# TARGET T0476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.33036 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.005 0.005 0.042 0.040 0.059 0.013 0.138 0.052 0.018 0.007 0.003 0.002 0.003 0.004 0.043 0.024 0.202 0.099 0.111 0.132 0.001 2 A 0.002 0.003 0.030 0.030 0.046 0.015 0.151 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.031 0.029 0.222 0.041 0.137 0.224 0.001 3 K 0.002 0.003 0.024 0.018 0.070 0.008 0.248 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.026 0.024 0.116 0.221 0.082 0.128 0.002 4 C 0.002 0.002 0.046 0.023 0.034 0.001 0.015 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.027 0.037 0.049 0.031 0.354 0.358 0.002 5 P 0.002 0.002 0.043 0.018 0.069 0.007 0.026 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.065 0.029 0.431 0.066 0.065 0.139 0.001 6 I 0.004 0.006 0.029 0.040 0.045 0.041 0.278 0.038 0.005 0.003 0.003 0.004 0.007 0.016 0.052 0.089 0.100 0.052 0.092 0.094 0.002 7 C 0.004 0.004 0.042 0.048 0.056 0.005 0.083 0.019 0.002 0.001 0.004 0.004 0.007 0.012 0.085 0.050 0.138 0.043 0.184 0.208 0.001 8 G 0.002 0.003 0.023 0.019 0.060 0.004 0.098 0.015 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.064 0.082 0.132 0.184 0.118 0.180 0.001 9 S 0.002 0.002 0.047 0.031 0.031 0.006 0.037 0.020 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.049 0.050 0.148 0.038 0.168 0.360 0.001 10 P 0.001 0.002 0.009 0.007 0.076 0.007 0.076 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.046 0.322 0.147 0.075 0.115 0.001 11 L 0.001 0.002 0.042 0.028 0.010 0.008 0.124 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.015 0.199 0.048 0.079 0.258 0.001 12 K 0.001 0.001 0.005 0.006 0.074 0.003 0.040 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.029 0.055 0.186 0.433 0.001 13 W 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.001 0.006 0.125 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.790 0.032 0.010 0.006 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 0.001 0.002 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.959 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.910 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 20 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.041 0.837 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.064 0.009 0.012 0.011 0.001 21 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.013 0.066 0.700 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.003 0.125 0.025 0.015 0.014 0.001 22 I 0.002 0.003 0.004 0.009 0.015 0.028 0.127 0.555 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.012 0.125 0.027 0.020 0.019 0.001 23 I 0.002 0.002 0.006 0.018 0.009 0.013 0.074 0.470 0.038 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 0.008 0.187 0.029 0.046 0.036 0.001 24 E 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.008 0.048 0.385 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.404 0.018 0.019 0.060 0.001 25 N 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.007 0.148 0.342 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.086 0.086 0.059 0.191 0.001 26 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.001 0.015 0.257 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.587 0.054 0.027 0.028 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.052 0.843 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.004 0.005 0.004 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.051 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.004 0.004 0.005 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.032 0.776 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.130 0.014 0.011 0.009 0.001 30 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.028 0.822 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.090 0.009 0.011 0.016 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.052 0.782 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.120 0.008 0.004 0.016 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.046 0.776 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.068 0.013 0.030 0.042 0.001 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.572 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.383 0.009 0.011 0.005 0.001 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.002 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.867 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.098 0.003 0.003 0.002 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.083 0.818 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 0.002 0.001 0.004 