 0.048 0.076 0.113 0.146 0.151 0.108 0.107 0.071 0.040 0.022 0.012 0.005 0.002 7 C 0.109 0.079 0.096 0.138 0.161 0.152 0.110 0.074 0.041 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 8 G 0.263 0.191 0.151 0.128 0.093 0.067 0.051 0.024 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 9 S 0.331 0.209 0.146 0.117 0.078 0.054 0.032 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 10 P 0.193 0.172 0.157 0.150 0.152 0.077 0.056 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 11 L 0.253 0.089 0.099 0.124 0.163 0.114 0.077 0.047 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 12 K 0.315 0.225 0.168 0.136 0.089 0.031 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 W 0.043 0.030 0.059 0.131 0.194 0.190 0.129 0.113 0.070 0.034 0.006 0.002 0.001 0.001 14 E 0.173 0.222 0.219 0.240 0.076 0.053 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.555 0.331 0.088 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.025 0.041 0.085 0.168 0.277 0.214 0.088 0.071 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.045 0.037 0.050 0.100 0.225 0.184 0.176 0.118 0.048 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 18 E 0.586 0.219 0.098 0.058 0.020 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.386 0.213 0.179 0.118 0.053 0.027 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 M 0.078 0.048 0.084 0.151 0.230 0.186 0.120 0.064 0.026 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 21 L 0.133 0.077 0.105 0.156 0.222 0.140 0.076 0.051 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 22 I 0.294 0.141 0.128 0.151 0.117 0.080 0.051 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 23 I 0.152 0.090 0.129 0.205 0.192 0.113 0.063 0.027 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 24 E 0.607 0.178 0.103 0.053 0.026 0.016 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.304 0.197 0.162 0.138 0.100 0.052 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.115 0.063 0.078 0.145 0.204 0.173 0.114 0.061 0.030 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 27 E 0.410 0.251 0.148 0.105 0.046 0.023 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.548 0.236 0.116 0.051 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.030 0.028 0.074 0.168 0.251 0.211 0.122 0.075 0.027 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 30 V 0.067 0.064 0.102 0.167 0.223 0.172 0.118 0.052 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 31 K 0.728 0.167 0.060 0.024 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.392 0.232 0.172 0.110 0.056 0.019 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.074 0.070 0.138 0.219 0.241 0.152 0.063 0.025 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.630 0.227 0.080 0.034 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.555 0.326 0.077 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 F 0.044 0.040 0.084 0.184 0.271 0.190 0.103 0.055 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.034 0.049 0.102 0.219 0.276 0.165 0.097 0.034 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.802 0.129 0.044 0.015 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.190 0.272 0.251 0.153 0.075 0.031 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 V 0.025 0.019 0.047 0.115 0.265 0.228 0.132 0.106 0.045 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 41 E 0.242 0.259 0.197 0.146 0.084 0.046 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.513 0.285 0.104 0.047 0.022 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.041 0.029 0.056 0.125 0.222 0.181 0.131 0.103 0.064 0.024 0.012 0.010 0.003 0.001 44 V 0.060 0.051 0.084 0.153 0.220 0.167 0.108 0.078 0.041 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 45 F 0.176 0.089 0.078 0.089 0.103 0.110 0.098 0.094 0.065 0.045 0.029 0.014 0.008 0.003 46 K 0.188 0.137 0.138 0.162 0.128 0.085 0.069 0.044 0.026 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 47 C 0.084 0.043 0.058 0.097 0.138 0.144 0.131 0.108 0.085 0.049 0.033 0.020 0.007 0.003 48 P 0.188 0.118 0.119 0.133 0.147 0.111 0.081 0.048 0.026 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 49 V 0.162 0.093 0.114 0.136 0.136 0.124 0.083 0.068 0.038 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 50 C 0.120 0.089 0.101 0.132 0.169 0.136 0.101 0.071 0.041 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 51 G 0.289 0.159 0.135 0.133 0.106 0.070 0.048 0.026 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 52 E 0.340 0.145 0.118 0.125 0.106 0.070 0.038 0.024 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 53 E 0.332 0.151 0.122 0.117 0.098 0.073 0.047 0.027 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 54 F 0.141 0.062 0.091 0.123 0.157 0.146 0.105 0.078 0.047 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 55 Y 0.149 0.092 0.114 0.169 0.160 0.127 0.075 0.052 0.032 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 56 G 0.299 0.122 0.114 0.117 0.107 0.087 0.071 0.035 0.023 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 57 K 0.242 0.151 0.143 0.137 0.116 0.088 0.057 0.032 