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.162 0.666 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.093 0.027 0.008 0.006 0.001 40 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.003 0.054 0.526 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.133 0.063 0.125 0.042 0.001 41 E 0.001 0.001 0.010 0.006 0.007 0.018 0.088 0.500 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 0.248 0.022 0.024 0.029 0.001 42 E 0.004 0.005 0.010 0.019 0.034 0.049 0.248 0.234 0.042 0.014 0.001 0.002 0.004 0.017 0.020 0.030 0.126 0.047 0.050 0.045 0.001 43 F 0.006 0.013 0.029 0.063 0.035 0.015 0.159 0.131 0.012 0.010 0.002 0.004 0.008 0.033 0.067 0.022 0.129 0.069 0.091 0.100 0.003 44 V 0.017 0.016 0.038 0.051 0.095 0.013 0.082 0.092 0.017 0.004 0.010 0.009 0.014 0.045 0.053 0.055 0.132 0.088 0.091 0.073 0.006 45 F 0.014 0.011 0.072 0.064 0.070 0.019 0.060 0.042 0.011 0.002 0.007 0.008 0.018 0.050 0.120 0.067 0.085 0.034 0.119 0.123 0.005 46 K 0.009 0.009 0.026 0.036 0.164 0.005 0.070 0.014 0.007 0.002 0.004 0.004 0.011 0.022 0.074 0.071 0.114 0.104 0.102 0.149 0.003 47 C 0.003 0.003 0.037 0.039 0.034 0.001 0.014 0.008 0.003 0.001 0.004 0.004 0.004 0.007 0.046 0.031 0.047 0.036 0.386 0.290 0.003 48 P 0.001 0.002 0.021 0.017 0.064 0.007 0.018 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.037 0.422 0.066 0.066 0.200 0.001 49 V 0.002 0.004 0.021 0.024 0.048 0.029 0.235 0.065 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.036 0.036 0.166 0.071 0.085 0.162 0.001 50 C 0.002 0.003 0.034 0.027 0.039 0.003 0.059 0.052 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.033 0.018 0.304 0.052 0.141 0.224 0.001 51 G 0.002 0.005 0.018 0.015 0.099 0.008 0.144 0.158 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.029 0.216 0.112 0.052 0.108 0.001 52 E 0.007 0.009 0.073 0.045 0.039 0.012 0.091 0.265 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.039 0.019 0.255 0.028 0.053 0.048 0.001 53 E 0.013 0.017 0.023 0.032 0.143 0.017 0.131 0.279 0.008 0.002 0.001 0.002 0.006 0.006 0.033 0.021 0.167 0.033 0.033 0.033 0.001 54 F 0.017 0.022 0.064 0.055 0.056 0.011 0.183 0.175 0.010 0.005 0.004 0.005 0.010 0.011 0.058 0.027 0.145 0.036 0.049 0.055 0.002 55 Y 0.014 0.020 0.036 0.080 0.110 0.006 0.114 0.080 0.010 0.003 0.004 0.004 0.010 0.010 0.043 0.032 0.175 0.070 0.067 0.109 0.002 56 G 0.009 0.014 0.029 0.032 0.124 0.010 0.203 0.041 0.014 0.007 0.003 0.003 0.005 0.005 0.048 0.043 0.107 0.115 0.087 0.099 0.002 57 K 0.010 0.009 0.116 0.091 0.039 0.026 0.074 0.026 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.052 0.015 0.238 0.035 0.082 0.169 0.001 58 T 0.005 0.006 0.009 0.012 0.232 0.005 0.178 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.012 0.040 0.080 0.145 0.180 0.075 0.001 59 L 0.001 0.001 0.078 0.052 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.006 0.032 0.027 0.133 0.587 0.001 60 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.054 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.018 0.167 0.715 0.001 61 R 0.001 0.001 0.040 0.012 0.006 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 0.650 0.077 0.066 0.096 0.001 62 R 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.024 0.185 0.477 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.152 0.012 0.032 0.081 0.001 63 E 0.001 0.001 0.004 0.009 0.009 0.006 0.104 0.583 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.149 0.021 0.056 0.047 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.039 0.775 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.122 0.022 0.008 0.010 0.001 65 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.024 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.001 0.004 0.002 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.007 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.003 0.002 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.014 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.003 0.001 0.002 0.001 70 L 0.003 0.004 0.003 0.007 0.008 0.005 0.058 0.774 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.086 0.007 0.003 0.004 0.001 71 L 0.011 0.007 0.013 0.018 0.017 0.010 0.135 0.530 0.040 0.006 0.001 0.001 0.002 0.007 0.020 0.006 0.108 0.026 0.023 0.019 0.001 72 N 0.007 0.006 0.013 0.022 0.024 0.020 0.209 0.234 0.060 0.009 0.001 0.002 0.004 0.018 0.014 0.010 0.204 0.059 0.046 0.035 0.002 73 D 0.005 0.006 0.016 0.014 0.035 0.013 0.195 0.122 0.061 0.018 0.002 0.002 0.004 0.017 0.021 0.019 0.212 0.095 0.086 0.055 0.002 74 F 0.003 0.004 0.025 0.018 0.027 0.009 0.106 