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 58 T 0.303 0.163 0.132 0.117 0.113 0.069 0.043 0.027 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 59 L 0.151 0.089 0.120 0.174 0.182 0.131 0.068 0.044 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 60 P 0.305 0.154 0.133 0.130 0.111 0.072 0.054 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 61 R 0.369 0.170 0.138 0.124 0.089 0.052 0.033 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 R 0.640 0.174 0.079 0.049 0.029 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.296 0.159 0.155 0.169 0.106 0.061 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.218 0.115 0.136 0.187 0.152 0.100 0.049 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 65 E 0.427 0.188 0.129 0.109 0.062 0.042 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.221 0.150 0.163 0.146 0.120 0.089 0.058 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 67 V 0.064 0.032 0.049 0.089 0.150 0.183 0.156 0.137 0.075 0.036 0.018 0.008 0.003 0.001 68 F 0.101 0.073 0.075 0.099 0.158 0.143 0.133 0.088 0.058 0.037 0.021 0.009 0.004 0.002 69 E 0.316 0.164 0.150 0.115 0.077 0.062 0.050 0.031 0.017 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 70 L 0.063 0.031 0.045 0.086 0.147 0.155 0.140 0.130 0.088 0.047 0.032 0.025 0.007 0.003 71 L 0.056 0.037 0.052 0.095 0.142 0.177 0.151 0.146 0.077 0.037 0.020 0.007 0.003 0.002 72 N 0.140 0.116 0.117 0.145 0.149 0.114 0.088 0.057 0.033 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 73 D 0.149 0.126 0.154 0.156 0.142 0.108 0.067 0.046 0.028 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 74 F 0.085 0.037 0.059 0.085 0.136 0.156 0.167 0.112 0.072 0.043 0.025 0.015 0.006 0.002 75 K 0.161 0.129 0.134 0.157 0.148 0.104 0.067 0.044 0.029 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 76 G 0.185 0.079 0.081 0.097 0.128 0.125 0.110 0.085 0.047 0.031 0.017 0.010 0.004 0.002 77 G 0.133 0.127 0.127 0.163 0.155 0.106 0.082 0.054 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 78 I 0.154 0.067 0.076 0.111 0.153 0.134 0.101 0.092 0.056 0.025 0.017 0.010 0.004 0.001 79 D 0.256 0.140 0.137 0.159 0.127 0.081 0.061 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 80 W 0.112 0.063 0.117 0.169 0.182 0.142 0.099 0.060 0.032 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 81 E 0.544 0.194 0.101 0.087 0.037 0.019 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.540 0.214 0.126 0.062 0.025 0.015 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 K 0.248 0.150 0.166 0.147 0.118 0.082 0.053 0.019 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 84 R 0.135 0.151 0.161 0.144 0.187 0.098 0.064 0.035 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 85 V 0.061 0.039 0.049 0.085 0.147 0.158 0.148 0.136 0.083 0.049 0.026 0.011 0.005 0.001 86 K 0.117 0.112 0.123 0.171 0.185 0.108 0.074 0.056 0.028 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 87 L 0.074 0.029 0.032 0.051 0.095 0.113 0.124 0.134 0.132 0.091 0.063 0.042 0.016 0.005 88 K 0.074 0.071 0.102 0.168 0.164 0.148 0.118 0.081 0.038 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 89 L 0.041 0.020 0.025 0.054 0.089 0.122 0.145 0.166 0.147 0.102 0.055 0.021 0.007 0.004 90 N 0.052 0.074 0.086 0.141 0.169 0.169 0.127 0.091 0.046 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 91 D 0.110 0.113 0.136 0.152 0.134 0.130 0.102 0.058 0.034 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 92 L 0.038 0.032 0.058 0.092 0.168 0.177 0.169 0.127 0.078 0.033 0.016 0.008 0.003 0.001 93 L 0.169 0.079 0.082 0.103 0.142 0.145 0.108 0.088 0.050 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 94 A 0.087 0.073 0.119 0.166 0.184 0.149 0.108 0.064 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 95 L 0.052 0.047 0.063 0.125 0.202 0.176 0.135 0.102 0.062 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 96 E 0.244 0.249 0.203 0.142 0.080 0.045 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.390 0.302 0.168 0.073 0.034 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 M 0.099 0.077 0.114 0.182 0.236 0.155 0.075 0.039 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.073 0.058 0.098 0.169 0.248 0.162 0.108 0.050 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 100 E 0.598 0.176 0.095 0.072 0.030 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.572 0.217 0.116 0.049 0.022 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 W 0.082 0.052 0.108 0.214 0.232 0.164 0.077 0.042 0.018 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 103 D 0.385 0.194 0.151 0.114 0.078 0.039 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.481 0.138 0.108 0.102 0.071 0.049 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.322 0.199 0.152 0.134 0.092 0.049 0.031 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 V 0.096 0.049 0.094 0.143 0.215 0.175 0.118 0.063 0.027 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 107 K 0.547 0.174 0.103 0.083 0.043 0.023 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.717 0.128 0.066 0.040 0.024 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001