0.059 0.025 0.015 0.002 0.002 0.002 0.011 0.043 0.027 0.248 0.100 0.110 0.163 0.001 75 K 0.002 0.004 0.018 0.022 0.060 0.011 0.159 0.031 0.010 0.006 0.001 0.002 0.003 0.009 0.033 0.040 0.228 0.079 0.079 0.202 0.001 76 G 0.005 0.008 0.036 0.026 0.116 0.016 0.169 0.024 0.005 0.002 0.004 0.003 0.007 0.017 0.049 0.055 0.074 0.123 0.070 0.186 0.003 77 G 0.016 0.013 0.155 0.070 0.101 0.004 0.041 0.020 0.002 0.001 0.009 0.006 0.011 0.017 0.062 0.039 0.086 0.073 0.140 0.127 0.009 78 I 0.017 0.020 0.041 0.044 0.320 0.002 0.021 0.014 0.002 0.001 0.006 0.006 0.017 0.015 0.052 0.073 0.078 0.065 0.108 0.094 0.007 79 D 0.014 0.013 0.120 0.102 0.111 0.003 0.015 0.030 0.002 0.001 0.006 0.006 0.008 0.010 0.071 0.021 0.032 0.022 0.213 0.196 0.005 80 W 0.006 0.003 0.021 0.016 0.166 0.002 0.011 0.024 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.024 0.018 0.627 0.028 0.019 0.023 0.001 81 E 0.006 0.008 0.025 0.040 0.044 0.015 0.582 0.064 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.026 0.010 0.090 0.013 0.019 0.041 0.001 82 N 0.013 0.021 0.024 0.035 0.169 0.005 0.335 0.037 0.003 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.018 0.023 0.053 0.129 0.056 0.061 0.002 83 K 0.037 0.040 0.211 0.135 0.130 0.005 0.046 0.041 0.002 0.001 0.004 0.004 0.012 0.005 0.055 0.019 0.076 0.044 0.048 0.079 0.005 84 R 0.066 0.057 0.056 0.050 0.422 0.003 0.032 0.036 0.003 0.001 0.009 0.010 0.017 0.008 0.028 0.032 0.048 0.030 0.057 0.025 0.010 85 V 0.070 0.083 0.151 0.153 0.148 0.003 0.015 0.034 0.001 0.001 0.007 0.010 0.030 0.016 0.138 0.018 0.023 0.010 0.035 0.046 0.008 86 K 0.070 0.085 0.045 0.112 0.289 0.002 0.014 0.060 0.002 0.001 0.018 0.015 0.032 0.021 0.066 0.032 0.038 0.021 0.033 0.026 0.019 87 L 0.100 0.080 0.081 0.105 0.154 0.003 0.014 0.089 0.003 0.001 0.013 0.014 0.042 0.028 0.128 0.032 0.054 0.010 0.023 0.020 0.008 88 K 0.081 0.061 0.055 0.106 0.149 0.005 0.033 0.178 0.006 0.001 0.013 0.013 0.030 0.032 0.060 0.036 0.048 0.018 0.033 0.031 0.010 89 L 0.061 0.039 0.034 0.054 0.116 0.004 0.038 0.195 0.009 0.001 0.004 0.007 0.015 0.018 0.074 0.023 0.236 0.023 0.022 0.024 0.003 90 N 0.009 0.013 0.017 0.021 0.020 0.008 0.081 0.662 0.005 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 0.020 0.008 0.073 0.014 0.012 0.013 0.001 91 D 0.005 0.009 0.006 0.011 0.020 0.010 0.031 0.774 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.008 0.065 0.017 0.009 0.010 0.001 92 L 0.002 0.003 0.003 0.003 0.005 0.002 0.009 0.868 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.086 0.003 0.003 0.002 0.001 93 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.010 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.942 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.939 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.926 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 0.923 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.001 0.002 0.001 98 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.875 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.067 0.010 0.003 0.005 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.870 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.007 0.005 0.005 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.872 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.003 0.003 0.004 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.063 0.761 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.112 0.012 0.007 0.010 0.001 102 W 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.004 0.092 0.581 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.181 0.023 0.049 0.038 0.001 103 D 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.006 0.083 0.564 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.160 0.056 0.055 0.029 0.001 104 R 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.015 0.061 0.628 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.182 0.014 0.015 0.029 0.001 105 R 0.001 0.002 0.007 0.015 0.029 0.015 0.104 0.544 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.008 0.148 0.033 0.021 0.033 0.001 106 V 0.003 0.004 0.018 0.040 0.060 0.009 0.086 0.319 0.012 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.042 0.021 0.139 0.050 0.093 0.093 0.001 107 K 0.005 0.005 0.034 0.046 0.074 0.011 0.120 0.203 0.013 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.053 0.016 0.199 0.047 0.057 0.106 0.001 108 R 0.005 0.005 0.022 0.044 0.132 0.008 0.162 0.095 0.011 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.036 0.031 0.144 0.074 0.095 0.122 0.001